쟁점금액*이 주민세 종업원분 과세 대상에 해당하는지 여부

1. 처분개요가. 처분청은 청구법인이 2018년 12월부터 2023년 10월까지 OOO병원과 OOO병원, OOO병원(이하 “쟁점병원”이라 한다) 소속 전임교원(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수, 이하 “쟁점전임교원”이라 한다)에게 지급한 급여 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 대해 주민세(종업원분)를 신고·납부하지 아니한 것으로 보아, 2024.1.8. 청구법인에게 쟁점금액을 과세표준으로 하여 산출한 주민세(종업원분) 등 합계 OOO원(이하 “이 건 주민세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 의과대학 부속병원 소속 전임교원의 직무는 크게 진료·전공의 등 의료진 교육과 의과대학 학생 교육·연구 2가지로 나눌수 있다.쟁점전임교원에 대한 채용·승진·보수 등 처우 및 징계 등 인사상의 권한은 오로지 청구법인에게 있다. 예로 의과대학의 전임교원 중 임상교원도 관련 규정에 따라 교육 및 연구 경력을 기준으로 조교수로 임용되고 교육 및 연구경력에 따라 부교수, 정교수 승진 및 승급이 이루어진다.교원의 임용 및 승지에 있어서 임상교수라 하더라도 진료 실적은 고려요수가 아니고, 전적으로 교육 및 연구경력만 반영된다.청구법인이 쟁점전임교원에게 지급한 급여를 비과세대상사업과 수익사업에 대한 급여로 명확히 구분하기는 어려우나, 사립학교법 등 관련 법령의 학교법인과 소속 학교에 대한 엄격한 회계관련 규정을 따를 때 부속병원회계나 법인회계에 속하는 비용을 교비회계에서 집행하는 경우, 이는 회계부정에 해당하여 여러 행정처분의 대상이 될 수 있음은 물론이거니와 횡령죄 성립도 가능하기에 대학이 임상교원에게 지급하는 급여는 비과세대상사업에 따른 대가로 보아야 한다.따라서, 쟁점전임교원의 주된 임무는 비과세대상사업인 의과대학학생 교육 및 연구라고 보아야 하므로 이들이 수령한 쟁점급여는 주민세 종업원분 면제대상에 해당한다.

(2) 주민세 종업원분의 면제 여부는 각 사업소별로 판단하여야 한다.지방세법 제75조 제3항은 종업원분의 납세의무자는 종업원에게 급여를 지급하는 사업주로 한다고 규정하고, 제74조 제5호는 사업주란 지방자치단체에 사업소를 둔 자를 말한다고 규정하여, 개별 사업소로 별로 주민세 종업원분을 판단하도록 명확히 규정하고 있다.쟁점전임교원에 대하여 주민세(종업원분) 납세의무가 성립하는 사업소는 병원과 학교 2곳으로 보아야 하고, 각 사업소의 직무를 판단하여 주민세 과세여부를 결정하여야 하므로 병원에서 수령하는 급여에 대하여는 주민세(종업원분) 과세대상으로, 학교에서 수령하는 급여에 대하여는 주민세(종업원분) 면제대상으로 구분하여야 한다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점전임교원의 주된 직무는 쟁점병원에서 청구법인의 수익사업인 의료업에 종사하거나 쟁점병원에 파견되어 용역 수입을 창출하는 것이므로, 형식상으로 급여를 학교에서 지급받았는지 혹은 병원에서 지급받았는지 여부와 상관없이 수익사업과 관련한 급여에 해당하여 쟁점전임교원에게 지급된 급여는 주민세 종업원분 면제대상이 아니다.쟁점전임교원은 쟁점병원에서는 환자 진료 및 검사, 검사 결과 판독, 수술, 전공의 수련, 입원환자 치료 등 각자의 진료과목에 따른 의료업무를 수행하고, 그 연구활동도 수익병원이나 협력병원에 파견된 의사의 지위에서 이루어지는 것으로서

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○대학교 의과대학 학생들에 대한 임상교육은 단지 위와 같은 주된 직무를 수행하는 과정에서 부수적으로 이루어지는 활동에 불과하다.쟁점전임교원이 쟁점병원에서 의료업무를 주로 수행하고, 학생들을 가르치기 위해서는 별도로 대체 의사까지 정해두고 출장을 신청하여 허가를 받아야 한다는 사실과 쟁점전임교원에 대한 각 연도 실적 평가에 있어서 의과대학 학생 교육의 비중은 미미하다는 사실이 인정되는 이상, 쟁점전임교원이 형식적으로

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○대학교에 소속되어 있는지, 병원에 소속되어 있는지, 학교로부터 급여를 받았는지 여부에 따라 급여에 대한 주민세 종업원분 면제가 결정된다고 볼 수 없다.따라서, 쟁점전임교원의 주된 임무는 수익사업을 수행하는 것이므로 청구법인이 쟁점전임교원에게 지급한 급여는 주민세 종업원분 과세대상에 해당한다.

(2) 주민세 종업원분의 면제 여부는 사업소가 아니라 종업원의 주된 직무를 기준으로 판단되어야 한다.지방세법 제75조 제3항은 종업원분의 납세의무자는 종업원에게 급여를 지급하는 사업주로 한다고 규정하고, 제74조 제5호는 사업주란 지방자치단체에 사업소를 둔 자를 말한다고 규정하여, 개별 사업소가 아닌 사업주에게 주민세 종업원분의 납세의무가 있음을 명확히 정하고 있다.지방세특례제한법 제41조 제3항 및 같은 법 시행령 제18조 제4항은 대학교의 경우에 수익사업에 관계되는 주민세 종업원분은 면제하지 아니하고, 이때 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다고 규정하여, 주민세 종업원분의 면제 여부에 대하여 사업주로부터 급여를 수령하는 종업원이 수익사업에 제공되는지, 해당 종업원의 주된 직무가 무엇인지를 판단 기준으로 해야 한다는 점을 명시하고 있다.따라서, 처분청이 쟁점전임교원이 수령한 급여에 대하여 이 건 주민세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점전임교원이 주민세 종업원분 과세대상에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은

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○대학교를 설치·운영하고 있고,

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○대학교 단과대학 중 하나인 의과대학병원과 협력병원인 쟁점병원을 두고 있다.(나) 처분청은 청구법인이 2018년 12월부터 2023년 10월까지 쟁점병원에 소속된 쟁점전임교원에게 지급한 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 신고·납부하지 아니하여, 처분청은 쟁점금액을 과세표준으로 하여 산출한 이 건 주민세 등을 부과하였다.＜이 건 주민세 부과내역＞

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○(다) 처분청의 세무조사일 현재 쟁점병원에서 근무하는 전체 의사(전공의, 일반의 제외) 중 쟁점전임교원이 차지하는 비중은 평균 57.88%로 나타난다.＜쟁점전임교원 비중(2023년 10월 기준)＞(단위: 명)

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○(라) 청구법인은 쟁점전임교원의 임상 경험 등을 고려하여

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○대학교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였고, 쟁점전임교원의 주된 직무는

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○대학교 의대생(석사·박사 과정 중에 있는 전공의, 전임의 포함)에 대한 교육이므로 쟁점병원에서 근무하는 쟁점전임교원의 주된 직무를 수익사업인 의료업 활동이 아니라고 주장한다.(마) 의과대학 부속병원에 대한 주민세 관련 개정 연혁을 보면, 구「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호에서 수익사업을「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다고 규정하면서 그 단서에서「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하여 의과대학 부속병원에 대해 주민세를 면제하다가, 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호를 개정하여 그 단서를 삭제함에 따라, 2015.1.1.부터 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 주민세 과세 대상에 해당하게 되었다.(2)「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다.

또한,「지방세특례제한법」제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점전임교원을 주민세(종업원분) 과세대상으로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인은 쟁점전임교원의 임상 경험 등을 고려하여

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○대학교 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이

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○대학교 소속 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점, 법원은 주민세를 부과함에 있어서, 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15. 2010두573 판결, 같은 뜻임), 아울러 쟁점전임교원은

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○대학교 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 쟁점병원에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 청구법인이 쟁점전임교원의 임용 및 급여 지급의 주체이고, 쟁점전임교원의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 쟁점전임교원의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것이므로 처분청이 이와 다른 취지에서 이 건 주민세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다(조심 2024지292, 2026.6.5. 조세심판관합동회의)고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다.

이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)제18조(학교등 면제대상 사업의 범위 등) ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(3) 법인세법제4조(과세소득의 범위) ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)(4) 법인세법 시행령제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업나. 「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교(5) 지방세법제74조(정의) 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.3. “종업원분”이란 지방자치단체에 소재한 사업소 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말한다.8. “종업원”이란 사업소에 근무하거나 사업소로부터 급여를 지급받는 임직원, 그 밖의 종사자로서 대통령령으로 정하는 사람을 말한다.

서울특별시장이 2024.1.8. 청구법인에게 한 주민세(종업원분) 등 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.