실물 거래 없이 가공세금계산서를 수수한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2019.8.29. 개업하여 전자부품 도소매업 등을 영위하는 법인으로, 2021년 제1기ㆍ제2기 부가가치세를 신고하면서 주식회사 A(이하 “A”라 한다) 및 B(이하 두 사업자를 합하여 "쟁점매입처"라 한다)로부터 수취한 매입세금계산서 106매(공급가액 OOO원)의 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

나. 군산세무서장은 2022.8.3.부터 2022.9.22.까지 A에 대한 부가가치세 조세범칙조사를 실시하여 A가 청구법인 등 5개 매출처에 발급한 2021년 제2기 매출세금계산서 OOO원을 전액 가공거래로 확정하고 그 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 위 통보자료에 따라 청구법인에 대한 부가가치세 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 매입세금계산서 106매(공급가액 OOO원)와 A에 발급한 매출세금계산서 3매(공급가액 OOO원)를 실물거래 없이 수수한 가공세금계산서(이하 이를 합하여 "쟁점세금계산서"라 한다)로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 가공매출을 과세표준에서 차감하여 2025.12.29. 청구법인에게 2021년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2021년 제2기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인은 쟁점매입처로부터 반도체 관련 부품을 실제로 공급받고 거래명세서와 세금계산서를 수취하였으므로, 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

(1) 청구법인은 2021년 중 A로부터 다수의 반도체 관련 부품을 공급받은 후 거래명세서와 매입세금계산서 86매(공급가액 OOO원)를 수취하였고, 부품 구매대금 OOO원 중 OOO원을 총 66회에 걸쳐 지급하였다.

(2) 또한, 청구법인은 부품 구매 당시 A의 대표 양경석으로부터 반도체 부품을 납품받기로 하고 사업자등록증 사본, 예금통장 사본, 거래명세서, 매입세금계산서를 수취하는 등 실질적으로 부품을 구매하였고, 나아가, 청구법인은 부품 구매 당시 A의 소재지까지 현장방문하여 사무실이 실질적으로 존재하는지, 영업을 실질적으로 하고 있는지 등을 종합적으로 확인하기도 하였다.

(3) 한편, 매입세액 불공제 처분이 적법한 처분이라는 명분과 실리를 얻기 위해서는 거래 건별 거래명세서, 매입세금계산서 수취, 대금결제 내역을 상세하게 조사하여 청구법인 등이 이를 수긍할 만한 사항이 발견되어야 함에도, 처분청은 이러한 서류를 제시하지 않았으므로, 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인은 조사착수 통지서 교부를 위한 방문과 여러 번의 연락에 응하지 않아 조사착수 통지서를 공시송달하게 하였고, 조사착수 이후에도 관련 서류 제출에 불응하고 면담 약속을 지키지 않는 등 조사기간 내내 조사를 회피하였다.

(2) 청구법인의 대표자(C)는 사업에 관여하지 않고 명의만 대여하였을 뿐 실질적인 사업은 그 친동생 D이 운영하였다. D은 과거 ㈜E의 대표로 재직한 이력이 있는데 ㈜E는 청구법인과 동일한 물품을 취급하는 사업자로서 2017년 귀속 가공세금계산서 수취 및 발행으로 처분받은 사실이 있고, D은 심문조서에서 과거 본인이 운영하던 법인이 체납으로 인하여 지속적인 사업이 불가능하게 되자 친누나인 청구법인 대표자의 이름을 빌려 법인을 설립하고 자신이 청구법인의 실질 대표자로서 금융업무 및 세금계산서 발급 등 주요 업무를 수행하였다고 진술하였다.

(3) 또한, 청구법인과 거래한 쟁점매입처는 모두 자료상 확정자이다. A는 매입 없이 매출만 발생하였던 법인으로 군산세무서에서 전자세금계산서 조기경보 후 자료상 사업자로 통보되었고, B 역시 그 대표 F이 A의 주주로 등재되어 있는 등 A와 동일하게 매입 없이 매출만 발생된 사업자로서 이미 2020년 귀속 거래내역부터 세금계산서 가공거래 확정자로 통보된 이력이 있다.

(4) 나아가, 조사기간 동안 연결계좌 등 금융거래내역을 확인한 결과, 청구법인이 A에 송금하면 A는 당일 대구에 있는 은행 등에서 현금을 인출한 후 다른 은행으로 이동하여 D 계좌로 재입금하는 등 전형적인 가공거래 형태의 금융거래가 확인되고 있으며, B 역시 같은 형태를 띠고 있다. 특히, 청구법인은 심판청구서에서 A를 군산에 있는 사업자로 기재하였는데 D은 심문조서에서 A를 대구에 있는 사업자로 알고 있다고 진술하여 그 진술이 엇갈리고 있다.

(5) 추가적으로, 처분청은 당초 통보된 자료 등을 통하여 조사 당시 금융조회를 실시한 후 가공거래 확정을 하면서 심문조서 작성 및 수시 면담 시 청구법인에게 자료파생된 건에 대하여 매입이 부인될 수 있다는 내용을 설명하고 그래도 정상거래라고 주장한다면 추가 입증서류를 제출해 달라고 요청한 사실이 있는데, 이후 D이 제출한 택배거래 명세서 및 카드이용 알람 휴대전화 캡처내역 등 약 50여 장은 해당 명세서와 매입 거래처와의 객관적인 연관성을 확인할 수 없고 실질거래에 대한 증빙으로도 활용할 수 없어 정상적인 소명자료로 볼 수 없다.

(6) 따라서, 위 근거에 따라 청구법인이 수수한 세금계산서를 가공거래로 결정하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수된 가공세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부나. 관련 법률(1) 부가가치세법(2025.12.23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것)제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트다.

사실관계 및 판단(1) 청구법인은 2019.8.29. 개업하여 서울특별시 구로구 OOO에서 전자부품 도소매업 및 반도체 제조용 기계 제조업을 영위하는 법인이며, 청구법인의 2021년 제1기ㆍ제2기 부가가치세 신고내역과 이 건 경정내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 청구법인의 부가가치세 신고내역 및 처분청의 경정내역

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○(2) 이 건 처분의 대상이 된 쟁점세금계산서 수수내역은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 쟁점세금계산서 수수내역

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○(3) 처분청 의견에 따른 과세기간별 가공세금계산서는 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 과세기간별 쟁점세금계산서 내역

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○(4) 군산세무서의 조사종결보고서에 따르면, A는 2021.4.28. 개업하여 2022.8.26. 폐업한 자동화기기ㆍ전기기기 도매업체로서 2021년 제2기 매출세금계산서 OOO원 전액이 가공거래로 확정(2022년 9월 조사종결)되었고, 그중 청구법인에 발급한 것은 58매 OOO원인 것으로 나타난다. 같은 보고서에는 A의 2021년 매출세금계산서 발급액이 OOO원인데 비하여 매입세금계산서 수취액은 OOO원에 그치고, 매출처로부터 거래대금이 입금되면 입금 즉시 현금으로 출금되었다고 기재되어 있다.

(5) 제출된 조사종결 보충조서에 따르면, B는 2020.11.26. 개업하여 2022.6.30. 폐업한 자동화기기ㆍ전기기기 도소매업체로서 그 대표 F은 A의 주주(지분 1%)이고, 2021년 부가가치세 신고서상 매입 없이 매출만 신고하여 매출 전액이 가공거래로 확정된 것으로 나타난다(2025년 11월 조사종결).(6) 제출된 금융거래내역에 따르면, 청구법인이 쟁점매입처 계좌로 대금을 이체하면 당일 그 대금 상당액이 현금으로 출금되고 같은 날 D 명의 계좌로 현금이 입금되는 형태가 반복적으로 나타나며, 그 일부는 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 쟁점매입처 계좌의 입금ㆍ현금출금 및 재입금 내역 일부

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○(7) 제출된 조사종결 보충조서에 따르면, 청구법인의 실질 운영자는 대표자의 동생 D으로, D은 과거 ㈜E의 대표로 재직하면서 2017년 귀속 세금계산서 가공자료로 확인되어 경정된 사실이 있고, 심문조서(2025.10.22. 작성)에서 과거 본인이 운영하던 법인이 체납으로 사업이 불가능하게 되자 친누나인 대표자(C) 명의로 법인을 설립한 후 자신이 실질 대표자로서 금융업무와 세금계산서 발급 등 주요 업무를 수행하였다고 진술한 것으로 나타난다.

같은 보충조서에는 C이 조사대상기간 중 청구법인의 사업용 계좌가 아닌 D 명의 계좌에서 매월 3백만원의 급여를 지급받은 것으로 확인되었다고 기재되어 있다.

(8) 제출된 심문조서(2025.10.22. 작성, 진술자 D)에는 아래와 같은 진술이 기재되어 있다.

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○한편, 위 심문조서에는 청구법인의 계정별 원장 판관비에 택배 및 운송비용이 나타나지 않는 점에 관한 문답이 아래와 같이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

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○답변서에 따르면, 처분청은 조사 과정에서 추가 입증서류의 제출을 요청하였고 D이 택배거래 명세서 및 카드이용 알람 휴대전화 캡처내역 등 약 50여 장을 제출하였으나, 처분청은 위 자료와 매입 거래처 사이의 객관적 연관성을 확인할 수 없어 정상적인 소명자료로 볼 수 없다는 의견이다.

(9) 청구법인이 청구이유서와 함께 제출한 자료와 그 내용은 아래와 같다.

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○위 자료에 따르면, 청구법인이 A로부터 수취한 매입세금계산서의 공급대가는 총 OOO원(공급가액 OOO원 + 세액 OOO원)으로 위 출금액과의 차액은 OOO원이고, 청구법인이 A에 발급한 매출세금계산서 3매의 공급대가는 OOO원(공급가액 OOO원 + 세액 OOO원)이다.

(10) 제출된 조사종결 보충조서에 따르면, 처분청은 청구법인이 2021년 중 발급한 매출세금계산서 중 A에 발급한 OOO원을 제외한 47개 업체분 OOO원과 쟁점매입처를 제외한 33개 업체로부터 수취한 매입세금계산서를 각각 정상거래로 보았고, 그 사유로 청구법인과 거래한 사실이 거래사실확인서 회신내역 등으로 확인되고 이에 대한 대금지급도 적정하다는 점을 들고 있다. 같은 자료에는 청구법인이 대부분의 전자물품을 인터넷을 통하여 무자료로 매입한 뒤 쟁점매입처 명의로 가공세금계산서를 수취하는 형태를 보인다고 기재되어 있다.

(11) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입처로부터 반도체 관련 부품을 실제로 공급받고 거래명세서와 세금계산서를 수취하였다고 주장하나, 쟁점매입처는 세무관서의 조사에서 자료상으로 확정되었고, 청구법인이 쟁점매입처에 지급한 대금이 당일 전액 현금으로 출금된 뒤 같은 날 D 명의 계좌로 재입금되는 형태가 반복적으로 확인되나 청구법인은 이에 대해 소명하지 않고 있는 점, 청구법인이 정상거래로 주장하면서 제시한 쟁점세금계산서, 거래명세서와 대금 이체내역 외에 재화의 인도ㆍ운송 사실을 뒷받침하는 객관적 증빙이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.