청구인이 쟁점토지 취득일 기준으로 2년 이전부터 계속 영농에 종사하였는지 여부

1. 처분개요가. 청구인은 2025.12.24. 경기도 시흥시 OOO 토지(답, 4,007㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득(매매)한 후, 그 취득가액(OOO원)을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조 제1항 제7호 가목(1천분의 30, 이하 “농지세율”이라 한다)의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후, 청구인은 2026.1.16. 처분청에 쟁점토지의 취득이 「지방세특례제한법」제6조 제1항에 따른 자경농민이 직접 경작할 목적으로 취득한 농지로서 취득세 100분의 50 경감대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2026.1.29. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.3.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 경기도 광명시 OOO 농지(1,045㎡, 이하 “이 건 농지”라 한다)를 2017.4.28. 취득한 이후, 이 건 농지는 2017.7.18. 농지원부에 등재되었고 2022.4.8. 농지대장이 작성되어 이를 통해 청구인이 이 건 심판청구 현재까지 영농활동을 하고 있음이 확인된다.2024년도 농지대장상 광명시 3기 신도시 수용에 따른 개발 예정지로서 농지실태조사가 실시되지 아니하여 시스템상 모두 휴경으로 표기되었으나 실제로는 이 건 농지에서 계속 경작이 이루어졌는데,2024년 등록한 농업경영체등록확인서에 따르면, 이 건 농지의 약 60%의 면적은 다년생 식물(매실 등)을 재배하고 약 10%의 면적에는 도라지, 더덕 등을 재배하고, 나머지 30%의 면적에는 한번 구입한 씨앗으로 1∼3년 사용이 가능한 상추, 콩, 옥수수 등을 재배하며, 모종을 구입하여 고추, 고구마, 배추, 가지, 토마토 등을 재배하고 있다.유기농을 위해 퇴비를 자체 생산하여 사용하거나 주변 우사의 부산물을 무상으로 공급받아 사용하기도 하였으므로 구입하는 퇴비의 양은 적은 편이고, 농자재의 경우 2017년∼2018년 구매하여 계속해서 사용하고 있으나 구입 영수증의 일부는 변색되었거나 현금 거래로 인해 관련 증빙을 제출하기 어려운 현실이다.일부 과다하게 생산되어 자체 소비가 어려운 농산물(애호박, 늙은호박, 가지 등)은 주변 도소매 업자 요청에 의해 판매하기도 하였으나 사업자 미등록으로 증빙하지 못하였고, 이 건 농지 약 60%의 면적에서 생산되는 매실은 친환경 무농약으로 재배하여 청구인의 가족들이 선호해 매년 함께 수확하고 있으며, 약 30%의 면적에서 생산되는 고구마, 감자, 고추, 배추 등은 자급자족하고 있으며, 올해(2026년) 과채류 등은 아직 농사 시기가 아니어서 재배하고 있지 않으나 다년생 재배와 농사의 흔적으로 계속하여 영농활동을 하고 있음을 확인할 수 있다.따라서 청구인은 2017년부터 계속하여 영농에 종사하고 있는 자경농민에 해당하므로 쟁점토지에 대하여 자경농민 감면을 적용하여 취득세를 경감하여야 한다.

나. 처분청 의견청구인은 2017년부터 계속하여 영농에 종사하고 있는 자경농민에 해당하므로 쟁점토지에 대하여 자경농민 감면을 적용하여야 한다고 주장하고 있어 살펴보면,조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면 요건 규정 중 명백한 특혜규정에 해당하는 경우에는 이를 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결 참조)이고,「지방세특례제한법 시행규칙」제2조의2 제3항 제3호에 따른 행정안전부 고시 제2023-83호의 “자경농민 및 자영어민 확인을 위하여 제출하는 서류” 제6조에서 감면신청인이 2년 이상 영농에 종사하였는지의 여부를 확인하기 위해 제출하는 서류는 농업경영체등록확인서로 하고, 다만, 농업경영체등록확인서가 없는 경우에는 농지원부, 농산물 거래내역, 농약 및 퇴비 거래내역 등의 입증서류를 제출받아 확인하도록 하고 있는바,청구인의 농업경영체 증명서에 의하면, 청구인은 2024.4.25. 최초로 농업경영체 등록을 한 것으로 나타나고 청구인은 이로부터 2년 이내인 2025.12.24. 쟁점토지를 취득하여 2년 이상 영농에 종사하였다고 볼 수 없는 점, 또한 청구인이 제출한 2024∼2025년도 거래영수증으로 확인되는 모종·비료 등의 투입 규모는 이 건 농지의 면적(1,045㎡)에 비추어 현저히 미미한 수준에 불과하여 이 건 농지에서 통상적인 영농이 이루어졌다고 보기 어려운 점,청구인의 농지원부에는 농지가 등록되어 있는 것을 확인할 수 있으나, 농지원부는 농지를 효율적으로 이용하고 관리하기 위하여 작성되는 행정자료에 불과한 것으로 이 건 농지가 농지원부에 등재되어 있다는 사실만으로 영농에 사용하였다고 인정하기 어렵다 할 것(대법원 2012.4.26. 선고 2012두1426 판결, 같은 뜻임)인 점,아울러, 「지방세특례제한법」제6조는 농업에 직접 종사하는 자가 농업활동에 직접 사용하기 위해 취득하는 농지 및 농업시설물에 대한 세제지원을 통해서 농업의 육성 및 농민의 안정적인 농업활동을 지원하기 위함이라 할 것이고, 따라서 자경농민은 단순히 농작물을 재배하는 행위만으로 인정되는 것이 아닌 농업을 주업으로 하여 계속적·반복적으로 영농에 종사하는 경우에 해당하여야 할 것인바, 농산물의 판매 여부는 해당 영농활동이 주업으로서 이루어지는지 여부를 판단할 수 있는 중요한 간접적 요소라 할 수 있을 것임에도, 청구인은 농산물을 판매하지 아니하고 가족 및 친지와 함께 소비하는 자급자족 형태로 경작한 것으로 확인되는 점을 고려하면 해당 경작이 농업을 주업으로 한 계속적·반복적 영농활동으로 이루어졌다고 인정하기는 어렵다 할 것인 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점토지 취득일 시점에 2년 이상 영농에 종사한 것으로 보기는 어려우므로 처분청에서 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 쟁점토지 취득일(2025.12.24.) 기준으로 2년 이전부터 계속 영농에 종사하였는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 농지원부(최초작성일자 : 2017.7.18.)에 따르면, 청구인의 소유농지현황은 2017.4.9. 취득한 광명시 소재 이 건 농지(1,045㎡)로, 주재배작물은 채소 및 관상수로 등록되어 있음이 확인된다.(나) 농지대장 제1장에 따르면, 이 건 농지의 이용 현황은 ‘다년생식물재배’, 경작현황은 농업경영(본인 경작, 확인일자 2025.12.8.)으로 확인되고, 경기도 광명시에서 2024.1.1. 조사한 농지이용실태조사 현황상 이용현황은 ‘휴경’으로 확인된다.(다) 경기도 광명시 시행 공문 ‘농지대장 상 실제경작 여부 확인 관련 협조 요청’(광명시 도시농업과-2001호, 2026.1.9.)에 따르면, 2024년도에 대한 농지이용실태조사가 실시되지 아니한 사실이 확인되는바, 그 내용은 아래와 같다.<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>3. 광명시 내 개발예정지가 많아 단속했을 경우, 농지처분의무를 이행하기 현실적으로 어려워 농지법 위반 단속 및 행정처분에 대한 유보결정(2023. 1.)을 내린바 있습니다.

이에 따라, 2024년 농지이용실태조사를 미실시하게 됐고, 실제경작여부와 상관없이 미실시된 모든 지역은 시스템상 모두 휴경으로 표기되었습니다. </p> <p>4. 이러한 표기로 인해 휴경 없이 계속 경작하셨던 농업인의 피해가 있을 수 있어 안내드리오니, 실제 경작 여부 확인은 농지대장 상 맨 앞페이지 오른쪽 상단에 이용현황을 통해 확인하여 주시기 바라며, 2024년 농지이용실태조사란에 휴경 표기는 실제경작여부와 무관함을 알려드립니다(

※ 실제 휴경인 경우, 이용현황에 휴경으로 표시됨). </p> <p>5. 농업인들의 불이익이 없도록 농지대장 확인 시 주의하여 주시기 바랍니다. 끝. </p></td></tr></tbody></table>(라) 청구인이 2024.4.25. 최초등록한 농업경영체 등록 확인서(2025.12.9. 발급)에 따르면, 이 건 농지의 실제경작 면적은 1,020㎡로 확인되고, 매실, 도라지, 과채류 기타 등을 재배하고 있는 것으로 확인된다.(마) 소득금액증명원에 따른 청구인의 2023년도 소득금액(사업소득)은 OOO원, 2024년도 소득금액(사업소득)은 OOO원으로 확인된다.(바) 주민등록표(초본)에 따르면, 쟁점토지 취득일(2025.12.24.) 기준 청구인의 주소지는 경기도 광명시 OOO로 확인된다.(사) 청구인은 농자재 영수증을 다음과 같이 제출한바, 그 내용은 아래 ＜표＞와 같다.＜표＞ 청구인이 제출한 농자재 영수증

○

○

○(아) 행정안전부가 2024.1.1. 자경농민 및 자영어민 확인을 위하여 고시(제2023-83호)한 “자경농민 및 자영어민 확인을 위하여 제출하는 서류”의 내용은 아래와 같다.<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>제2조(정의) 이 고시에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. </p> <p> <span>1. "자경농민"이란 취득일 현재 <a href="#here6" title="지방세특례제한법제6조 새창 열림" onclick="javascript:lawJomunHistoryPopup_content_new('지방세특례제한법제6조', '', '', '2026지0807', '20260701', '1'); return false;">「지방세특례제한법」 제6조</a><a name="here6"></a> 제1항의 자경농민을 말한다.

</span><span></span> </p> <p> <span>2. "자영어민"이란 취득일 현재 <a href="#here7" title="지방세특례제한법시행령제5조 새창 열림" onclick="javascript:lawJomunHistoryPopup_content_new('지방세특례제한법시행령제5조', '', '', '2026지0807', '20260701', '1'); return false;">「지방세특례제한법 시행령」 제5조</a><a name="here7"></a>제1항에 따른 사람 또는 「후계농어업인 및 청년농어업인 육성ㆍ지원에 관한 법률」제8조에 따른 후계어업경영인을 말한다.

</span><span></span> </p> <p> <span>3. "2년이상 영농에 종사한 사람"이란 취득일을 기준으로 2년 전부터 계속하여 영농에 종사한 사람을 말한다. </span><span></span> </p> <p> <span> </span> </p> <p>제6조(영농 및 영어 종사여부 확인 서류) 감면신청인이 2년 이상 영농에 종사하였는지의 여부를 확인하기 위해 제출하는 서류는 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙」 별지 제2호의4 서식에 따른 농업경영체 등록(변경등록)확인서로 하고, 직접 어업에 종사하거나 어업을 전업으로 하는지의 여부를 확인하기 위해 제출하는 서류는 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙」 별지 제5호서식에 따른 어업경영체 등록(변경등록)확인서로 한다.

다만, 농업경영체 등록(변경등록)확인서가 없는 경우에는 농지대장, 농산물 거래내역, 농약 및 퇴비 거래내역 등의 입증서류를 제출받아 확인하고, 어업경영체 등록(변경등록)확인서가 없는 경우에는 어선원부, 수산물 거래내역, 양어사료 거래내역 등의 입증서류를 제출받아 확인한다. </p></td></tr></tbody></table>(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세특례제한법 시행령」 제3조에 따르면 ‘농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람’이란 본인 또는 배우자 중 1명 이상이 농지를 소유하거나 임차하여 경작하는 방법으로 직접 2년 이상 계속하여 농업에 종사하는 사람 등을 말하고, 「지방세특례제한법 시행규칙」 제2조의2와 행정안전부 고시(제2023호-83호)의 제2조 제3호에서는 2년 이상 영동에 종사한 사람이란 취득일을 기준으로 2년 전부터 계속하여 영농에 종사한 사람을 말하고 ‘자경농민 및 자영어민 확인을 위하여 제출하는 서류’ 제6조에 따르면 영농에 종사하였는지 여부는 농업경영체등록확인서로 확인하고, 위 확인서가 없는 경우 농지원부, 농산물 거래내역, 농약 및 퇴비 거래내역 등의 입증서류로 대신하도록 규정하고 있다.(나) 자경 농민 감면 대상이 되는지의 여부는 그 취득세 납세의무 성립 당시 유효한 법령 및 사실관계 등에 따라 판단하여야 하고, 자경농민의 요건을 ‘취득일 현재 직접 2년 이상 계속하여 농업에 종사할 것’으로 명시하고 있으므로 자경농민으로서 취득세가 감면되는 대상은 농지 취득일을 기준으로 2년 이전부터 새로운 농지를 취득하는 날까지 계속하여 농업에 직접 종사하는 자가 취득하는 농지라야 할 것(조심 2022지1331, 2023.6.1. 외 다수, 같은 뜻임)인바,국립농산물품질관리원장이 2025.12.9. 발급한 농업경영체 증명서에 의하면 청구인은 2024.4.25. 최초로 농업경영체 등록을 한 것으로 나타나고, 이로부터 2년 이내인 2025.12.24. 쟁점토지를 취득한 점,청구인이 제출한 농지원부에는 청구인 소유의 이 건 농지를 자경한 것으로 나타나지만, 농지원부에 등재되어 있다는 사실만으로 직접 2년 이상 농업에 종사하였다고 단정하기 어려운 점,청구인이 제출한 농자재 영수증은 소액에 불과하여 이 건 농지에서 청구인이 계속하여 농업에 직접 종사하였다는 사실을 객관적으로 입증하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어,청구인이 자경농민에 해당하지 아니한다고 보아 쟁점토지의 취득에 대하여 「지방세특례제한법」 제6조에 따른 자경농민의 농지 취득에 대한 취득세 등 감면을 적용하지 아니하는 것으로 하여 청구인의 경정청구를 거부한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법제6조(자경농민의 농지 등에 대한 감면) ① 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람 또는 「후계농어업인 및 청년농어업인 육성ㆍ지원에 관한 법률」 제8조에 따른 후계농업경영인 및 청년창업형 후계농업경영인(이하 이 조에서 “자경농민”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 직접 경작할 목적으로 취득하는 대통령령으로 정하는 농지(이하 이 절에서 “농지”라 한다) 및 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2026년 12월 31일까지 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령제3조(자경농민 및 직접 경작농지의 기준 등) ① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 농업을 주업으로 하는 사람으로서 2년 이상 영농에 종사한 사람”이란 본인 또는 배우자[「주민등록법」 제7조에 따른 세대별 주민등록표(이하 “세대별 주민등록표”라 한다)에 함께 기재되어 있는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다] 중 1명 이상이 취득일 현재 다음 각 호의 요건을 모두 갖추고 있는 사람을 말한다.

1. 농지(「지방세법 시행령」 제21조에 따른 농지를 말한다. 이하 같다)를 소유하거나 임차하여 경작하는 방법으로 직접 2년 이상 계속하여 농업에 종사할 것2. 제1호에 따른 농지의 소재지인 특별자치시ㆍ특별자치도(관할 구역 안에 지방자치단체인 시ㆍ군이 없는 특별자치도를 말한다)ㆍ시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다. 이하 “시ㆍ군ㆍ구”라 한다) 또는 그와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구에 거주하거나 해당 농지의 소재지로부터 30킬로미터 이내의 지역에 거주할 것3. 직전 연도 농업 외의 종합소득금액(「소득세법」 제4조 제1항 제1호에 따른 종합소득에서 농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득 및 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득을 제외한 금액을 말한다)이 「농업ㆍ농촌 공익기능 증진 직접지불제도 운영에 관한 법률」 제9조 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제6조 제1항에 따른 금액 미만일 것② 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문 및 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 각각 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우를 말한다.

1. 농지 및 임야의 소재지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(개발제한구역과 녹지지역은 제외한다. 이하 이 항 및 제4항에서 “도시지역”이라 한다) 외의 지역일 것2. 농지 및 임야를 취득하는 사람의 주소지가 농지 및 임야의 소재지인 시ㆍ군ㆍ구 또는 그 지역과 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 지역이거나 농지 및 임야의 소재지로부터 30킬로미터 이내의 지역일 것3. 본인 또는 배우자가 소유하고 있는 농지 및 임야(도시지역 안의 농지 및 임야를 포함한다)와 본인 또는 배우자가 새로 취득하는 농지 및 임야를 모두 합한 면적이 논, 밭, 과수원은 3만제곱미터(「농지법」에 따라 지정된 농업진흥지역 안의 논, 밭, 과수원은 20만제곱미터로 한다), 목장용지는 25만제곱미터, 임야는 30만제곱미터 이내일 것.

이 경우 초과부분이 있을 때에는 그 초과부분만을 경감대상에서 제외한다.③ 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 농지”란 「지방세법 시행령」 제21조에 따른 농지를 말한다.

(3) 지방세특례제한법 시행규칙제2조의2(자경농민 농지 감면 및 자영어민 어업용 토지 감면 소득기준 등의 범위) ③ 법 제6조에 따라 취득세를 경감받으려는 자(이하 이 항에서 “감면신청인”이라 한다)는 제2조 제1항에도 불구하고 별지 제1호의2서식에 따른 감면신청서에 제2항에 따른 소득금액을 확인할 수 있는 다음 각 호(3. 2년 이상 영농에 종사하고 있음을 확인하는 서류로서 행정안전부장관이 정하여 고시하는 서류)의 서류를 첨부하여 관할 지방자치단체의 장에게 제출해야 한다.

이 경우 감면신청인이 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록등본 등의 확인에 동의하는 경우에는 그 확인으로 주민등록등본 등의 제출을 갈음할 수 있다.

(4) 지방세법제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 상속으로 인한 취득가. 농지 : 1천분의 23나. 농지 외의 것 : 1천분의 282. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때(5) 농업ㆍ농촌 공익기능 증진 직접지불제도 운영에 관한 법률 시행령제6조(농업 외의 종합소득금액) ① 법 제9조 제3항 제1호에서 “농업 외의 종합소득금액이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 자”란 지급대상자 등록신청 연도의 직전 연도를 기준으로 농업 외의 종합소득금액이 3천700만원 이상인 농업인을 말한다.