청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 쟁점법인의 체납세액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분의 당부

1.처분개요가.주식회사 A(당초 주식회사 D을 상호로 하여 설립되었다가 2023.2.16. 현행과 같이 상호가 변경되었고, 이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2020.8.31. 설립되어 대구광역시 남구 OOO에서 OOO OOO 등을 영위한 비상장법인으로, 2024사업연도 법인세 OOO원 등을 체납하였다.

나.처분청은 청구인이 2024.12.31. 기준 쟁점법인의 지분 25%를 소유한 주주로서, 쟁점법인의 사내이사이자 지분 25%를 소유한 주주인 B가 ‘C’를 상호로 영위한 개인사업과 관련하여 고용한 사용인이고, 위 B의 배우자이자 쟁점법인의 대표이사인 E 또한 쟁점법인의 지분 25%를 소유하고 있어, 이들이 「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 쟁점법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아, 2025.7.11. 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하는 한편 청구인에게 체납법인의 2024사업연도 법인세 체납액의 25%에 상당하는 OOO원을 납부고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.10.10. 이의신청을 거쳐, 2026.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 청구인은 B의 사용인 또는 특수관계인이 아니다.(가) 쟁점법인의 사업 운영 및 주요 의사결정은 실질적으로 B를 중심으로 이루어졌다.(나) 처분청은 청구인이 B(C)로부터 근로소득 2022년 귀속분 OOO원, 2023년 귀속분 OOO원 및 2024년 귀속분 OOO원을 수취한 이력을 제시하였으나, 이는 형식상 신고자료에 불과하고, 처분청이 실제 자금의 귀속관계 및 거래의 실질까지 확인한 것은 아니다.(다) B와 E의 쟁점법인 지분율 합계는 50%로 이들의 지분율만으로는 과점주주 요건이 성립하지 않기 때문에 처분청이 청구인을 B의 사용인 또는 특수관계인에 포함시켜 과점주주를 구성하고자 한 것으로 보이는데, 청구인은 B와 종속적인 근로관계 또는 경제적 공동이익관계에 있는 특수관계인이 아니다.

(2) 청구인은 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하지도 아니하였는바, 청구인은 쟁점법인의 과점주주에 해당하지 아니하므로 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 이 건 처분은 잘못이 있다.(가) 처분청은 청구인이 쟁점법인으로부터 2024년 귀속 사업소득 OOO원을 수취하였다는 의견이나, 이는 쟁점법인에 소속되어 실제 근로하던 F가 수령한 것이고, 위 F은 개인 사정으로 본인 명의의 사업소득 신고가 어려운 상황이라고 호소하여 B의 요청에 따라 청구인의 명의로 형식상 신고가 이루어졌다.(나) 처분청은 B와 청구인 및 쟁점법인 사이의 금융거래 내역을 근거로 청구인이 쟁점법인의 운영에 실질적으로 관여하였다는 의견이나, 단순한 자금 흐름이나 송금 내역만으로 법인에 대한 실질적 지배력 또는 경영권 행사가 있었다고 인정할 수는 없다.(다) 특히 청구인의 거래는 대부분 운영보조, 회계정산, 가수금 송금대행 및 자금 전달 과정에서 발생한 실무적인 것에 불과하고, 청구인이 쟁점법인의 자금을 처분하거나 주요 경영사항을 결정한 사실은 없으며, 청구인에게는 대표권, 인감관리권, 자금집행 최종결정권, 배당결정권 및 자산처분결정권 등 법인의 실질적 경영지배와 관련된 권한이 없었는바, 단순한 금융거래 사실만으로 청구인이 「국세기본법」 제39조의 ‘법인의 경영에 지배적 영향력을 행사한 자’에 해당한다고 볼 수 없다.(라) 청구인은 쟁점법인의 신규 창업 및 매장 효율화를 위해 B의 부탁에 따라 일부 도움을 제공하였을 뿐 주식의 소유·지배·권리행사 및 주요 의사결정은 모두 B가 실질적으로 수행하였고, 법인 설립, 금융대출, 자산 매각 및 운영 관련 주요 업무 또한 청구인이 이에 직접 관여한 사실이 없다.(마) 이러한 사정은 쟁점법인의 당초 실질 주주이거나 이해관계자인 G 및 H 등도 모두 알고 있었고, 처분청 또한 조사 과정에서 위 관계자들과 통화 등을 하며 이러한 사실을 인지하였을 것으로 보이며, 금융기관 또한 대출 및 상환 과정에서 B를 쟁점법인의 실질적인 운영주체로 인식하고 있었던 것으로 보인다.(바) 청구인은 쟁점법인으로부터 배당을 수령한 사실이 없고 쟁점법인의 이익을 실질적으로 향유하지도 않았다.

나. 처분청 의견(1) 청구인은 B의 사용인으로서 그 특수관계인에 해당한다.(가) 청구인은 쟁점법인의 주주이자 사내이사 B로부터 2024.12.31.(쟁점법인이 체납한 국세의 납세의무 성립일)까지 B 명의의 개인사업자 C와 관련한 근로소득을 지급받은 내역이 있는바, 청구인은 B와 고용관계에 있는 사용인으로서 B의 특수관계인에 해당한다.(나) 대법원은 형식상의 주주에 불과하여 제2차 납세의무자가 될 수 없다는 사실은 제2차 납세의무자로서의 책임을 면하고자 하는 자가 이를 입증하여야 한다고 판시하고 있는바(대법원 1995.1.20. 선고 94누7997 판결 참조), 청구인은 B(C)로부터 근로소득을 지급받은 사실이 있음에도 불구하고 본인이 B의 사용인이 아니라고 주장하나 이러한 주장을 인정할만한 증거는 없다.(다) 청구인은 B(C)로부터 지급받은 근로소득을 본인의 소득에 포함하여 2024년 귀속 종합소득세를 신고하였고, 이에 대한 경정청구 등을 한 적이 없으며, 이후에도 수차례 소득금액증명을 발급한 사실도 있다.

(2) 청구인이 쟁점법인으로부터 소득을 지급받은 사실과 쟁점법인과 청구인 사이에서 다수의 입출금내역 및 고액의 거래가 있었던 사실이 확인된다.(가) 청구인은 쟁점법인으로부터 2024년 귀속 사업소득 OOO원을 지급받은바, 이는 사업소득지급명세서로 확인된다.(나) 청구인은 쟁점법인으로부터 지급받은 사업소득이 프리랜서 용역 공급의 대가이고 2024.1.1.부터 2024.6.30.까지 쟁점법인의 운영 보조인력으로 근무하였다고 주장하였으나, 처분청이 쟁점법인의 2023.9.1.부터 2025.9.4.까지의 금융거래내역을 조회한 결과 청구인과 쟁점법인 사이의 금융거래내역은 2023년에도 빈번하게 있었음이 확인된다.(다) 청구인과 쟁점법인이 계좌로 수시 입출금한 내역이 있고 고액이 지급된 거래 내역도 확인되는바 청구인은 형식적인 주주가 아니라 쟁점법인의 경영에 참여한 사람으로 보인다.(라) 청구인은 쟁점법인의 회계사무원으로서 쟁점법인의 계좌에서 가수금 송금을 대행하였을 뿐이라고도 주장하나, B와 청구인의 계좌 거래내역도 다수 확인되고 B의 가지급금을 쟁점법인의 계좌로 상환할 때도 청구인이 이를 수행하였으므로, 청구인이 쟁점법인의 회계만을 담당하였다고 보기는 어려우며 오히려 B로부터 상시 지휘·감독을 받으며 근로를 제공하였다고 봄이 타당하다.

(3) 청구인은 쟁점법인의 지분 25%를 소유하면서 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였다.(가) 청구인은 2021.12.23. 당시 쟁점법인의 주주였던 H과 주식양수도계약을 체결하여 H로부터 쟁점법인의 주식 OOO주(지분 25%)을 양수하였는바, 해당 주식양수도계약서에는 해당 주식에 대한 모든 권리가 매도인인 H이 주식 매매대금을 전액 수령함과 동시에 매수인인 청구인에게 이전됨이 명시되어 있다.(나) 쟁점법인의 정관에는 주주총회에 출석한 주주의 의결권 3분의 2 이상과 발행주식총수 3분의 1 이상이 되어야 회사의 영업 및 자산의 전부 또는 2분의 1 이상 양도가 가능하다고 규정되어 있고, 쟁점법인은 실제로 2024사업연도에 자산의 2분의 1 이상에 해당하는 대구광역시 남구 OOO 토지 및 건물 등을 양도하였는바(이로 인하여 발생한 법인세가 전액 체납되었다), 청구인은 쟁점법인의 의결권 내지 지분 25%를 소유한 주주로서 쟁점법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었던 것이다.

3.심리 및 판단가.쟁점청구인을 쟁점법인의 과점주주로 보아 쟁점법인의 체납세액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하여 납부고지한 처분의 당부나.관련 법령(1)국세기본법(2022.12.31. 법률 제19189호로 일부개정된 것)제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.20. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원가. 합명회사의 사원나. 합자회사의 무한책임사원2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)가. 합자회사의 유한책임사원나.

유한책임회사의 사원다. 유한회사의 사원(2) 국세기본법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31452호로 일부개정된 것)제1조의2(특수관계인의 범위) ② 법 제2조 제20호 나목에서 “임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족③ 법 제2조 제20호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인2. 본인이 법인인 경우가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 친족관계2. 경제적 연관관계3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 “100분의 50”으로 본다.제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ② 법 제39조 제2호에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

다.사실관계 및 판단(1)이 건 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지와 이 건 심판청구의 경위는 다음과 같다.(가) 처분청의 청구인에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 내역은 아래 ＜표1＞ 기재와 같다.＜표1＞ 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 내역OOO(나) 청구인은 위 ＜표1＞ 기재와 같은 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지에 불복하여 2025.10.10. 이의신청을 제기하였으나, 2026.1.6. 기각 결정을 받았다.(다) 청구인은 위 ＜표1＞ 기재의 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 중 2024사업연도 법인세에 관한 OOO원의 납부고지에 불복하여 이 건 심판청구를 제기하였다.

(2) 쟁점법인에 관한 사실관계는 다음과 같다.(가) 쟁점법인의 발행주식 총수는 OOO주이고 액면가는 1주당 OOO원이며, 2024.12.31. 기준 주주 현황은 아래 ＜표2＞ 기재와 같다.＜표2＞ 쟁점법인의 주주 현황(2024.12.31. 기준)OOO(나) 쟁점법인의 2021사업연도 주식등변동상황명세서와 H 및 청구인 사이의 아래 ＜표3＞ 기재와 같은 주식양수도계약서에 의하면, 청구인은 2021.12.24. 위 H로부터 쟁점법인의 주식 OOO주를 액면가와 같은 1주당 OOO원에 양수한 것으로 확인된다.＜표3＞ H 및 청구인 사이의 주식양수도계약서 주요 내용OOO(다) 쟁점법인의 임원에 관한 사항은 아래 ＜표4＞ 기재와 같다.＜표4＞ 쟁점법인의 임원에 관한 사항OOO(라) 쟁점법인의 정관(2020.8.24. 기준) 내용 중 일부는 아래 ＜표5＞ 기재와 같다.＜표5＞ 쟁점법인의 정관(2020.8.24. 기준) 내용 중 일부OOO(마) 쟁점법인은 2024.8.29. 본점 소재지인 대구광역시 남구 OOO의 토지 및 건물을 양도하였다.(바) 쟁점법인 및 B가 2024년도에 각각 청구인과 한 금융거래(입출금) 내역은 각각 아래 ＜표6＞·＜표7＞ 기재와 같다.＜표6＞ 쟁점법인과 청구인 사이의 입출금 내역(2024년)OOO＜표7＞ B와 청구인 사이의 입출금 내역(2024년)OOO(3) 청구인의 사업 및 소득에 관한 내역은 다음과 같다.(가) 국세청 전산망 조회내역에 의하면, 청구인은 2025.9.24. 개업하여 I을 상호로 대구광역시 북구 OOO에서 OOO을 운영하여 왔고, 이후 J, K, L, M 및 N를 상호로 OOO, OOO 및 OOO OOO 업체를 운영한 이력이 있다.(나) 청구인을 소득자로 한 근로소득 지급명세서에 의하면 청구인의 2022∼2024년 귀속 근로소득 내역은 아래 ＜표8＞ 기재와 같은바, 이에 따르면 청구인이 해당 기간 동안 B(C)로부터 지급받은 총 급여액은 OOO원인 것으로 나타난다.＜표8＞ 청구인의 지급명세서상 2022∼2024년 귀속 근로소득 내역OOO(다) 청구인을 소득자로 한 사업소득 지급명세서에 의하면, 청구인은 쟁점법인으로부터 2024년 귀속 사업소득 OOO원을 지급받은 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 이의신청 당시 제출한 자료는 다음과 같다.(가) 청구인은 자신이 B(C)의 사용인이 아니라고 주장하며, B가 2025.10.13., 2025.11.2. 및 2025.11.14. 작성한 사실확인서를 아래 ＜표9＞ 기재와 같이 각 제출하였다.＜표9＞ 청구인이 제출한 B의 사실확인서OOO(나) 청구인은 자신이 쟁점법인의 사용인이 아니라고 주장하며 쟁점법인의 2024년 월간근무표(청구인이 근무자로 기재된 내역은 확인되지 아니한다), 아래 ＜표10＞ 기재와 같은 프리랜서 용역계약서 및 아래 ＜표11＞ 기재와 같은 청구인 및 쟁점법인의 사실확인서를 각 제출하였다.＜표10＞ 청구인이 제출한 프리랜서 용역계약서OOO＜표11＞ 쟁점법인과 청구인이 작성·제출한 사실확인서OOO(다) 청구인은 쟁점법인의 경영에 관여하지 않고 단지 B의 가수금 송금을 대행하였던 것이라고 주장하며, 쟁점법인의 2024사업연도 주주·임원·종사자 장기차입금 계정별원장을 제출한바, 그 내역을 요약하면 아래 ＜표12＞ 기재와 같다.＜표12＞ 청구인이 제출한 쟁점법인의 계정별원장 내역OOO(라) 청구인은 B와의 금전소비대차계약에 관한 담보 목적으로 쟁점법인의 주식을 활용한 것이라고 주장하며, 관련 금융거래내역 및 금전소비대차계약서를 아래 ＜표13＞·＜표14＞ 기재와 같이 제출하였다.＜표13＞ 청구인이 제출한 금전소비대차계약 관련 금융거래내역OOO＜표14＞ 청구인이 제출한 금전소비대차계약서OOO(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 처분청은 청구인이 B의 개인사업(C)에 관한 사용인으로서 B의 특수관계인에 해당하고, 쟁점법인의 지분 25%를 소유하면서 그 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다는 의견이다.(나) 그러나, 「국세기본법」 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도로서, 해당 조항의 취지는, 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있는 것인바, 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결, 같은 뜻임).(다) 이 건의 경우, B는 ‘청구인은 개인사업(C)에 관한 근로자나 사용인이 아니고, 근로소득 지급 등에 관한 신고는 형식적으로 이루어진 것으로서 실제로 청구인에게 급여가 지급된 사실이 없다’는 등의 내용으로 확인서를 작성하였으므로, 청구인이 B(C)로부터 근로소득을 지급받은 것으로 신고된 내역이 형식에 불과하다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점,B는 ‘청구인에게 쟁점법인의 지분 25%에 상당하는 주식을 금전소비대차계약에 대한 담보 목적으로 제공하였을 뿐, 청구인이 쟁점법인의 주주로서 의결권 등의 권리를 행사하거나 배당을 받은 사실이 없고, 해당 주식의 실질적인 소유자는 B 본인으로서 관련 의결권 등이 계속하여 채무자인 본인에게 귀속되었다’는 등의 내용으로 확인서를 작성하기도 한 점 등에 비추어, 청구인이 B의 사용인으로서 그 특수관계인에 해당한다거나 쟁점법인의 실질적인 주주로서 그 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 단정하기 어렵다 하겠다.(라) 따라서 처분청은, 청구인이 B의 개인사업(C)에 관한 사용인으로서 근로소득 지급명세서상의 근로소득 등을 실제로 지급받았는지 여부와, 청구인이 쟁점법인으로부터 실제로 이익을 분배받았거나 보유 지분에 상당하는 의결권을 행사하여 해당 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였는지 여부 등을 관련 금융거래내역 등을 통하여 확인하여, 청구인이 「국세기본법」 제39조 제2호에 따른 쟁점법인의 과점주주에 해당하는지 재조사하여 그 결과에 따라 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.