이 건 전임교원들을 대학병원의 임직원으로 보아 그 급여등인 쟁점금액에 대해 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 처분청은 2023.9.11.부터 2023.9.20.까지 청구법인에 대한 지방세 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO의료원 및 OOO병원(이들 병원을 합하여 이하 “이 건 병원들”이라 한다) 소속 전임교원들(의과대학 학생을 지도하면서 진료를 겸임하는 교수들로서, 이하 “이 건 전임교원들”이라 한다)에 지급한 급여는 형식적으로 이 건 병원들과 B가 절반씩 지급하였으나 실질적으로 이 건 병원들이 모두 지급하였으며, 청구법인은 이 건 병원들이 지급한 급여에 대해서만 주민세를 신고ㆍ납부하였고, B를 통하여 이 건 전임교원들에게 지급한 급여에 대하여는 주민세를 신고ㆍ납부하지 아니한 것으로 확인하고, 2018년 9월분부터 2023년 8월분 급여와 관련하여 경희의료원 소속 이 건 전임교원들에 대한 급여OOO원과 A병원 소속 이 건 전임교원들에 대한 급여OOO원(위 경희의료원 소속 이 건 전임교원들에 대한 급여와 합하여, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 각 과세표준으로 하여, 2023.10.6. 및 2023.10.20. ＜별지1＞과 같이 주민세 합계 OOO원을 각 부과ㆍ고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2023.12.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청은 B로부터 지급 받은 급여의 실질적인 부담자는 이 건 병원들이므로 수익사업을 하는 이 건 병원들에서 지급하는 급여는 주민세 과세대상에 해당한다는 의견이나, 관련 법령은 주민세(종업원분)를 부과함에 있어 종업원들에 대한 급여지급의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것이냐를 문제 삼는 것이 아니라, 종업원들의 주된 직무가 무엇인지를 묻고 있을 뿐이다.이렇게 관련법령에서 과세표준이 되는 급여의 원천을 애초에 고려하지 않은 이유는 “급여지급의 재원이 되는 수익의 출처만을 따져 이를 주된 직무라고 하게 되면, 대부분의 경우 수익사업에서 재원이 마련되고 비과세대상사업에서는 일반적으로 수익이 거의 발생하지 않을 것이어서 종업원이 비과세대상사업과 수익사업을 겸직하는 경우에는 주민세(종원원분)의 과세를 피하기가 거의 불가능하게 되는 결과가 초래될 것”(대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결)이고, 만약 그 급여 재원의 원천을 따져 이른바 비영리사업(장)의 주민세(종업원분) 과세 여부를 판단한다면, 이는 「지방세특례제한법」등이 예정한 교육 및 여러 공익적 사업에 대한 지원 취지가 몰각하는 결과가 초래될 것이기 때문이다.

(2) 따라서 처분청은 B가 이 건 전임교원들에게 지급한 급여의 성격이 ① 수익사업에 종사하는 대가인지 또는 교육에 대한 대가인지를 판단하여야 하고, ② 두 직무가 혼재되어 있다면 임상교원의 주된 직무가 무엇인지를 판단해야 한다.

(3) 법원은 “의대교수의 경우 임상에서의 실무경험이 학생교육에 필수적이므로, 진료행위조차도 학생교육을 위한 임상경험축적 및 연구행위의 일환으로 볼 여지가 충분하다”고 판단(대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결)하였다. 즉 진료 등을 통한 의학적 지식의 실행과 경험의 축적은 의과대학생교육에 반드시 필요하며, 이러한 임상경험의 축적 없이는 연구 또한 이루어질 수 없으므로, 진료·연구·교육은 상호 간에 선순환 관계에 있으며, 진료 또한 대학의 본질인 교육과 연구를 위한 것으로 볼 수 있다.

(4) 이와 같이, 이 건 전임교원들의 경우 ‘진료와 의료진에 대한 (이른바 도제식) 교육’과 비과세대상사업에 해당하는 의과대학 학생(석·박사 과정생 포함) 교육·연구는 불가분 관계이기에 그 주된직무는 비과세대상사업에 해당하는 의과대학 학생(석·박사 과정생 포함) 교육·연구라고 할 것이다.

(5) 법원도 의과대학 협력병원에 파견된 임상교원의 주된직무는 비과세대상사업인 의대학생 교육·연구라고 보아, 파견교원(임상교원)들의 주된 직무가 수익사업임을 전제로 한 주민세(종업원분) 부과처분을 위법하다고 판단하였다(대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결).나. 처분청 의견(1) 이 건 병원들은 이 건 전임교원들의 급여를 전액 부담하였다.이 건 병원들은, ① 이 건 전임교원들이 B로부터 지급받는 급여 1년치 상당액을 회계연도 기초에 자신의 고유목적사업비 예산으로 편성한 다음, ② 매월 균등하게 '고유목적사업비' 계정의 비용과 '미지급경비' 계정의 부채로 인식하였다가, ③ 회계결산 시에 적립된 '미지급경비'를 B에 일괄 지급하면서 '고유목적사업비' 계정의 비용을 '교수직급여' 내지 '임상교원인건비전출'로 대체하는 방식을 통하여, 자신이 이 건 전임교원들에게 지급하는 급여뿐만 아니라 B가 지급하는 급여도 결국 이 건 병원들의 인건비에 해당하는 것이라고 회계적으로 인식하고 있다.

(2) 이 건 전임교원들에 대한 급여는 실질적으로 이 건 병원들에서 수행하는 업무의 대가로서 지급되는 것이다.(가) 이 건 전임교원들의 2023학년도 1학기 개설과목들을 살펴보면, 의학과 및 의예과 소속 각 임상교원이 해당 학기에 의과대학에 개설하여 담당하는 실습과목은 대부분 5학점 미만이고, 아무리 많더라도 10학점을 초과하지는 않으며, 많은 과목들이 그 학점 시수만큼의 강의 시간이 소요되지는 않는 실습과목들이다. 즉, 이 건 전임교원들이 의과대학 학생들을 위하여 강의에 사용하는 시간이 1주일에 10시간을 초과하는 경우가 거의 없다는 점을 확인할 수 있다.(나) 특히, 이 건 전임교원들이 담당하는 실습과목들의 경우, 대체로 이 건 병원들에서 수행하는 의료 활동들을 의과대학의 학생들이 참관하는 것을 주된 내용으로 하는 것이므로, 의과대학 학생들에 대한 교육의 과정에서도 이 건 전임교원들의 주된 역할 내지 업무는 여전히 이 건 병원들에서의 진료행위 및 전공의 수련에 해당하고, 의과대학 학생들에 대한 교육은 이러한 주된 업무를 수행하는 과정에서 부수적으로 수반되는 것에 불과하다.(다) 전공의 수련 과정에서 상당한 수의 학술회의 등 교육 행사 및 수술 참여가 이루어지도록 정해져 있고, 전임의들에 대한 교육 역시 각 세부전공의 임상 전임교원이 담당하게 된다는 점 등을 고려할 때, 이 건 전임교원들의 진료행위를 통한 임상경험 축적 및 학술회의 참석 등의 연구활동이 의과대학 학생들에 대한 대학교육의 일환으로 이루어는 것이라고 보기는 어렵고, 오히려 부속병원 소속인 전공의 및 전임의의 수련을 위한 직무교육의 일환 및 부속병원의 경쟁력 강화라는 목적에서 이루어지는 것이라는 사실을 확인할 수 있다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 이 건 전임교원들에게 지급한 쟁점금액에 대하여 주민세(종업원분)를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인은 1971.6.15. 설립된 학교법인으로, 서울특별시 OOO에 위치하고 있으며, 이 건 병원들을 운영하고 있다.(나) 청구법인은 이 건 전임교원들도 전임교원임용규정 제14조에 따라 교육·연구 경력을 기준으로 조교수로 임용되고 이후 교육 및 연구경력에 따라 부교수, 정교수 승진 및 승급이 이루어지므로, 이 건 전임교원들의 임용 및 승진에 있어서 진료실적이 아닌 교육 및 연구경력만 반영되는 것이 전임교원임용규정 등을 통하여 확인된다고 주장하였다.(다) 청구법인은 이 건 전임교원들의 업무별 시간 등을 아래 ＜표＞와 같이 제출하였다.＜표＞ 이 건 전임교원들의 업무별 시간 등(추정)(단위 : 시간)

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○청구법인은 위 ＜표＞의 업무별 시간 및 비중은 내부원가통제 목적으로 그 업무별 시간을 추정한 자료로서 실제와 다소 차이가 있을 수 있다고 답변하였다.(라) 쟁점금액이 이 건 전임교원들에게 지급한 보수 등에 해당한다는 점에 대해서는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.(마) 의과대학 부속병원에 대한 주민세 관련 개정 연혁을 보면, 구「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호에서 수익사업을「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다고 규정하면서 그 단서에서「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다고 규정하여 의과대학 부속병원에 대해 주민세를 면제하다가 2014.12.31. 법률 제12955호로「지방세특례제한법」제2조 제1항 제2호를 개정하여 그 단서를 삭제함에 따라, 2015.1.1.부터 의과대학의 부속병원이 경영하는 의료업은 주민세 과세 대상에 해당하게 되었다.(바)「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제2호에서 “수익사업”이란「법인세법」제4조 제3항 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서「고등교육법」등에 따른 학교가 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업에 따른 수입을 제외한 나머지 사업으로 수입이 발생하는 경우 그 사업을 말한다고 규정하고 있다.또한, 「지방세특례제한법」제41조 제3항에서 학교 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교 등에 대한 주민세 사업소분 및 종업원분을 각각 2024.12.31.까지 면제하되, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제18조 제4항에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 종업원분으로, 면제대상 사업과 수익사업에 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 직무에 따른다고 규정하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액이 이 건 전임교원들의 수익사업인 의료업에 종사한 대가로 받은 보수로서 주민세 과세대상이라는 의견이나, 청구법인은 이 건 병원들이 이 건 전임교원들에게 지급한 급여 등에 대해서는 주민세를 신고·납부한 점, 청구법인은 이 건 전임교원들의 임상 경험 등을 고려하여 의과대학의 정교수, 부교수 등으로 임용하였는바, 청구법인이 이들에게 지급한 쟁점금액은 청구법인이 다른 단과대학 교원들에게 지급하는 급여와 본질적으로 다르지 않다고 보이는 점, 의과대학 소속 교수들이 부속병원 등에서 환자를 진료하고 수술을 하면서 의과대학 학생들에게 이를 참관하도록 하거나, 각종 수련을 하도록 하는 것은 의과대학 교육과정의 하나로 볼 수 있는 점, 법원은 주민세를 부과함에 있어서 종업원들에 대한 급여의 재원이 되는 수익이 어디에서 발생한 것인지에 따라 주민세 부과 여부를 결정하는 것은 타당하지 않다고 판결한 점(서울고등법원 2009.12.8. 선고 2009누12442 판결, 대법원 2010.4.15.자 2010두573 판결, 같은 뜻임), 아울러 이 건 전임교원들은 B 의과대학의 교수로서 연구활동을 하면서 이 건 병원들에서 진료 및 수술 등을 하고 있는바, 쟁점금액이 주민세 과세대상에 해당하는지 여부는 그 주된 직무에 따라야 하는데, 이 건 전임교원들의 직무상 특수성(임상경험과 연구활동의 불가분성) 등을 고려할 때 이 건 전임교원들의 주된 직무가 수익사업에 해당한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어, 쟁점금액은 학교법인인 청구법인이 그 소속 교원들에게 지급한 학생 교육에 대한 대가로서,「지방세특례제한법」제41조 제3항에 따른 주민세 면제 대상이라 할 것인바, 처분청이 이와 다른 취지에서 주민세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2024지292, 2026.6.5., 같은 뜻임).4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지1＞ 이 건 처분 내역(단위 : 원)

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○＜별지2＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것)제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다.제41조[학교 및 외국교육기관에 대한 면제] ③ 학교등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대한 등록면허세와 학교등에 대한 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다.

이하 이 항에서 같다) 및 종업원분을 각각 2024년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분은 면제하지 아니한다.

(2) 지방세특례제한법 시행령(2021.12.31. 대통령령 제32292호로 개정된 것)제18조[학교등 면제대상 사업의 범위 등] ④ 법 제41조 제3항 단서에서 “수익사업에 관계되는 대통령령으로 정하는 주민세 사업소분 및 종업원분”이란 수익사업에 제공되고 있는 사업소와 종업원을 기준으로 부과하는 주민세 사업소분(「지방세법」제81조 제1항 제2호에 따라 부과되는 세액으로 한정한다)과 종업원분을 말한다. 이 경우 면제대상 사업과 수익사업에 건축물이 겸용되거나 종업원이 겸직하는 경우에는 주된 용도 또는 직무에 따른다.

(3) 법인세법제4조[과세소득의 범위] ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 생략)(4) 법인세법 시행령제3조[수익사업의 범위] ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업나.「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교

서울특별시장이 2023.10.6. 및 2023.10.20. ＜별지1＞과 같이 청구법인에게 한 주민세 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.