청구인이 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제 후 투자금을 회수한 것으로 보아 해당 소득공제를 배제한 처분의 당부 등

1. 처분개요가. 청구인은 2023.12.26. ㈜A(2023.12.6. 벤처기업으로 확인된 법인으로, 이하 “쟁점법인”이라 한다)에 OOO원(이하 “쟁점투자금”이라 한다)을 투자하여, 쟁점법인이 발행한 우선주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하였고, 2023년 귀속 종합소득세 신고 시, 위 투자금액에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제16조 제1항 제1호에 따른 ‘벤처투자조합 출자 등에 소득공제’(이하 “쟁점소득공제”라 한다)를 적용하였다.

나. 대전지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.11.5.∼2024.12.24. 기간 동안 쟁점법인에 대한 범칙조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 대표이사인 B가 청구인의 투자일로부터 수일 내에 청구인 계좌로 쟁점투자금 상당액을 이체한 사실을 확인하여, 청구인이 쟁점법인에 투자한 자금을 다시 되돌려받은 것으로 보아, 쟁점투자금이 쟁점소득공제 적용대상에서 배제된다는 내용 등을 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2025.10.28. 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 쟁점주식을 쟁점법인이나 제3자에게 매도하지 아니하였다.조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결), 조특법 제16조 제3항에 따른 추징은 법문 그대로 벤처기업 투자자들이 출자금을 회수하거나 이전하는 경우에만 이뤄져야 하고, 쟁점법인이 청구인으로부터 지분을 매입하거나, 청구인이 쟁점주식을 제3자에게 매각하는 경우가 아니라면 위 조항의 적용대상이 아니다.

(2) 청구인은 쟁점법인에 납입한 출자금을 회수하지 아니하였다.(가) 대법원은 “「법인세법」 제15조 제1항은 법인의 순자산을 증가시키는 거래라고 하더라도 ‘자본 또는 출자의 납입’은 익금에서 제외된다고 규정하고 있고, 입법 취지 및 문언의 내용, ‘자본 또는 출자의 납입’의 의미에 대하여 「법인세법」이 별도의 정의 규정을 두고 있지 않은 이상 특별한 사정이 없는 한 「상법」상 의미와 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성이나 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합하므로, ‘자본 또는 출자의 납입’은 「상법」상 회사 설립 또는 설립 후 신주 발행 시 이루어지는 납입행위(「상법」 제295조 제1항, 제303조, 제305조 제1항, 제421조 제1항 등)만을 가리킨다고 보아야 한다”고 판단하였다(대법원 2023.11.30. 선고 2019두58445 판결).(나) 한편, 「상법」상 가장납입 여부가 문제된 사안에서, 대법원은 “피고의 주장은 OOO 회사의 주금납입이 가장납입에 해당함을 전제로 하는데, 이 점을 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라 피고의 대표이사가 1996.12.27. 납입주금 중 OOO원을 인출하여 OOO회사에게 대여한 것일 뿐이므로 피고의 위 주장은 이유 없어 배척될 것임이 명백하다”고 판단(대법원 2003.11.27. 선고 2003다5337 판결)하는 등 납입된 주금이 인출된 경우라도 그 자금이 대여된 경우 이는 주금이 인출된 것이 아니라고 보았다.(다) 위 판례에 따르면, 쟁점법인이 직접 청구인에게 청구인이 출자한 금원을 대여해주더라도, 이는 청구인이 출자금을 회수한 것이 아니다.

하물며 쟁점법인이 아닌 C 개인의 청구인에 대한 대여행위를 청구인의 쟁점법인 출자금으로 볼 수 없다. 현재 청구인은 쟁점법인의 주주이다.

(3) 실질과세 원칙의 한계를 고려할 때, 이 건 처분은 부당하다.(가) 대법원은 “실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다.

다만, 납세의무자는 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다”고 판시하였다(대법원 2023.11.30. 선고 2020두37857 판결).(나) 청구인은 쟁점법인에 대한 장기적인 투자의 관점에서 지분 출자를 하였고, C과의 금전대차 거래는 쟁점법인과는 무관하다. 위 대법원 판례와 같이 청구인이 선택한 거래를 그 거래 결과만을 가지고 과세대상으로 삼는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점법인은 정상적인 벤처기업으로 볼 수 없다.(가) 쟁점법인의 실질적 대표자인 C(B의 배우자)은 벤처기업 등록을 위하여 D를 설립하고 쟁점법인에 투자한 것으로 나타나나, 이는 쟁점법인의 벤처기업 등록 요건을 갖추기 위한 형식적인 투자로 확인되고, 쟁점법인은 연구개발이나 혁신성장에 해당하는 벤처업무를 수행한 사실이 없다.(나) D에 투자한 조합원들(E 외 OOO명)은 대부분 병ㆍ의원 원장인 것으로 나타난다.(다) 쟁점법인은 세무법인 F와 동일한 장소에 소재하고 있고, 사업장을 세무법인 F에 임대하고 있으며, 직원들 대부분이 세무법인 F의 직원과 중복되는 등 쟁점법인이 실제 사업을 운영하는지 여부가 불분명하다.또한, C은 세무법인 F의 사무장으로서 벤처투자자 모집 당시 세무법인 직원의 단체대화방 등을 통하여 세무법인의 각 직원이 병원장들에게 벤처투자 안내문을 전달하고 투자금을 모집하도록 지시하였다.

(2) 쟁점법인은 청구인을 비롯한 OOO명으로부터 2023.12.20.∼2023.12.26. 기간동안 OOO원을 투자금 명목으로 지급받고, 2023.12.29.∼2024.1.3. 기간동안 투자금액 전부를 투자자들에게 돌려주었는데, 청구인을 비롯한 투자자 OOO명은 이를 통해 부당하게 총 OOO원의 종합소득세 소득공제를 적용받았다.(가) C은 병ㆍ의원 원장들이 부당하게 쟁점소득공제를 적용받을 수 있도록 사전에 계획하고, 쟁점법인이 투자명목으로 지급받은 금원을 쟁점법인의 대표이사 B의 계좌로 송금한 후, 해당 계좌를 통해 청구인에게 투자금을 돌려주었다.(나) C은 조사청의 심문조서 작성 당시, 청구인을 비롯한 투자자들로부터 투자일로부터 3년 이내 투자금을 회수하였으므로, 조특법 제16조 제2항에 따라 청구인이 소득공제를 적용받은 쟁점투자금 전액 등이 추징대상임을 인정하였다.(다) 쟁점법인은 병ㆍ의원 원장들을 설득하여 총 OOO명으로부터 OOO원을 투자금 명목으로 받았고, 일주일 내에 위 원장들에게 전액을 돌려주었으나, 위 원장들은 소득공제를 받아 총 OOO원의 세액을 탈루하였다.(3) C은 위 원장들로부터 소득공제에 대한 수수료 명목으로 OOO원의 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서를 발급하고, 대가를 지급받았다.C은 자본금을 투자자들에게 돌려주면 업무상 배임의 문제가 생길 것을 우려하여, 쟁점법인이 B를 통하여 투자자들에게 자금을 대여한 것처럼 가장하였고, 쟁점법인이 부담할 가지급금 인정이자, 증자비용, 법인세액 등을 위 원장들에게 전가할 목적으로 투자금액의 10%(OOO원)을 받고, 이와 관련하여 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서(공급가액 : OOO원, 품목 : 기획컨설팅) 를 발급하였다.

(4) 청구인은 쟁점법인이 C에게 자금을 대여하였고, C이 이를 청구인에게 대여하였다고 주장하나, 청구인이 C과 작성한 금전대차계약서 등 증빙이 제시되지 아니하였고, 쟁점법인의 재무제표상 계상한 단기대여금은 없는 것으로 나타나는바, 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 쟁점법인에 투자한 투자금을 회수한 것으로 보아 조특법 제16조에 따른 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제를 배제한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 쟁점법인의 주요 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 쟁점법인의 주요 현황OOO(2) 청구인이 운영하는 병원 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 청구인이 운영하는 병원 현황OOO(3) 청구인이 쟁점법인에 자금을 투자한 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 청구인이 쟁점법인에 자금을 투자한 내역OOO(4) B(쟁점법인의 사업자등록증상 대표이사)가 청구인의 계좌로 자금을 송금한 내역은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ B가 청구인에게 자금을 송금한 내역OOO(5) 조사청이 2024.11.5.부터 2024.12.24.까지 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시하고 작성한 조사보고서 중 주요 내용은 아래 ＜표5＞와 같은바, 쟁점법인의 실제 대표이사인 C은 청구인을 비롯한 병ㆍ의원장들이 벤처기업으로 등록한 쟁점법인에 자금을 투자하면 즉시 이를 되돌려주는 방법으로 부당하게 쟁점소득공제를 적용받은 것으로 기재되어 있다.＜표5＞ 쟁점법인에 대한 세무조사보고서의 주요 내용OOO(6) 청구인이 제출한 쟁점법인의 2024사업연도 주식등변동상황명세서를 보면 청구인은 2024.12.31. 현재 쟁점법인의 우선주 OOO주(지분비율 0.34%)를 보유하고 있는 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 제16조 제1항 제4호에서 거주자가 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업 등에 투자하는 경우에 투자금액의 일정 비율을 종합소득에서 공제하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제3호에서 제1항 제4호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 이전하거나 회수하는 경우에는 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징하도록 규정하고 있는바,이 건의 경우 청구인이 2023.12.26. 쟁점법인에 투자금 명목으로 입금한 금액과 같은 금액이 수일 내인 2024.1.3. 청구인의 계좌로 이체된 사실이 계좌 거래내역에서 확인되었고, 쟁점법인에 대한 세무조사보고서를 보면 쟁점법인의 실제 대표이사로 조사된 C은 쟁점법인에 투자금 명목으로 입금된 금액을 투자자들에게 전액 반환한 사실을 인정하였으며, C이 송부한 문자메시지에 ‘투자금은 증자 후 바로 리턴해주고’라는 표현이 기재되어 있는 것으로 나타나는바, 청구인은 쟁점법인에 투자를 한 것처럼 위장하기 위해 쟁점법인에 자금을 이체한 것으로 보이는 점, 청구인은 B(쟁점법인의 대표이사)가 청구인의 계좌로 이체한 금액은 자금의 대여액이라고 주장하나, 청구인을 비롯한 투자자들이 쟁점법인에 투자한 금액과 같은 금액을 수일 내에 다시 차입하였다는 주장을 납득하기 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구인은 쟁점법인에 실제 자금을 투자한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점소득공제를 배제하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1)조세특례제한법제16조【벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제】① 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 출자 또는 투자를 하는 경우에는 2025년 12월 31일까지 출자 또는 투자한 금액의 100분의 10(제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 해당하는 출자 또는 투자의 경우에는 출자 또는 투자한 금액 중 3천만원 이하분은 100분의 100, 3천만원 초과분부터 5천만원 이하분까지는 100분의 70, 5천만원 초과분은 100분의 30)에 상당하는 금액(해당 과세연도의 종합소득금액의 100분의 50을 한도로 한다)을 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도(제3항의 경우에는 제1항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 종합소득금액에서 공제(거주자가 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제시기 변경을 신청하는 경우에는 신청한 과세연도의 종합소득금액에서 공제)한다.

다만, 타인의 출자지분이나 투자지분 또는 수익증권을 양수하는 방법으로 출자하거나 투자하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우2. 대통령령으로 정하는 벤처기업투자신탁(이하 이 조에서 "벤처기업투자신탁"이라 한다)의 수익증권에 투자하는 경우3. 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조 및 제16조의5에서 "벤처기업등"이라 한다)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 투자하는 경우4. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 벤처기업등에 투자하는 경우5. 창업ㆍ벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우6. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제117조의10에 따라 온라인소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 대통령령으로 정하는 기업의 지분증권에 투자하는 경우② 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득공제를 적용받은 거주자가 출자일 또는 투자일부터 3년이 지나기 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 거주자의 주소지 관할 세무서장, 원천징수의무자 또는 벤처기업투자신탁을 취급하는 금융기관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 거주자가 이미 공제받은 소득금액에 해당하는 세액을 추징한다. 다만, 출자자 또는 투자자의 사망이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제1항 제1호 및 제5호에 따른 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우2. 제1항 제2호에 규정된 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 환매(還買, 일부환매를 포함한다)하는 경우3. 제1항 제3호, 제4호 및 제6호에 규정된 출자지분 또는 투자지분을 이전하거나 회수하는 경우③ 제1항에 따른 소득공제는 투자 당시에는 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하지 아니하였으나, 투자일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 같은 항 제3호ㆍ제4호 또는 제6호에 따른 기업에 해당하게 된 경우에도 적용한다.④ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 공제액의 한도와 계산, 소득공제의 신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령제14조【벤처투자조합 등에의 출자 등에 대한 소득공제】⑧ 투자조합관리자등은 법 제16조 제2항의 규정에 의한 추징사유가 발생한 경우에는 재정경제부령이 정하는 출자지분등변경통지서를 제6항의 규정에 의하여 당해 거주자가 소득공제를 신청한 원천징수의무자ㆍ납세조합, 국세청장 또는 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 다음 각호 의 1에 해당하는 사유가 있는 경우에는 출자지분등 변경통지서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 원천징수의무자의 휴업 또는 폐업2. 납세조합의 해산3. 근로자의 퇴직4. 「소득세법」 제73조 제1항 제4호에 따른 사업소득만 있는 자의 휴업 또는 폐업⑨ 제8항에 따라 출자지분등 변경통지서를 제출받은 원천징수의무자ㆍ납세조합 또는 납세지 관할세무서장은 지체없이 해당 거주자가 법 제16조 제1항에 따라 공제받은 소득금액에 대한 세액(출자지분 또는 투자지분의 이전ㆍ회수나 수익증권의 양도ㆍ환매와 관련된 분에 한한다)에 상당하는 금액을 추징해야 한다.

(3) 국세기본법제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(4)벤처기업육성에 관한 특별법제2조의2【벤처기업의 요건】① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.1. 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것가. 다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계(이하 이 목에서 "투자금액의 합계"라 한다) 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 제25조의3 제1항에 따라 지정받은 벤처기업확인기관(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)으로부터 해당 요건을 갖춘 것으로 평가받은 기업(1) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제10호에 따른 벤처투자회사(2) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 벤처투자조합(3) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업금융업자(4) 「여신전문금융업법」에 따른 신기술사업투자조합(6) 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제66조에 따른 한국벤처투자(7) 중소기업에 대한 기술평가 및 투자를 하는 자로서 대통령령으로 정하는 자(8) 투자실적, 경력, 자격요건 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 개인나.

다음의 어느 하나를 보유한 기업의 연간 연구개발비와 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상이고, 벤처기업확인기관으로부터 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업. 다만, 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 합계가 차지하는 비율에 관한 기준은 창업 후 3년이 지나지 아니한 기업에 대하여는 적용하지 아니한다.1) 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서2) 「문화산업진흥 기본법」 제17조의3제1항에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서다.

벤처기업확인기관으로부터 기술의 혁신성과 사업의 성장성이 우수한 것으로 평가받은 기업(창업 중인 기업을 포함한다)제25조의2【벤처기업 확인의 취소】① 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 벤처기업확인위원회의 심의를 거쳐 제25조 제2항에 따른 확인을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 확인을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인받은 경우2. 제2조의2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우3. 휴업ㆍ폐업 또는 파산 등으로 대통령령으로 정하는 기간 동안 기업활동을 하지 아니하는 경우4. 대표자ㆍ최대주주 또는 최대출자사원 등이 기업재산을 유용(流用)하거나 은닉(隱匿)하는 등 기업경영과 관련하여 주주ㆍ사원 또는 이해관계인에게 피해를 입힌 경우 등 대통령령으로 정하는 경우