처분청이 용도지역변경고시를 근거로 쟁점부동산에 대해 재산세 등을 증액부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 소유 토지 및 건물(이하 “쟁점토지” 및 “쟁점건물”이라 하고, 이를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 주식회사 A(이하 “임차인”이라 한다)에게 임대하였고, 임차인은 쟁점부동산을 동일 건물 내 자기 소유의 다른 부분(본점으로 사용하고 있는 501호, 연면적 858.21㎡)과 함께 제조업 공장으로 등록(2023.3.2.)하여 사용 중인데,쟁점부동산이 위치한 지역은 2023.9.18. ‘부천 도시관리계획(용도지역) 결정(변경) 및 지형도면 승인고시(부천시 고시 제2023-OOO, 이하 “용도지역변경고시”라 한다)’에 따라 준공업지역에서 제2종 일반주거지역으로 변경되었다.

나. 처분청은 당초 2024년 및 2025년분 재산세 부과 당시 용도지역변경사항을 반영하지 못했다며, 이를 반영하여 2024년 재산세 등 OOO원(재산세 OOO원, 지방교육세OOO원), 2025년 재산세 등 OOO원(재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원) 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 청구인에게 증액 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장쟁점부동산은 2003년 당시 준공업지역에 해당하였을 때 준공된 부동산으로서, 청구인은 20여 년간 이를 공장으로 계속 사용하면서 준공업지역에 적용되는 재산세 등을 성실히 납부하여 왔다.2020년경 국토교통부장관은 쟁점부동산이 소재한 경기도 부천시 송내역 남부지역 일대에 3년 이내로 아파트를 공급하겠다고 발표하였으나, 그 발표일로부터 상당한 기간이 경과한 현재까지 정식 지구지정이 이루어지지 아니하고 있고, 청구인은 당시 정부가 해당 발표 시점을 기준으로 아파트에 대한 입주권을 부여한다고 발표함에 따라 쟁점부동산을 매도·처분하는데 제약이 있었다.처분청은 2023년 쟁점부동산이 위치한 인근 내동·대장동 일대를 3기 신도시(대장지구)로 지정하였고, 그 신도시 내 첨단산업단지 유치 및 부천시의 균형발전을 도모한다는 취지로 일부 준공업지역을 주거지역으로 용도지역변경고시를 하였는바, 준공업지역은 용적률이 400% 내외로 다양한 용도의 건축이 가능한 반면, 주거지역은 용적률이 200%에 불과하여 제한이 많으며, 위 용도지역 변경으로 인하여 매매가격이 종전의 약 50% 수준으로 하락하였음에도, 개인의 자유와 사유재산권을 존중하고 보호하여야 할 정부는 소유주가 원하지도 않은 용도지역변경고시를 하고도 그로 인한 경제적 손실은 보전해 주지 아니한채 오히려 그 변경된 용도지역을 근거로 청구인에게 징벌적 과세를 부과하였으므로, 이는 부당한 처분에 해당한다.쟁점부동산은 그 존속 중에는 다른 곳으로 이전할 수 없고 멸실 시까지 계속하여 그 자리에 존치할 수밖에 없는 불가피한 점을 고려할 때, 쟁점부동산이 멸실될 때까지는 종전 준공업지역에 적용되던 세율을 그대로 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」 제111조 제1항 제2호 나목은 주거지역 내 대통령령으로 정하는 공장용 건축물에 대하여 1천분의 5의 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제110조 및 시행규칙 제55조는 [별표 2]에 열거된 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 연면적 500㎡ 이상의 건축물을 공장용 건축물로 규정하고 있는바, 쟁점건물은 지식산업센터 내 1개의 호실에 위치하여 그 연면적은 386.63㎡에 불과하나, 대법원은 토지가 도로나 담장 등으로 외형상 공장과 분리되어 있더라도 그 거리·용도 및 지상 건축물의 실제 기능 등을 종합할 때 부지 전체가 하나의 유기적인 공장구역을 이루고 있다고 볼 수 있다면 해당 토지는 공장용 건축물의 부속토지에 해당한다고 판시한 바 있고(대법원 2001.11.13. 선고 2000두3740 판결 참조), 공장용 건축물의 범위는 소유관계가 아니라 객관적인 사업장 이용·연결 관계를 기준으로 판단하여야 하는바, 쟁점건물의 임차인은 동일 건물 내 다른 호를 본점으로 등록하여 쟁점건물과 함께 제조업을 영위하고 있고, 이에 따라 사업장의 전체 면적은 총 1,244.84㎡에 해당하므로, 쟁점건물은 같은 법 제111조 제1항 제2호 나목에 따른 1천분의 5의 세율이 적용됨이 타당하다.

(2) 또한, 「지방세법」 제106조 제1항 제2호는 별도합산과세대상 토지를, 같은 항 제3호에서는 분리과세대상토지를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제1호에서는 시지역의 공장용 건축물의 부속토지를 별도합산과세대상으로, 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에서는 같은 법 시행령 제101조 제1항 제1호 다목에서 정하고 있는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “「국토계획법」”이라 한다)에 따라 지정된 공업지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지를 분리과세대상으로 규정하고 있는바, 쟁점토지는 용도지역변경고시 이전까지 「국토계획법」 제36조 및 같은 법 시행령 제30조에 따른 준공업지역에 해당하여 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 가목 및 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호에서 규정하는 분리과세대상토지에 해당하였으나, 용도변경 고시에 따라 준공업지역에서 제2종일반주거지역으로 변경되었고, 이에 따라 「지방세법」 제106조 제1항 제2호 가목 및 같은 법 시행령 제101조 제1항 제1호에 따른 시지역의 공장용 건축물의 부속토지로 별도합산과세대상으로 구분됨이 타당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점처분청이 용도지역변경고시를 근거로 쟁점부동산(쟁점건물·쟁점토지)에 대해 재산세 등을 증액부과한 처분의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 쟁점부동산은 2003.10.11. 신축된 경기도 부천시 OOO소재 OOO 내에 위치해있다.(나) 처분청이 증빙으로 제출한 부동산임대차계약서에 따르면, 청구인은 임차인에게 쟁점부동산을 2022.7.14.부터 임대하여 왔다.(다) 임차인은 2024년 및 2025년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 동일 건물 내 다른호(501호, 임차인 소유, 연면적 858.21㎡)를 본점으로 등록하고, 쟁점부동산을 의류·의료기기·식품 제조업을 위한 목적으로 사용하고 있었다.(라) 처분청은 2023.9.18. 용도지역변경고시를 통해 경기도 부천시 OOO일대를 준공업지역에서 제2종일반주거지역으로 변경하였고, 국토교통부가 제공하는 토지이음에 따르면 쟁점토지는 2024년 및 2025년 과세기준일(6.1.) 현재 제2종일반주거지역에 해당된다.(마) 2024년 및 2025년 재산세 부과 당시 용도지역변경고시가 있었음에도 이를 반영하지 아니하였던 세액을 경정하여 재산출한 이 건 재산세 등 OOO원을 청구인에게 과세예고하였고, 청구인은 2026.1.15. 과세전적부심사를 청구하였으나, 처분청은 2026.2.10. 이를 불채택하였으며, 2026.3.4. 이 건 재산세 등을 부과하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 쟁점건물과 관련하여, 「지방세법」 제111조 제1항 제2호 나목은 주거지역 내 공장용 건축물에 대하여 1천분의 5의 세율을 적용하도록 정하고 있고, 같은 법 시행령 제110조 및 시행규칙 제55조는 위 공장용 건축물의 요건으로 생산설비를 갖춘 연면적 500㎡ 이상을 규정하면서 그 연면적에는 공장 경계구역 안에 설치되는 부대시설의 연면적도 포함하도록 규정하고 있는데,쟁점건물의 임차인은 동일 건물 내 자신이 소유한 다른 호(본점, 858.21㎡)를 쟁점건물과 함께 하나의 사업장으로 등록·사용하고 있어 실질적으로 하나의 공장 경계구역을 이루고 있다고 봄이 타당하고, 이에 따라 쟁점건물은 위 다른 호와 합하여 연면적 500㎡ 이상의 요건을 충족하므로, 「지방세법」제111조 제1항 제2호 나목의 세율을 적용함이 타당하다고 판단된다.(나) 쟁점토지와 관련하여, 「지방세법」 제106조 제1항은 공업지역 내 공장용 건축물의 부속토지를 분리과세대상으로, 그 외 시지역의 부속토지는 별도합산과세대상으로 구분하고 있는바, 쟁점토지는 2023.9.18. 용도지역변경고시로 준공업지역에서 제2종일반주거지역으로 변경되었고, 2024년 및 2025년 과세기준일 현재에도 그 상태가 유지되고 있으므로, 별도합산과세대상으로 구분함이 타당하다고 판단된다.(다) 청구인은 정부 정책 발표로 처분에 제약이 있었던 점, 용도지역변경으로 인한 손실을 보전받지 못한 점 등을 들어 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 재산세는 각 과세기준일(6.1.) 현재의 재산 현황을 기준으로 부과하는 것이 원칙이고, 용도지역 변경에 이르게 된 사정 등은 특별한 사정이 없는 한, 과세요건 해당하는지 여부에 영향을 미칠 수 없고, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·유추해석할 수 없으므로(대법원 2021.9.9. 선고 2021두35695 판결 등, 같은 뜻임), 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.(라) 따라서 처분청이 이 건 재산세 등을 부과·고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세기본법제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제51조에서 정하는 바에 따른다.

3. 그 밖의 경우: 5년(2) 지방세법제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호·지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지제111조(세율 등) ① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 토지가. 종합합산과세대상<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169619369"></img>나. 별도합산과세대상<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169619371"></img>다. 분리과세대상1) 제106조제1항제3호가목에 해당하는 전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지 및 같은 호 나목에 해당하는 임야: 과세표준의 1천분의 0.72) 제106조제1항제3호다목에 해당하는 골프장용 토지 및 고급오락장용 토지: 과세표준의 1천분의 403) 그 밖의 토지: 과세표준의 1천분의 22. 건축물나.

특별시·광역시(군 지역은 제외한다)·특별자치시(읍·면지역은 제외한다) 특별자치도(읍·면지역은 제외한다) 또는 시(읍·면지역은 제외한다) 지역에서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」과 그 밖의 관계 법령에 따라 지정된 주거지역 및 해당 지방자치단체의 조례로 정하는 지역의 대통령령으로 정하는 공장용 건축물: 과세표준의 1천분의 5다. 그 밖의 건축물: 과세표준의 1천분의 2.5제115조(납기) ② 제1항에도 불구하고 지방자치단체의 장은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 이미 부과한 세액을 변경하거나 수시부과하여야 할 사유가 발생하면 수시로 부과ㆍ징수할 수 있다.

(3) 지방세법 시행령제101조(별도합산과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제2호 가목에서 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지는 제외한다.

1. 특별시ㆍ광역시(군 지역은 제외한다)ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역은 제외한다)의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건축물 외의 시설의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위의 토지가. 읍ㆍ면지역나. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따라 지정된 공업지역제102조(분리과세대상 토지의 범위) ① 법 제106조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.

1. 공장용지: 제101조 제1항 제1호 각 목에서 정하는 지역에 있는 공장용 건축물(제103조 제1항 제2호 및 제3호의 건축물을 포함한다)의 부속토지로서 행정안전부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지. 다만, 「건축법」 등 관계 법령에 따라 허가 등을 받아야 하는 건축물로서 허가 등을 받지 않은 공장용 건축물이나 사용승인을 받아야 하는 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 않고 사용 중인 공장용 건축물의 부속토지는 제외한다.제110조(공장용 건축물) 법 제111조 제1항 제2호 나목에서 “대통령령으로 정하는 공장용 건축물”이란 제조ㆍ가공ㆍ수선이나 인쇄 등의 목적에 사용하도록 생산설비를 갖춘 것으로서 행정안전부령으로 정하는 공장용 건축물을 말한다.

(4) 지방세법 시행규칙제55조(공장용 건축물의 범위) 영 제110조에서 “행정안전부령으로 정하는 공장용 건축물”이란 별표 2에 규정된 업종의 공장으로서 생산설비를 갖춘 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 500제곱미터 이상인 것을 말한다. 이 경우 건축물의 연면적에는 해당 공장의 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 부대시설(식당, 휴게실, 목욕실, 세탁장, 의료실, 옥외 체육시설 및 기숙사 등 종업원의 후생복지증진에 제공되는 시설과 대피소, 무기고, 탄약고 및 교육시설은 제외한다)의 연면적을 포함한다.

(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제36조(용도지역의 지정) ① 국토교통부장관, 시·도지서 또는 대도시 시장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도지역의 지정 또는 변경을 도시·구관리계획으로 결정한다.

1. 도시지역가. 주거지역: 거주의 안녕과 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 지역다. 공업지역: 공업의 편익을 증진하기 위하여 필요한 지역(6) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령제30조(용도지역의 세분) ① 국토교통부장관, 시·도지서 또는 대도시 시장(이하 “대도시 싯장”이라 한다)은 법 제36조제2항에 따라 도시·군관리계획결정으로 주거지역·상업지역·공업지역 및 녹지지역을 다음 각 호와 같이 세분하여 지정할 수 있다.

1. 주거지역가. 전용주거지역: 양호한 주거환경을 보호하기 위하여 필요한 지역나. 일반주거지역: 편리한 주거환경을 조성하기 위하여 필요한 지역(2) 제2종일반주거지역: 중층주택을 중심으로 편리한 주거환경을 조성하기 위하여 필요한 지역3. 공업지역다. 준공업지역: 경공업 그 밖의 공업을 수용하되, 주거기능·상업기능 및 업무기능의 보완이 필요한 지역