1. 처분개요가. 청구법인은 2014.7.30. ~ 2019.7.17. 11회에 걸쳐 경기도 OOO 종교용 토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 2019.12.12. 이 건 토지를 「지방세특례제한법」(2018.12.24., 법률 제16041호로 개정된 것, 이하 같다) 제50조 제1항 에 따른 종교단체가 종교목적으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받았다.
나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아, 기 면제한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 2024.10.18. 청구법인에게 부과·고지 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.6. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간인 3년 이내에 해당 용도대로 직접 사용하였다.(가)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 부동산 등의 소유자가 해당 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로, 같은 법 제50조 제1항 제2호에서 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제하는 것으로, 같은 법 시행령 제25조에서 종교단체에 대한 면제대상 사업의 범위에 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기간의 제재조치로 건축에 착공하지 못한 경우를 재산세가 면제되는 직접 사용 부동산에 포함되는 것으로 각각 규정하고 있다.(나) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 직후에는 OOO를 신축하려고 하였으나, 이를 변경하여 OOO을 신축(OOO과 기타 2층 규모의 부속건축물 신축을 말하며, 이하 “이 건 사업”이라 한다)하는 것으로 사업을 확정하고, 2019년 5월경 이미 설계계약까지 체결하는 등 이 건 토지를 종교용지로 직접 사용하기 위한 사전준비를 수행하여 2021.1.13. 건축허가를 받고, 2021.5.25. 공사도급계약을 체결하였으며, 2021년 5월부터 착공을 시작하였으나 청구법인의 이러한 노력에도 불구하고 인근 주민들로부터 민원제기와 이에 대한 해결을 요구하는 처분청의 요구를 수용하는 과정에서 많은 시간이 소요되었다.(다) 최소한의 기둥과 지붕 그리고 주벽이 이루어지면 이를 법률상 건축물이라 할 수 있는바(대법원 1996.6.14. 선고 94다53006 판결, 대법원 1986.11.11. 선고 86누173 판결 참조), 구체적으로 이 건 사업의 핵심인 OOO 공사의 경우 2021년 5월부터 공사가 진행되어 2022.4.23. 상량식이 진행되었고, 2022.5.31. 해당 건물지붕의 기와 공사까지 완료하여 위 OOO은 사실상 2022.5.31.부터는 법률상 건축물로서의 실체를 가지고 있다고 보아야 한다.즉, 청구법인은 이 건 토지 취득일 이후 3년(2022.7.30.)이 경과할 때까지 지속적인 민원으로 인한 사업 차질에도 불구하고 가능한 범위에서 이 건 사업을 최대한 충실히 진행한 결과 OOO의 주요공사가 마무리 되었으므로 이는 청구법인이 이 건 토지를 취득의 용도에 맞게 직접 사용하였다고 볼 수 있는 사정이라 할 것이다.
(2) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간(3년) 내에 건축물을 신축하지 못한 정당한 사유가 있다.(가) 건축과정에서 민원제기로 설계변경, 건축허가변경 등으로 상당한 시간이 소요된 경우(대법원 2013.9.12. 선고 2012두20311 판결, 같은 뜻), 신자 수가 당초 설계상의 인원보다 많아 불가피하게 설계변경을 하게 되는 경우 또는 해당 토지가 속한 일대의 지구단위계획이 완료되지 아니하여 뒤늦게 해당 토지의 소유권이전등기를 완료하게 된 경우(조심 2020지797, 2020.12.1., 같은 뜻), OOO을 목조건축 양식으로 건축하는 등 철골건축물보다 공사기간이 장기간 소요되는 경우(조심 2019지2228, 2020.9.16., 같은 뜻) 등에 대하여 법원과 조세심판원은 취득일로부터 3년 이내 원래의 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대하여 정당한 사유가 있다는 판결 및 결정을 하였다.(나) 위 사례들을 종합하면, 건축과정에서 민원 내지 다른 불가피한 사유로 설계변경, 건축허가 변경, OOO을 목조양식으로 건축을 하게 되어 상당한 시간이 소요되었더라도 준공을 위하여 꾸준히 일련의 과정을 진행한 경우에는 정당한 사유가 인정된다 할 것이다.(다) 청구법인은 이 건 사업을 추진하는 과정에서 민원제기와 처분청의 보완대책 요구로 설계계획이 수 차례 변경되는 등 다음의 사유로 이 건 토지 취득일로부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용할 수 없는 정당한 사유가 있다.1) 청구법인은 당초 이 건 토지를 문화재청으로부터 민간자본보조금을 받아 OOO를 건축하려고 하였으나, 문화재청은 2017.11월 이 건 토지는 주거지역 내 토지로서 위 OOO 용도의 건축에 대해 유보 결정을 하였고, 이후 관계부처(처분청, 국토교통부, 한국토지주택공사)와 협의를 진행하여 사업계획을 변경하여 OOO을 건축하기로 하고, 사업기간도 당초 2016년완공에서 2019년으로 변경하였는바, 이 건 사업을 시작하는 단계에서부터 관계부처간 협의 등을 진행하는 과정에서 지연된 사정이 있다.2) 청구법인은 이 건 사업을 본격적으로 추진하는 과정에서도 다수의 민원제기가 있었고 이를 해결하는 과정에서 사업계획(설계변경)을 추가적으로 변경할 수 밖에 없었다.구체적으로, 청구법인은 2019.5.3. 최초 설계계약을 체결하였는데, 이후 인근 아파트 입주 예정자들이 주차, 교통, 소음 등의 문제를 지속적으로 제기하였고, 이에 따라 청구법인은 해당 민원들을 해결하기 위하여 여러 차례 간담회까지 개최하였으며, 처분청도 민원사항을 반영하라는 취지로 2020.8.28. 교통영향평가를 진행한 후 보완결정을 하여 청구법인은 결국 2020.10.22. 이 건 사업계획을 교통영향평가 심의기준 이하의 연면적으로 축소하기로 하였고, 같은 날 처분청에 교통영향평가 결과에 대한 철회를 요청하는 한편, 2020.12.9. 축소된 사업계획에 따라 설계업체와 설계계약을 다시 체결하였다.이처럼, 이 건 사업은 약 1년 7개월(최초 설계계약일인 2019.5월~변경 설계계약일인 2020.12월까지) 동안 제대로 진행될 수 없었고, 사업계획이 축소(OOO→OOO)된 이후에도 또다른 민원(OOO 이동설치 건)이 발생하였으며, 심지어 OOO 완공 이후에도 주민간담회 개최까지 제기되어 이를 해소하느라 이 건 사업은 더더욱 지연될 수 밖에 없었다.3) 이 건 사업의 핵심인 OOO 공사가 목조양식으로 건축되어 일반 콘크리트 건축물 또는 철골 건축물보다 공사기간이 장기간 소요될 수밖에 없는 사정이 있었다.
구체적으로 OOO의 경우 2021년 5월 공사 이후, 상량식 건축에 약 1년, 외형공사인 외부벽체, 전기배선, 창호 등에 약 6개월, 내부공사인 OOO 등 설치에 약 10개월의 기간을 거쳐 비로소 2023년 9월에 준공을 하였다.4) 청구법인은 이 건 토지 취득 이후 이 건 사업을 충실히 진행하였으나 다수의 민원제기가 있어 이를 해소하는 과정이 있었고 목조건축에 따른 일정지연 요소까지를 종합하면, 청구법인은 취득일부터 3년이 경과할 때까지 이 건 토지를 종교행위를 목적으로 하는 이 건 사업에 직접 사용하였고, 설령 이 건 토지를 이 건 사업에 직접 사용하지 않았다 하더라도 이에 대한 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.
나. 처분청 의견(1) 청구법인은 이 건 토지 취득 이후 유예기간인 3년 이내에 해당 용도대로 직접 사용하지 않았다.(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻).(나) 이 건 토지 현황이 잡풀이 우거져 있는 등 사실상 방치된 것으로 확인되는 점, 이 건 토지 연부 취득일(2019.7.17.)부터 3년 이상 경과한 시점까지 사용승인을 받지 못한 점, 청구법인이 유예기간 내에 이 건 토지를 종교목적으로 직접 사용하였다는 종교행사(OOO) 일지, 회의록 같은 증빙자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 토지 취득 후 3년 이내에 해당 용도대로 직접 사용하지 못하였으므로 처분청이 이 건 취득세를 추징한 처분은 적법하다.
(2) 청구법인은 이 건 토지상에 OOO을 신축함에 있어 인근 주민들의 민원 제기와 이를 해소하는데 상당한 기한이 소요되어 유예기간 내 이 건 건축물 신축이 지연된 것에 대하여 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이는 행정관청의 귀책사유가 아닌 청구법인 내부의 사정에 불과하다.(가) OOO 신축에 따른 교통혼잡 유발로 인한 인근 주민의 민원제기 등이 있었다고 하나, 이 건 토지의 용도구역은 도시지역이면서 제2종일반주거지역으로 청구법인이 이 건 토지를 취득할 당시부터 대규모 교통유발시설 및 종교시설 신축시 위와 같은 장애사유는 예상이 되었을 것으로 보이는 점, 이러한 장애에 따라 청구법인은 이 건 토지를 취득하기 전부터 종교시설 신축사업이 용이하지 않았다는 사실을 충분히 예측할 수 있었던 점,(나) 처분청 교통영향평가심의위원회는 위 장애해소를 위하여 보완대책(차로 축소, 보도 확폭, 회차 공간 및 승하차 공간 확보, 주차수요 재분석 등)을 요구하였음에도 청구법인은 동 보완대책을 구체적으로 마련하지 않은 상태에서 2020.11.3. 건축 연면적을 축소(847.5㎡)하는 것으로 교통영향평가 철회서 제출한 점, 이후 청구법인은 2024.1.3. 다시 건축 연면적을 확대(8,965㎡)하는 것으로 하여 건축허가사항 변경신청을 하였는바, 이로 인해 다수의 민원이 재발생한 것으로 보이는 점, 처분청 교통영향평가심의위원회는 청구법인과 다수 민원사항을 고려하여 건축심의를 조건부 의결하였는바, 이는 청구법인이 사업계획을 변경(이 건 건축물의 연면적을 축소·확대 등)하는 과정에서 신축이 지연된 것으로, 이는 청구법인 내부사정에 기인한 것으로 봄이 타당한 점, 처분청이 이 건 건축물을 신축하는데 있어 건축허가 취소나 공사중지 명령 등의 행정처분을 한 사실이 없고, 법령에 의한 금지·제한 등의 외부적인 사유나 행정관청의 귀책사유가 없었던 점 등에 비추어,청구법인이 정상적 노력을 다하여도 해결할 수 없는 특별한 사정이 있는 것으로는 보기 어려우므로 처분청이 이 건 토지에 대해 유예기간 내 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 없다고 보아 이 건 취득세를 추징한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 이 건 토지상에 건축물 일부(OOO)가 신축되었고, 나머지 부속 건축물(교육관 등)도 건축 중에 있으므로 이를 종교용도에 직접 사용하는 경우로 보아 달라는 청구주장의 당부② 이 건 토지상에 종교용 건축물 신축이 지연된 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 서울특별시 OOO를 주사무소로 하고, OOO문화 홍보 등의 사업을 영위할 목적으로 OOO 설립된 법인이다.(나) 청구법인과 한국토지주택공사는 2014.7.30. 이 건 토지에 대한 매매계약서를 작성하였고, 청구법인은 OOO용 건축물을 신축하기 위하여 2014.7.30.~2019.7.17.까지 연부로 이 건 토지를 취득하였다.(다) 사업계획, 건축허가서, 교통영향평가심의서 등에 의하면, 이 건 사업은 당초에는 OOO 신축이었다가 OOO로 변경된 것으로 나타난다. 세부내역은 다음과 같다.＜이 건 사업 진행경과＞
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○(라) 처분청의 현지 확인(2024.7.5.~2024.7.11.)에 의하면. 이 건 토지상에는 건축펜스로 둘러 싸여 있었고 그 안에 건축물 1개동(OOO)이 있으며, 나머지 토지에는 잡풀이 우거져 있어 종교용으로 직접 사용하고 있거나 건축 중인 사실을 확인하지 못한 것으로 나타난다.＜현장사진＞
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○(마) 토지이용계획확인서에 의하면, 이 건 토지는 도시지역, 자연녹지지역, 제2종일반주거지역, 지구단위계획(위례지구)으로 확인된다.(바) 국토교통부 도시교통정비지역 및 교통권역 지정에 따라 경기도 OOO는 도시교통정비지역을 지정되어 있고, 「도시교통정비 촉진법 시행령」 제13조의2 교통영향평가 대상사업 등에 종교시설이 해당된다.(사) A 주식회사(시공사) 상무이사인 a의 진술에 의하면, 이 건 사업 기간 중 주민 민원제기로 정상적으로 공사를 진행할 수 없었다는 내용의 진술을 하였고 그 입증자료로 각종 민원발생 등 현장사진(별지1 참조)을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2022.5.31. 현재 이 건 토지상에 일부 건축물(OOO)이 신축(지붕과 기와 공사 완료)되었고 나머지 건축물도 건축 중에 있으므로 이를 종교용도에 직접 사용한 것으로 보아 달라고 주장한다.「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교단체 등이 종교행위 등을 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하면서 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제25조 제1항은 제50조 제2항에서 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다고 규정하고 있다.종교단체가 취득하는 부동산 중 취득세 감면대상이 되는 종교의식, 예배축전, 종교교육 및 선교 등 종교목적으로 직접 사용되는 부동산이란 최소한의 종교의식을 할 수 있는 시설을 갖추고 상시적으로 종교목적에 사용되는 것이라 할 것(조심 2017지1017, 2017.10.17., 같은 뜻)이고, 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면규정을 적용함에 있어서는 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 해당 사업에 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2008.5.29. 선고 2008두3319 판결, 같은 뜻).위 규정과 법리에 비추어, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간(2019.7.17.~2022.7.17.)까지 종교용도의 건축물에 대하여 건축허가만을 받고 일부 착공을 하였을 뿐 아직 미준공 상태인 점, OOO 용도의 건축물 중 지붕과 기와 공사가 완료되었다는 사실만으로 이를 「지방세법」제6조 제4항에 따른 과세대상 건축물로 보기 어려운 점, 처분청이 현지확인(2024.7.5.~2024.7.11.)한 바에 의하면, 유예기간이 경과한 시점까지 OOO 건축물 이외에 나머지는 나대지로 방치 중인 사실이 확인되는 점, 이 건 토지상에 종교용도로 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우에는 이를 건축물의 부속토지로 본다는 규정은 「지방세특례제한법」제50조 제2항에 따른 재산세 감면을 받기 위한 것으로 이 건 취득세 부과와는 무관한 점 등에 비추어,이 건 토지상에 일부 건축물이 건축 중이라는 이유로 이를 종교용도에 직접 사용한 것으로 보아 달라는 청구주장을 받아들이기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 인근 주민들의 민원제기로 이 건 토지상에 종교용도 건축물의 신축이 지연되었으므로 이에 대한 정당한 사유가 있다고 주장한다.정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 취득세의 입법 취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014.2.13. 선고 2013두18582 판결, 같은 뜻임).위 법리에 비추어, 건축 지연의 주된 사유는 청구법인이 종교용도의 건축물을 신축할 계획이 알려지자 인근 주민들이 교통유발, 소음 및 비산먼지발생 등을 우려하여 다수의 민원을 제기하였고 청구법인은 이를 해소하느라 시일이 소요된 것으로는 보이나, 이를 행정기관의 건축규제 조치로 건축에 착공하지 못한 경우로 보기는 어려운 점, 청구법인이 이 건 토지를 취득하기 이전에 OOO를 신축하려고 하였으나 관계기관 협의과정에서 결국 OOO로 계획을 변경하였으며, 이 건 토지 일대가 일반주거지역으로 종교용도의 건축물을 신축함에 있어 처음부터 장애요소가 있었던 것으로 보이는 점, 청구법인은 당초 건축허가(2021.1.13.) 당시 건축규모가 847.85㎡(OOO㎡)이었다가 유예기간(2019.7.17.~2022.7.17.)이 훨씬 경과한 2024.1.3. 건축규모가 처음보다 약 10배에 이르는 8,965㎡의 건축물을 신축하는 건축허가 변경신청을 하였는바, 이로 인해 다수의 민원이 제기된 것은 물론 청구법인은 유예기한 내 건축을 완료하겠다는 것보다는 기한을 경과하는 것을 감수하겠다는 의지가 더 커보이는 점 등에 비추어,청구법인이 유예기간까지 최선의 노력을 다하여 건축을 진행하였으나 시간적 여유가 없어 유예기간을 경과한 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지1＞ 현장사진
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○＜별지2＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정된 것)제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우② 제1항의 종교단체 또는 향교가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함한다)하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다.
다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.
(2) 지방세특례제한법 시행령(2018.1.1.대통령령 제28525호로 개정된 것)제25조(종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 대한 면제대상 사업의 범위 등) ① 법 제50조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다.
