청구인들의 쟁점주식 취득 등은 특수관계인 간의 내부거래로 취득세 부과대상이 아니라는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 주식회사 A(이하 “이 건 법인”이라 한다)는 신발 및 기능성 슈즈 제조, 판매, 유통 및 수출입업 등을 목적으로 2011.8.26. 설립된 비상장 법인이다.

나. 처분청은 2023년에 발생한 비상장 법인의 과점주주 취득세 과세자료를 조사한 결과, 청구인들 중 일부가 아래 ＜표1＞과 같이 2023.7.3. a으로부터 이 건 법인의 비상장 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 매수하는 등의 거래를 통하여, 청구인들이 이 건 법인의 주식을 모두 보유한 과점주주가 되었음에도 「지방세법」제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조에 따른 과점주주 간주취득세를 신고·납부하지 아니하였다고 보아, 2025.8.8. 이 건 법인이 보유한 부동산 등의 장부가액 OOO원을 과세표준으로 하여, 청구인들의 지분율에 따라 아래 ＜표2＞와 같이 취득세 등을 부과·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.＜표1＞ 이 건 법인 주식 보유 비율 현황(처분청 제시)(단위 : 주, %)

○

○

○＜표2＞ 이 건 처분내역(단위 : 주, %, 원)

○

○

○다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 청구인들의 쟁점주식 취득 등은 특수관계인 간의 내부거래로 취득세 납세의무가 없다.(가) 이 건 법인의 주주지분비율을 살펴보면, 과세대상토지의 취득일인 2018년 7월 b이 100% 지분을 보유하고 있었으며, 이후 2020년 a에게 50% 양도 후, 처분청이 과점주주 취득세를 부과한 2023.7.3. 청구인들(특수관계인) 지분비율이 100%가 된다.(나) b과 청구인들은 6촌 이내의 혈족 등에 해당되어 특수관계인에 해당되며, 주주지분비율도 100%로 동일하여 증가된 경우에 해당되지 않는다.(다) 처분청은 2021년 b의 c로의 양도는 과점주주가 아닌 상태에서의 양도이며, 2023년 7월에 추가 50% 취득으로 과점주주에 해당되므로 지분 100%에 대한 과점주주 취득세 납세의무가 성립되는 것으로 보아 이 건 처분을 하였으나, 2018년 토지취득시점의 지분율 100%에서 다시 과점주주가 된 날인 2023년의 지분율인 100%로 비교하여야 하는 것이며, 일정 중간시점 50%로 감소한 시점에서 과점주주 해당여부와 증가비율을 계산하는 등 사실관계를 오해하였다.

(2) 동업을 위하여 2020년 a에게 지분 50%를 양도하고 이후 2023년 명의환원한 것으로 고려할 때, 실질과세원칙상 실질적인 과점주주 취득이 없었다고 해석하여야 한다.(가) 2020년 이 건 법인의 지분 50%를 취득한 a은 대표이사인 d과 동업하고자 주주로 참여 하였으나 업무의 진전이 없자 2023년 d의 가족들에게 명의환원하였다.(나) 이는 2020년의 명의이전 및 환원에 대한 e과 a의 주식양도양수계약서 특약사항을 통하여 확인된다.＜표3＞ 주식양도양수계약서 특약사항

○

○

○나. 처분청 의견(1) b과 청구인들 중 e은 특수관계인에 해당하지 않는다.청구인들은 b과 청구인들이 특수관계인에 해당한다고 주장하나, 「지방세기본법 시행령」제2조 제1항에서 특수관계인의 범위는 ‘6촌 이내의 혈족 및 4촌 이내의 인척’으로 규정되어 있어, 청구인들 중 e은 b과의 관계가 ‘5촌 인척’에 해당하므로, 특수관계인 범위에 포함되지 않는다.

(2) 청구인 c와 b의 2021년 주식 거래는 과점주주 특수관계인 간의 주식거래 규정인 지방세관계법 운영예규 법7-3 적용대상이 아니다.(가) 지방세관계법 운영예규 법7-3은 “과점주주 집단 내부에서 주식이 이전되는 경우 및 특수관계자 간의 주식거래로 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있거나 그러한 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우로서 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 과점주주 간주취득세의 납세의무가 성립하지 않는다”고 규정하고 있다.

○

○

○(나) 청구인들은 기존 지분 100% 과점주주였던 b과 특수관계인에 해당하며 b으로부터 주식을 이전받아 과점주주가 된 경우이므로 위 예규 예시2에 부합하므로 과점주주 간주취득세 납세의무가 없다고 주장하나, 청구인들 중 c가 2021년에 b으로부터 이 건 법인의 주식지분 50%를 이전받을 당시, b은 이 건 법인의 발행주식 총수의 50%만을 보유하였을 뿐이므로, 「지방세기본법」제46조 제2호에서 규정한 과점주주 요건인 지분 50% 초과 보유자에 해당하지 않는다.

즉 b은 과점주주가 아닌 단순 주주에 불과하여 과점주주 특수관계자 간의 거래에 해당하는 위 규정을 적용할 수 없다.

(3) 명의신탁에 대한 객관적 증빙자료가 없으므로, 이갑화에게 실질적인 주식 이전이 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다.청구인들은 2020년 지분양도는 동업을 위한 명의이전이고 이후 2023년 지분양수는 명의환원된 것에 불과하다는 취지의 주장을 하고 있으나, 이에 대한 객관적 증빙자료가 존재하지 않으며, 주식등변동상황명세서에 주식양도·양수에 의한 변동으로 명시되어 있는 이상, 명의신탁이 아닌 실질적인 주식의 이전이 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다.

(4) 청구인들은 이 건 법인의 주식 100%를 취득하여 과점주주가 되었으므로, 지분비율에 따라 과점주주 간주취득세를 부과한 것은 정당하다.(가) 「지방세법」 제7조 제5항은 법인의 과점주주가 된 경우 그 법인이 보유한 부동산 등 자산을 지분 비율에 따라 간주 취득한 것으로 보아 취득세를 과세하도록 규정하고 있다.(나) 2021년 b의 주식 지분 50%를 청구인 c가 양수하고, 이후 2023년 a으로부터 지분 50%를 취득하여 청구인들은 이 건 법인의 발행주식 총수 100%를 보유하게 되었으므로, 이는 새로운 과점주주의 성립에 해당한다.(다) 따라서 처분청이 부동산 등의 장부가액을 기준으로 청구인들의 지분비율에 따라 취득세를 부과한 처분은 관련 법령에 따른 정당한 과세이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인들의 쟁점주식 취득 등은 특수관계인 간의 내부거래로 취득세 부과대상이 아니라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구인들 등의 관계도는 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 청구인들 등의 관계도

○

○

○(나) 2023년 주식등 변동상황 명세서의 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 2023년 주식등 변동상황 명세서 주요내용

○

○

○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 「지방세법」 제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 제1항에서 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다고 규정하고 있는바, 청구인들은 2023.7.3. a으로부터 쟁점주식을 매수하는 등의 거래를 통하여 최초로 과점주주가 되었으므로, 처분청이 청구인들에 대하여 과점주주 간주취득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.한편, 청구인들은 쟁점주식 취득 등은 특수관계인 간의 내부거래로 취득세 부과대상이 아니라는 취지의 주장을 하나, b은 2018년의 경우 과점주주에 해당하나, 2019년부터 과점주주가 아니었고, 2021년부터는 주주에도 해당하지 아니하는바, 2023년 쟁점주식 취득 등의 거래가 과점주주 집단내부 또는 특수관계인 간의 주식거래에 해당한다고 보기는 어려우며, 또한 청구인들은 2020년 a에게 이 건 법인의 주식을 일부양도한 후 2023년 해당 지분을 다시 양수하였으므로 이는 명의신탁에 따른 주식거래에 해당한다는 취지로 주장하나, 이러한 청구주장을 확인할 수 있는 객관적 증거가 제출되지 아니하였으며, 주식등변동상황명세서에는 주식양도·양수에 의한 변동으로 명시되어 있어, 청구인들의 명의신탁 관련 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세기본법(2023.12.29. 법률 제19859호로 개정되기 전의 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.34. "특수관계인"이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계나. 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계다. 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.

다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)(2) 지방세기본법 시행령(2023.12.29. 대통령령 제34077호로 개정되기 전의 것)제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 "혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.1. 6촌 이내의 혈족2. 4촌 이내의 인척3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자·직계비속(3) 지방세법(2023.12.29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것)제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다.

이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.제10조의6(취득으로 보는 경우의 과세표준) ④ 제7조 제5항 전단에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산등의 취득당시가액은 해당 법인의 결산서와 그 밖의 장부 등에 따른 그 부동산등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 취득당시가액과 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 한다.

(4) 지방세법 시행령(2023.12.29. 대통령령 제34080호로 개정되기 전의 것)제10조의2(과점주주의 범위) ① 법 제7조 제5항 전단에서 "대통령령으로 정하는 과점주주"란 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 주주 또는 유한책임사원(이하 "본인"이라 한다) 1명과 그의 특수관계인 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인을 말한다.1. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제1항 각 호의 사람제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(제10조의2에 따른 과점주주를 말한다.

이하 이 조에서 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.③ 과점주주였으나 주식등의 양도, 해당 법인의 증자 등으로 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 해당 법인의 주식등을 취득하여 다시 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식등의 비율보다 증가된 경우에만 그 증가분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 따라 취득세를 부과한다.