위장매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 부가가치세 등을 부과한 처분

1. 처분개요가. 청구인은 2018.2.1. 울산광역시 동구 OOO에 A(제조업, 이하 “쟁점사업장”이라 한다)으로 사업자등록한 후 2020.9.8. 경상남도 거제시로 사업장을 이전하여 선박 비계설치(족장) 및 인력공급 하도급업 등을 영위하고 있다.

나. 청구인은 다음과 같이 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제하고 종합소득세 계산 시 필요경비에 산입하였다.(1) 2020년 7월 B(대표자 C) 공급가액 OOO원(2) 2021년 1월 ㈜D(대표자 E, 이하 “쟁점매입처”라 하고, 대표자를 “E”이라 한다) 공급가액 OOO원, 7월 쟁점매입처 공급가액 OOO원, 2022년 1월 쟁점매입처 공급가액 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점매입”이라 하고, 그 세금계산서를 “쟁점매입세금계산서”라 하며, 쟁점매입 관련 세액을 “쟁점매입세액”이라 한다)다.

울산세무서장은 2021.2.22.부터 2021.4.30.까지 B에 대한 부가가치세 범칙조사를 실시하여 청구인이 수취한 매입세금계산서 OOO원을 실제 용역거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 확정하고 처분청에 과세자료를 통보하였다.

라. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.2.20.부터 2023.5.6.까지 쟁점매입처에 대한 부가가치세 범칙조사를 실시하여 청구인이 수취한 쟁점매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 확정하고 처분청에 과세자료를 통보하였다.

마. 처분청은 2025.4.25. 청구인에게 과세자료 해명안내문을 발송하였으나, 정상거래를 입증할 증빙이 제시되지 아니하였다고 보아 2025.7.9. 부가가치세 및 종합소득세 과세예고 통지서를 발송하였고, 2025.10.1. 청구인에게 2020년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 및 2020년∼2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.19. 이의신청을 제기하였고, 조사청은 2026.1.29. 부당과소신고가산세 부과 부분에 대하여 일부인용하여 일반과소신고가산세로 경정하였으나, 나머지 신청은 기각하였다.

사. 청구인은 이에 불복하여 2026.4.3. B 관련 부분은 청구에서 제외하고, 아래 ＜표＞와 같이 쟁점매입처 관련 부분에 대하여 심판청구를 제기하였다.＜표＞ 청구세액 내역

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○2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장쟁점매입세금계산서의 발급·수취는 쟁점매입처로부터 실제 인력을 공급받고 사업용계좌로 대가를 지급한 정상적인 거래에 의한 것이므로, 이를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하고 종합소득세 증명서류 수취 불성실 가산세를 부과한 이 건 처분은 위법하다. 쟁점매입처가 조세를 탈루하였거나 납세의무를 이행하지 아니하였다는 사정만으로 청구인과 쟁점매입처 사이의 실제 거래까지 부인하는 것은 부당하다.설령 쟁점매입처가 자료상 또는 위장사업자에 해당한다 하더라도, 청구인은 대표자를 직접 만나 신분을 확인하고 사업용계좌를 확인한 후 하도급계약을 체결하였으며 대금을 전액 사업용계좌로 송금하고 쟁점매입세금계산서를 정상적으로 수취한 이상, 청구인은 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

(1) 사업연혁 및 업황2018.2.1. 울산광역시 동구 OOO에서 F 협력업체의 하청으로 비계설치(족장) 제조업 소사장으로 사업을 개시한 후 경상남도 거제시로 사업장을 이전하여 G(구 H)의 협력업체인 I(주)의 하청으로 인력공급을 주업으로 하는 하청의 하청 소사장 업체를 운영하여 왔다. 인력공급 중심의 소사장 업체로서 여름에는 더위, 겨울에는 추위에 노출되는 열악한 작업환경, 인력조달의 어려움, 단가경쟁에 따른 자금사정의 어려움으로 인하여 조금 더 나은 조건을 찾아 사업장을 빈번히 이전할 수밖에 없었고, 실제로 2018.2.1. 개업 이후 2018.2.7., 2020.9.8., 2021.11.8., 2022.8.22., 2022.11.14. 등 사업장이 수차례 이전되었다.

(2) 관련 서류의 분실 경위쟁점매입 당시 원청업체의 사업장 내부에서 협소한 사무실을 배정받아 근로자 관리 및 서류작성 등 제반업무를 수행하였는데, H과 I(주)의 경영악화로 사업장 내부에서도 장소를 수차례 옮기는 과정에서 쟁점매입처와 체결한 하도급계약서 원본 및 쟁점매입처에 지급한 정산·계산 근거서류 등 중요한 서류가 분실되었다. 출근부대장은 매출처 I(주)이 작성·보관하고 있던 사본(이하 “쟁점출근부대장”이라 한다)을, 그 밖의 서류는 세무사가 보관하고 있던 서류를 취합하여 제출했다.

서류의 부존재는 잦은 사업장 이전이라는 불가피한 사정에서 비롯된 것이지 거래의 부존재를 의미하는 것이 아니다.(3) B 매입과의 구분B으로부터의 매입은 인력부족에 따라 신용불량자 및 불법체류자 등을 고용하여 부득이 인건비를 현금으로 지급한 것으로, 사업 초기의 경험부족으로 주의를 다하지 못한 것이므로 이 건 청구에서 제외한다. 그러나 쟁점매입처로부터의 매입은 이와 성질을 달리하는 정상적인 거래에 의한 것이다. B으로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다 하더라도 쟁점매입처와의 거래마저 동일하게 취급하는 것은 바람직하지 아니하며, 하나의 잘못이 별개의 거래에 관한 잘못된 결론으로 이어져 뒤늦게 진실이 밝혀지는 사례가 종종 발생하고 있다는 점에서 부당하다.

(4) 청구인에 대한 조사 및 소명기회의 부존재조사청의 쟁점매입처에 대한 세무조사(2023.2.20.∼2023.5.6.) 결과 처분청에 과세자료가 통보되었으나, 그 조사과정에서 청구인은 자료제출이나 소명요구를 받은 사실이 전혀 없다. 즉 청구인에 대한 세무조사는 이루어지지 아니하였고, 청구인과 쟁점매입처 사이의 개별 거래에 대한 실질적인 확인 없이 쟁점매입처에 대한 조사결과만을 근거로 이 건 처분이 결정되었다.

(5) 조사보고서 내용에 대한 반박조사보고서 주요내용을 보면, 쟁점매입처의 대표이사 E은 사업개시 후 2021.5.13. 중국으로 출국한 이후 국내 입국사실이 없고 선박임가공 관련 업종경력이 전무하며, 물량팀 및 근로자에 대한 급여신고와 고정자산 신고가 없고 4대보험 가입사실이 확인되지 아니하는 등 법인 실체가 없는 것으로 검토되었다는 것이다. 또한 쟁점매입처에 입금된 대금은 수수료 상당액을 제외하고 폭탄업체(대***, 수***, 에***)를 거쳐 물량팀장에게 이체되었고, 불명의 자료상이 무자력자 명의를 빌려 도관업체와 폭탄업체를 이용하여 부가가치세를 탈루하기 위해 서로 공모한 정황이 확인되었다는 것이다.그러나 위 조사내용은 쟁점매입처에 대한 조사, 쟁점매입처의 매입처에 대한 조사, 그 매입처의 물량팀에 대한 조사사항과 여러 정황을 열거한 것에 불과하고, 마지막 부분에서 “쟁점매입처는 청구인에게 실제 공사용역을 제공하지 않고 거짓세금계산서 OOO원을 발급한 것으로 검토됨”이라고 하여 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 확정지은 것은, 결국 쟁점매입처의 매입처인 대***, 수***, 에*** 등이 납세의무를 이행하지 아니하였기 때문에 자료상으로 확정하기 위한 근거를 마련한 것에 불과하다.조사내용에서 언급한 “거래대금이 매출처로부터 입금되는 즉시 매입처에게 이체되어 물량팀장 또는 근로자로 추정되는 자들에게 급여 등의 형태로 즉시 이체”되었다는 것은 오히려 실제 현장에 인력이 투입되고 그 대가가 작업자에게 지급된 정상적인 거래에서만 이루어지는 금융거래이다.

공모의 정황이라는 것도 쟁점매입처와 그 매입처 사이의 관계에 관한 조사팀의 판단일 뿐이고, 그러한 사유로 청구인이 불이익을 받는 것은 부당하다.

(6) 대표자 출국 사실의 의미쟁점매입처의 대표자가 2021.5.13. 중국으로 출국하였다고 하나, 법인사업자는 개인사업자와 달리 대표자가 아닌 임직원이 영업과 실무를 수행하는 경우가 대부분이고, 실무자와의 소통으로 업무가 원만하게 이루어지고 있었기 때문에 거래를 개시한 후 대표자의 소재를 확인할 필요가 없었다. 계약 체결 단계에서 대표자를 직접 대면하여 신분을 확인한 이상 거래상 요구되는 확인절차는 이행되었다.

(7) 쟁점출근부대장과 쟁점매입세금계산서 금액의 차이쟁점출근부대장의 인원·일수 및 계약서상 일당을 환산하면 쟁점매입세금계산서 금액과 부합하지 아니한다는 지적이 있으나, 이 부분은 불법체류자를 매달 2∼6명 정도 공급받아 원청에 제공한 것이 포함되었기 때문이다. 이러한 인력에 대하여도 I(주)이 청구인에게 대금을 계산하여 주었고 청구인도 쟁점매입처에 대금을 계산하여 주었으나, 정상적인 납세번호가 아니면 I(주) 시스템에 등록되지 아니하여 I(주)이 확보한 쟁점출근부대장에서 제외된 것이다.

따라서 쟁점출근부대장상 공수와 쟁점매입세금계산서 금액의 차이는 오히려 실제 인력이 추가로 공급되었음을 보여주는 사정이다.

(8) 필요경비 전액 인정과 쟁점매입세액 전액 부인의 모순쟁점매입에 대하여 종합소득세 계산상 필요경비를 100% 인정하면서도 종합소득세에서 증명서류 수취 불성실 가산세 2%를 부과하고 쟁점매입세액을 불공제하며 위장세금계산서 수취에 따른 가산세 및 과소신고가산세를 부과한 것은, 실물거래의 존재를 전제로 필요경비를 전액 인정한 것과 서로 모순된다. 쟁점출근부대장과 쟁점매입세금계산서 금액의 불일치를 문제 삼으면서 동시에 필요경비를 전액 인정한 것 역시 논리적으로 양립할 수 없다.

(9) 이의신청 결정의 취지이의신청결정에서 청구인의 행위가 부정행위에 해당하지 아니한다고 판단되어 부당과소신고가산세가 일반과소신고가산세로 경정되었다. 그 결정문에서 쟁점매입처가 대***, 수***, 에*** 등으로부터 수취한 매입세금계산서에 대하여 매입세액 불공제 경정처분을 받기 전 쟁점사업장에 발급한 매출세금계산서를 포함하여 부가가치세 신고 및 납부를 하였던 것으로 나타나는바 청구인이 거래 당시 그 거래처들이 폭탄업체인 사실까지 인식하면서 거래하였을 것으로 보기 어려운 점, 청구인이 지급한 대금을 다시 돌려받았다는 정황이 확인되지 아니하고 처분청 또한 쟁점매입세금계산서 거래를 위장거래로 판단한 점, 청구인이 쟁점매입처와 공모하였다고 볼 만한 객관적 증빙이 확인되지 아니하는 점이 인정되었다.

이러한 판단은 곧 청구인과 쟁점매입처 사이의 거래가 실재하는 정상거래이고 청구인이 선의의 피해자임을 인정하기에 충분한 사정이다.

(10) 선의의 거래당사자 해당 여부 및 제출 증빙청구인은 쟁점매입처의 대표자를 직접 만나 신분을 확인하고 사업용계좌를 확인한 후 하도급계약을 체결하였으며, 거래와 관련한 대금을 쟁점매입처의 사업용계좌로 송금하였고, 쟁점매입처가 발행한 쟁점매입세금계산서를 증빙자료로 믿고 수취하였다. 돌려받은 돈은 한 푼도 없으므로 이는 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 것이다.선의의 거래당사자 여부를 입증하는 서류로는 쟁점매입처의 사업자등록증 사본, 쟁점매입처 대표자 E의 외국국적동포 국내거소신고증 사본, 쟁점매입처의 사업용계좌 사본, 청구인과 쟁점매입처 사이의 하도급계약서(청구인↔쟁점매입처) 사본, 쟁점매입처와의 하도급 외상매입금 발생 및 대금상환 명세, 청구인의 예금거래명세서, 쟁점매입처가 발행한 쟁점매입세금계산서 사본, 출근부 요약정리(2021년 1월∼2022년 6월), 쟁점출근부대장(2021년 1월∼2022년 6월) 등이 있다.쟁점출근부대장은 청구인의 매출처인 I(주)이 작성·보관하고 있던 것으로, 청구인이 직접 고용한 근로자와 쟁점매입처에서 공급받은 근로자를 청구인이 매출처 I(주)에 공급하면 I(주)이 이를 일괄하여 작성한 것이다.

이를 근거로 청구인이 고용한 근로자와 쟁점매입처가 고용한 근로자를 분류하여 출근부 요약정리와 같이 정리하였으므로, 이에 근거하더라도 쟁점매입이 정상적인 거래임을 알 수 있다. 쟁점출근부대장 기재 대상자의 인적사항 및 소속회사를 확인할 수 있는 서류 중 청구인 소속 근로자에 대한 것은 세무사가 작성·보관하고 있는 급여·상여대장과 같으며, 쟁점매입처 근로자에 대한 것은 관련 서류를 받아 관리하여 왔으나 잦은 이사 등으로 분실되었다.

(11) 명의위장 사실의 확인의무쟁점매입처가 납세의무를 이행하지 아니하여 자료상으로 확정되었는지 또는 명의위장 사업자로 확인되었는지는 거래 상대방인 청구인이 알 수 없는 사정이고, 그러한 이유로 청구인과의 거래를 공급자가 사실과 다른 세금계산서라고 확정하여 부가가치세 및 종합소득세를 부과한다면 청구인은 선의의 피해를 입을 수밖에 없다. 쟁점매입처가 명의위장 사업자인지 여부는 조사청의 조사결과에 따라 비로소 밝혀진 것일 뿐이고, 거래의 일방 당사자에 불과한 청구인이 이러한 사실까지 확인할 수 있었거나 확인할 의무가 있는 것은 아니다.

(12) 참작사유조선산업의 하청업은 낮은 하청단가, 인력공급 부족, 열악한 근무환경으로 인한 잦은 이직 등 어려움이 중첩되어 있으며, 청구인은 직접 현장에서 비계설치 등 노동에 종사하다가 2025.9.4. 무릎 수술을 받고 지팡이에 의존하여 근무하였다. 또한 2024년 7월과 2025년 6월 연년생 자녀를 출산하여 2세 미만의 자녀 2명을 양육하면서 사업을 영위하고 있어 육체적·정신적·재정적으로 어려운 상황에 있으므로, 사실관계가 불확실한 경우에는 약자의 입장에서 판단하여 재기의 기회를 부여하여야 한다.

나. 처분청 의견청구인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 쟁점매입처는 명의상 대표자를 내세운 실체 없는 법인으로서 실제 용역을 공급할 능력이 없었고, 청구인은 체납자·신용불량자·4대보험 회피 사유로 적법하게 세금계산서를 발행할 수 없는 미상의 물량팀장으로부터 용역을 제공받았다.또한 선의의 거래당사자에 해당한다는 점에 대한 입증책임은 쟁점매입세액 공제를 주장하는 청구인에게 있는바, 업계 경력자로서 물량팀의 위장세금계산서 발급 문제를 충분히 알 수 있었음에도 최초 계약 시 징구한 사업자등록증·통장·신분증 사본 외에 주의의무 이행을 입증할 객관적 자료가 제출되지 아니하였으므로, 쟁점매입세액을 불공제하고 증명서류 수취 불성실 가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 관련 법리「부가가치세법」상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 여기서 ‘사실과 다르다’는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 「국세기본법」 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 거래계약서 등의 형식적 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다.

사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래가 형식에 불과한 끼워넣기 거래가 있으며, 이는 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다. 아울러 처분청이 그 쟁점매입세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 점 등에 관하여 상당한 정도로 증명을 하였다면, 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있는 납세의무자로서는 그 세금계산서에 기재된 바와 같은 거래가 실제로 존재하였다는 점을 증명할 필요가 있다.

(2) 과세 경위청구인의 거래처인 B과 쟁점매입처에 대한 조세범칙 세무조사 결과 가공·위장 거래로 확정되어 통보된 과세자료에 대하여 2025.4.25. 청구인에게 해명자료 안내문이 발송되었다. 청구인은 2025.5.12. 쟁점매입처에 지급한 금융거래내역 및 쟁점매입세금계산서 사본을, 2025.5.28. 쟁점매입처 대표자 신분증, 사업자등록증, 하도급계약서, 통장 사본 및 청구인의 통장거래내역 사본을 제출하였다. 제출된 소명자료와 쟁점매입처에 대한 조세범칙 세무조사 결과 통보된 과세자료의 내용을 검토한 결과, 쟁점매입처 매입 OOO원은 체납자·신용불량자·4대보험 등의 사유로 적법하게 신고할 수 없는 미상의 물량팀장으로부터 용역을 제공받았음에도 쟁점매입처로부터 공급자가 사실과 다른 쟁점매입세금계산서를 수취한 것으로 확정되었다.

(3) 쟁점매입처의 사업장 현황쟁점매입처는 2021.1.19. 제조·선박임가공 업종으로 설립되었고, 대표이사 E은 폐업 시까지 대표이사로 등재되어 있었으며 보유지분은 100%이다. E은 외국국적동포로 2019.5.26. 입국하여 2021.5.13. 출국하였고, 선박임가공 관련 업종경력이 전무하며, 물량팀 및 근로자에 대한 급여 지급명세서 제출내역과 4대보험 가입사실이 확인되지 아니하는 등 실질적으로 쟁점매입처의 사업을 영위할 수 있는 자가 아닌 명의상 대표자에 불과하고, 쟁점매입처는 실질이 없는 법인으로 확인되었다.

(4) 쟁점매입처에 대한 세무조사 결과조사청은 2023.2.20.부터 2023.5.6.까지 쟁점매입처에 대하여 세금계산서 범칙조사를 실시하였다. 조사 결과, 쟁점매입처는 소득세 및 4대보험 부담을 줄이려는 원도급 업체와 부가가치세 및 소득세를 탈루하려는 물량팀장의 이해관계가 맞아 무자력자인 E의 명의를 빌려 설립되었고, 매출대금 입금 즉시 폭탄업체인 매입처 등에 이체된 후 물량팀에게 이체된 것으로 보아 매출세금계산서 전체 발행액 OOO원, 매입세금계산서 전체 수취액 OOO원이 가공거래로 확정되었다.

쟁점매입처가 물량팀을 직접 통제·관리하였다는 증거는 확인되지 아니하고, 그 매입처인 에*** 등은 거래질서 조사 결과 전액 실물거래 없이 거짓세금계산서를 발급한 것으로 확정되어 고발되었으며, 쟁점매입처는 매출만 발생시키고 부가가치세를 무신고·무납부하여 고액체납 및 연락두절로 직권폐업된 사업장으로서 인건비 무신고 등 법인 운영의 실체가 없다. 조사과정에서 쟁점사업장으로 2023.2.21. 거래사실확인서가 발송되었으나 수취인 불명으로 반송되었고, 유선연락을 통한 재발송에도 해명자료 제출은 없었다.

(5) 소명자료 검토 내용쟁점매입의 소명자료로 세금계산서, 대금출금내역, 사업자등록증, 하도급계약서 등이 제출되었으나, 처분청이 매월 인력투입내역 및 용역비 산정내역의 제출을 요청하였음에도 3개월이 넘도록 관련 자료가 제출되지 아니하였다. 2025.7.29. 과세전적부심사청구와 함께 제출된 쟁점출근부대장은 원도급자 I(주)이 작성·보관 중이던 것으로, I(주)은 쟁점매입처로부터 2022년 제1기 가공매입세금계산서를 수취한 것으로 보아 위장매입으로 확정되어 2024.6.30. 납기로 부가가치세 및 법인세를 경정결정받은 사업자이다.제출된 쟁점출근부대장에는 이름과 일별 근무시간만 기록되어 있을 뿐 해당 근로자의 주민등록번호 및 소속회사를 확인할 수 없다.

또한 쟁점출근부대장상 쟁점매입처 소속 인원으로 주장되는 자들의 공수에 하도급계약서에 약정된 1일 인당 OOO원을 대입하여 용역대가를 산정한 결과, 2021년 제1기 공수합계 478.81일에 용역대가 OOO원(공급대가 OOO원, 차액 OOO원), 2021년 제2기 784.5일에 OOO원(공급대가 OOO원, 차액 OOO원), 2022년 제1기 913.56일에 OOO원(공급대가 OOO원, 차액 OOO원)으로서, 산정 용역대가 합계 OOO원과 공급대가 합계 OOO원 사이에 OOO원의 차액이 발생하여 OOO원을 과다지급한 것으로 확인되므로, 이는 신뢰할 수 없는 출근부대장이다.일반적인 인력공급 하도급계약의 경우 매월 용역대가 청구 시 청구금액의 적정성을 확인하기 위하여 인력공급 내역 및 용역대가 산정내역을 제출받아 검토 후 지급하여야 함에도, 쟁점매입처가 청구하면 어떠한 확인 없이 OOO원을 지급하였다는 것은 일반적인 상거래에서 있을 수 없는 일이고, 이에 대한 증빙은 현재까지 제출되지 아니하였다.

따라서 신용불량자·체납자·4대보험 회피 등의 사유로 적법하게 세금계산서를 발행할 수 없는 미상의 물량팀장으로부터 용역을 제공받았음에도 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 수취한 것이므로, 쟁점매입세금계산서는 공급자가 실제와 다른 세금계산서에 해당한다.

(6) 선의의 거래당사자 해당 여부선의의 거래당사자라 함은 세금계산서상의 실물거래를 한 사실과 상대방을 신뢰할 수밖에 없을 정도임이 제출증빙 등으로 확인되어 청구인의 잘못을 탓할 수 없을 때 인정되는 것으로, 세금계산서상의 공급자가 실제로 용역을 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못하였고 그 알지 못한 데에 과실이 없어야 한다.청구인은 쟁점매입처와 2021.1.4.부터 2022.12.31.까지 족장 설치 및 해제 작업을 하도급하는 계약을 체결하고 18개월 동안 OOO원의 용역대가를 지급하였는데, 이는 청구인 사업장의 해당 기간 전체 매입액의 99%에 이르는 가장 중요한 매입처이다.

과세기간별 신고 매입액 대비 쟁점매입처 매입비율은 2021년 제1기 98.52%(전체 OOO원 중 OOO원), 2021년 제2기 99.68%(OOO원 중 OOO원), 2022년 제1기 99.39%(OOO원 중 OOO원)로서 합계 99.32%(OOO원 중 OOO원)이다.청구인은 2015년부터 선박임가공 업체에서 일한 경력이 있고 2018년부터는 직접 선박임가공 용역을 제공하는 사업체를 운영하는 등, 선박임가공 현장에서 물량팀들의 위장세금계산서 발급이 문제되고 있음을 충분히 알 수 있는 업계 경력자이다.

그럼에도 거의 유일한 매입처인 쟁점매입처와의 거래에 관하여 제시된 자료는 최초 계약서 작성 시 징구한 것으로 보이는 사업자등록증 사본, 통장 사본, 신분증 사본에 불과하여, 이를 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 증명으로 보기 어렵다.매월 용역대가 청구 시 청구금액의 적정성을 확인하기 위하여 쟁점매입처가 작성한 인력공급 내역 및 용역대가 산정내역을 제출받아 검토 후 지급하여야 함에도 이에 대한 증빙은 제출되지 아니하였다. 또한 매월 쟁점매입처에서 몇 명의 인원이 언제 투입되었으며 실제 작업시간이 얼마인지, 총 용역대금이 얼마인지에 대한 근거서류가 전혀 제출되지 아니하였으며, 18개월 동안 거래하면서도 쟁점매입처가 인력을 파견할 능력이 있는지, 실제 파견된 인력이 쟁점매입처에 소속되어 파견되고 있는지, 대표자 E이 실제 사업을 영위하고 있는지 등을 확인하기 위하여 어떠한 노력을 기울였는지를 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 자료는 제시되지 아니하였다. 이상의 내용과 같이 청구인은 쟁점매입처와의 거래에 대하여 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하지 못하였다.

(7) 결론쟁점매입처의 대표 E은 외국국적자로 2019.5.26. 입국하여 2021.5.13. 출국하였고 선박임가공 관련 업종경력이 전무한 자로 확인되며, 임가공 용역대가의 산정근거로 쟁점매입처로부터 받은 증빙은 전혀 제시되지 아니하였고, 선량한 관리자로서의 주의의무 또한 이행되지 아니하였다. 이를 종합하면 청구인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 공급자가 실제와 다른 세금계산서에 해당하므로, 쟁점매입세액을 불공제하고 종합소득세 증명서류 수취 불성실 가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점매입세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 종합소득세 증명서류 수취 불성실 가산세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 나타나는 사실을 정리하면 다음과 같다.(가) 청구인은 2018.2.1. 쟁점사업장(제조업)을 사업자등록하였고, 쟁점사업장은 2018.2.1. 울산광역시 동구 OOO에서 개업, 2018.2.7. 울산광역시 울주군 OOO, 2020.9.8. 경상남도 거제시 OOO, 2021.11.8. 경상남도 거제시 OOO, 2022.8.22. 경상남도 거제시 OOO, 2022.11.14. 경상남도 거제시 OOO로 각 이전된 것으로 나타난다.(나) 쟁점매입 당시 청구인은 H(현 G)의 협력업체인 I(주)의 하청으로 인력공급을 주업으로 한다.(다) 조사청은 2023.2.20.∼2023.5.6. 쟁점매입처에 대한 세금계산서 범칙조사를 실시하였고, 주요 내용은 다음과 같다.1) 쟁점매입처는 2021.1.19. 제조·선박임가공 업종으로 설립되었고, 대표이사 E은 100% 지분 보유자로서 폐업 시까지 대표이사로 등재되어 있었다.2) E은 외국국적동포로 2019.5.26. 입국하여 2021.5.13. 완전 출국하였으며, 선박임가공 관련 업종경력이 전무하고, 물량팀·근로자에 대한 급여 지급명세서 제출 및 4대보험 가입사실이 확인되지 아니하여 명의상 대표자로 확인되었다.3) 쟁점매입처는 급여신고 및 고정자산 신고가 없고 고용·산재보험 가입사실이 없어 법인 실체가 없는 것으로 검토되었으며, 매출대금 입금 즉시 폭탄업체(대***, 수***, 에***)를 거쳐 물량팀장 또는 근로자로 추정되는 자들에게 이체된 것으로 확인되었다.4) 폭탄업체 현황은 대***(개업 2020.10.1., 폐업 2022.1.11.), 수***(개업 2021.6.1., 폐업 2022.3.30.), 에***(개업 2021.12.1., 폐업 2022.7.13.)로서 모두 직권폐업되었고, 매입 없이 매출만 발생시킨 후 부가가치세 무신고·신고무납부로 고액체납 후 연락두절된 것으로 확인되었다.5) 쟁점매입처의 매출세금계산서 전체 발행액은 OOO원, 매입세금계산서 전체 수취액은 OOO원으로서 전액 가공거래로 확정되었으며, 쟁점사업장에 발급된 거짓세금계산서는 OOO원으로 확인되었다.(라) 청구인은 2025.5.12. 쟁점매입처에 지급한 금융거래내역 및 쟁점매입세금계산서 사본을, 2025.5.28. 쟁점매입처 대표자 신분증, 사업자등록증, 하도급계약서, 통장 사본 및 청구인의 통장거래내역 사본을 제출하였다.(마) 청구인은 2025.7.29. 과세전적부심사청구와 함께 원도급자 I(주)이 작성·보관 중이던 쟁점출근부대장을 제출하였고, 주된 내용은 다음과 같다.1) 제출된 쟁점출근부대장에는 이름과 일별 근무시간만 기록되어 있고 근로자의 주민등록번호 및 소속회사 확인이 불가능하다.2) 하도급계약서상 도급기간은 2021.1.4.∼2022.12.31., 도급단가는 1일 인당 OOO원(9시간 기준)으로 기재되어 있다.3) 쟁점출근부대장상 공수에 1일 인당 OOO원을 대입하여 산정한 용역대가와 쟁정매입세금계산서 수취금액을 비교한 결과, 2021년 제1기 공수합계 478.81일에 용역대가 OOO원(공급대가 OOO원, 차액 OOO원), 2021년 제2기 784.5일에 OOO원(공급대가 OOO원, 차액 OOO원), 2022년 제1기 913.56일에 OOO원(공급대가 OOO원, 차액 OOO원)으로서, 산정 용역대가 합계 OOO원과 공급대가 합계 OOO원 사이에 OOO원의 차액이 확인되었고, 청구인은 불법체류자 고용에 대한 대가는 I(주)의 시스템상 등록이 불가능해 차이가 발생한 것이라 주장한다.(바) 청구인의 쟁점매입처 매입액은 2021년 제1기 98.52%(전체 OOO원 중 OOO원), 2021년 제2기 99.68%(OOO원 중 OOO원), 2022년 제1기 99.39%(OOO원 중 OOO원)로서 합계 99.32%(OOO0원 중 OOO원)로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점매입처로부터 실제로 인력을 공급받았고, 설령 쟁점매입처가 명의위장 사업자라 하더라도 선의의 거래당사자에 해당한다고 주장하나,쟁점매입처 대표자 E은 선박임가공 관련 업종경력이 전무하고 계약기간 초기인 2021.5.13. 출국한 이후 국내 입국사실이 없어 실질적으로 사업을 영위할 수 있는 자로 보기 어렵고, 쟁점매입처는 근로자에 대한 급여 지급명세서 제출내역과 4대보험 가입사실 및 고정자산 신고내역이 전혀 확인되지 아니하여 인력공급 용역을 자신의 책임과 계산으로 제공할 인적·물적 시설을 갖추었다고 보기 어려운 점, 쟁점매입처의 매출·매입 세금계산서 전액이 가공거래로 확정된 사정 등을 종합하면, 쟁점매입처는 실제 용역을 공급한 자가 아니라 그 명의만을 제공한 도관에 불과한 것으로 보이는 점, 처분청이 쟁점매입세금계산서상 공급자가 실제 용역을 공급한 자와 다르다는 점에 관하여 상당한 정도로 증명한 이상 관련 증빙과 자료를 제시하기 용이한 지위에 있는 청구인이 그 거래의 실재를 증명할 필요가 있음에도, 쟁점출근부대장은 원도급자가 일괄 작성한 것으로서 근로자의 주민등록번호 및 소속회사를 확인할 수 없어 청구인이 제출한 증빙만으로는 쟁점매입세금계산서상 공급가액에 상응하는 용역을 쟁점매입처로부터 공급받았다는 청구주장을 인정하기 어렵고, 청구인은 2015년부터 선박임가공 업계에 종사하고 2018년부터 직접 사업체를 운영하여 온 사업자로서 같은 기간 중 다른 거래처(B)로부터 수취한 세금계산서가 가공거래라는 사실을 스스로 인정하고 있는바, 위장세금계산서 수수의 위험을 인식할 수 있었다고 보이는 이상 청구인이 쟁점매입처의 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없었다고 보기 어려운 점,한편 청구인은 종합소득세 계산상 필요경비가 전액 인정된 것과 쟁점매입세액을 전액 불공제한 것이 서로 모순된다고 주장하나, 사업소득의 필요경비는 실제 지출사실이 확인되는지에 따라 판단되는 것이고 부가가치세 매입세액의 공제는 필요적 기재사항이 사실에 부합하는 세금계산서의 수취를 요건으로 하는 것으로서 그 규정의 내용과 형식을 달리하므로, 실제 지출액을 필요경비로 인정하면서 쟁점매입세액을 불공제하는 것이 서로 모순된다고 볼 수 없는 점 등에 비추어, 쟁점매입세금계산서를 실제 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 및 종합소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 부가가치세법제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트(2) 소득세법제81조의6(증명서류 수취 불성실 가산세) ① 사업자(대통령령으로 정하는 소규모사업자 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액이 추계되는 자는 제외한다)가 사업과 관련하여 다른 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제160조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 필요경비에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다. 다만, 제160조의2 제2항 각 호 외의 부분 단서가 적용되는 부분은 그러하지 아니하다.

(3) 국세기본법제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을 합한 금액가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액