쟁점주택을 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호 나목3)의 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택으로 하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 2021～2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(해당연도 6.1.) 현재 인천광역시 OOO호(아파트, 이하 “쟁점주택”이라 한다) 외 3주택(거주주택 1, 임대주택 2)을 보유하고 있으며, 2021.12.10. 쟁점주택을 합산배제 임대주택으로 신고하였다.

나. 처분청은 쟁점주택이 2020.7.11. 이후 등록된 장기일반민간임대주택(아파트)으로서 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호 나목3)의 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택에 해당한다고 보고 이를 합산배제 제외하여 2025.12.1. 청구인에게 2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 각 결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 처분청은 쟁점주택의 임대주택 등록일을 2020.8.3.로 보고 합산배제를 부인하였다. 그러나, 쟁점주택에 관련하여, “2020.4.24. 표준임대차계약 체결, 2020.4.27. 임차인 입주, 렌트홈 임대차계약 현황, 2020.4.24.부터의 임대내역 존재(입금증, 임대인근질권통지서), 담당공무원의 관련서류 확인 및 행정처리, 등록임대주택 고유번호 부여 및 관리, 2020.8.3. 기존 임대사업자 등록사항에 쟁점주택 추가”라는 내용의 객관적 행정자료가 존재한다.

(2) 당시 렌트홈은 국토교통부가 운영하는 공식 임대등록시스템으로서 임대사업자 등록신청 및 등록증 발급 등의 기능을 제공하고 있었다. 청구인은 2020.4.24. 표준임대차계약서 등 필요한 서류를 갖추어 관할구청의 안내에 따라 렌트홈을 통한 쟁점주택의 등록절차를 진행하였고, 그 절차가 정상적으로 처리된 것으로 알고 있었다. 그러나 이후 임차인 변동에 따른 렌트홈 신고 과정에서 최초 등록이 정상적으로 반영되지 않았음을 알게 되었고, 당시 담당공무원의 확인과 안내에 따라 자진신고서를 작성하여 누락된 내용을 보완하였다.

만일 청구인이 2020.4.24. 당시 등록이 정상적으로 반영되지 않았음을 알았다면 즉시 보완하였을 것이다. 따라서 이러한 등록 경위 및 보완과정을 함께 고려하여 쟁점주택의 임대주택 등록일을 판단하여야 한다.

나. 처분청 의견2020.10.7. 개정된 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호 나목3) 규정에 따르면 2020.7.11. 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트는 합산배제 임대주택에서 제외하도록 되어 있다. 청구인은 2020.4.24. 렌트홈을 통하여 쟁점주택을 임대주택사업자 물건에 추가등록하였다고 주장하나, 관련 행정기관이 회신한 문서에 의해서도 확인되지 않는다.

그렇다면, 쟁점주택이 청구인의 임대사업자 물건에 추가된 날짜는 2020.8.3.으로 보아야 할 것이므로, 단지 청구인이 2020.7.11.보다 앞서 쟁점주택을 임대하였다는 사실만으로는 쟁점주택이 합산배제 임대주택 요건을 충족하였다고 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택을 「종합부동산세법 시행령」제3조 제1항 제8호 나목3)의 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택으로 하여 종합부동산세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 종합부동산세법 제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택(2) 종합부동산세법 시행령 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」제168조 또는 「법인세법」제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다.

이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

6. 매입임대주택[미분양주택(「주택법」제54조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택.

이 경우 가목부터 다목까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 "미분양매입임대주택"이라 한다)이 5호 이상[제2호에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 제3호에 따른 매입임대주택이 2호 이상이거나 제5호에 따른 임대주택이 5호 이상인 경우에는 제2호ㆍ제3호 또는 제5호에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상(제3호에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 특별시ㆍ광역시 또는 도 안에 있는 경우에 한정한다)을 말한다]이어야 한다.

가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 주택은 제외한다.1) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것을 말한다.

이하 이 항에서 같다) 제5조 제1항에 따라 등록 신청(같은 조 제3항에 따라 임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)한 같은 법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

나. 제외되는 주택3) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택(3) 민간임대주택에 관한 특별법 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하거나 말소하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다.제46조(임대차계약 신고) ① 임대사업자는 민간임대주택의 임대차기간, 임대료 및 임차인(준주택에 한정한다) 등 대통령령으로 정하는 임대차계약에 관한 사항을 임대차 계약을 체결한 날(종전임대차계약이 있는 경우 민간임대주택으로 등록한 날을 말한다) 또는 임대차 계약을 변경한 날부터 3개월 이내에 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고 또는 변경신고를 하여야 한다.제67조(과태료) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 1천만원 이하의 과태료를 부과한다.

5. 제46조에 따른 임대차계약 신고를 하지 아니하거나 거짓으로 신고한 자다. 사실관계 및 판단(1) 청구인은 2011.12.5. 임대사업자로 최초 등록(OOO)하였고, 2020.8.3. 아래 ＜표1＞과 같이 경기도 OOO을 직접 방문하여 쟁점주택을 장기일반민간임대주택으로 추가한다는 내용의 임대사업자 등록사항 변경신고서를 제출하였다.＜표1＞ 임대사업자 등록사항 변경신고서OOO(2) 처분청은 청구인이 2020.8.3. 관할 지방자치단체를 방문하여 쟁점주택을 장기일반민간임대주택으로 등록하였고, 아래 ＜표2＞와 같이 한국토지주택공사 회신내용에도 쟁점주택의 장기일반민간임대주택 최초 등록일이 2020.8.3.로 되어 있음을 근거로 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외하였다.＜표2＞ 한국토지주택공사 회신공문OOO(3) 등기사항전부증명서와 임대차계약서 등에 의하면, 청구인은 2017.4.15. 쟁점주택의 분양권을 취득하였고, 쟁점주택이 완공된 2020.3.11. 임대차계약을 체결하고 2020.4.24.부터 쟁점주택을 임대한 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 쟁점주택을 임대한 2020.4.24.경 렌트홈을 통하여 쟁점주택을 장기일반민간임대주택으로 등록 신청하였다고 주장하면서, 임대사업자등록증, 표준임대차계약서, 임대차계약 자진신고서, 임대사업자 등록사항 변경신고서, 담당공무원 확인서 등 제출하였다.(가) 임대차계약 자진신고서(2022.5.16.)에는 청구인이 당초 렌트홈에 접속하여 쟁점주택을 임대주택으로 등록하였으나 그 내용이 없어진 사실을 발견하고 다시 신고한 것으로 되어 있다(아래 ＜표3＞).＜표3＞ 임대차계약 자진신고서OOO(나) 인천광역시 OOO 담당공무원(A)은 청구인의 임대차계약 자진신고서를 접수 후 렌트홈을 통하여 최초 계약신고를 처리했다는 내용의 확인서를 제출하였으며, 확인결과 청구인이 임대차계약을 자진신고하였다는 내용을 확인해 준 것이라고 한다.

(5) 한편, 청구인은 2022년 5월 쟁점주택에 대한 임대차계약을 신고하지 않았다는 사유로 과태료를 부과받게 되자, 2022.5.16. 위 ＜표3＞과 같이 신고하고, 2022.5.17. OOO에 “2020.4.24. 렌트홈을 통하여 최초로 계약내용을 등록하였다”는 취지의 민원을 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「종합부동산세 시행령」제3조 제1항 제8호 나목3)에 의하면 매입임대주택 중 아파트를 2020.7.11. 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조 제1항 또는 제3항에 따라 장기일반민간임대주택으로 등록 신청 또는 변경신고하여 임대하는 경우 그 주택은 합산배제 임대주택에서 제외한다고 규정되어 있다.(나) 청구인은 2020.7.10. 이전인 2020.4.24.경 렌트홈을 통하여 쟁점주택(아파트)을 임대주택으로 등록 신청하였으므로 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 종합부동산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조와 제46조에 의하면 임대사업자 등록과 임대차계약 신고에 대한 사항은 달리 규정되어 있고, 렌트홈(임대등록시스템)의 임대사업자 민원사항에도 임대사업자 등록 신청과 임대차계약 신고는 별개의 항목으로 구분되어 있으므로 임대사업자가 임대주택에 대한 계약내용을 신고하였다고 하여 이를 등록 신청까지 한 것으로 볼 수는 없는 점, 임대사업자가 지방자치단체를 직접 방문하거나 렌트홈에 접속하여 신청한 민원사항은 담당공무원의 확인 절차를 거쳐 처리되고, 그 내용은 렌트홈에 모두 반영되어 관리되고 있으므로 누락 등 특별한 사정이 없는 한 임대사업자 등록증과 렌트홈의 기록 내용은 동일한 점, 청구인의 OOO 민원내용을 보면 2020.4.24.경 렌트홈을 통하여 쟁점주택에 대한 임대차 계약내용을 신고하였다고 되어 있고, 관할 지방자치단체의 담당공무원도 같은 내용을 확인하고 있을 뿐, 청구인의 주장과 같이 렌트홈을 통하여 쟁점주택을 임대주택으로 등록 신청한 사실은 달리 확인되지 않는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론