학술연구단체가 취득한 부동산을 행정기관의 요청에 의하여 제3자에게 그 일부를 임대한 경우 임대부분에 대하여 취득세 등을 추징한 처분의 적법여부(기각)

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이

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○시

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○구

○

○동

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○번지외 3필지 대지 2,174㎡ 및 동 지상건축물 15,301.17㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 2003.8.11. 취득한데 대하여 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제288조제2항의 규정에 의하여 학술연구단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세 등을 면제하였으나, 그 후 지상 3층 건축물의 일부인 510.89㎡(그 부속토지를 포함하여 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 청구외 재단법인

○

○ 연구재단에 임대하였으므로, 임대 부분에 대하여 안분계산한 취득가액(781,301,429원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 19,838,790원, 농어촌특별세 1,718,860원, 등록세 84,380,540원, 지방교육세 15,469,760원, 합계 121,407,950원(가산세 포함)을 2005.2.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 청구외 재단법인

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○연구재단에 쟁점 부동산을 임대한 것은 관리감독기관인

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○부의 거듭된 요청에 의하여 부득이 이루어진 행위로서 하급기관인 청구인의 입장에서는 이를 불가항력적으로 수용할 수 밖에 없었을 뿐더러, 이러한 임대가 고의 또는 탈세를 목적으로 이루어진 것이 아니라 정책결정 과정에서 불가피하게 이루어진 특수한 사항으로서 이는 정당한 사유에 해당된다 할 것임에도, 단지 임대하였다고 하여 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 학술연구단체가 취득한 부동산을 행정기관의 요청에 의하여 제3자에게 그 일부를 임대한 경우 임대부분에 대하여 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제288조 제2항에서 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제하되, 다만 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 부동산을 2003.8.11. 취득한 후

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○부장관으로부터 청구외 재단법인

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○연구재단의 사무실 사용 협조요청(2004.5.17. 교육과정정책과-1422)을 받고 쟁점 부 동산에 대하여 청구외 재단법인

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○ 연구재단과 시설물 사용협약을 2004.5.24. 체결하면서 사용기간은 2004.5.24.부터 2005.12.31.까지(사용기간 만료 60일전가지 임대료 및 관리유지비에 한해 쌍방이 협의·조정하여 재계약을 체결함)로 하고, 월 평당 22,000원의 관리유지비(부가가치세 별도)를 지급받기로 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 쟁점 부동산을 임대한 것은 관리감독기관의 거듭된 요청에 의하여 부득이 이루어진 행위일 뿐더러, 이러한 임대가 정책결정 과정에서 불가피하게 이루어진 특수한 사항으로서 이는 정당한 사유에 해당된다 할 것임에도, 단지 임대하였다고 하여 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 구 지방세법 제288조 제2항에서 학술연구단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서, 그 단서에서 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는바, 취득일부터 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 못하는 경우는 정당한 사유가 있는지 여부를 살펴서 추징여부를 판단하여야 하나, 단서 후단에 의한 추징 요건은 취득한 부동산을 2년 이상 고유업무에 사용하지 아니하고 매각하는 등 일정기간 이상 고유업무에 사용하는 것을 강제하기 위하여 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 정당한 사유 유무에 불구하고 추징하는 것으로 해석되는 것이라 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 제2004-127호, 2004.5.31)으로, 청구인의 경우 이 사건 부동산 취득일부터 1년도 경과하기 전인 2004.5.24. 청구외 재단법인

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○연구재단에 쟁점 부동산을 임대함으로써 임대시점에 취득세 등의 추징 요건이 충족되었다 하겠으므로 처분청의 이 사건 취득세 등 부과처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2005. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관

「지방세법 시행령」 제228조 【기업부설연구소】