청구법인이 이 건 합병으로 0000이 보유하던 쟁점주식을 취득한 것은 특수관계인간 거래로서 간주취득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인[당시 상호는 A 주식회사(이하 “구 A”라 한다)]은 2021.11.1. 자신을 존속법인으로 하여 B 주식회사(이하 “B”이라 한다) 및 C 주식회사(이하 “C”이라 한다)를 흡수합병(이하 “이 건 합병”이라 한다)하면서 사명을 현재의 청구법인으로 변경하였다.

나. 청구법인은 이 건 합병으로 B이 보유하던 OOO주식회사(이하 “D”라 한다)의 발행주식 119,038,441주(지분율 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2021.11.1. 취득한 후, 쟁점주식의 취득으로 청구법인이 D의 100% 과점주주가 됨에 따라 「지방세법」(2021.7.8. 법률 제18294호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제7조 제5항의 과점주주 취득세 과세대상이 되었다고 보아 2021.12.29. 처분청에 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 이 건 합병 전 이미 청구법인과 B이 「지방세기본법 시행령」(2020.12.31. 대통령령 제31341호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제2조 등에서 정한 특수관계자에 해당하므로, 쟁점주식의 취득은 과점주주 집단 내 거래로서 과점주주 취득세 과세대상이 아니라는 취지로 2025.2.7. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.4.15. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) OOO의 지주회사인 E 주식회사(이하 “E”라 한다)가 청구법인 및 B 지분을 각각 50% 이상 보유하고 있으므로 E, 청구법인, B 간 과점주주 집단을 형성한다.(가) 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목, 나목 및 제4항 제1호 가목에 따르면 E, 청구법인, B 간 과점주주 집단을 형성한다.구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목, 나목 및 제4항 제1호 가목에 따르면 ①법인이 직접 본인 법인에 발행주식 총수의 50% 이상 출자한 경우 특수관계가 성립하고, ②본인 법인이 위 ①의 관계있는 자를 통하여 어느 법인에 50% 이상 출자한 경우 특수관계가 성립한다.본건의 경우 ①법인(E)이 직접 본인 법인(청구법인)에 발행주식 총수의 50% 이상 출자하였으므로 E와 청구법인 간 특수관계가 성립하고, ②본인 법인(청구법인)이 위 ①의 관계있는 자(E)를 통하여 법인(B)에 50% 이상 출자하였으므로 특수관계가 성립한다.다시 말하면, 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호에서의 “지배적인 영향력 행사”로 보는 경우란 이를 규정하고 있는 같은 조 제4항 제1호 가목 또는 나목의 요건만 충족하면 되는바, 합병 전 이 사건 당사자들인 청구법인, E 및 B의 지분구조는 이미 가목의 지분율 요건(50% 이상 출자)을 총족시키므로 나목에서 규정한 “사실상 영향력” 행사 여부와는 무관하게 3사가 그 자체로 특수관계, 즉 과점주주집단이 형성되는 것이다.처분청은 합병 이전 E가 청구법인의 주식 49.4%를 소유하고 있다는 의견이나, 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 가목에서 법인의 발행주식총수의 50% 이상을 출자함으로써 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력을 행사하는지 여부를 판단할 때, 의결권 없는 주식은 발행주식총수의 범위에서 제외하고 의결권 있는 주식을 기준으로 판단하여야 한다(지방세정책과-2136, 2025.7.2. 참조). 국세의 경우에도 구 「법인세법 시행령」제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계자를 판단함에 있어 법인이 보유한 자기주식 등 의결권이 없는 주식을 발행주식총수에서 제외하여 판단하고 있다(기획재정부 법인세제과-249, 2007.4.2, 서면인터넷방문상담2팀-1860, 2007.10.15, 재법인-230, 2003.12.22, 서면인터넷방문상담2팀-544, 2004.3.23. 등 참조). 따라서 청구법인은 합병 전 E가 합병 직전 청구법인의 의결권 있는 주식[발행주식 총수에서 의결권 없는 주식(자사주)을 제외함] 50.18%를 보유한 것으로 보아야 한다.(나) 행정안전부 역시 전술한 관점과 동일하게 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호의 해석상 모회사가 50% 이상 출자한 자회사들 간에도 특수관계가 성립하는 것으로 보았다.최근 행정안전부는 “특수관계인”은 구 「지방세기본법」제2조 제3항 제2호 나목에 따른 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력 행사하는 경우 그 법인을 말하고, 모회사가 두 개의 자회사를 거느리고 있는 경우에는 형제회사 간 특수관계이므로, 모회사 및 형제회사는 과점주주 집단에 해당한다고 해석하였다(부동산세제과-1563, 2024.4.30.).이와 같이 행정안전부 해석을 보더라도 이 사건의 경우 ①청구법인이 청구법인에 50% 초과하여 출자한 E를 통하여 B에 50%를 초과하여 출자하는 경우 청구법인과 E, B 간은 과점주주 집단에 해당한다고 볼 수 있다.한편, 처분청은 청구법인이 제시한 행정안전부의 유권해석과는 별개로 그룹사의 자회사들이 특수관계에 해당되지 않는다는 대법원 판결(2022.1.4. 선고 2021두51973 판결 등)도 다수 존재하므로 행정안전부의 유권해석을 따라야 한다는 청구주장을 받아들기 어렵다는 의견이나, 해당 대법원 판결은 구 「지방세법 시행령」제2조 제3항 제2호에서의 “지배적인 영향력 행사” 충족 여부가 “같은 조 제4항 제1호 나목”의 요건에 해당되는지 여부가 쟁점(해당 사건의 지분구조는 애당초 “같은 조 제4항 제1호 가목” 미충족, 후술하는 “

○

○

○호텔” 사건과 동일)이었던바, 이 사건과 같이 청구법인, E 및 B의 지분구조가 “같은 조 제4항 제1호 가목”을 충족하여 “같은 조 제4항 제1호 나목” 충족 여부와는 무관하게 “지배적인 영향력 행사” 요건이 충족된 경우와 사실관계가 달라 인용할 수 없다.또한, 처분청은 행정안전부 유권해석은 인적분할로 설립된 분할신설법인이 분할법인 및 지배주주와의 과점주주집단을 형성한다는 사례이므로 청구법인과 B 간의 사실관계(흡수합병)와 부합된다고 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인은 이 건 합병을 유권해석상 지배구조 변경 사실관계의 유사성을 인용한 것이 아니라 예규 회신문에 기재된 바와 같이 “모회사가 두 개의 자회사를 거느리고 있는 경우에는 형제회사 간의 특수관계가 되므로 이 건 인적분할로 설립된 분할신설법인이 설립 당시부터 분할법인 및 지배주주와의 과점주주 집단을 형성하는 것으로 보는 것이 타당하다.”는 판단근거를 인용한 것이다.(다) 조세심판원 및 국세청에서도 모회사가 출자한 자회사 간 특수관계가 성립하는 것으로 해석하고 있다.구 「법인세법 시행령」(2019.2.12. 대통령령 제29529호 일부개정되기 전의 것, 이하 같은) 및 구 「국세기본법 시행령」에 따르면, 법인과 주주는 특수관계인에 해당하고(구 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제2호), 법인이 주주를 통하여 다른 법인에 30% 이상 출자한 경우 법인과 다른 법인 간 특수관계인에 해당한다.

예시적으로 A주주법인이 B에 출자하고, C에 30% 이상 출자한 경우 B가 A주주법인을 통하여 C에 30% 이상 출자한 것으로 보아 B와 C간 특수관계가 성립한다고 보는 것이다(구 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제2호, 구 「국세기본법 시행령」제1항 제4호, 구 「국세기본법 시행령」제1조의 2 제4항 제1호).조세심판원과 국세청은 법인이 주주를 통하여 다른 법인에 30% 이상 출자한 경우 상기 규정에 따라 구 「법인세법 시행령」의 특수관계인의 범위에 포함된다고 판단하고 있다(국심 1999중2430, 2000.9.16., 심사법인 200-0145, 2001.3.9.).또한 국세청은 정부가 100％ 출자하고 있는 A, B법인은 두 법인 간에 출자관계가 없는 경우에도 구 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제4호 및 같은 조 제1항 후단의 규정, 구 「국세기본법 시행령」(2023.2.28. 대통령령 제33276호 일부개정되기 전의 것, 이하 같음) 제4항에 따라 특수관계인에 해당한다고 해석하고 있고(서면-2015-법인-2325, 2016.2.25), 다른 해석의 경우에도 갑법인이 을법인, 정법인에 30％ 이상 출자한 경우 을법인과 정법인은 구 「법인세법 시행령」제87조 제1항 제4호에 따라 특수관계가 성립한다고 해석하고 있다(법인세과-143, 2014.3.28).(라) 청구법인과 B은 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목, 나목 및 제4항 제1호 가목에 따른 특수관계인 관계가 성립하는 반면,

○

○

○ 호텔 사례는 50% 출자관계가 존재하지 않아 해당 조항을 적용할 수 없다.전술한 바와 같이 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목, 나목 및 제4항 제1호 가목에 따라 ①법인이 직접 본인 법인에 발행주식 총수의 50% 이상 출자한 경우 특수관계가 성립하고, ②본인 법인이 위 ①의 관계 있는 자를 통하여 어느 법인에 50% 이상 출자한 경우 특수관계가 성립하는데, 청구법인은 50% 이상 주주인 E를 통하여 50% 이상을 출자한 B과 특수관계가 성립한다.그러나

○

○

○ 호텔 사례의 경우 애당초 OOO 회장 및 그 특수관계인이OOO 및 OOO건설(양도인)의 지분을 50%에 미달하게 보유하고 있어서 OOO건설(양도인)이 OOO 회장을 통하여 OOO에 50%를 출자한다는 것이 성립될 수 없는바, OOO일(양수인)과 OOO건설(양도인)간 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목, 나목 및 제4항 제1호 가목에 따른 특수관계인에 해당할 수 없다.

(2) 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목 및 나목에서의 “지배적인 영향력 행사”를 같은 조 제4항 제1호 나목의 입장에서 보더라도 청구법인은 처분청 의견과는 달리 청구법인의 임원이자 B의 주주인 a 회장을 통하여 B에 영향력을 행사하였으므로 구 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목 및 제4항 제1호 나목에 따른 특수관계가 성립한다.a 회장은 이 건 합병 당시 청구법인의 사내이사였고, B의 주주였으며, a 본인과 그 특수관계인을 합하여 E의 최대주주이다.

한편 E는 청구법인과 B의 최대주주이다.a 회장은 B의 주주총회에서 등기임원 선임, 임원 보수 한도 등을 의결하였다. 구체적으로 2018년 B의 주주총회에서 등기임원(b, c)을 선임한 의결을 살펴보면, 총 주식 17,109,360주 중 출석주식수 15,761,140주로 E 13,919,740주, OOO 284,100주, a 1,557,300주인바, a 본인과 a 및 그 특수관계인이 지배하는 E의 지분만으로도 「상법」제368조 제1항에서 규정하고 있는 주주총회 결의 조건인 출석한 주주의 의결권의 과반수와 발행주식 총수의 4분의 1 이상을 실질적으로 충족할 수 있어서 B의 주주총회에서 임원의 임면권 행사 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사할 수 있었다.또한 a 회장이 등기임원으로 참석한 청구법인의 이사회에서 청구법인을 존속회사로 B을 소멸회사로 하는 흡수합병에 관한 승인이 이루어졌다.이와 같이 청구법인이 임원(청구법인의 임원이자 B의 대주주인 a 회장)을 통하여 B의 임원 임면권 행사 및 사업방침의 결정 등 B의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하였다고 볼 수 있다.

(3) 이 건 합병으로 인한 쟁점주식 취득은 과점주주 집단 내부에서의 동일체 형성·이동에 불과하여 간주취득세 과세대상이 될 수 없다.법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우 간주취득세 과세대상에 해당하지 않는다(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 조심 2019지3829, 2023.10.19. 등). 이 사건은 B이 청구법인과 합병으로 인하여 기존 과점주주와 특수관계 형성보다 오히려 더욱 밀접한 동일체가 된 경우인바, 쟁점주식 취득은 과점주주 간주취득세 과세대상에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당하다.행정안전부도 합병으로 인한 주식 승계는 과점주주 취득세 납세의무가 성립하지 않는다고 보았다(행정안전부 부동산세제과-3438, 2020.12.9.). 해당 유권해석에서는 지방세운영과-418, 2008.7.29.를 같은 취지의 해석이라고 참조하고 있는데, 지방세운영과-418, 2008.7.29.에서는 혼인으로 인하여 과점주주가 된 경우 과점주주 취득세 납세의무가 성립하지 않는다고 보았다.

이는 혼인과 같이 하나의 동일체가 형성되는 경우에는 ‘주식 취득’으로 볼 수 없어 과세가 불가능하다는 의미이다.이와 같이 ①대법원 판결 및 조세심판원 다수 결정례는 과점주주 간주취득세 과세 여부를 집단 전체 지분비율 변동 여부로 판단해야 한다고 하였고, ②행정안전부 유권해석에 따르면, 동일체가 형성된 경우 과점주주 취득세 과세의무가 성립하지 않는다고 해석하였는바, 이 건 합병으로 인한 쟁점주식 취득은 과점주주 집단 내부에서의 동일체 형성·이동에 불과하여 간주취득세 과세대상이 될 수 없다.

(4) 청구법인이 이 건 합병에 따라 쟁점주식을 취득한 것에 대하여 과점주주 취득세 납세의무가 성립한다고 보는 것은 과세형평에 어긋나는 것이다.청구법인이 이 건 합병에 따라 쟁점주식을 승계한 것은, ①청구법인이 E로부터 B 주식을 취득하고, ②청구법인이 B을 합병하는 것과 동일한 경제적 효과가 있다. 그런데 ①번 거래에서 청구법인이 E로부터 B 주식을 취득한 것에 대하여는 동일한 과점주주 집단 내의 주식 이전이므로 과점주주 취득세가 발생하지 아니하였을 것이고, ②번 거래에서도 청구법인이 B을 합병한 경우 동일한 과점주주 집단 내의 주식이전으로서 쟁점주식 취득에 대한 과점주주 간주취득세가 발생하지 않았을 것이다.

이 사건의 경우 상기 ①, ② 두 단계의 거래를 한 것과 지분구조가 동일하게 변경되는바, 동일하게 과점주주 취득세 납세의무가 없다고 보는 것이 과세형평성을 저해하지 않는 것이다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」에서 간주취득세 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부는 과점주주 중 특정 주주 1인의 주식의 증가를 기준으로 판단하는 것이 아니라 과점주주 집단이 소유한 총주식 비율의 증가를 기준으로 판단하고, 간주취득세 납세의무를 지는 과점주주에 대하여 연대납세의무를 부담하도록 규정한 취지는 과점주주 집단을 형성하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들은 실질적으로 당해 법인의 자산에 관하여 공동사업자 또는 공유자의 지위에서 관리·처분권을 행사할 수 있게 되므로 그 자산에 대한 권리·의무도 과점주주에게 실질적·경제적으로 공동으로 귀속된다는 점을 고려하여 그 담세력을 공동으로 파악하려는 데 있다 할 것이다.또한, 종전부터 그 과점주주 집단이 소유한 것으로 보는 부동산 등과 관련하여 기존의 과점주주로부터 그 과점주주 집단의 새로운 구성원에게 주식이 이전되더라도 특별한 사정이 없는 한 간주취득세를 부과할 수 없다고 해석하는 것이 자연스러운 점 등을 종합하여 보면, 과점주주 집단 내부에서 주식이 이전되는 경우나 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우뿐만 아니라, 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에도 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다고 할 것(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임)이다.

(2) 기존에 D의 주식 100%를 보유하고 있던 B과 청구법인의 특수관계 해당 여부를 살펴보면,「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목에서 본인이 법인인 경우 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계가 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인은 특수관계에 해당한다고 규정하고 있고, 같은 호 나목에서는 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인은 특수관계에 해당한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항 제1호에서는 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우나 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우 제3항의 법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있다.청구법인과 B이 서로 특수관계인에 해당하는 것으로 보기 위해서는 ①청구법인이 B의 주식을 50% 이상 소유하거나 B이 청구법인의 주식을 50% 이상 소유하는 경우, 또는 ②청구법인이 B의 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 경우나, B이 청구법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있는 경우에 해당하여야 하는데,청구법인의 경우, 청구법인이 쟁점주식을 취득할 당시 청구법인과 B은 서로의 주식을 소유하고 있지 않았고, 각각의 독립적인 법인으로 서로의 사업 추진에 대하여 직접적인 영향력을 행사하고 있다는 사실관계가 확인되지 않으며, 청구법인은 B을 합병하여 쟁점주식을 취득하고 난 후에야 비로소 D의 경영권 등에 영향력을 행사하는 것이 가능해진 점,청구법인이 심판청구를 제기하며 a 회장이 B 및 청구법인의 임원의 임면권을 행사하고 있다고 제출한 자료를 보면, E 차원에서 그룹의 임원들을 평가하는 사실이 확인되는바, a 회장이 청구법인의 사내이사 혹은 B의 주주로서 서로의 상대 법인의 임원 임면권을 행사하는 것이 아닌 E의 회장으로서 청구법인과 B의 임원들의 평가 등을 수행한 것으로 보아야 할 것이므로, E의 회장으로서 a 회장이 B의 경영에 영향을 미치는 경우와 청구법인의 임원으로서 a 회장이 B의 경영에 영향력을 미치는 경우를 같게 볼 수 없는 점,또한, 청구법인 이사회의 결의는 이사 과반수의 출석과 출석이사의 과반수로 결의한다고 정하고 있으므로 청구법인 이사회의 구성원(4명) 중 1명인 a 회장이 청구법인의 이사로서 청구법인의 경영 전반을 결정할 정도의 권한이 있다고 보기 어렵고, 반대로 B에서 a 회장이 개인 최대주주인 사실은 인정되나, 「상법」제368조 제1항에서 주주총회의 결의는 출석한 주주의 의결권의 과반수와 발행주식총수의 4분의 1 이상의 수로써 하여야 한다고 규정하고 있으므로 B 전체 주식의 9.1% 지분을 보유하고 있는 a 회장이 B 경영에 중대한 영향력을 미친다고 볼 수 없으므로 청구법인의 임원인 a 회장이 B의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고 보기 어려운 점,만약, 청구법인이 주장하는 대로 기업집단에 속하는 다른 계열회사를 무조건 특수관계인에 해당하는 것으로 보는 경우, 대기업에 대하여는 과점주주 취득세를 과세할 수 없어 불합리할 뿐만 아니라, 과점주주에 따른 제2차 납세의무의 범위가 대표사 회장 및 모든 계열회사까지 확대되는 문제가 발생하게 되는 점,「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호에 따른 본인인 법인(A)이 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자(B)를 통하여 어느 법인(C)의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고 인정되기 위해서는, 본인(A)이 가목 관계자 등(B)의 의사결정을 좌우하는 등으로 본인인 법인(A)이 어느 법인(C)에 직접 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있을 정도로 이르러야 한다고 봄이 타당(대법원 2022.1.14. 선고 2021두51973 판결)한바, 청구법인이 제시한 행정안전부의 유권해석과는 별개로 그룹사의 자회사들이 특수관계에 해당되지 않는다는 대법원 판결도 다수 존재하므로 행정안전부의 유권해석을 따라야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵고, 위 유권해석은 인적분할로 설립된 분할신설법인이 분할법인 및 지배주주와의 과점주주 집단을 형성한다는 사례이므로 청구법인과 B 간의 사실관계(흡수합병)와 부합된다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인과 B이 서로 특수관계인에 해당하여 과점주주 취득세 납세의무가 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점청구법인이 이 건 합병으로 B이 보유하던 쟁점주식을 취득한 것은 특수관계인 간 거래로서 과점주주 취득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) 이 건 법인들과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 구 A는 무수프탈산 및 플라스틱 제조업과 지주업 등을 영위하다가 별도의 지주회사 설립을 위해 2012.9.1. 인적분할을 통해 제조 사업부문을 담당하는 구 A와 순수 지주업을 담당하는 E로 분리되었다.2) E는 2021년 9월 그룹 내 화학계열사인 구 A, B, C을 청구법인을 존속법인으로 흡수합병하는 내용으로 이사회 의결을 하였고, 2021.11.1. 위 3사가 합병하면서 사명을 현재의 청구법인으로 변경하였다.3) 이 건 합병 당시 E는 계열사인 A의 발행주식 49.4%(자기주식 제외시 50.18%)를, B의 발행주식 81.38% 보유하고 있었고, B은 D의 발행주식 100%를 보유하고 있었다.(나) 청구법인은 2021.11.1. 이 건 합병으로 합병 당시 B이 보유하고 있던 쟁점주식을 취득하였다.(다) 청구법인은 이 건 합병 전 E가 청구법인의 50.18% 주주임을 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.1) 청구법인의 공시자료에 의하면, 이 건 합병 전 청구법인의 주주현황과 합병 전후 자기주식으로 보유하던 주식수는 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.＜표1＞ 이 건 합병 전 청구법인 주주현황

○

○

○＜표2＞ 청구법인의 합병 전후 자기주식 수

○

○

○2) 이 건 합병 전후 청구법인의 자기주식을 제외한 E의 청구법인 출자지분 변동은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ E의 청구법인 출자지분 변동

○

○

○(라) 이 건 합병 당시 청구법인, E 및 B의 주요 주주 및 임원현황은 아래 ＜표4＞ 및 ＜표5＞와 같다.＜표4＞ 주요 주주 현황

○

○

○＜표5＞ 임원 현황

○

○

○(마) 청구법인은 a이 B의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.1) a은 B의 주주로서 임시·정기주주총회에 참석하였으며, 위 주주총회에서 등기임원 선임, 임원 보수한도 등을 의결하였고, 페인트 사업부문을 물적분할하는 결정을 하였을 뿐만 아니라 이 건 합병을 승인하는 등 B의 전반적인 사업방침을 결정하였다.2) 특히 이 건 합병 당시 a이 청구법인의 이사회에서 청구법인의 이사로서 사업방침을 결정하였을 뿐만 아니라 B의 주주로서도 해당 합병에 이의를 제기하지 않고 「상법」제522조에 따라 합병계약서를 주주총회에서 승인하였다는 취지로 아래와 같은 청구법인의 이사회 의사록 등을 제출하였다.＜ 이 건 합병 관련 이사회 의사록 ＞

○

○

○3) 청구법인은 a이 B의 주주일 뿐만 아니라 B의 최대주주인 E의 주주로서도 영향력을 행사하고 있다는 근거로, 애경그룹 내 임원 인사관리 규정과 청구법인과 B의 임원을 평가하여 통보하는 자료를 제출하였다.＜ E의 임원 인사관리 규정＞

○

○

○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.(가) 처분청은 청구법인이 E를 통하여 B에 대한 영향력을 행사한 사실관계가 인정되지 아니하므로, 청구법인과 B 간에 특수관계가 성립하는 것으로 볼 수 없다는 의견이다.「지방세법」에서 주주 본인이 단독으로 또는 그 특수관계인과 함께 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주가 당해 법인의 자산을 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로, 과점주주가 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과(대법원 2014.9.4. 선고 2014두36266 판결, 같은 뜻임)하도록 규정하고 있으나, 과점주주 집단 내부에서 주식이 이전되는 경우나 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우 또는 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에는 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받았다 하더라도 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다 할 것(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임)이다.「지방세기본법」상 특수관계인의 범위는 2013.1.1. 개정을 통해 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계로 구체화되어 현행의 체계를 갖추게 되었고, 특히 경영지배관계에 있어서는 당사자 간 직접 지배관계가 있는 경우 외에도 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계에 있는 자를 통하여 지배력을 행사하는 ‘간접 지배관계’에 있는 자도 특수관계인으로 포섭하도록 규정하였으며, 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항에서는 ‘지배적인 영향력 행사 여부’에 관하여 ‘50% 이상 출자한 경우(가목)’와 ‘사실상 영향력을 행사한 경우(나목)’를 구분하여 규정하였는데, 사실상 영향력을 구체적으로 입증해야 하는 위 규정 나목과 달리, 가목의 지분율을 충족하는 경우에는 지분관계의 형성 그 자체만으로 지배적인 영향력을 행사하는 것으로 보겠다는 입법취지로 이해되고, 직접 지배관계와 간접 지배관계의 경우를 달리 적용한다는 별도의 규정이 없으므로 본인이 직접 지분관계를 형성하는 경우뿐만 아니라 그의 특수관계인을 통하여 50% 이상 출자한 경우 또한 지분율에 근거하여 그 자체로 ‘지배적인 영향력’ 여부가 인정된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.이 건으로 돌아와 보건대, 이 건 합병 직전 E가 청구법인 발행주식의 50.18%(자기주식 제외)를 보유하고 있었으므로 E와 청구법인 간에는 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목에 따른 경영지배관계가 성립한다 할 것이고, E가 B 발행주식의 81.36%를 보유하고 있어 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 가목에 따른 지배적인 영향력을 행사하는 경우에 해당하므로, a이 청구법인의 임원으로서 B에 사실상 영향력을 행사하였는지 여부는 별론으로 하더라도, 청구법인은 경영지배관계에 있는 E를 매개로 B의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우로서 B과 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목에 따른 경영지배관계에 해당한다 할 것이다.(나) 한편, 처분청은 이 건의 경우와 같이 모회사를 중심으로 자회사들 간의 특수관계를 인정한다면 과점주주 취득세를 부과할 수 없는 특수관계인의 범위가 확대되거나 제2차 납세의무가 지나치게 확대되는 문제가 발생할 수 있다는 의견도 제시하였다.「지방세법 시행령」(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제11조에서 과점주주란 「지방세기본법」(2020.12.29. 법률 제17768호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제46조 제2호에서 과점주주를 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들로 규정하면서 같은 법 시행령 제24조 제3호에서 대통령령으로 정하는 자의 범위에 같은 령 제2조 제3항 제2호 가목 및 나목의 관계를 포함한다고 규정하고 있으며, 제2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위 또한 동일하게 규정하고 있다.또한, 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목에서 법인이 직접 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을, 나목에서 위 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인의 범위에 포함하고 있고, 같은 법 같은 조 제4항에서 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우를 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 규정하고 있다.조세법률주의 원칙은 납세의무자, 과세물건, 과세표준, 세율과 같은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용을 허용하지 아니함을 뜻하는바(대법원 2017.4.20. 선고 2015두45700 판결, 같은 뜻임),「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목에서 ‘가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 특수관계인으로 규정하고 있을 뿐, 본인이 가목의 관계에 있는 자에 대하여 지배적인 영향력을 행사하여야 한다는 등의 요건이 별도로 규정되어 있지 아니한 점,「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목의 경우 본인인 법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 법인을 정의하고 있음에도, 나목에서 가목의 관계에 있는 자를 해석함에 있어 본인인 법인이 가목의 관계에 있는 자에게 지배적인 영향력을 행사하여야 할 것을 전제하다면, 가목과 나목이 서로 충돌하는 모순이 발생하는 점,이와 관련하여 행정안전부에서도 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목의 규정을 토대로 모회사가 두 개의 자회사를 거느리고 있는 경우에는 형제회사간의 특수관계가 됨으로써 과점주주 집단을 형성한다고 유권해석(행정안전부 부동산세제과-1563, 2024.4.30.)한 점 등에 비추어, 과점주주의 범위가 확대되어 간주취득세를 부과할 수 없다거나 제2차 납세의무가 지나치게 확대된다는 사유로 지방세관계법령에서 규정하고 있는 것을 넘어 그 문구를 유추·해석하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배되는 것으로서 타당하지 않다 하겠다.(다) 따라서, 청구법인과 B은 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 나목 등에 따라 특수관계가 성립한다고 보아야 하고, 그렇다면 쟁점주식의 이전은 과점주주 집단 내 거래로서 과점주주 취득세 과세대상에 해당하지 아니하므로(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임), 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법(2021.7.8. 법률 제18294호로 일부개정된 것)제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

(2) 지방세법 시행령(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 일부개정된 것제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 “주식등”이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

(3) 지방세기본법(2020.12.29. 법률 제17768호로 일부 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.34. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계나. 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계다. 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.

다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)(4) 지방세기본법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31341호로 일부개정된 것제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 “혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.1. 6촌 이내의 혈족2. 4촌 이내의 인척3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자·직계비속② 법 제2조 제1항 제34호 나목에서 “임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람3. 제1호 또는 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서 “주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인2. 본인이 법인인 경우가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인④ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

경기도 광주시장이 2025.4.15. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.