쟁점입주권을 쟁점감정가액으로 평가하여 상속세를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. A, B, C, D은 E(이하 5인을 합하여 “청구인들”이라 한다)과 강희상(이하 “피상속인”이라 한다)의 자녀들로, 2024.10.16. 피상속인의 사망으로 상속이 개시되었다.

나. 피상속인이 보유하던 서울특별시 용산구 OOO 대 356㎡ 토지, 지상 건물 516.64㎡ 및 같은 동 265-1147 도로 41㎡(이하 위 토지·건물·도로를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)는 OOO(이하 “쟁점조합”이라 한다)이 시행하는 정비사업구역에 편입되었고, 2023.6.23. 관리처분계획이 인가되자 청구인들은 상속개시일 현재 쟁점부동산이 조합원입주권(이하 “쟁점입주권”이라 한다)으로 전환되었다고 보고 2025.4.30. 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제61조 제3항을 적용하여 쟁점입주권 가액을 OOO원으로 하여 2024.10.16. 상속분 상속세를 신고하였다.

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인들에 대하여 2025.12.15.부터 2026.3.14.까지 상속세 조사를 실시한 결과, 쟁점입주권 가액이 과소평가 되었다고 보고 평가심의위원회의 심의를 거쳐 쟁점입주권의 가액을 OOO원(이하 “쟁점감정가액”이라 한다)으로 결정하고, 처분청에 통보하였다. 이에 처분청은 2026.5.7. 청구인들에게 2024.10.16. 상속분 상속세 OOO원을 결정·고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2026.5.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 이 건 상속재산에 포함되는 것은 쟁점입주권이나, 처분청은 쟁점부동산을 평가한 쟁점감정가액을 근거로 상속세를 결정했으므로 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.(가) 관련 법리를 살펴보면, 상증세법 제60조 제1항은 상속세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 현재의 시가에 따른다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항은 시가를 산정하기 어려운 경우에는 같은 법 제61조 내지 제65조의 이른바 보충적 평가방법에 의하도록 규정하고 있고, 이 중 제61조 제3항 및 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제51조 제2항은 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’ 중 조합원입주권의 경우 조합원권리가액, 평가기준일까지 납입한 계약금·중도금 등, 평가기준일 현재의 프레미엄 상당액을 합한 금액으로 평가한다고 규정하고 있다.(나) 쟁점감정가액은 시가로 인정될 수 없고, 이에 따라 쟁점입주권은 보충적 평가방법에 의해 평가되어야 한다.이 건 평가심의위원회를 위한 2026.2.9. 평가심의안내문에 따르면 쟁점감정가액은 쟁점부동산의 평가액임이 명백하게 기재되어 있으며, 청구인은 쟁점입주권이 부동산이 아닌 조합원입주권이므로 이에 따라 평가해야 한다고 의견을 제시하였으나 반영되지 않았다.

상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호 나목은 평가기준일 현재 당해 재산을 원형대로 감정하지 아니한 경우에는 시가로 인정하지 않고 있는바, 쟁점감정가액은 조합원입주권을 부동산으로 평가한 것이어서 감정평가 대상 물건에 오류가 있으므로 적정한 시가로 볼 수 없다.그렇다면 쟁점입주권의 시가가 불분명하므로 보충적 평가방법이 적용되어야 할 것인바, 피상속인과 청구인들은 현재까지 계약금 등을 납입한 사실이 없으며, 상속개시일 현재 프레미엄을 산정할 수 없는 이상 그 가액은 ‘OOO’으로 보아야 하므로, 조합원 권리가액으로 평가한 당초 청구인의 신고가 정당하다고 할 것이다.

(2) 처분청의 답변에 대한 항변은 다음과 같다.(가) 처분청은 형식이 토지와 건물일 뿐, 감정평가의 실질 대상은 쟁점입주권이라는 이유로 쟁점감정가액이 시가에 해당한다는 의견이나, 감정평가란 그 대상, 조건, 목적이 감정평가서의 기재에 의하여 특정되는 것이 본질이다. 실제로 조합원입주권을 감정평가하는 것이 가능하다고 확인되는바, 그럼에도 불구하고 처분청은 스스로 부동산 감정을 대안으로 선택하였다. 이처럼 이미 부동산으로 확정된 감정대상을 처분청의 사후 해석만으로 조합원입주권으로 변경할 수는 없으며, 이는 당해 재산의 원형대로 감정하지 않은 경우라고 할 것이다.한편, 처분청은 부동산 감정을 대안으로 삼은 사유에 관하여, 동·호수 추첨 이전으로 가치형성요인을 정확히 반영하지 못하기 때문이라고 답변하였다.

이는 처분청이 스스로 평가기준일 현재 쟁점입주권의 객관적인 가치 산정이 곤란함을 인정한 것인바, 상증세법은 이러한 경우에 보충적 평가방법에 의하도록 하고 있으므로, 조세법률주의 및 상증세법 상 보충적 평가방법의 입법 취지를 고려할 때 더욱 쟁점감정가액을 시가로 볼 수 없다고 할 것이다.(나) 한편, 처분청은 청구인이 신고한 조합원 권리가액이 2019.3.29. 기준 가액으로 상속개시일인 2024.10.16.과 5년 7개월의 시차가 존재하여 인정할 수 없다는 의견이나, 조합원 권리가액은 관리처분계획인가일인 2023.6.23. 기준으로 산정된 것이다.

그리고 처분청은 조합원입주권의 보충적 평가와 관련하여 명문으로 프레미엄의 합산이 규정되어 있다는 의견이나, 동·호수가 미확정인 상태에서 개별 입주권의 프레미엄을 객관적으로 산정할 자료가 없다면 결국 이를 ‘OOO’으로 보고 조합원 권리가액에 의해 평가할 수밖에 없다. 나아가 쟁점감정가액도 쟁점부동산의 면적과 단가를 곱하여 총액을 산출하였을 뿐인바, 프레미엄이 별도로 산정되었는지 불분명하다.

나. 처분청 의견(1) 처분청은 이 건 상속재산이 쟁점입주권임에 대하여 이견이 없으며, 다만 쟁점감정가액이 상증세법령에 따른 쟁점입주권의 정당한 시가라는 의견이다.(가) 상증세법 제60조 제1항 및 제2항, 그리고 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제49조 등에 따라 재산 평가의 기준은 상속개시일 현재의 시가로서 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고, 감정가격 등을 포함하는 것이 원칙이다.(나) 쟁점입주권은 2023.6.23. 관리처분계획인가 이후 공동주택 2채 및 상가에 대한 조합원입주권으로 전환되었으나, 동·호수 추첨 이전이었으며 상가 또한 위치가 특정되어 있지 않았다.

이러한 경우 향·층에 따른 격차가 다소 적다면 가치형성요인의 평균값으로 산출하는 것이 일반적이나, 쟁점부동산 중 주택분의 경우 향·층에 따라 한강 조망 유무 등 가치형성요인에 큰 차이가 발생하고, 상가분의 경우 분양 추산액이 최소금액으로 잡혀있는 상황이라 가격에 미치는 영향이 적지 않아, 가치형성요인 특성을 반영하는 데에 한계가 있었다.이에 감정평가기관에서는 관리처분계획을 기점으로 종전 부동산의 거래 사례 및 감정평가 전례를 분석하여 감정평가를 하였고, 국세청 평가심의위원회의 심의를 거쳐 쟁점감정가액을 적법한 시가로 인정받았으며, 이 과정에서 당사자 의견서 수령, 프레미엄 반영 여부 및 감정평가 방식의 적정성 검토 등 절차를 거쳤다.

이처럼 공신력 있는 기구를 통해 시가로 인정받은 감정가액을 부인할 수는 없다.(다) 청구인들은 쟁점감정가액 감정평가서 상 대상이 쟁점부동산으로 표시된 점을 지적하나, 개별 물건이 가진 고유의 자산가치와 프레미엄이 왜곡될 우려가 있는 이상 프레미엄이 포함된 종전 부동산 기반으로 평가하는 것이 시가 원칙 및 실질과세 원칙에 보다 부합한다. 판례도 조사청이 시가를 확인하기 위해 선별적으로 감정평가를 실시하는 것이 조세법률주의나 평등주의에 위배되지 않는다고 일관되게 판시하고 있는바(대법원 2026.4.2. 선고 2025두35499 판결 참조), 입주권이라는 명칭에 한정되어 실제 가치보다 현저히 낮은 보충적 평가액을 적용하는 것은 오히려 과세형평을 해치는 결과를 낳게 된다.

(2) 보충적 평가방법은 시가를 산정하기 어려운 경우에만 적용되므로 쟁점감정가액이 정당한 시가인 이 건에 적용될 수는 없다. 다만, 보충적 평가방법에 의한다고 하더라도, 청구인들이 제시한 조합원 권리가액은 보충적 평가가액이 될 수 없다.상증세법 제61조 및 같은 법 시행령 제51조 제2항은 조합원입주권 평가 시 ‘평가기준일까지의 프레미엄’을 합산하도록 강제하는바, 종전자산평가액에 비례율을 적용한 조합원 권리가액과는 다르다 할 것이다.

판례도 재개발 사업에서 사업시행인가나 관리처분계획 수립을 위한 종전자산의 감정평가에 비례율을 곱한 것은 조합원들 상호 간의 출자비율을 정하기 위한 상대적 가치산정 목적일 뿐, 상증세법 상 시가를 반영한 것으로 볼 수 없다고 판시하고 있다(서울고등법원 2014.10.16. 선고 2012누38648 판결, 대법원 심리불속행, 같은 뜻임). 나아가 청구인이 제시한 조합원권리가액의 평가시점(2019.3.29.)과 상속개시일(2024.10.16.) 간에는 무려 5년 7개월의 시차가 존재하므로 이를 시가로 차용하는 것은 명백한 위법이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점입주권을 쟁점감정가액으로 평가하여 상속세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 등(1) 상속세 및 증여세법 제60조(평가의 원칙) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 따른다.(후단 생략)② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.제61조(부동산 등의 평가) ③ 지상권 및 부동산을 취득할 수 있는 권리와 특정시설물을 이용할 수 있는 권리는 그 권리 등이 남은 기간, 성질, 내용, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 가액으로 한다.

(2) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.9. “조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조 제6호의 토지등 소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.제89조(비사업용 토지의 범위) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대(「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대)가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.(각 호 생략)(3) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조(평가의 원칙등) ① 법 제60조 제2항에서 “수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다) 이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다.

이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 “납세자”라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

2. 해당 재산(법 제63조 제1항 제1호 및 제65조 제2항에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 재정경제부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 “감정기관”이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외하며, 해당 감정가액이 법 제61조·제62조·제64조 및 제65조에 따라 평가한 가액과 제4항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 “기준금액”이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 감정평가목적 등을 고려하여 해당 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 “세무서장등”이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 납세자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그렇지 않다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액제51조(지상권 등의 평가) ② 법 제61조 제3항에 따른 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 및 특정시설물을 이용할 수 있는 권리의 가액은 평가기준일까지 납입한 금액(「소득세법」 제89조 제2항에 따른 조합원입주권의 경우 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 제1항에 따른 관리처분계획을 기준으로 하여 재정경제부령으로 정하는 조합원권리가액과 평가기준일까지 납입한 계약금, 중도금 등을 합한 금액으로 한다)과 평가기준일 현재의 프레미엄에 상당하는 금액을 합한 금액으로 한다.

다만, 해당 권리에 대하여 「소득세법 시행령」 제165조 제8항 제3호에 따른 가액이 있는 경우에는 해당 가액으로 한다.

(5) 상속세 및 증여세법 시행규칙 제16조(지상권의 평가 등) ③ 영 제51조 제2항 본문에서 “재정경제부령으로 정하는 조합원권리가액”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 제1항에 따라 인가받은 관리처분계획을 기준으로 다음 계산식에 따라 계산한 가액을 말한다.<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>분양대상자의 종전 토지 및 건축물 가격 × [(정비사업 완료 후의 대지 및 건축물의 총 수입추산액 - 총 소요사업비) ÷ 종전의 토지 및 건축물의 총 가액] </p></td></tr></tbody></table>다.

사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료를 통해 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인은 쟁점입주권 가액의 근거로 아래 ＜그림1＞과 같은 관리처분계획 개인별 내역서 상 권리내역을 제출하였다.＜그림1＞ 관리처분계획 개인별 내역서

○

○

○(나) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서를 통해 2023.11.14. 신탁을 원인으로 하여 쟁점조합에게 소유권이 이전된 사실이 확인된다.(다) 처분청이 제출한 쟁점감정가액 관련 감정평가서의 주요 내용은 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.＜표1＞ 주식회사 F감정평가법인 감정평가 주요 내용

○

○

○＜표2＞ 주식회사 G감정평가법인 감정평가 주요 내용

○

○

○(라) 평가심의위원회 심의 과정에서 청구인등은 쟁점입주권의 평가임에도 불구하고 처분청이 여전히 쟁점부동산에 대하여 감정평가를 의뢰하여 평가 대상을 잘못 선택하였다는 취지의 의견서를 제출하였다. 반면, 감정기관은 위 ＜표1＞ 및 ＜표2＞의 “그밖의 사항”과 동일한 취지의 의견서를 제출하였다.(마) 기타 청구인등은 조합원입주권을 직접 감정평가한 경우가 있다며 관련 예시를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산을 평가한 쟁점감정가액을 쟁점입주권의 시가로 본 것이 위법하다고 주장하나,상증세법 제60조는 상속세가 부과되는 재산의 가액은 시가에 따르는 것을 원칙이라고 규정하면서 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제49조는 평가기간 내 감정가액으로서 평가심의위원회가 시가로 결정한 것을 시가의 범위에 포함한다고 규정하고 있는 점, 감정이 객관적이고 합리적인 방식으로 이루어져 해당 감정가액이 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 인정되는 한 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 ‘시가’로 볼 수 있으며(대법원 2026.4.30. 선고 2024두61780 판결 등 참조), 감정인의 감정 결과는 그 감정방법 등이 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등 현저한 잘못이 없는 한 이를 존중하여야 하는 점(대법원 2009.7.9. 선고 2006다67602·67619 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어, 공신력 있는 감정법인에 의뢰하여 산정한 쟁점감정가액을 평가심의위원회가 시가로 인정한 이상, 쟁점부동산을 활용하여 평가하였다는 사정만으로는 이 건 처분에 잘못이 있다고 보기 어렵다 할 것이다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

「상증세법」 제60조, 제61조,「같은 법 시행령」 제49조