청구인이 쟁점지분을 미등기양도하였다고 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

1. 처분개요가. 양도인 A은 2018.6.18. 경상남도 창원시 OOO 토지(임야, OOO㎡, 2018.12.17. OOO㎡로 토지면적 정정, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득한 후 2022.11.4. 쟁점토지 중 OOO㎡를 OOO로 분할등기하였고, 나머지 면적 OOO㎡ 중 지분 OOO(이하 “쟁점지분”이라 한다)를 2022.11.17. B과 C(이하 “C 등”이라 한다)에게 각 쟁점지분의 1/2인 OOO씩을 각 소유권이전등기를 한 후, 2023.1.31. 쟁점지분의 양도에 대하여 양수인을 청구인으로, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2025.8.18.부터 2025.9.6.까지 쟁점지분 양도에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, A이 청구인에게 쟁점지분을 OOO원에 양도하고 청구인이 이를 다시 C 등에게 OOO원에 양도한 것으로 보아 2025.12.3. 청구인에게 쟁점지분 미등기 양도에 대한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.24. 이의신청을 거쳐 2026.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 D과 채권채무관계가 있었고, 쟁점지분양도시 부동산 중개를 한 것뿐이며, 쟁점지분의 양도대가도 D이 수령하였으므로 청구인이 쟁점지분을 미등기양도하였다고 보아 과세한 처분은 타당하지 아니하다.

(1) 쟁점토지의 원 소유자인 A의 부친 D과 청구인은 친구사이로 목욕탕을 운영하는 D이 어려운 지경에 처해 있을 때 2018년 12월 돈을 빌려주었고, D은 바닷가인 경상남도 창원시 OOO 땅을 사놓은 것이 있다며 매입을 요구하길래 청구인은 이를 거절하였으며, 청구인이 빌려준 돈을 회수하기가 어려워 D의 아들 A 명의의 쟁점토지에 근저당설정을 하게 되었는데, 그 전에는 A을 모르고 있었다가 그때 A을 알게 되었다.

(2) 어느 날 A이 돈이 필요하여 은행대출을 위해 청구인에게 근저당권 설정해지를 요구하였고 청구인이 이를 거절하자 그때 이후로 관계가 좋지는 않았지만 청구인과 D은 친구관계를 유지한 채 지내왔다.(3) D은 쟁점토지를 팔아서 채권채무관계를 해결하자고 하였고 이후 쟁점지분의 매수인 C가 청구인이 운영하는 부동산 사무소를 찾아와 계약을 하자고 하여 청구인이 모든 상황을 설명하고 매매계약을 성사시켰는데, 계약당시 매수인 C와 D, A 및 청구인, 4명이 입회하여 계약을 하였다.(4) A은 자기명의의 쟁점토지를 부친 D이 아무런 통보없이 청구인과 거래를 한 것을 못마땅하게 생각하여 양도소득세 신고를 잘못한 것이다.

(5) 청구인은 D에게 합계 OOO원을 빌려주었고, 쟁점지분이 매매된 후 OOO원만 변제를 받았는데, 청구인은 쟁점지분 매매시 부동산 중개를 한 것뿐이고, 부동산 매매대금도 A의 부친 D이 직접 수령하였으므로 쟁점지분을 미등기양도하였다고 보아 양도소득세를 부과한 처분은 타당하지 아니하다.

나. 처분청 의견부동산매매계약서, 위임장 등을 볼 때 청구인은 쟁점지분을 미등기양도한 것으로 확인되므로 이에 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다.

(1) 청구인은 청구인이 부동산 중개를 한 것뿐이고 쟁점지분의 양도대가도 친구 D이 수령하였으므로 이는 미등기양도에 해당하지 않는다고 주장하나,양도인 A은 2025.8.22. 양도소득세 세무조사 시 2021.5.30. 작성한 부동산매매계약서를 제출하였고, 계약서에 의하면 매매대금은 OOO원(쟁점토지의 지분 1/2), 매도인은 A, 매수인은 청구인으로, 청구인이 자필로 부동산매매계약서 작성한 것으로 나타나, 청구인이 쟁점지분에 대하여 부동산 중개를 한 것뿐이고 D과 채권채무 관계였을 뿐이라는 주장은 사실과 다른 것으로 나타난다.

(2) 또한, 청구인은 부동산매매계약서 특약사항에 ‘부동산 중도금 잔금은 서로간 협의하여 지불하고 등기권리자 부친(D) 통장으로 입금하고 매수인이 지정하는 곳에 등기 서류를 넘겨준다. 단, 양도소득세 및 제반경비는 E과 D이 1/2씩 부담한다’고 자필로 기재되어 있고, 청구인은 ‘쟁점토지 잔금은 2023년 3월 30일까지 지불한다’고 기재되어 있으며 청구인의 서명이 되어 있고, A은 2023.5.9. 쟁점토지의 양도대금을 받지 못하여 청구인에게 ‘매매대금지급청구의 최고 및 계약해제의 건’으로 내용증명을 보낸 것으로 확인되는바, 청구인의 주장과 달리 이는 부동산매매계약에 해당한다.(3) 2025.9.1. 작성한 청구인의 거래사실 확인서에 의하면, ‘추가매수한 것이 아니고, A이 앞의 계약은 생각하면 안되며, 등기가 A 명의로 되어 있으니까 금액을 조정하자 하여 작성된 계약서’라고 기재되어 있고, 이는 2018.12.18. ‘근저당 설정에 대한 약정서’에 기반하여 부동산 매매계약을 한 것으로 보인다.

(4) 청구인이 부동산 중개로 거액의 중개수수료를 받았다면 부가가치세(종합소득세 포함)를 신고하여야 하는데, 부동산 중개에 대한 신고내역이 전혀 없고, A은 2023.1.31. 양도소득세 신고 시 2018.12.18. 작성한 근저당 설정에 대한 약정서 상 매매가액 OOO원을 양도가액으로 신고하였으며, 2025.8.22. 쟁점지분 양도와 관련된 부동산매매계약서(매매대금 OOO원, OOO㎡의 1/2)를 제출한바 있으므로 청구인이 쟁점지분을 미등기양도한 것으로 보아야 한다.(5) A은 쟁점지분 양도시 청구인을 대리인으로 하여 이를 위임한 것으로 보이는데, 2021.12.16. 작성한 위임장에 의하면, A은 쟁점토지에 대한 매매계약 관련 전반적인 협의 권한을 청구인에게 위임하면서 최종 매매계약체결은 A이 하기로 한다고 기재하였는바, 청구인은 부동산 중개가 아니라 부동산 매매계약 체결권한을 A로부터 위임받은 것으로 나타나고, 청구인은 쟁점지분 양도대금을 수취하여 A(D 포함)에게 OOO원을 지급한 사실이 나타나며, 그 외 양도대금은 청구인에게 귀속되었는바, 청구주장은 전혀 설득력이 없고, 청구인은 쟁점지분을 2022.11.17. OOO원에 미등기양도하였으므로 쟁점지분의 미등기양도에 대한 양도소득세를 부과한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점지분이 미등기양도자산이라고 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 소득세법제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.가.

「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

10. 미등기양도자산　　양도소득 과세표준의 100분의 70③ 제1항 제10호에서 “미등기양도자산”이란 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산을 취득한 자가 그 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

(2) 소득세법 시행령제168조(미등기양도제외 자산의 범위 등) ① 법 제104조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산2. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도 당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산3. 법 제89조 제1항 제2호, 「조세특례제한법」제69조 제1항 및 제70조제1항에 규정하는 토지4. 법 제89조 제1항 제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 「건축법」에 따른 건축허가를 받지 아니하여 등기가 불가능한 자산6. 「도시개발법」에 따른 도시개발사업이 종료되지 아니하여 토지 취득등기를 하지 아니하고 양도하는 토지7. 건설사업자가 「도시개발법」에 따라 공사용역 대가로 취득한 체비지를 토지구획환지처분공고 전에 양도하는 토지다.

사실관계 및 판단(1) 청구인 및 쟁점토지의 현황은 다음과 같다.(가) 청구인은 2001.9.3. 경상남도 창원시 마산합포구 OOO에서 F 부동산이라는 상호로 부동산 중개업을 영위하고 있고, 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다.＜표1＞ 청구인의 부가가치세 신고내역OOO(나) 쟁점토지 등기부등본에 의하면 2018.6.8. 매매(거래가액 OOO원)를 원인으로 2018.6.18. A에게 소유권이전등기되었고, 2018.12.10. 채권최고액 OOO원, 채무자 A, 근저당권자 청구인으로 하여 근저당권설정등기되었으며, 2018.12.17. 면적이 OOO㎡에서 OOO㎡로 정정되었고, 2022.11.4. 쟁점토지 면적 중 OOO㎡가 OOO를 C 등에게 매매(거래가액 OOO원)를 원인으로 2022.11.17. 소유권이전등기되었다.＜표2＞ 쟁점토지 등기부등본(일부발췌)OOO(2) 처분청의 조사결과 및 양도소득세 부과내용은 다음과 같다.(가) A은 2018.6.18. 쟁점토지를 취득한 후 2022.11.17. C 등에게 쟁점지분의 각 1/2을 매매를 원인으로 소유권이전등기를 하였고, 2023.1.31. 쟁점지분의 양도에 대하여 양수인을 청구인으로, 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.(나) A은 2022년 귀속 양도소득세 신고시 2018.12.18. 약정된 근저당 설정에 대한 약정서를 첨부하였고, 근저당 설정에 대한 약정서에 의하면 청구인은 근저당설정 OOO원은 가상으로 설정한 금액이나 청구인이 쟁점지분을 OOO원에 매입하였다고 자필로 기재하고 서명·날인을 하였다.＜표3＞ 근저당 설정에 대한 약정서(일부발췌)OOO(다) A은 세무조사 시 2021.5.30. 청구인과 A의 쟁점지분에 대한 매매계약서를 제출하였고, 매매계약서에 의하면 매매대금 OOO원(계약금 OOO원, 중도금 OOO원, 잔금 OOO, 협의하여 지불함)에 매매하기로 하면서 특약사항에 ‘부동산 중도금, 잔금은 서로 합의하여 지불하고 등기권리권자 부친(D) 통장으로 입금하고 매수인이 지정하는 곳에 등기서류를 넘겨준다.

단 양도소득세 및 제반 경비는 청구인과 D 1/2씩 부담한다’고 자필로 기재되어 있고, 청구인과 A의 인장이 날인되어 있으며, 뒷면에 청구인이 잔금을 2023.3.30.까지 지불한다고 기재하고 서명하였다(＜별지＞ 2021.5.30. 쟁점토지 지분 1/2에 대한 매매계약서).(라) 2021.12.16. A은 대리인을 청구인으로 하여 아래 ＜표4＞와 같이 쟁점토지에 대한 매매계약관련 전반적인 협의에 관한 권한을 위임하면서 단 최종 매매계약체결은 A이 한다는 내용의 위임장을 작성한 것으로 나타난다.＜표4＞ 2021.12.16. A의 위임장OOO(마) 2023.5.9. A이 청구인에게 발송한 아래 ＜표5＞의 내용증명(최고서)에 의하면, A은 매매대금지급청구의 최고 및 계약해제한다는 내용으로 청구인에게 내용증명을 발송하였으며, 내용증명에는 1. 계약내용 부분에 2021.5.30. 계약한 쟁점토지의 1/2의 매매대금 OOO원의 중도금지급일은 2022.5.4. 자기앞수표 OOO원, 잔금지급일 2023.3.30.이라고 기재되어 있고, 2. 계약해제통지 부분에 청구인이 잔금기일까지 미지급 중도금 OOO원과 잔금 OOO원을 각 지급하지 아니하여 채무불이행상태가 되었으므로 내용증명(최고서)을 받은 날로부터 2주 이내 미지급한 중도금과 잔금 일체를 지급하기 바란다고 기재하고 매매계약서를 첨부하였다.＜표5＞ 2023.5.9. A의 내용증명(최고서)OOO(바) 2022.5.4.로 기재된 아래 ＜표6＞의 영수증을 보면 A의 부친 D이 청구인으로부터 OOO원을 쟁점토지의 지분 1/2에 대한 잔금 일부로 영수하였다고 기재하고 ‘매수인 : 청구인’으로 하단에 기재되어 있다.＜표6＞ 2022.5.4. 영수증OOO(사) 처분청의 조사종결보고서에 의하면, 처분청은 A이 쟁점지분 양도에 대한 양도소득세 신고 시 2022.11.17. 양도가액 OOO원 취득가액 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 쟁점토지 등기부등본상 실거래가액이 OOO원으로 기재되어 있어 A을 조사대상자로 선정하였고, 부동산매매계약서, 통장내역 등에 의하면 A은 청구인에게 쟁점지분을 OOO원에 양도하였으며, 청구인은 쟁점지분을 취득하여 OOO원에 미등기양도한 것이므로 양도소득세를 부과하고 「부동산등기 특별조치법」위반으로 지방자치단체에 통보한다고 기재되어 있다.(아) 2025.8.22. 세무조사 시 작성된 A의 거래사실 확인서(문답서)에 의하면 쟁점지분양도(등기부 기재가액 290백만원)와 관련하여 매매계약서를 누구와 작성하였냐는 질문에 본인 A과 D, 청구인과 청구인의 아들, G(C의 부친), 법무사사무실 직원이 참석하여 법무사사무실에서 계약하였다고 답변하였다.(자) 2025.9.1. 세무조사 시 작성된 청구인의 거래사실 확인서(문답서)에 의하면 2018.12.18.자로 작성된 근저당 설정에 대한 약정서 작성 경위에 대하여 D이 이혼하면서 돈이 필요하다고 하여 돈을 빌려주며 2018.12.10. A 소유 쟁점토지에 근저당을 설정하였고, 2018.12.18. 쟁점토지의 지분 1/2을 OOO원에 매수하기로 하고 2018.11.26. OOO원, 2018.12.13. OOO원을 D에게 계좌이체로 지급하였다고 답변하였으며, 2021년 5월 쟁점토지의 지분 1/2을 OOO원에 추가 매수한 것으로 보이는 매매계약서에 대하여 추가 매수한 것이 아니고, A이 앞의 계약은 생각하면 안되고, H 명의 부동산이니 금액을 조정하자고 하여 작성된 계약서라고 아래 ＜표7＞과 같이 답변하였다.＜표7＞ 2025.9.1. 청구인의 거래사실 확인서(문답서)(일부발췌)OOO(차) 청구인이 쟁점지분에 대한 매매대금으로 A(D)에게 지급하였다고 본 금액 현황은 아래 ＜표8＞과 같다.＜표8＞ 청구인이 쟁점지분과 관련하여 지급한 금액 현황OOO(카) 처분청은 A이 청구인에게 쟁점토지의 지분 1/2을 OOO원에 양도하고, 청구인이 쟁점지분을 C 등에게 OOO원에 미등기양도한 것으로 보아 아래 ＜표9＞와 같이 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지(A에 대해서는 양도가액을 OOO원으로 경정)하였다.＜표9＞ 청구인에 대한 양도소득세 부과내역OOO(3) 청구인이 제시한 자료는 다음과 같다.(가) 청구인은 정상적이지 않은 환자였던 청구인에게 세무조사를 한다고 불러서 일방적으로 진술서를 작성하도록 하였다며 I이 발급한 청구인의 입퇴원확인서(2025.7.29.~8.25.)를 아래 ＜표10＞과 같이 제출하였다.＜표10＞ 청구인의 입퇴원 확인서OOO(나) 청구인은 부동산을 운영해 온 사람으로 쟁점토지의 지분을 매수할 이유가 없었고, D에게 입금한 금액 OOO원은 모두 D에게 빌려준 돈이며, 빌려준 돈을 받지 못하여 쟁점토지에 설정한 근저당권을 그대로 둔 것이고, 2021.5.30.자 계약서가 실제 계약서가 아님을 보여주기 위해 중도금 지급일, 잔금 지급일을 기재하지 않았다고 주장하였고,2021.5.30.자 매매계약서에 대하여 D이 청구인에게 불러주는 대로 작성하라고 해서 작성하였고 나중에 청구인이 작성한 계약서에 A 자필로 추가로 내용을 기재한 계약서로, 청구인은 위 계약서를 가지고 있지도 않았다며 아래 ＜표11＞과 같이 이의신청결정서에 기재된 매매계약서에서 A의 자필기록에 붉은색 표시(∨)하여 제출하였다.＜표11＞ 2021.5.30.자 매매계약서OOO(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 D의 요청으로 D에게 자금을 빌려주었을 뿐이고, 청구인이 쟁점지분을 매입한 사실이 없으므로 쟁점지분을 미등기양도한 것으로 보아 과세한 처분은 타당하지 않다고 주장하나,부동산 매매계약을 체결한 매수인이 대금을 청산하지 아니한 상태라고 하더라도 그 매매계약상 매수인의 지위를 유지하면서 제3자와 다시 해당 부동산에 관한 매매계약을 체결한 경우에는 매수인의 명의로 부동산을 취득하여 양도하는 것이므로 이는 부동산의 양도에 해당하고, 이후 매수인이 매도인에게 잔금을 완납하면 그 취득에 관한 등기가 가능하므로 매수인이 자기 명의로 소유권이전등기를 하지 아니한 채 제3자에게 소유권이전등기를 마쳐주었다면 이는 「소득세법」 제104조 제1항 제10호의 미등기양도자산에 대한 중과세율 적용 대상에 해당하는바,A은 2023.1.31. 쟁점지분의 양도에 대하여 청구인을 양수인으로 하여 양도가액 OOO원으로 양도소득세 예정신고를 하였고, 첨부서류로 청구인과 A이 2018.12.18. 작성한 근저당 설정에 대한 약정서를 첨부한 점, 2018.12.18.자 근저당 설정에 대한 약정서와 2021.5.30.자 부동산 매매계약서 및 해당 계약서 뒷면의 잔금지급에 대한 자필서명, 2022.5.4.자 OOO원을 A의 부 D에게 지급하고 받은 영수증, 2023.5.9. A의 내용증명 및 2025.9.1. 처분청이 작성한 청구인의 거래사실확인서 등을 볼 때, 청구인은 매수인의 지위에서 쟁점지분을 A로부터 매수한 것으로 보이고, 2022.11.4. 쟁점토지 중 OOO㎡를 분할하여 OOO로 이기하면서 같은 날 쟁점토지 중 나머지 OOO㎡ 중 OOO㎡인 쟁점지분을 C 등에게 양도하였던 점,청구인은 2025.9.1. 세무조사 당시 2022.11.4. J 등에게 쟁점지분 양도계약을 하면서 지급받은 계약금 OOO원을 각 청구인 OOO원, D OOO원을 나누어 가졌다고 답변하였고, 쟁점토지 등기부등본을 보면 쟁점지분은 2022.11.4. 매매를 원인으로 거래가액 OOO원에 A이 C 등에게 양도한 것으로 나타나는데, 청구인이 쟁점지분을 취득한 이상 청구인의 소유 지분에 대하여 등기부등본에 등재하였어야 하나, 등재하지 아니한 채 청구인이 C 등에게 쟁점지분을 양도하였으므로 이는 미등기양도자산의 양도로 보아야 할 것인 점,청구인은 OOO원에 대하여 A의 부친 D이 요청하여 빌려준 돈이라고 주장하나, 이를 뒷받침할 차용증이나 금전소비대차계약서 등 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점지분을 미등기양도하였다고 보아 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 2021.5.30. 쟁점토지 지분 1/2에 대한 매매계약서(일부발췌)OOO