종합소득세를 무신고한 것으로 보아 7년의 부과제척기간을 적용하여 쟁점금액*을 기타소득으로 과세한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 서울특별시 강남구 OOO을 본점소재지로 하여 설립된 OOO 유한회사(이하 “AAA”라 한다)의 직원으로 재직(2015.3.23.～2017.6.30.)하였고, 위 법인의 모회사인 미국법인 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 청구인에게 주식매수선택권(ISO, NQ, ESPP)을 부여하였다.

나. 서울지방국세청장은 청구인이 2017.8.18. 쟁점법인에 주식매수선택권 행사에 관한 자료 및 2017.8.29. 미국 계좌에서 청구인의 OOO은행 계좌로 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 송금된 내역 등의 과세자료를 처분청에 통보하였고,이에 따라 처분청은 주식매수선택권 행사이익 OOO원을 기타소득으로 보아 2025.4.19. 청구인에게 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.15. 이의신청을 거쳐, 2025.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 미국법인인 쟁점법인의 한국지사 AAA에 2015.3.23.부터 임원이 아닌 근로자로 근무하던 중 2017.4.16. 해고를 당하게 됨에 따라, 주식매수선택권을 행사할 수 없게 되었다.쟁점법인은 광고주 전용 구매 플랫폼 사업을 영위하는 업체로 2016.9.20. 나스닥 상장되었고, 청구인은 쟁점법인으로부터 주식매수선택권을 부여받았으나 재직기간 요건을 충족하지 못하였을 뿐만 아니라, 기업공개(IPO) 이후 2년이 지난 후 행사할 수 있다는 행사의 요건 또한 만족하지 못하여 주식매수선택권을 행사할 수 없는 상태이었다.한국지사장으로부터 취득한 ‘근로계약서 서식’은 쟁점법인의 한국지사뿐만 아니라 소속된 모든 근로자에게 공통적으로 적용되는바, 이에 따르면, ① 스톡옵션은 4년간 가득(可得, vesting)되며, 입사 1년 후 25%가 가득되고, 그 잔여분에 대하여는 매월 나누어 가득된다.

② 가득된 스톡옵션은 기업공개(IPO) 이후 2년이 지나야 행사할 수 있다고 정하고 있다.쟁점법인은 2016.9.20. 나스닥에 기업공개(IPO)되었고, 청구인은 IPO로부터 약 7개월이 지난 2017.4.16. 쟁점법인으로부터 전략회의에 참석하라는 요구를 받아 쟁점법인에 도착하니 청구인을 부른 목적이 전략회의가 아닌 해고통보 목적이었으며, 청구인은 해고통보와 동시에 업무에 사용하던 노트북을 강제로 반납하고 쟁점법인 및 한국지사 내부 인트라넷(내부 전산프로그램) 접근 권한을 모두 차단당하여 주식매수선택권 행사를 비롯한 쟁점법인과 관련된 그 어떤 업무도 수행할 수 없는 상태가 되었다.‘근로계약서 서식’에 따르면, 스톡옵션의 가득기간은 총 4년이고, 청구인의 근무기간은 2년 3개월 정도밖에 되지 않으므로, 가득되지 않은 주식매수선택권을 행사하였다고 볼 수 없으므로 처분청의 의견은 근거 없다. 또한 IPO 2년 후 행사할 수 있다는 특약을 충족하지 못하였음을 명백히 확인할 수 있다.

(2) 처분청이 제시한 과세자료만으로는 청구인이 주식매수선택권을 행사하였다고 볼 수 없어 근거과세원칙에 위배된다.(가) 처분청은 주식매수선택권을 행사하였다는 것을 입증하기 위해서는 적어도 ① 청구인과 쟁점법인 간에 작성한 주식매수선택권의 부여 계약서, ② 이를 위한 쟁점법인의 이사회 또는 주주총회 결의서, ③ 청구인의 주식매수선택권 행사를 위한 주금 납입내역, ④ 청구인의 주식매수선택권 행사로 인한 주식 이체내역, ⑤ 캐시리스 방식에 의한 스톡옵션 행사 등 자료가 기반이 되어야 한다.그러나 처분청이 제시한 과세자료는 쟁점법인이 제출한 주식매수선택권 행사내역 엑셀자료(이하 “과세자료 1”이라 한다), 타발송금내역(이하 “과세자료 2”이라 한다), OOO가 2017.6.30. 청구인에게 보낸 메일(주식매수선택권 부여 현황 및 요약, 이하 “과세자료 3·4”라 한다), 쟁점법인의 내부전산자료(청구인이 ESPP를 통해 주식 매수가 완료되어 매수 내역을 확인하는 내용, 이하 “과세자료 5”라 한다)인바, 청구인은 쟁점법인을 퇴직한 후 상당한 시간이 경과하여 주식매수선택권에 관한 자료를 보관하고 있지 않아 처분청에 청구인의 개인정보 이용을 동의할 테니, 쟁점법인에 구체적인 자료를 요구하도록 요청하였음에도 처분청은 쟁점법인의 변호사를 통해 엑셀파일 등의 과세자료 1 내지 5만을 수취한 것이다.청구인의 주식매수선택권의 부여 및 행사에 관한 구체적인 계약서가 확보되지 못한 상황에서 어떤 요건을 바탕으로 어떤 기간에 얼마만큼의 수량이 어떤 계산방법에 따라 가득되었는지에 대해 확인할 수 없다.

청구인에게 부여된 주식매수선택권은 가득되지 않았고, 가득된 적이 없는 주식매수선택권을 행사할 수 없다.이와 같이 청구인이 주식매수선택권을 행사하였다는 점을 입증할 수 있는 구체적인 증빙자료 없이 쟁점법인의 담당 변호사로부터 수취한 과세자료를 바탕으로 주식매수선택권 행사 이익을 산정하고, 스톡옵션을 관리하였던 OOO 계좌에서 국내계좌에 송금된 쟁점금액이 위 주식매수선택권 행사 이익과 비슷하다는 사실만으로 청구인이 주식매수선택권을 행사하였다고 보는 것은 부당하다.(나) 처분청의 과세자료 3·4는 OOO의 2017.6.30.자 메일인바, 스톡옵션의 행사가능 수량(exercisable)과 가득된 수량(option vested)이 서로 다르게 기재되어 있다.

과세자료 4에 의하면, 아직 미가득된 수량이 있음에도 처분청이 과세자료 3만을 취사선택하여 청구인이 주식매수선택권을 전부 행사하였다고 보는 것은 부당하다.＜표1＞ 과세자료 3의 주요 내용(단위 : 주)

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○＜표2＞ 과세자료 4의 주요 내용(단위 : 주)

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○‘근로계약서 서식’에는 “각 스톡옵션은 부여 후 가득되는 시점까지 4년이 소요되며, 월할 계산한다.”라고 명시되어 있으며 이에 따라 청구인의 ISO, NQ 가득된 수량을 계산하면 다음과 같다.NQ의 경우, 부여된 시점인 2017.4.13.부터 퇴사시점인 2017.6.30. 까지의 기간은 약 2개월로 가득된 수량은 OOO주( OOO)이고, ISO의 경우, 입사시점부터 부여되었으므로 입사시점인 2015.3.23.부터 퇴사시점인 2017.6.30. 까지의 기간은 약 27개월(2년 3개월)이며 가득된 수량은 OOO주( OOO)이므로 과세자료 4와 일치하기 때문에 과세자료 4가 정확한 자료이다.

과세자료 3은 과세자료 4와 그 내용이 상충되기 때문에 과세자료 3을 근거로 주식매수선택권 행사가능 수량이 NQ는 OOO주, ISO는 OOO주로 볼 수 없다.그럼에도 불구하고 처분청은 과세자료 3을 취사선택하여 NQ는 OOO주, ISO는 OOO주의 주식매수선택권을 행사하였다고 보아 기타소득으로 과세한 것은 가득되지 않은 스톡옵션을 행사할 수 없기 때문에 이 건 처분은 위법하다.

(3) 청구인은 2017년 스톡옵션의 부여가 취소된 대신 퇴직위로금과 법정퇴직금을 포함하여 합계 OOO원에 대해 원천징수하여 납세의무를 부담하였다. 청구인은 퇴직소득에 대해 원천징수를 부담하고, 2곳 이상의 근로소득에 대해 연말정산 시 소득세를 부담하였으므로 5년의 부과제척기간을 적용하여야 하고, 이 건 처분은 5년의 부과제척기간을 도과하여 부당하다.(가) 퇴직소득 원천징수영수증상 퇴직급여는 OOO원인바, 청구인의 근무기간에 따른 법정퇴직금을 추계하면 OOO원(① 2017.1.1.～2017.6.30. 총급여 OOO원, ② 1년으로 환산한 총급여 OOO원, ③ 청구인의 근무 월 수 : 28개월)이고, 퇴직위로금(OOO원)을 합산하면 OOO원이다.

퇴직소득 원천징수영수증상 퇴직급여와 비교하면 오차가 OOO원이 발생하지만 이는 세법상 퇴직금 계산 방식과 실제 지급금액 간의 통상적 편차 범위 내이므로 쟁점금액은 주식매수선택권 행사와 관련이 없는 금액이다.(나) 청구인은 2024년 3월경 처분청에 다음과 같은 메일을 보내 쟁점금액이 퇴직금의 일부임을 소명하였는바, 처분청은 이에 대한 사실관계 확인을 도외시하였다.＜청구인과 조사관이 나눈 이메일 일부＞

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○(다) 청구인은 2017년에 AAA(2017.1.1.～2017.6.30.)와 BBB(2017.11.1.～2017.12.31.) 2곳에서 근로소득이 발생하였고, 연말정산을 통해 각 근로소득에 대한 소득세를 납부하였으며, 단지 합산하여 종합소득세 확정신고하지 않았더라도 이는 과소신고에 불과하여 처분청이 누락된 소득에 대해 추가 고지하는 경우 7년의 부과제척기간을 적용할 수 없다.쟁점금액은 이미 퇴직소득으로 신고하여 과세권 행사에 아무런 장애가 없는 상태였으므로 처분청의 의견대로 기타소득으로 보더라도 예기치 못하게 부당해고 처리를 당한 청구인이 회계담당자와 공모하여 쟁점금액의 소득구분을 고의로 퇴직소득으로 신고한 것이 아니기 때문에 단순히 소득구분을 착오한 경우에 해당하므로 7년의 부과제척기간을 적용하는 것은 타당하지 않다(조심 2009서4128, 2010.6.30.).나.

처분청 의견(1) 청구인의 주식매수선택권 행사에 관한 과세자료를 확보한 경위는 다음과 같고, 합리성과 진실성이 있는 과세자료에 해당한다.서울지방국세청장은 2023년 7월경 AAA에 소속 임직원의 국외 주식기준보상 등 자료제출 협조를 요청하였고, 쟁점법인은 주식매수선택권 행사내용에 대한 과세자료 1을 제출하였으며, 담당자는 과세를 위해 쟁점법인에 추가 자료를 요청하였고, 쟁점법인은 과세자료 3 내지 5를 제출하였는바, 쟁점법인이 자유로운 의사에 따라 주식매수선택권 행사에 관한 자료를 제출하였으므로 과세자료 1·3·4·5는 합리적이고, 진실성이 있다.일반적으로 납세의무자가 과세표준 확정신고를 하지 아니하여 과세관청이 납세의무자의 과세표준과 세액을 결정할 때는 장부나 증빙 등에 의함이 원칙이겠으나，다른 자료에 의하여 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 과세표준과 세액을 결정할 수 있다고 할 것이다.

한편 수사 또는 세무조사 과정에서 작성된 자료들은 과세의 근거가 될 수 있는 사유가 기재되어 있다고 하여 바로 그 다른 자료의 하나로 삼을 수는 없는 것이나, 그 작성의 경위 및 내용을 검토하여 당사자나 관계인의 자유로운 의사에 반하여 작성된 것이 아니고 그 내용 또한 과세자료로서 합리적이어서 진실성이 있다고 인정되는 경우에는 실지조사의 근거가 될 수 있는 그 다른 자료의 하나로 삼을 수 있다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결).(2) 과세자료 1 내지 5에 따르면 청구인은 쟁점법인으로부터 부여된 주식매수선택권을 행사한 것으로 나타난다.과세자료 1에 따르면 청구인은 2017.8.18. ISO는 OOO주, NQ는 OOO주를 행사한(Exercised) 것으로 나타나고, 쟁점법인의 주식매수선택권 관리 은행인 OOO의 송금내역(과세자료 2)에 의하면, 2017.8.29. OOO원(쟁점금액)이 청구인의 국내 계좌로 이체된 것으로 나타난다.

쟁점금액은 주식매수행사이익 OOO원과 유사하여 주식매수선택권 행사 후 즉시 주식을 매도한 차액(Cashless Exercise)으로 인정하였다.

(3) 미국 계좌로부터 국내로 송금된 쟁점금액이 퇴직위로금이라는 입증책임은 청구인이 부담하고, 쟁점금액의 출처가 소명되지 않는 한 청구인의 주장만으로 주식매수선택권이 행사되지 않았다고 보기 어렵다.청구인은 스톡옵션의 부여를 취소하는 대신 퇴직위로금을 추가로 수령하는 계약을 진행하였다고 주장하나 관련 내용의 계약서 등 증빙이 제출되지 않았고, 청구인은 쟁점법인의 한국지사에 근무하였음에도 쟁점법인으로부터 퇴직위로금을 수령한 이유가 확인되지 않았으며, 주식매수선택권을 관리하던 미국 계좌로부터 주식매수선택권 행사이익과 유사한 금액이 국내로 이체된 경위에 대해 소명되지 않았다.청구인은 쟁점금액이 퇴직위로금이라고 주장하나, 퇴직소득지급명세서상의 퇴직소득 OOO원에서 원천징수세액 OOO원을 차감하면 OOO원인바, 쟁점금액(OOO원)과 일치하지 않고, 청구인 주장과 같이 쟁점금액이 위 퇴직소득에 포함된 것이라면 원천징수세액 일부를 근무법인에 추가 납부하여야 할 것이다.

(4) 청구인은 2017년 귀속 종합소득세 확정신고하지 않았고 추후 기타소득이 발견되었으므로 무신고한 것에 해당하므로 7년의 부과제척기간이 적용된다.「소득세법」제70조 제1항에 따르면, 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 신고하여야 하는 것으로 규정하고, 같은 법 제73조 제2항에서는 2명 이상으로부터 근로소득을 받은 자로서 연말정산에 따라 소득세를 납부함으로써 확정신고납부할 세액이 없는 자를 과세표준확정신고의 예외로 규정하고 있다.이에 대하여 조세심판원은 납세자가 법정신고기간 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니하였다면 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년이 만료된 날 후에는 국세를 부과할 수 없고, 2인 이상으로부터 근로소득을 받는다면 총 근로소득에 대한 연말정산을 통해 소득세를 납부하지 않은 경우 종합소득세 확정신고를 하여야 한다고 판단하였다(조심 2013전2871, 2013.10.11.). 또한, 대법원에서는 주식매수선택권을 행사한 경우에는 소득세 신고기간 내에 행사이익을 신고하여야 하고, 이를 신고하지 아니한 경우에 그 부과제척기간은 신고기간 만료일 다음날부터 7년이 된다고 판시하였다(대법원 2009.3.26. 선고 2007두22955 판결).청구인은 2017년 과세기간에 2 이상의 근무지에 근무하여 근로소득이 발생하였고, 주식매수선택권 행사이익(기타소득)에 대하여도 이를 합산하여 신고하였어야 함에도 이를 무신고하였으므로 7년의 부과제척기간이 적용된다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점과세자료를 근거로 청구인이 주식매수선택권을 행사한 것으로 보아 7년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 국세기본법제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

(2) 소득세법제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

22. 퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사하거나 고용관계 없이 주식매수선택권을 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익제70조(종합소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.② 해당 과세기간에 분리과세 주택임대소득 및 제127조 제1항 제6호 나목의 소득이 있는 경우에도 제1항을 적용한다.③ 제1항에 따른 신고를 “종합소득 과세표준확정신고”라 한다.④～⑥ 생략제73조(과세표준확정신고의 예외) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조에도 불구하고 해당 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

1. 근로소득만 있는 자② 2명 이상으로부터 받는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득이 있는 자(일용근로자는 제외한다)에 대해서는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 제137조의2, 제138조, 제144조의2 제6항 또는 제145조의3에 따른 연말정산 및 제148조 제1항에 따라 소득세를 납부함으로써 제76조 제2항에 따른 확정신고납부를 할 세액이 없는 자에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 근로소득제170조(질문ㆍ조사) ① 소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행을 위하여 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 다만, 제21조 제1항 제26호에 따른 종교인소득(제21조 제4항에 해당하는 경우를 포함한다)에 대해서는 종교단체의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건 중에서 종교인소득과 관련된 부분에 한정하여 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다.

1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자2. 원천징수의무자3. 납세조합4. 지급명세서 제출의무자5. 제156조 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따른 원천징수의무자6. 「국세기본법」 제82조에 따른 납세관리인7. 제1호에서 규정하는 자와 거래가 있다고 인정되는 자(3) 소득세법 시행령제38조(근로소득의 범위) ① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 해당 법인 또는 해당 법인과 「법인세법 시행령」 제2조 제5항에 따른 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 "해당 법인등"이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 해당 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인은 2곳에서 발생한 근로소득에 대해 연말정산을 통해 소득세를 납부하고, 종합소득세 확정신고를 하지 않았으며, 그 밖에 2017년 귀속 퇴직소득에 대한 원천징수된 것으로 나타나고, 처분청은 청구인에게 아래 ＜표3＞과 같이 2017년 귀속 종합소득세 경정·고지한 것으로 나타난다.＜표3＞ 2017년 귀속 종합소득세 신고 및 경정 내역(단위 : 천원)

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○(나) 처분청은 아래 ＜표4＞와 같이 청구인의 주식매수선택권(ISO, NQ) 행사 이익 OOO원을 산정하였다.＜표4＞ 주식매수선택권 행사 이익(단위 : 주, USD, 원)

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○(다) 서울지방국세청장은 2023.7.28. AAA 대표자 CCC에게 ‘한국 자회사(지점) 주식기준보상등 자료제출 협조 안내’라는 제목으로 공문을 보냈고, 자료 제출 서식을 첨부한 것으로 나타난다.(라) 처분청이 수집한 과세자료 1 내지 5는 아래 ＜표5＞ 내지 ＜표9＞와 같은바, 쟁점법인은 2021년 6월경 10:1 비율로 주식분할하여 과세자료 1·5는 주식분할 이후에 작성되어 주식 수량과 행사가격에 주식분할 조정이 반영되었고, 과세자료 3·4는 주식분할 이전에 작성되어 주식분할 조정이 반영되지 않은 것으로 나타난다.1) 과세자료 1은 쟁점법인이 2024년 3월경 제출한 청구인의 주식매수선택권 행사내역(ISO, NQ, ESPP)이 나타난 엑셀자료이다.＜표5＞ 과세자료 1(주식매수선택권 행사내역)

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○2) 과세자료 2는 2012.1.12.～2018.10.12. 기간 동안 타발송금내역(6건)으로 이 중 쟁점금액은 2017.8.29. 송금내역이다.＜표6＞ 과세자료 2(타발송금내역)

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○3) 과세자료 3·4는 OOO가 2017.6.30. 청구인의 퇴사시점에 청구인에게 보낸 메일이다.＜표7＞ 과세자료 3(OOO 메일)

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○＜위 자료 번역본＞

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○＜표8＞ 과세자료 4(OOO 메일)

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○＜위 자료 번역본＞

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○4) 과세자료 5는 2024년 12월경 제출된 쟁점법인의 내부전산자료(재직 당시 급여의 일부를 적립하여 회사 주식을 할인된 가격에 실제 매수한 기록으로 2016.12.29. 및 2017.5.15. 주식매수 상태)로 나타난다.＜표9＞ 과세자료 5

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○＜위 자료 번역본＞

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○(마) 주식매수선택권 진행 단계는 1단계 부여(Grant), 2단계 가득(Vesting) 및 조기 행사(Early Exercise), 3단계 행사(Exercise)·주식 교부(Settlement), 4단계 주식 매도(Sale)이다. 주식대금 지급 방식으로 ① 현금으로 행사대금과 세금을 전액 결제(Cash Exercise), ② 증권사가 행사대금을 대신 정산하고 행사 직후 주식을 즉시 전량 매도하여 차액만 계좌로 입고(Cashless Exercise ·Same day sale), ③ 부여받은 주식 중 대금과 세금에 해당하는 수량을 매도하여 남은 주식만 입고(Sell to Cover)하는 3가지가 있다.(바) 청구인은 청구주장을 입증하기 위하여 다음과 같이 자료를 제출하였다.1) 주식매수선택권이 4년 동안 분할하여 가득된다는 주장의 입증자료로 AAA의 한국 지사장으로부터 수집한 근로계약서 서식의 일부를 제출하였다.

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○2) AAA 한국지사장 박현진의 2025.12.5. 작성한 사실확인서(날인)를 제출하였는바, 다음과 같이 기재되어 있다.

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○3) 청구인의 2017년 귀속 퇴직소득 원천징수영수증에는 퇴직사유는 자발적퇴직, 퇴사일은 2017.6.30., 퇴직급여는 OOO원, 차감원천징수세액은 OOO원으로 기재되어 있다.(사) 청구인에게 부여된 주식매수선택권(ISO, NQ, ESPP)에 관한 스톡옵션 부여 계약서, 부여 통지서, 주식매수선택권 운영규정 등이 제출되지 않았다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 주식매수선택권 행사요건을 갖추지 못하여 주식매수선택권을 행사하지 않았고, 7년의 부과제척기간을 적용하여 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,일반적으로 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으나 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대 사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없는바(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결, 같은 뜻임),과세자료 1은 서울지방국세청장의 자료제출 요청에 따라 쟁점법인이 자발적으로 제출한 자료로서 청구인의 주식매수선택권(ISO, NQ, ESPP) 행사에 관한 수량 및 금액이 일자별·항목별로 구체적으로 기재되어 있고, 과세자료 3·4는 주식매수선택권 관리 은행인 OOO가 청구인의 퇴사 시점(2017.6.30.)에 청구인에게 보낸 주식매수선택권(ISO, NQ) 부여 현황에 대한 안내 메일이며, 과세자료 5는 쟁점법인의 내부전산자료로 2016.12.29. 및 2017.5.15. ESPP 주식매수 상태가 나타나는바, 각 과세자료를 비교하면 ISO, NQ의 부여일자(Grant Date)와 부여가격(Grant price)이 일치하고, ESPP의 부여일자, 구매일자 및 주식수가 일치하여 과세자료 1·3·4·5는 신뢰할 수 있고, 이에 의하면 청구인은 주식매수선택권을 행사한 것으로 보이는 점, 청구인은 주식매수선택권의 행사는 기업공개(IPO) 이후 2년이 지나야 행사할 수 있는 요건이 있다고 주장할 뿐 이를 확인할 수 있는 청구인의 주식매수선택권 부여 계약서 등을 제출하지 않았고, 주식매수선택권 부여 계약서나 운영 규정 등이 제출되지 않았다고 하여 위 과세자료 1·3·4·5에 의하여 추정되는 사실이 번복되거나 청구인의 주장과 같이 주식매수선택권 행사 요건을 미충족하였다고 보기 어려운 점, 주식매수선택권의 주식대금 지급 방식 중 증권사가 행사대금을 대신 정산하고 행사 직후 주식을 즉시 전량 매도하여 차액만 계좌로 입고하는 방식(Cashless Exercise)이 있는바, 과세자료 1 내지 5에 의하면 청구인은 2017.8.18. ISO는 OOO주, NQ는 OOO주를 행사하고 동시에 주식을 매도하여 주식매도대금이 OOO 계좌에 입금될 것으로 추정되는 점, 과세자료 2에 의하면 2017.8.29. OOO 계좌에서 청구인의 국내계좌로 송금된 쟁점금액은 퇴직후 주식매수선택권 행사 후 주식매도대금으로 기타소득에 해당하는 점, 「소득세법」제73조 제2항은 근로소득을 2인 이상으로부터 받은 경우에는 과세표준확정신고를 하여야 하고, 단서 규정에서 확정신고납부할 세액이 없는 자는 확정신고의무를 면제하도록 규정하는바, 위에서 살펴본 바와 같이 청구인은 2인 이상으로부터 근로소득을 수취하였고, 쟁점금액은 기타소득이므로 「소득세법」제70조에 따라 종합소득 과세표준 확정신고를 하여야 함에도 이를 이행하지 아니한 점 등에 비추어 위 청구인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.