1. 처분개요가. 청구인들은 공유하던 경기도 시흥시 OOO 소재 임야 OOO㎡ 및 주택 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)가 한국토지주택공사(이하 “LH”라 한다)의 광명시흥일반산업단지 조성사업에 편입되어 2021.8.4. 수용이 개시됨에 따라 2021.9.14. 소유권이전등기를 경료하고 2021.11.30. 2021년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.
나. 이후, 청구인들은 2021.12.23. 이의재결을 통해 당초 보상금이 증액되었으나 2022.2.23. LH를 상대로 수용보상금증액 청구소송(이하 “쟁점소송”이라 한다)을 제기하였고, 그 결과 보상금이 증액결정(OOO 판결)됨에 따라 2024.5.24. 증액된 보상금을 양도가액으로 경정하고 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 포함하여 2021년 귀속 양도소득세 수정신고(이하 “1차 신고”라 한다)를 하였다.
다. 쟁점소송은 LH의 항소로 2심 재판이 진행되었고, 2심 법원이 보상금을 일부 감액하여 선고(OOO 판결)하였으나, 양측이 상고하지 아니하여 2025.1.7. 청구인들 일부 승소로 확정되었으며, 청구인들은 이에 따라 2025.2.26. 확정된 수용보상금을 양도가액으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 경정청구(이하 “2차 신고”라 한다)하였는바, 쟁점부동산 수용보상금의 변경 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 수용보상금 변경 내역OOO라.
한편, 처분청은 2025.2.15. 청구인들이 1차 신고한 양도소득세를 무납부함에 따라 가산세를 포함하여 청구인들에게 양도소득세를 각각 고지하였다가 쟁점소송이 확정된 사실을 확인하고 2025.4.11. 및 2025.4.17. 최종 수용보상금을 쟁점부동산의 양도가액으로 경정하여 2021년 귀속 양도소득세를 각각 감액하였다.
마. 이후 청구인들은 2025.10.20. 및 2025.10.28. 쟁점부동산의 양도시기를 소유권이전등기일(2021.9.14.)이 아니라 수용보상금이 확정된 쟁점소송의 최종심 선고일(2024.12.20.)로 보아 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 감면하여야 한다고 주장하며 경정청구를 제기하였다.
바. 처분청은 청구인들의 경우 가산세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 2025.12.23. 및 2025.12.30. 청구인들의 경정청구를 거부하였다.
사. 청구인들은 이에 불복하여 2026.3.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 청구인들은 LH를 상대로 쟁점소송을 제기하였고, LH는 2023.5.15. 1심 선고로 증액된 보상금을 현금으로 공탁하였으나, 청구인들은 쟁점소송의 2심 결과에 따라 보상금액이 크게 변동될 수 있다고 보아 이를 수령하지 아니하였으므로 당초 1심 선고로 증액된 보상금으로 양도소득세 수정신고를 아니하였는데, 처분청이 2024년 2월 수용보상금 증액에 따른 양도소득세 수정신고(기한 후 신고) 안내문을 발송함에 따라 2024.5.24. 수정신고(1차 신고)를 하면서 보상가액이 확정되지 아니하였을 뿐만 아니라 동 보상금을 수령하지 않은 상태에서 거액의 양도소득세를 신고·납부하는 것이 납득되지 아니하여 추가 납부세액은 미납부하였다.
즉, 보상금에 대한 2심 재판이 진행 중임에도 1심 판결이 당초 보상금보다 증액되어 동 금액이 법원에 공탁되었다고 하더라도 해당 금액을 수령하지 아니한 상태에서 이를 양도소득세 수정신고 대상으로 보기 어렵고 설령, 수정신고 대상으로 본다고 하더라도 과소신고가산세 및 납부지연가산세 적용은 부당하다.(2) 「소득세법」 제96조에서 양도가액은 양도자와 양수자 간의 실지거래가액에 따르도록 규정하고 있는바, 2심 재판에 따라 보상금이 변경될 수 있는 상황에서 1심 판결의 보상금을 실지거래가액으로 볼 수 없으므로, 1심 판결 시 보상금이 증액되었다고 하더라도 이는 수정신고 대상이 될 수 없다.
한편, 처분청은 1심 판결로 증액된 보상금이 공탁되었다는 이유로 청구인들이 공탁금을 수령하지 아니하였음에도 보상금 증액분에 대한 수정신고 및 납부의무가 발생한다는 의견이나, 1심 판결에 의한 증액보상금이 공탁되지 아니하여 청구인들에게 수정신고 의무가 발생하지 아니하는 상황과 증액보상금이 공탁되었음에도 청구인들이 이를 수령하지 아니한 상황은 청구인들에게는 차이가 없다. 따라서 2심 재판이 진행 중이었고 보상금 증액분이 공탁되었다고 하더라도 청구인들이 이를 수령하지 아니한 이상 청구인들에게는 수정신고·납부 의무가 없다.
(3) 설령, 1심 판결의 보상금 증액분에 대한 공탁금이 수정신고·납부의 대상이 된다고 하더라도 이 건의 경우 「국세기본법」 제45조 및 제48조 등에 따라 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다. 즉, 청구인들은 1심 판결에 따른 보상금 증액분에 대하여 2024.5.24. 수정신고(1차 신고)를 마쳤으므로 과소신고가산세 적용대상에 해당하지 아니하고(부동산거래관리과-781, 2010.6.7. 참고), 납부지연가산세의 기산일은 1심 판결로 인한 공탁일이 속하는 달의 2개월 후인 2023.8.1.이 아닌 2024.6.1.이 되어야 한다.
(4) 상기 내용이 모두 받아들여지지 않는다고 하더라도 청구인들은 2024.5.24. 1심 판결의 보상금을 기준으로 양도소득세 수정신고를 하였고, 2024.12.20. 2심 판결 후인 2025.2.26. 변경된 수용보상금을 기준으로 2차 신고를 하면서 과소신고가산세를 신고·납부하였는바, 처분청이 경정한 과소신고가산세는 1심 판결의 보상금을 기준으로 계산한 금액이므로 「국세기본법」 제47조의3에 따라 확정된 보상금을 기준으로 경정함이 타당하다.
나. 처분청 의견(1) 청구인들은 예정신고기한 내에 정상적으로 쟁점부동산의 양도소득세 예정신고를 하지 아니하였다.(가) 「소득세법」 제98조는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호는 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날(다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다)을 말한다’고 규정하고 있는바, 쟁점부동산의 양도시기는 수용개시일인 2021.8.4.이므로 예정신고기한이 2021.10.31.임에도 청구인들은 소유권이전등기접수일인 2021.9.14.을 양도시기로 보아 2021.11.30. 예정신고를 하였는데, 이는 세법에 따른 예정신고를 한 경우에 해당하지 않는다.(나) 쟁점부동산은 LH가 공익사업을 위하여 수용하였으므로, 그 양도시기는 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호를 따라야 하는바, 청구인들은 쟁점부동산의 수용과정에서 중앙토지수용위원회의 이의재결을 거쳐 행정소송을 통해 증액보상금을 받았으므로, 대금을 청산한 날인 판결 확정일(2025.1.7.), 수용의 개시일(2021.8.4.), 소유권이전등기접수일(2021.9.14.) 중 빠른 날인 수용개시일을 양도시기로 보아야 한다.
따라서 2심 최종 판결일인 2024.12.20.을 기준으로 양도시기를 판단하여야 한다는 청구주장은 양도시기에 관한 법리를 오해한 자의적 해석에 불과하다.
(2) 청구인들은 쟁점소송의 1심 판결이 2023.3.15. 선고됨에 따라 보상금 증액으로 인한 과세표준 변경으로 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고 의무가 발생하였다.(가) 거주자가 소유하는 토지 등이 2010.1.1. 이후 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공공사업의 시행자에게 수용되어 소유권이전등기가 이루어지고, 그 이전등기일을 기준으로 법정신고기한 내에 양도소득 과세표준신고를 한 이후 토지 등의 보상가액에 관한 소송으로 보상금이 증액된 경우 그 증액분에 대하여 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고의무가 발생한다.(나) LH는 2023.5.15. 및 2023.6.16. 1심 판결에 따라 증액된 보상금을 공탁함으로써 채무를 적법하게 변제하였고, 이에 따라 청구인들은 언제든지 보상금을 수령할 수 있는 법적 지위에 있었다.
수용보상금은 소송 진행과정에서 그 금액이 변동될 수 있음이 예정되어 있는 것이므로, 이후 판결의 결과에 따라 금액이 달라질 경우에는 후발적 경정청구 등을 통해 구제가 가능하다. 따라서 청구인들이 공탁금을 실제로 수령하지 않았다는 사정이나 소송이 계속 중이었다는 사유만으로 과세표준 신고를 유보할 수 없고 1심 판결 후 증액되어 공탁된 보상금에 대하여 신고의무가 없다고 볼 수도 없다.
(3) 한편, 청구인들에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.(가) 「소득세법」 제88조 제1호에서 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제105조 제1항 제1호에서 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득과세표준 예정신고를 하도록 규정하고 있으며, 「국세기본법」 제45조 제1항 제1호에서 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자가 과세표준신고서 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다’고 규정하고 있다.(나) 국세청 예규(부동산거래관리과-1061, 2011.12.21.)에 따르면 증액된 보상금은 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고를 하여야 하고, 납세자가 증액된 보상금의 수령일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 과세표준수정신고서를 제출하고 동시에 추가로 자진납부하는 경우 「국세기본법」 제48조 제1항에 따라 과소신고가산세 및 납부지연가산세가 적용되지 아니하는바, 청구인들은 LH가 1심 판결에 따른 증액보상금을 2023.5.15. 및 2023.6.16. 법원에 공탁하였으므로 공탁일이 속하는 달의 말일부터 2개월인 2023.7.31. 및 2023.8.31.까지 수정신고·납부한 경우 과소신고가산세 및 납부지연가산세가 적용되지 않는다.(다) 청구인들은 1심 판결 선고일로부터 약 14개월이 경과한 2024.5.24. 증액된 보상금에 대한 수정신고를 하여 「국세기본법」 제48조 제1항에서 규정한 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우’에 해당하지 아니하고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하는바(대법원 2011.4.28. 선고 2010두16622 판결 등 참조), 청구인들은 1심 판결에 따라 LH가 지급한 증액 보상금을 수령하지 아니한 반면, LH는 1심 판결에 따른 증액 보상금 및 그 이자 상당액을 공탁한 점 등에 비추어 보면 청구들인에게 신고의무 이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 만한 사정도 없다.
(4) 한편, 청구인 B의 경우 2025.2.26. 2차 신고 시 과소신고가산세를 OOO원으로 산정하였고 처분청도 이를 그대로 경정하였으나, 이후 확정된 보상금 OOO원을 기준으로 재산정할 경우 결정세액은 OOO원으로 산출되어 이에 대한 과소신고가산세는 그 세액의 10%인 OOO원이 된다. 따라서 당초 경정된 과소신고가산세 OOO원 중 OOO원은 과다산정된 금액임이 확인된다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점부동산의 양도시기를 소유권이전등기일이 아닌 수용보상금 확정일로 보아 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 전액 감면하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등(1) 국세기본법제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한 후 과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한 후 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때2. 과세표준신고서 또는 기한 후 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)제47조의3【과소신고·초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
2. 제1호 외의 경우 : 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액제47조의4【납부지연가산세】① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다)×법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다)×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(2) 소득세법제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.제105조【양도소득과세표준 예정신고】① 제94조 제1항 각 호(같은 항 제3호 다목 및 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호·제4호 및 제6호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만, 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일(토지거래계약허가를 받기 전에 허가구역의 지정이 해제된 경우에는 그 해제일을 말한다)이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.② 제1항에 따른 양도소득 과세표준의 신고를 예정신고라 한다.③ 제1항은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 경우에도 적용한다.
(3) 국세기본법 시행령제28조【가산세 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지 등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시·군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우(4) 소득세법 시행령제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.
다. 사실관계 및 판단(1) 청구인들은 쟁점부동산이 LH의 시행사업에 편입되어 2021.8.4. 수용이 개시됨에 따라 2021.9.14. 소유권이전등기를 경료한 후 2021.11.30. 2021년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였고, 이후 2021.12.23. 이의재결을 통해 당초 보상금이 증액되었으나 2022.2.23. LH를 상대로 쟁점소송을 제기하였으며, 그 결과 보상금이 증액결정됨에 따라 2024.5.24. 증액된 보상금을 양도가액으로 하여 1차 신고를 하였다가 LH의 항소로 2심 법원이 보상금을 일부 감액하여 선고하였으나, 양측이 상고하지 아니하여 쟁점소송은 2025.1.7. 청구인들 일부 승소로 확정되었고, 청구인들은 이에 따라 2025.2.26. 확정된 보상금을 양도가액으로 하여 2차 신고를 하였는바, 청구인들의 양도소득세 신고 내역은 아래 ＜표2＞·＜표3＞과 같다.＜표2＞ 청구인 A의 양도소득세 신고 내역OOO＜표3＞ 청구인 B의 양도소득세 신고 내역OOO(2) 한편, 청구인들은 2025.10.20. 및 2025.10.28. 쟁점부동산의 양도시기를 소유권이전등기일(2021.9.14.)이 아니라 수용보상금이 확정된 쟁점소송의 최종심 선고일(2024.12.20.)로 보아 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 전액 감면하여야 한다고 주장하며 아래 ＜표4＞와 같이 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구인들의 경우 가산세 감면대상에 해당하지 아니한다고 보아 2025.12.23. 및 2025.12.30. 청구인들의 경정청구를 거부하였다.＜표4＞ 청구인들의 경정청구 내역OO(3) 쟁점부동산에 대한 수용보상금의 확정 및 지급 경과 등은 다음과 같다.(가) 청구인들은 2022.2.23. LH를 상대로 쟁점소송을 제기하였고, 1심 법원은 2023.3.15. 수용보상금을 청구인 A에게 OOO원을, 청구인 B에게 OOO원을 각각 추가로 지급할 것을 선고하였다.(나) LH가 2023.3.31. 1심 판결에 불복하여 항소함에 따라 2심 재판이 진행되었고, 2심 법원이 2024.12.20. 수용보상금을 청구인 A에게 OOO원을, 청구인 B에게 OOO원을 각각 추가로 지급할 것을 선고함으로써 결과적으로 1심 선고 시 수용보상금보다 감액되었으나, 양측이 상고하지 아니함에 따라 쟁점소송은 2025.1.7. 청구인들 일부 승소로 확정되었다.(다) 한편, LH는 1심 판결에 따라 증액보상금 및 이자를 청구인들에게 지급하고자 하였으나, 청구인들이 수령을 거절함에 따라 2023.5.15. 및 2023.6.16. 동 금원 등을 법원에 공탁한 것으로 나타난다(공탁번호 : 2023년 금 제2092호 및 2023년 증 제9호).(4) 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우의 부동산 양도시기를 규정한 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호는 2010.2.18. 대통령령 제22034호로 처음 도입되었고, 2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되면서 단서규정이 신설된 것으로 나타나는바, 그 개정 이유 등은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>구분 </p></td><td><p>2010.2.18. 대통령령 제22034호 </p></td><td><p>2015.2.3. 대통령령 제26067호 </p></td></tr><tr><td><p>조문 </p></td><td><p>「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날 </p></td><td><p>「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날.
다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다. </p></td></tr><tr><td><p>개정 </p> <p>이유 </p></td><td><p>동일한 공익사업 지역에서 토지를 수용할 때 보상금에 대한 불복 등에 따라 양도시기가 달라지는 문제점을 해소하기 위하여 공익사업을 위한 토지 수용 시 양도시기를 판정할 때 수용개시일을 추가함으로써 잔금청산일, 등기접수일, 수용개시일 중 빠른 날을 양도시기로 정함.
</p></td><td><p>공익사업 수용과 관련하여 소유권 귀속에 관한 소송으로 인하여 수용 보상금이 공탁된 경우 소유권 소송 결과에 따라 납세의무자가 확정되므로, 과세 판정의 기준이 되는 양도시기를 소유권 소송 판결 확정일로 함. </p></td></tr></tbody></table>(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점부동산의 양도시기를 소유권이전등기일(2021.9.14.)이 아니라 수용보상금이 확정된 쟁점소송의 최종심 선고일(2024.12.20.)로 보아 이 건 과소신고가산세 및 납부지연가산세를 감면하여야 한다고 주장하나,「소득세법」 제98조는 ‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제162조 제1항 제7호는 ‘대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우란 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날(다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다)을 말한다’고 규정하고 있는바, LH는 공익사업을 위하여 쟁점부동산을 수용하였고 청구인들이 LH를 상대로 제기한 쟁점소송은 소유권 귀속에 관한 소송에 해당하지 아니하므로, 쟁점부동산의 양도시기는 위 법령에 따라 대금을 청산한 날, 수용의 개시일, 소유권이전등기접수일 중 빠른 날인 수용의 개시일로 봄이 타당하다 할 것이다.또한, 청구인들은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이어서, 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다고 할 것인바(대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결 참조),청구인들은 수용의 개시일이 아닌 소유권이전등기일을 기준으로 쟁점부동산에 관한 양도소득세 예정신고를 하였으나, 법정 예정신고기한 내에 적법하게 예정신고를 이행한 것으로 보기 어렵고, 쟁점소송의 1심 판결로 수용보상금이 증액되었음에도 그 보상금 공탁일로부터 1년 이상이 경과한 후에 수정신고 후 무납부하였는데, 이를 단순한 법률의 부지, 오해를 넘어 세법상 의의로 인한 대립으로 그 의무 이행을 기대하기 어려운 사정이 있는 경우로 보기는 어려운 점, 청구인들이 예정신고 또는 수정신고기한 내에 양도소득세 신고·납부를 하였더라도 쟁점소송에 의해 수용보상금이 변동될 경우 경정청구 또는 처분청의 직권경정 등을 통하여 경정이 가능한 점, 납부지연가산세는 납부의무 해태에 대한 행정벌적 성격 이외에 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부하거나 과소납부한 세액에 대한 지연이자적 성격의 금액도 포함된 것인 점 등에 비추어, 청구인들에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다 할 것이다.다만, 처분청이 최종 수용보상금을 기준으로 양도소득세를 감액하면서 과소신고가산세는 최종 수용보상금을 양도가액으로 하여 산정한 과소신고납부세액 등을 기준으로 경정하지 아니하고 청구인들이 1차 신고 시 신고한 가산세액을 그대로 적용한 것으로 확인되므로, 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 최종 수용보상금으로 하여 산정한 과소신고납부세액 등을 적용하여 과소신고가산세를 경정함이 타당한 것으로 판단된다.
4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
