청구인이 과다기재한 소득공제액 및 기납부세액을 부인하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

1.처분개요가. 청구인은 건설회사 등에 인적용역을 제공하는 개인사업자로, 2024.5.26. 총수입금액을 OOO원, 종합소득금액을 OOO원, 기납부세액을 OOO원(중간예납세액 OOO원), 납부(환급) 세액을 OOO원으로 하여 2023년 귀속 종합소득세를 확정신고하였고, 처분청은 2024.6.11. OOO원을 환급결정하였다.

나. 처분청은 종합소득세 과소신고 과세자료에 따라, 청구인이 2023년 귀속 종합소득세를 확정신고하면서 공제금액(연금보험료 및 중간예납세액)을 과다적용한 사실을 확인하고 이를 부인하여, 2025.10.28. 청구인에게 2023년 귀속 종합소득세 OOO원(납부지연가산세 OOO원 및 일반과소신고가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장당초 청구인의 배우자(A)가 청구인의 2023년 귀속 종합소득세를 신고하면서 연금보험료 등을 과다공제하였으나, 이후 신고내용을 수정하려고 하였으나 여러 사정으로 인해 수정하지 못한 것이므로 가산세까지 포함하여 종합소득세를 부과한 처분은 너무 가혹하다.

나. 처분청 의견청구인의 연말정산간소화자료에서 확인되는 국민연금보험료는 OOO원이나 OOO원을 공제하였고, 중간예납세액을 신고·납부하지 않았음에도 OOO원을 기납부세액으로 공제함으로써 종합소득세를 과다하게 환급받았으므로 이를 부인한 이 건 처분은 정당하다.

3.심리 및 판단가.쟁점청구인이 2023년 귀속 종합소득세를 확정신고하면서 소득공제(연금보험료)와 기납부세액(중간예납세액)을 과다적용한 것으로 보고 이를 부인하여 과세한 처분의 당부나.관련 법률소득세법 제51조의3(연금보험료 공제) ① 종합소득이 있는 거주자가 공적연금 관련법에 따른 기여금 또는 개인부담금(이하 “연금보험료”라 한다)을 납입한 경우에는 해당 과세기간의 종합소득금액에서 그 과세기간에 납입한 연금보험료를 공제한다.제65조(중간예납) ① 납세지 관할 세무서장은 종합소득이 있는 거주자(대통령령으로 정하는 소득만이 있는 자와 해당 과세기간의 개시일 현재 사업자가 아닌 자로서 그 과세기간 중 신규로 사업을 시작한 자는 제외한다)에 대하여 1월 1일부터 6월 30일까지의 기간을 중간예납기간으로 하여 직전 과세기간의 종합소득세에 대한 소득세로서 납부하였거나 납부하여야 할 세액(이하 “중간예납기준액”이라 한다)의 2분의 1에 해당하는 금액(이하 “중간예납세액”이라 한다)을 납부하여야 할 세액으로 결정하여 11월 30일까지 그 세액을 징수하여야 한다.

이 경우 납세지 관할 세무서장은 중간예납세액을 납부하여야 할 거주자에게 11월 1일부터 11월 15일까지의 기간에 중간예납세액의 납부고지서를 발급하여야 한다.제76조(확정신고납부) ③ 확정신고납부를 할 때에는 다음 각 호의 세액을 공제하여 납부한다.

1. 제65조에 따른 중간예납세액제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우다.사실관계 및 판단(1) 2023년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고서에 의하면, 청구인은 간편장부대상자로 2024.5.26. 아래 ＜표＞ 기재내용과 같이 총수입금액(사업소득)에서 단순경비율을 적용하여 산출한 필요경비를 차감하여 종합소득금액을 산정하고, 연금보험료 등 소득공제와 중간예납세액 등 기납부세액을 반영하여 납부(환급) 세액을 OOO원으로 신고하였다.＜표＞ 종합소득세 확정신고 내역OOO(2) 처분청은 2024.6.11. 청구인의 위 신고내용대로 OOO원을 환급하였다가, 종합소득세 과소신고 과세자료에 따라 청구인이 실제로 납부한 연금보험료(국민연금)가 OOO원임에도 OOO원(국민연금 OOO원, 공무원·군인·사립학교교직원·별정우체국 연금 OOO원)을 소득공제하고, 중간예납세액을 납부하지 않았음에도 OOO원을 기납부세액으로 공제한 사실을 확인하고 이를 부인하여 이 건 종합소득세를 부과하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 종합소득세의 납세의무는 원칙적으로 납세의무자의 과세표준 확정신고에 의하여 확정되며, 다만 그 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 이를 과세관청이 경정하도록 되어 있는바, 2023년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고서 등에 의하면, 청구인이 실제로 납부하지 않은 연금보험료 OOO원과 중간예납세액 OOO원을 공제함으로써 그에 상당하는 종합소득세액을 부당하게 환급받은 것으로 확인되므로, 처분청이 이를 부인하고 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.