공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서이거나 용역의 공급없이 수수된 세금계산서로 본 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2024.1.11. 전자통신기기 도소매 판매 목적으로 설립하였으며, 2024.11.28. 주업종을 컴퓨터 주변기기 도소매업으로 변경하여 현재까지 계속 사업을 영위하고 있다.

나. 청구법인은 2024년 제1기 부가가치세 과세기간 중 A(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 메모리 등 반도체 부품을 매입하고 현금영수증 총 OOO원을 수취(이하 “쟁점매입” 및 “쟁점현금영수증”이라 한다)하였으며,주식회사 B, 주식회사 C 및 ㈜D(이하 각 “쟁점매출처1”, “쟁점매출처2”, “쟁점매출처3”이라 하고, 합하여 “쟁점매출처”라 한다)에 메모리 등 반도체 부품을 공급하고 세금계산서 총 OOO원을 발급(이하 각 “쟁점매출” 및 “쟁점세금계산서”라 하고, “쟁점매출”과 “쟁점매입”을 합하여 “쟁점거래”라 한다)하였다.

다. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.29.부터 2025.1.12.까지 2024년 제1기 부가가치세 과세기간에 대한 세목별 조사(이하 “당초 조사”라 한다)를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점매입처로부터 실물거래 없이 현금영수증을 수취하고 쟁점매출처에 실물거래 없이 거짓 세금계산서를 발급한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고,처분청은 2025.2.27. 청구법인에게 2024년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지(이하 “당초 처분”이라 한다)하였고, 「조세범 처벌법」 제10조 위반 혐의로 OOO지방검찰청에 고발하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.5.22. 우리 원에 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 재조사결정(조심 OOO, 2026.3.5.)을 하였다.

마. 처분청은 이에 따라 2026.4.8.부터 2026.4.29.까지 재조사를 실시한 후, 2026.4.30. 청구법인이 실제 매입을 증명할 추가 증빙을 제출하지 아니하였고 실질 거래 여부를 확인할 추가 사실관계도 확인되지 아니하였다는 이유로 당초 처분을 유지하는 내용의 재조사 결과를 청구법인에게 통지(이하 “재조사결과통지”라 한다)하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2026.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견＜쟁점①＞가. 청구법인 주장반도체 부품 유통업의 특성과 오픈마켓 정산구조, 택배 송장 발행 실무를 오인하여 실체가 있는 정상거래를 가공거래로 단정한 당초 처분은 위법하다. 매출처로부터 주문 및 선입금을 받은 후 매입처에 단가를 확인하여 즉시 결제·조달하는 방식은 업계의 정상적 거래형태이고, 모든 거래대금이 법인계좌를 통해 투명하게 오갔으며, 카카오톡 협상내역·배달확인사진·납품확인서 등 물품증빙을 구비하여 선량한 관리자의 주의의무를 다한 이상 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당하므로, 쟁점거래를 가공거래로 보아 과세한 당초 처분은 취소되어야 한다.

(1) 반도체 부품 시장은 5분·10분 단위로 가격이 급변하고 마진율이 0.5%∼2% 내외로 극히 낮으므로, 재고 보유에 따른 창고 임차료·관리비용 발생 및 운영자금 유동성 저해라는 재무적 위험을 최소화하기 위하여 쟁점매출처로부터 주문·선입금을 받고 즉시 쟁점매입처에 단가를 확인하여 결제·조달하는 유통방식을 선택한 것이다.

(2) 이러한 ‘선입금 후매입’ 구조상 매출과 매입이 동시 또는 미세한 시차를 두고 발생하는 것은 정상적 유통 메커니즘이므로, 매출이 매입보다 먼저 일어났으니 가공이라는 시각은 업계 실무를 무시한 것에 불과하다. 상대적으로 낮은 영업이익률(제품 1개당 평균 OOO원)에도 이러한 거래방식을 선택한 것은 재무적 안정성 확보와 신생기업의 지속가능한 경영을 위한 합리적 경영판단이다.(3) 7%∼9%의 높은 중개수수료를 부담하면서까지 오픈마켓(E)을 이용한 이유는 대금결제 담보(OOO)와 물품 진위 여부를 안전하게 보장받기 위함이고, 가공거래를 획책하는 자가 제3자 플랫폼에 고액 수수료를 부담하며 거래를 가장한다는 것은 사회통념상 있을 수 없다.

(4) 세트 구성(메모리와 CPU 결합 등록)은 오픈마켓 카테고리별 수수료율 차이(메모리 9% 대 CPU 7%)를 활용하여 유통마진을 확보하기 위한 정상적 비용절감 기법이다. 판매물품마다 수수료율이 달라 한 세트를 수수료가 낮은 품목으로 구성하며, 이에 따라 주문번호당 송장번호를 하나씩 입력하게 되고, 한 택배박스에 100개 정도의 메모리가 들어가므로 주문수량에 따라 그 구성을 달리하며, 남는 일부 박스는 빈 박스가 배달될 수 있다.

(5) 당일 급한 배송을 요하는 경우 실물은 퀵 서비스나 방문 수령으로 즉시 직배송 처리하고, 오픈마켓 정산 시스템상 필수요건인 송장번호 입력을 충족하기 위하여 부득이 공박스를 택배 발송하여 송장 데이터를 일치시킨 유통 실무상의 테크닉일 뿐이다. E 약관상 발송관련 정보(송장번호 등)를 입력하여야 대금수령·반품·환불 등 제반사항이 처리되는 구조이다.

(6) 물품 수령 후 실물을 철저히 확인하고 쟁점매출처에 직배달하며 거래명세표와 배달확인사진, 카카오톡 주문내역, 세금계산서별 통장입금내역, 납품확인서를 모두 보관하고 있어, 매입과정이 현금영수증·해당물품·결제내역으로 일목요연하게 정리되어 있다.

(7) 공신력 있는 플랫폼(E)을 이용하고, 카카오톡으로 가격을 협상하였으며, 전액 법인계좌로 이체하고, 실제 물품 배달사진 및 납품확인서까지 구비하는 등 선량한 관리자의 주의의무를 다하였으므로, 전단계 쟁점매입처의 세금 체납이나 무단 폐업 책임을 선의의 청구법인에게 전가하는 당초 처분은 위법하다.(8) 2024년 10월 참고인 조사를 받은 직후인 2024.11.26. 자본금 OOO원을 유상증자하여 자본금을 OOO원으로 확충하였는바, 일회성 가공거래를 목적으로 설립된 ‘먹튀 폭탄업체’라면 세무조사 개시 직후 증자하여 회사를 유지할 이유가 없으므로, 이는 청구법인이 정상적인 계속사업 영위 의지를 지닌 성실한 실물 사업자임을 방증한다.

나. 처분청 의견쟁점매입처는 세금계산서 수취액 대비 현금영수증 발급액이 약 68배에 이르고 부가가치세를 무납부한 후 직권폐업된 전형적인 자료상 폭탄업체로서 인적·물적 시설이 전무하고, 매입·매출의 시계열이 물리적으로 성립할 수 없으며, 청구법인 스스로 빈 박스 발송 사실을 인정한 이상 쟁점매입은 가공거래에 해당한다. 가공거래가 상당한 정도로 증명된 이상 실물거래의 존재는 증빙 제시가 용이한 청구법인이 증명하여야 하나 이를 다하지 못하였으므로, 당초 처분은 정당하다.

(1) 쟁점매입처는 부가가치세 2024년 제1기 과세기간 동안 세금계산서 수취액 대비 현금영수증 발급액이 약 68배로 매입 대비 매출이 과다하였고, 2024년 제1기 부가가치세를 무납부하였으며, 대표자 F가 연락두절 상태로 2024.9.10. 도봉세무서에서 직권폐업 처리된 전형적인 자료상 폭탄업체이다.(2) F는 개인화물·법인택시 기사 근무 등 컴퓨터 부품 판매와 무관한 일에 종사한 무재산자로서 2023년 2월 개인회생을 신청하였고, 사업기간 동안 인천광역시 소재 택시회사에서 하루 9시간 정도 근무한 사실이 확인되어 쟁점매입처의 업무를 수행하는 것이 물리적으로 불가능하였으며, 단기간에 고액 매출을 발생시킬 자금력·영업 노하우·거래처·관련 지식이 전무하다.

(3) 쟁점매입처의 소재지는 서울특별시 강북구 OOO의 공유오피스(월세 OOO원, 면적 3.6㎡)로서 상주공간·물적 시설·재고 보관공간이 없는 형식적 사업장에 불과하고, 청구법인이 물품을 수령했다는 장소도 쟁점매입처의 사업장 소재지와 다르며, 쟁점매입처 송장의 반품주소는 동일 혐의로 가공확정되어 고발된 S의 물품 반품 주소지와 동일하다.

(4) 쟁점매입처는 청구법인의 무통장입금 및 구매확정 후 오픈마켓에서 계좌로 자금을 이체받아 입금 당일 수차례에 걸쳐 창구·ATM에서 현금으로 인출하였을 뿐 컴퓨터 메모리 등을 매입하기 위해 거래처에 대금을 이체한 내역이 전혀 확인되지 않고, 창구 인출은 F와 친인척·고용관계가 없고 전자부품 관련 경력도 없는 U가 하였다.

(5) 쟁점매입처의 금융계좌 IPOOO와 쟁점매출처2의 전자세금계산서 발급 IP가 동일하고, 쟁점매입처가 판매대금을 E에서 정산하지 않고 R 예치금으로 전환하여 자금추적을 회피하였는바, 청구법인을 사이에 둔 쟁점매입처·쟁점매출처2의 통정(通情) 정황이 확인된다.

(6) 청구법인이 쟁점매입처에서 실제로 물건을 받았음을 확인할 수 있는 증빙은 택배사진과 택배송장 사진뿐이고, 퀵서비스로 보냈다는 문자메시지가 있는 2024.2.2. 매입에 대한 매입증빙이 택배·송장사진뿐이며 매출 증빙사진이 없고, 직접 수령을 증명할 인수증 및 물건 인수 사진을 제출하지 못한 반면, 조사과정에서 정상거래로 인정된 거래에서는 인수증과 물건 사진 증빙이 존재한다.

(7) 청구법인의 진술(쟁점매입처 물품 입고 → 실물 검수·재포장 → 법인차량 배송)이 성립하려면 물리적 시간이 소요되어야 하고, 매출처를 확정 짓고 매입한다는 진술상 물품 입고 전에는 매출처 배송이 원천적으로 불가능한 구조인데, 금융거래내역 및 택배송장 조회 결과 물품이 주문일 다음날 배송(2일 소요)되는 반면 쟁점매출처는 당일 오전 주문 시 당일 오후 수령이 완료(1일 소요)되었다고 진술하여, 재고 없는 청구법인이 물품 수령 전 이미 쟁점매출처 인도가 완료된 셈이 되는 매입·매출 선후관계의 역전이라는 모순이 발생하므로 실물을 매입하지 아니하였음이 방증된다.

(8) 오픈마켓이 비대면 정산구조임에도 청구법인이 문자·전화로 수량·가격을 확인하여 주문하면서 대금결제만을 위해 굳이 오픈마켓을 우회 이용하였고, 실제 퀵·직접 배송을 이용하였다면 인수증과 세금계산서를 발급받고 실물 검수 후 이체함으로써 수수료 부담 없이 거래가 가능하였을 것이므로, 0.5%∼2% 마진 사업에서 7%∼9%의 고율 수수료와 택배수수료를 지불한 행위는 경제적 합리성을 결여한 것으로서 실물 없는 거래를 실물 거래로 가장하고 적격증빙과 물품증빙을 갖추기 위한 행위에 해당한다.(9) 「부가가치세법」상 과세대상인 ‘재화의 공급’은 재화의 인도 또는 양도를 의미하는데, 청구법인이 시인한 ‘빈 박스 발송’은 거래의 외형만 흉내 낸 것에 불과하여 실제 가치 있는 재화의 인도나 통제권 이전이 존재하지 아니하므로 ‘재화의 공급’ 자체가 성립하지 아니하며, 오픈마켓 결제내역과 택배상자 사진만으로 실제 거래가 있었다고 볼 수 없다.

(10) 선의의 거래당사자 법리는 실물거래는 존재하되 공급자 명의가 실제와 다른 위장거래에 적용되는 것으로, 이 건과 같이 실물거래 자체가 존재하지 않는 가공거래에는 적용될 사안이 아니며, 설령 위 법리를 살피더라도 청구법인이 상자를 뜯어 물품을 검수하였다고 진술하여 물품이 담기지 않았음을 알 수 있었고 빈 박스를 매입 증빙으로 사용하며 실제 품목과 다르게 등록하는 등 가공거래의 외형을 적극적으로 꾸며낸 행위자에 해당하므로 선의·무과실의 거래당사자가 아니다.

(11) 자본금 OOO원의 유상증자는 법인 외형 유지 및 계속사업 의지에 관한 사정일 뿐 개별 거래에 대응하는 실물이 실제 수수되었는지와 무관하고, OOO원 증자로 OOO원 규모의 거래가 실물임을 방증한다고 보기 어렵다.＜쟁점②＞가. 청구법인 주장동일한 유통 거래선상에서 청구법인의 매출처인 쟁점매출처1의 매입(청구법인으로부터의 매입)이 실물 정상거래로 인정되어 과세처분 취소결정(조심 OOO, 2026.2.12.)이 확정되었고, 주요 매출처인 쟁점매출처2도 수사기관 조사에서 재화나 용역을 공급·수취하지 않고 세금계산서를 발급·수취한 「조세범 처벌법」 위반에 대해 ‘혐의없음’으로 불송치 결정을 받았음에도, 도매 중간 가교인 청구법인의 쟁점매출만 가공으로 보아 과세를 유지하는 것은 국세행정의 일관성과 형평성을 상실한 모순적 처분으로서 위법하다.

사실관계를 명확히 재조사하라는 심판결정(조심 OOO, 2026.3.5.)에 반하여 업계 특수성과 금융증빙을 외면한 채 형식적 재조사만을 거쳐 당초 처분을 고수한 것은 재조사결정의 기속력을 형해화한 것이다.

(1) 처분청이 청구법인의 쟁점매출을 모두 가공거래로 보아 매출액을 부인하였고 이에 연동되어 쟁점매출처1 역시 매입세액을 부인당해 과세처분을 받았으나, 쟁점매출처1은 조세심판원에 심판청구를 제기하여 실물거래의 정당성을 인정받아 과세처분 취소결정(조심 OOO, 2026.2.12.)을 확정받았다.

(2) 위 결정에서는 청구법인의 세금계산서상 공급가액·공급일자와 일치하는 금원이 계좌이체된 점, 카카오톡 주문 일자·금액이 세금계산서와 일치하는 점, CCTV 화면을 통해 물품 공급이 일부 확인되는 점 등을 근거로 실물거래가 인정되었고, 과세요건 사실에 관한 입증책임을 부담하는 처분청이 가공거래라는 점에 대한 입증을 다하지 못하였다는 판단이 내려졌고, 청구법인의 주요 매출처인 쟁점매출처2는 수사기관(경찰서) 조사에서도 ‘혐의없음’으로 실물거래임이 공적으로 확인되었다.

(3) 단일 유통 거래선상에서 쟁점매출처1의 매입은 실물거래로 인정하여 과세를 취소하면서, 도매 중간 가교인 청구법인의 매출·매입은 가공으로 보아 과세를 유지하는 것은 국세행정의 일관성과 형평성을 완전히 상실한 모순적 처사이므로, 선행 확정 선례에 따라 당초 처분은 즉시 취소되어야 한다.

(4) 또한 사실관계를 명확히 재조사하라는 심판결정(조심 OOO, 2026.3.5.)이 있었음에도 업계의 특수성과 금융증빙을 외면한 채 형식적 재조사만을 거쳐 2026.4.30. ‘감면 없음’을 통보한 것은 조세심판원 결정의 기속력을 형해화한 것으로서 실질과세원칙에 전면 위배된다.

나. 처분청 의견재조사결정(조심 OOO, 2026.3.5.)의 주문은 실물거래 여부를 재조사하라는 것으로 실물거래 확인 절차의 이행을 명한 것이고, 자료제출 요구·면담·자금내역 확인 등 결정 취지에 따른 절차를 모두 이행하였음에도 청구법인이 추가 증빙을 제출하지 못하여 종전과 동일한 결론에 이른 것이므로, 재조사결과통지는 기속력 범위 내의 적법한 처분이다. 쟁점매출처1에 대한 인용결정은 거래단계가 다른 ‘매출’ 또는 별개 당사자에 대한 별개 처분으로 그 효력이 청구법인의 ‘매입’에 미치지 아니하고, 매출만 분리하여 실물로 인정할 경우 차감되었던 가공매출액이 과세표준에 재산입되어 고지세액이 증가하므로 이는 불이익변경금지 원칙상 허용되지 아니한다.

(1) 재조사결정(조심 OOO, 2026.3.5.)의 주문은 ‘매입·매출거래상대방, 실행위자의 자금내역 등을 토대로 실물거래 여부를 재조사하라’는 것으로, 처분청에게 실물거래 여부를 확인하는 절차의 이행을 명한 것이다.

(2) 처분청은 재조사결정의 취지에 따라 청구법인에게 재조사 착수 및 자료제출 요구를 통지하고, 청구법인과 면담을 실시하였으며, 쟁점매입처와의 매입거래가 실재함을 증명할 추가 증빙의 제출을 요구하고, 쟁점매입처·매출처 및 실행위자의 자금내역 등 결정에서 명시한 사항을 다시 확인하였다. 그럼에도 청구법인이 요구받은 추가 증빙을 제출하지 아니하였고 실물거래의 존재를 인정할 추가 사실관계도 확인되지 아니하여, 재조사의 결론이 당초와 동일한 것은 재조사를 형식적으로 하였기 때문이 아니라 입증의 필요가 있는 청구법인이 입증책임을 이행하지 못한 데에서 비롯된 것이므로, 재조사는 재조사결정의 기속력 범위 내에서 적법하게 이루어진 것이다.

(3) 청구법인이 원용하는 쟁점매출처1에 대한 인용결정(조심 OOO, 2026.2.12.)과 쟁점매출처2의 불송치(혐의없음)는 거래단계가 다른 ‘매출’ 또는 별개 당사자에 대한 별개 처분에 관한 것으로, 그 효력은 인적·물적 범위가 한정되어 청구법인의 ‘매입’(쟁점매입처로부터의 매입)이 실물임을 의미하지 아니하며, 쟁점매입처가 자료상 폭탄업체임이 명백한 이상 청구법인의 매입 가공성은 별도로 판단되어야 한다.

(4) 당초 처분이 매출세액을 차감한 것은 가공매출액이 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 하기 때문인데, 쟁점매출을 실물거래로 인정하는 경우 차감하였던 가공매출액이 과세표준에 재산입되어 매출 과세표준 OOO원이 과세표준에 산입되며 부가가치세액 자체가 증가한다.

(5) 매출세액을 인용결정(조심 OOO, 2026.2.12.)에 따라 인정하는 경우 청구법인에 대한 고지세액 OOO원이 추가로 발생하여 당초 처분의 고지세액을 초과하게 되며, 이는 재조사에 따른 후속처분에서 당초 처분보다 청구법인에게 불리한 증액으로서 「국세기본법」상 불이익변경금지에 위배되므로, 매출만 분리하여 실물로 인정하는 것은 위법하고 쟁점거래 전체를 가공으로 보아 당초 처분을 유지하는 것이 합당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 청구법인이 쟁점매입처로부터 실물거래 없이 현금영수증을 수취하고 쟁점매출처에 실물거래 없이 세금계산서를 발급한 것으로 보아 부가가치세를 경정·고지한 처분의 당부② 청구법인에 대하여 당초 처분을 유지한 재조사결과통지가 재조사결정의 기속력에 위배되는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하여 나타나는 사실을 정리하면 다음과 같다.(가) 청구법인의 현황 변동내역은 다음과 같은 것으로 나타난다.1) 2024.1.11.∼2024.11.21. : 대표자 G(1993生), 상호 H(주), 서울특별시 마포구2) 2024.11.22.∼2025.3.9. : 대표자 I(1965生), 상호 (주)J, 서울특별시 OOO3) 2025.3.10.∼2025.4.9. : 대표자 OOO(1984生), 상호 (주)J, 소재지 서울특별시 OOO4) 2025.4.10.∼현재 : 대표자 K(1959生), 상호 (주)L, 소재지 서울특별시 금천구5) 설립 이후 대표자·상호·사업장소재지·지분이 수차례 변경되었고, 설립 당시 G 100% 지분이 2024.1.30. 유상증자 및 2024.11.28. M(청구법인 직원 N의 아들) 등에 대한 지분양도로 변동되었다.

설립 당시 본점은 공유오피스(월세 OOO원, 면적 3㎡, 계약기간 2023.12.26.∼2024.6.25.)로 별도 물류창고 임차내역이 없으며, 조사대상기간 대표자 G은 전자부품 관련업 종사 이력이 확인되지 않고 대표 재직기간 중 (주)O에서 일용근로자로 근무한 사실이 확인된 것으로 나타난다.(나) 청구법인은 부가가치세 2024년 1기 과세기간 동안 쟁점매입처로부터 총 OOO원의 쟁점현금영수증을 수취하였고, 아래 ＜표1＞과 같이 같은 기간 동안 쟁점매출처에 총 OOO원의 쟁점세금계산서를 발급하였다.＜표1＞ 쟁점매출처별 거래금액

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○(다) 청구법인과 쟁점매입처 간 대화 내역은 아래 ＜그림1＞과 같다.＜그림1＞ 쟁점매입처와 청구법인 간의 대화 내역

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○(라) 청구법인은 아래 ＜그림2＞, ＜그림3＞, ＜그림4＞, ＜그림5＞, ＜그림6＞, ＜그림7＞, ＜그림8＞과 같이 쟁점매입처와의 거래 중 2024년 1월부터 6월까지의 택배 도착사진(박스 및 운송장 사진)을 제출하였고, 쟁점거래와 관련한 매입, 통장(OOO은행, 827901-**-****14, 2024.1.1.～2024.12.31., 입금 총액 OOO원, 출금 총액 OOO원), 증빙 통합(매입 품목 등), 현금영수증 내역을 제출하였으며, 쟁점매출처별 입금내역, 배달 확인사진, 메신저 주문내역 및 납품확인서도 제출하였다.＜그림2＞ 2024년 1월～6월 택배 도착사진(2024.1.31. 샘플)

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○＜그림3＞ 통장내역(2024.1.24.～2024.2.7., 샘플)

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○＜그림4＞ 현금영수증 부인 내역(2024.1.24.～2024.2.7., 샘플)

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○＜그림5＞ 매입 부인 내역(현금영수증, 2024.1.24.～2024.2.2., 샘플)

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○＜그림6＞ 청구법인 재고표(2024.1.31.～2024.2.23., 샘플)

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○＜그림7＞ 세금계산서와 입금내역 비교(2024.1.31.～2024.2.23., 샘플)

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○＜그림8＞ 쟁점매출처2 배달확인 사진(2024.2.19., EXIF 정보포함, 샘플)

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○(마) 청구법인은 2025.7.22. P 택배기사(Q)의 확인서를 재차 징구하여 아래 ＜그림8＞과 같이 제출하였다.＜그림8＞ 택배기사 사실확인서

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○(바) 우리 원의 재조사결정(조심 OOO, 2026.3.5.)의 주문은 “서초세무서장이 2025.2.27. 청구법인에게 한 2024년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 매입·매출거래상대방, 실행위자의 자금내역 등을 토대로 실물거래가 있었는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다”인 것으로 나타난다.(사) 처분청은 재조사결정에 따라 2026.4.8.부터 2026.4.29.까지 재조사를 실시한 후, 쟁점매입처 매입거래 전체 금액, 쟁점매출처1·2 매출거래 중 전체 금액, 쟁점매출처3 매출거래 중 일부 금액을 당초 조사 결정과 같이 가공거래로 확정하고 당초 처분을 유지하였다.

주요 재조사 내용은 다음과 같다.1) 쟁점매입처(대표 F)에 관하여,당초 조사에서는 쟁점매입처의 2024년 제1기 세금계산서 수취액 대비 현금영수증 발급액이 약 68배에 이르고 부가가치세를 무납부(체납액 약 OOO원)한 후 대표자 연락두절로 2024.9.10. 도봉세무서에서 직권폐업된 점, 도봉세무서가 2024년 12월부터 2025년 2월까지 쟁점매입처에 대한 2024년 제1기 부가가치세 조사에서 매출 OOO원 중 OOO원을 가공거래로 확정하고 F를 명의대여자로 보아 「조세범 처벌법」에 따라 고발한 점 등 전형적인 자료상 폭탄업체로서의 정황이 확인된 것으로 나타난다.재조사에서는 ①F가 개인화물·법인택시 기사 근무 이력의 무재산자로서 2023년 2월 개인회생을 신청하였고 사업기간 중 인천광역시 소재 택시회사에서 하루 9시간 정도 근무하여 쟁점매입처의 업무를 수행하는 것이 물리적으로 불가능하였던 점, ②홈택스 접속 IP가 사업자등록지(서울특별시 강북구 OOO)와 달리 서울특별시 용산구 일대로 확인되고 R 상세페이지상 배달 장소 및 송장의 반품주소가 동일 혐의로 가공확정되어 고발된 S(대표 T)의 물품 반품 주소지와 동일한 점, ③E 가상계좌 입금액이 입금 당일 은행 창구·ATM에서 수차례 현금으로 인출되었는데 그 창구 인출자가 F와 직원·친인척 관계가 없고 전자부품 관련 경력도 없는 U로 특정된 점, ④금융계좌 IP(OOO)가 쟁점매출처2의 전자세금계산서 발급 IP와 동일하고 정산대금이 E에서 정산되지 않고 R 예치금으로 전환된 점 등 거래상대방의 실체 및 자금내역에 관한 구체적 사실을 새로 확인하여, 이를 종합하여 당초 조사 결정과 같이 가공거래로 확정한 것으로 나타난다.2) 쟁점매출처1(대표 V)에 관하여,청구법인은 2024년 제1기 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였다.

당초 조사에서는 배송에 관한 거래당사자 진술이 상반된다는 점(V은 당일 오전 주문 시 당일 오후 수령, G은 익일 오후 1시경 배송완료)과 매입물품인 택배박스가 빈 박스로 추정되는 점 등을 근거로 청구법인의 위 매출을 가공거래로 확정하였고, 쟁점매출처1에 대한 2024년 제1기 부가가치세 조사에서 매출 OOO원 중 OOO원을 가공거래로 확정하고 V 및 쟁점매출처1을 고발하였다.재조사에서는 V이 실제로는 G이 아닌 W(과거 (주)X의 대표이사로서 가공세금계산서 발급·수취 행위를 한 체납자이자 쟁점매입처 반품배송지 임차인인 S 대표 T의 아들)을 청구법인의 대표자로 인지하고 거래하였으며 거래상대방 확인을 위한 인감증명서·신분증 등을 확인한 바 없다는 점을 새로 확인하였고, 이를 근거로 재차 가공거래로 확정한 것으로 나타난다.한편 쟁점매출처1에 대한 용산세무서장의 2025.2.12. 2024년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 포함) 부과처분은 조세심판원 결정(조심 OOO, 2026.2.12.)으로 취소되었는데, 위 결정에서 쟁점매출처1의 매입처는 H 주식회사(청구법인의 前 상호) 및 주식회사 Y였는바, 위 결정은 청구법인으로부터의 매입(청구법인의 쟁점매출처1에 대한 매출과 동일한 거래단계)에 관한 판단에 해당하는 것으로 나타난다.3) 쟁점매출처2(대표 Z)에 관하여,청구법인은 2024년 제1기 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였다.

당초 조사에서는 매입물품인 택배박스가 빈 박스로 추정되는 점, 매입·매출의 물류흐름 시간이 일치하지 않는 점 등을 근거로 청구법인의 위 매출을 가공거래로 확정하였고, 쟁점매출처2에 대한 2024년 제1기 부가가치세 조사에서 매출 OOO원 전액을 가공거래로 확정하고 대표자 Z·회계팀장 a 및 쟁점매출처2를 고발하였으며, 쟁점매출처2는 거짓세금계산서 관련 부가가치세 OOO원을 부과받고 불복 없이 종결한 것으로 나타난다.재조사에서는 ①사무실 내 D램 메모리 재고가 확인되지 않는 점, ②배송에 관한 진술이 상반되는 점(쟁점매출처2 직원은 주문 당일 수령, G은 익일 배송), ③물품·계산서 확인 후 결제한다는 진술과 달리 대금 흐름이 선입금 형태인 점, ④쟁점매입처 계좌에 사용된 IP(OOO)와 쟁점매출처2가 2024년 제1기 592건의 세금계산서를 발급한 IP가 동일한 점 등을 새로 확인하고, 쟁점매출처2가 당초 가공거래 처분에 불복 없이 인정한 사정을 고려하여 재차 가공거래로 확정한 것으로 나타난다.다만 조사청이 쟁점매출처2를 사실과 다른 세금계산서 발급 혐의로 고발하였으나, 인천서부경찰서장은 2025.5.27. 증거불충분에 따른 무혐의로 불송치한 것으로 나타난다.4) 쟁점매출처3(대표 b)에 관하여,청구법인은 2024년 제1기 총 OOO원의 매출세금계산서를 발급하였다.

당초 조사에서는 쟁점매입처 매입분에 대응하는 매출 OOO원을 가공거래로, 나머지 오픈마켓(OOO) 매입분 매출을 정상거래로 구분하여 부분가공으로 확정하였고, 재조사에서도 동일하게 부분가공으로 확정한 것으로 나타난다.재조사에서는 쟁점매입처 매입분의 경우 쟁점매입처가 물품을 발송하면 청구법인이 익일 수령하였음에도 그 수령 전에 이미 쟁점매출처3에 물품을 발송하는 등 주문·입금·발주·출금·운송이 거의 동시에 이루어지고 오픈마켓 입금 전에 발주 상품이 집하되는 실물거래 흐름의 차이를 재확인하였고, 그 매출 관련 증빙이 택배송장·상자 사진뿐이며 쟁점매입처로부터 직접 물품을 수령한 증빙은 확인되지 않는 점을 확인한 반면, 기타 오픈마켓 매입분 매출은 계좌입금·익일배송 또는 인수증·물품사진이 확인되어 실물거래 흐름에 차이가 없음을 확인하여 정상거래로 인정한 것으로 나타난다.5) 재조사 과정에서 처분청은 쟁점매출처1의 불복청구 인용(조심 OOO, 2026.2.12.)에 따라 재조사 시 쟁점매출처2 매출을 인정하고 쟁점매입처 매입을 부인하여 부가가치세를 증액 고지하는 경우 「국세기본법」 제79조의 불이익변경금지 원칙에 위배되는지에 관하여 사전심의를 요청하였고, 재조사 결과가 당초 처분보다 불리하면 불이익변경금지 원칙에 위배되어 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하다는 심의결과를 받은 것으로 나타난다.(자) 청구법인은 2024년 10월 참고인 조사 직후인 2024.11.26. 자본금 OOO원을 유상증자하여 자본금을 OOO원으로 확충한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하고, 특정 거래가 실물이 없는 가공거래라는 사실이 처분청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 재화가 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다 할 것인바,쟁점매입처는 단기간에 OOO원의 매출이 발생하였음에도 이에 대응하는 매입이 OOO원에 불과하고 부가가치세를 무납부한 채 직권폐업되었으며 관할세무서의 조사에서 매출의 대부분이 가공거래로 확정되고 그 대표자가 명의대여자로 판단된 사업자로서, 그 대표자가 개인회생을 신청한 무재산자이자 다른 회사에서 상당한 시간 근무하고 있었고 사업장도 재고를 보관할 수 없는 소규모 공유오피스에 불과하여 반도체 부품의 대량 유통을 수행할 인적·물적 능력을 갖추었다고 보기 어려운 점, 「부가가치세법」상 과세대상인 재화의 공급은 재화의 인도 또는 양도를 의미하므로 실제 재화의 인도나 그 통제권의 이전이 없는 이상 재화의 공급이 성립한다고 볼 수 없는데, 청구법인은 스스로 빈 박스를 발송하였음을 인정하고 있고, 청구법인이 제출한 오픈마켓 결제내역, 택배상자 사진 및 송장 사진은 자금의 흐름과 거래의 외형을 나타낼 뿐 재화의 현실적 이동을 직접 증명하는 자료로 보기 어려우며, 실물거래가 존재하되 공급자의 명의가 실제와 다른 위장거래와 달리 실물거래 자체가 존재하지 아니하는 가공거래에는 선의·무과실의 거래당사자에 관한 법리가 적용될 여지가 없고, 청구법인이 참고인 조사 직후 자본금 OOO원을 유상증자한 사정은 법인의 외형 유지 및 계속사업 의지에 관한 것으로서 개별 거래에 실물이 수수되었는지와는 직접 관련이 없는 점, 청구법인이 제출한 증빙만으로는 쟁점거래에 실물이 수수되었다는 청구주장을 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점거래를 실물거래 없이 증빙만을 수수한 거래로 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이라 하더라도 처분청이 그 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사결정의 기속력에 저촉되나, 처분청이 재조사결정이 명한 사항에 관하여 실질적인 재조사를 실시한 다음 그 결과에 따라 당초 처분을 유지한 경우에는 그 결론이 당초와 동일하다는 사정만으로 기속력에 저촉된다고 볼 수 없다 할 것인바,이 건 재조사결정은 매입·매출거래상대방 및 실행위자의 자금내역 등을 토대로 실물거래 여부를 재조사하도록 명한 것인데, 처분청은 재조사 과정에서 쟁점매입처에 대한 관할세무서의 조사결과와 그 대표자의 신용·근무 상황, 정산금의 현금인출 경위 및 인출자의 특정, 예치금 전환을 통한 자금흐름, 쟁점매출처1의 실제 거래상대방에 관한 진술 등 거래상대방과 자금내역에 관한 사실을 새로이 확인하였고, 청구법인에게 자료제출을 요구하고 면담을 실시한 사실이 확인되므로, 이를 재조사결정이 명한 사항에 관한 조사를 이행하지 아니한 형식적 재조사로 보기는 어려운 점, 쟁점매출처1에 대한 우리 원의 인용결정(조심 OOO, 2026.2.12.)은 청구법인과 거래단계를 달리하는 별개 당사자에 대한 별개 처분에 관한 것으로서 그 효력이 청구법인에 대한 당초 처분에까지 미친다고 볼 수 없는 점, 한편 청구법인의 주장과 같이 쟁점세금계산서상 매출을 실물거래로 인정하는 경우에는 당초 처분에서 가공매출로 보아 과세표준에서 제외하였던 금액이 다시 과세표준에 산입되어야 하므로 고지세액 추가로 발생하여 당초 처분의 세액을 초과하게 되는데, 「국세기본법」 제79조 제2항은 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 규정하고 있으므로 우리 원이 위와 같이 청구법인에게 불리한 결과에 이르는 결정을 할 수는 없고, 처분청 또한 재조사에 따른 후속 처분으로 당초 처분의 세액을 초과하여 증액할 수 없는 점, 그렇다면 쟁점매출처1에 대한 인용결정에 상응하여 청구법인의 매출 부분만을 분리하여 실물거래로 인정하는 것은 결과적으로 청구법인에게 불리한 증액경정에 이르게 되어 허용될 수 없고, 청구법인의 쟁점매입에 관하여는 살펴본 바와 같이 실물거래를 인정하기 어려운 이상, 당초 처분의 세액을 그대로 유지한 재조사결과통지에 달리 취소하거나 경정할 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 재조사결과통지가 재조사결정의 기속력 등에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 부가가치세법제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3. 공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 4퍼센트3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우 : 그 공급가액의 2퍼센트4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우 : 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트(2) 국세기본법제79조(불고불리, 불이익변경금지) ① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.