청구법인이 취득한 이 건 부동산 중 공공임대주택의 부속토지는「지방세법」 제9조 제2항의 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 부동산’에 해당하여 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2020.12.15. 서울특별시 강남구 OOO주택 신축사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)을 위하여 설립된 법인으로, 2021.2.16. 서울특별시 강남구 OOO 토지 및 지상건물과 서울특별시 강남구 OOO(이하 이를 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매로 취득하면서, 같은 날 OOO 토지 및 지상건물은 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」제11조에 따라 표준세율(4.0%)을 적용하며, OOO에 대해서는 취득가격인 OOO원을 과세표준으로 하여 「지방세법」제13조의2에 따른 세율(12.4%~13.4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원(서울특별시 강남구 OOO 토지 및 지상건물분), OOO원(서울특별시 강남구 OOO) 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 이후 청구법인은 2025.2.25. 이 건 부동산 중 법률상 기부채납 의무가 확정되어 있는 공공임대주택 부속토지의 경우, 도시관리계획 결정고시 전에 이미 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 사실상 확정된 상태에서 관계 행정관청과 기부채납에 관한 사전 협의를 수행하였으므로, 「지방세법」 제9조 제2항의 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 부동산’에 해당하여 취득세 비과세 대상으로 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다는 취지로 취득세 등 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.4.21. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 서울특별시 역세권 청년주택 사업의 개요(가) 서울특별시 역세권 청년주택 사업계획 결정절차서울특별시 역세권 청년주택 사업은 청년 등의 주거 안정 및 주거난 해소를 위해 대중교통이 편리한 역세권 지역에 시세 대비 저가로 공공임대주택 및 공공지원민간임대주택을 신축하여 청년 등에게 공급하는 것을 내용으로 하는 서울시 주도의 주택공급사업이다.서울특별시 역세권 청년주택 사업은 「서울특별시 역세권 청년주택 공급 지원에 관한 조례」(이하 “청년주택 조례”라 한다)에 근거하는바, 청년주택 조례 제7조 제4항에 따르면, 역세권 청년주택 건립사업은 서울시장이 별도로 정한 ‘서울특별시 역세권 청년주택 건립 및 운영기준’(이하 “청년주택 운영기준”이라 한다)에 따라 이뤄져야 한다(이하 청년주택 조례 및 청년주택 운영기준을 통틀어 “청년주택 사업규정”이라 한다).구체적으로, ‘촉진지구 지정 대상’에서 역세권 청년주택(이하 “청년주택”이라 한다) 사업을 수행하고자 하는 사업자는, 촉진지구 지정 제안서와 지구계획 승인신청서 그리고 「주택법」에 따른 사업계획승인신청서 및 「건축법」에 따른 건축허가신청서를 포함하는 사업계획을 수립하여 시장에게 제출하여야 하고, 이에 후속하여, 촉진지구 지정, 지구계획 승인, 사업계획승인 또는 건축허가 절차를 이행하여야 한다(청년주택 조례 제7조 제1항, 제9조 제2항).그리고 그 사업계획을 접수한 서울시장은, 관계기관 및 관할 자치구청장과 협의하여야 하는바, 청년주택 사업계획에 관한 결정을 한 때에는 이를 고시하여야 하며, 그 전에 청년주택 사업계획의 결정절차로서, 이른바 사전검토단 회의와 통합심의위원회 사전자문을 거쳐야 하며, 그 이후에 주민 열람공고 및 관계부서 협의, 통합심의위원회 심의 절차를 거쳐야 한다(청년주택 운영기준 제2-2-4조).이때, 서울특별시 사전검토단 회의에서는 관계 공무원 및 전문가가 참석하여 용도지역 변경 등 관련 사항에 대해 사전 검토하게 되며, 통합심의위원회 사전자문에서는 촉진지구 지정 대상 사업에 대해 도시계획, 건축계획, 교통계획 관련 사항을 자문하는 방식이다(청년주택 운영기준 제2-2-3조 가, 나). 당해 사전검토단 회의 및 통합심의위원회 사전자문 절차에는 자치구도 참석하여야 한다(청년주택 운영기준 제2-2-4조 가).(나) 청년주택 운영규정 상 공공임대(공공기여) 및 기부채납의 강제한편, 청년주택 운영기준 상, 청년주택은 반드시 공공임대(공공기여)를 포함하여야 하는바(제2-2-2조), 사업시행자는 운영기준에 따른 용적률 및 공공기여율 산정기준을 준수하여 공공기여율을 산정한 뒤에(제3-2-1조, 제3-2-2조), 당해 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지를 시·도지사에게 의무적으로 기부채납 하여야 한다(제4-2-1조).이때, 청년주택 운영기준에서 규정하는 공공기여율의 산정기준에 따르면, 총 공공기여율은 기본용적률에 해당하는 공공기여율과 상한용적률에 해당하는 공공기여율의 합계로 산출되는데, 기본용적률에 상응하는 공공기여율은 용도지역별 부지면적을 기준으로 산정하고, 상한용적률[「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제21조 및 제25조에 따라 용적률 상한까지 완화 가능)]에 상응하는 공공기여율은 용적률 증가분의 50%에 해당하는 공공임대주택의 부속토지를 산출하여 산정한다.<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>

※ 청년주택 운영기준상 총공공기여율 산정 공식 </p> <p> <span></span><span></span> <span> + ② 상한용적률 공공기여율(민간임대주택법상 용적률 상한</span> <span> 까지 완화된 용적률 적용 시, 용적률 증가분의 50%) </span><span></span> </p></td></tr></tbody></table>위 규정을 통해 확인되는 바와 같이, 역세권 청년주택 사업은 애초에 공공기여 및 기부채납을 전제한 사업이고, 사업시행자가 청년주택 사업을 수행하기 위해서는 반드시 의무적으로 공공임대주택 부속토지를 기부채납할 것이 강제되는 사업이다.

(2) 처분청은 이 건 부동산을 결정고시가 나기 전에 취득하였으므로 기부채납을 조건으로 취득한 토지라 볼 수 없어 취득세 등의 비과세 대상이 아니라는 의견이나, 관련 선례들은, 사업계획승인 이전에 부동산을 취득하였다 하여도, 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 관계 행정관청과 기부채납에 관한 협의를 진행한 경우에는 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로서 취득세 비과세 대상에 해당한다고 일관되게 판단하고 있다.(가) 「지방세법」 제9조 제2항 본문은 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산(이하 “국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산”이라 한다)을 비과세 대상으로 규정하고 있다.다만, 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우, 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우는 취득세 비과세 대상에서 제외된다.그런데 상기 규정은 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’의 인정기준을 구체적으로 명시하고 있지 아니한바, 어떤 경우에 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 인정되는지를관련 해석 선례들을 통해 파악하여야 한다.(나) ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’ 인정기준1) 토지 취득 시점에 기부채납에 대한 최종 승인이 있어야 하는지 여부대법원(2006.1.26. 선고 2005두14998 판결)은 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 인정되기 위해서 토지 취득 시점에 기부채납에 대한 최종승인이 있어야 하는지에 관하여, 기부채납은 기부자가 그의 소유재산을 국가나 지방자치단체의 공유재산으로 증여하는 의사 표시를 하고 국가나 지방자치단체는 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약이고(대법원 1996.11.8. 선고, 96다20581 판결), 토지를 취득하는 때에는 비록 기부채납에 대한 최종 승인이 이루어지지 않았으나 이미 기부채납 목적물이 당해 토지 등으로 충분히 특정된 상태에서 구체적인 기부채납 협의가 진행 중이었던 경우에는, 「지방세법」상 취득세 비과세 대상인 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다고 판시하였다.위 대법원 판례 취지에 따르면, 토지 취득 시점에 기부채납에 대한 최종승인이 없어도, 기부채납 목적물의 특정 및 기부채납 협의가 있다면 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 인정된다.2) 사업계획 승인 이후에 취득한 부동산이어야 하는지 여부대법원(2011.11.1. 선고 2011두17363 판결)은 사업계획 승인 이후에 취득한 부동산만이 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당하는지에 관하여, “사업자가 주택건설사업계획승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고, 나아가 주택건설사업계획승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납 한 토지도 ‘기부채납을 조건으로 취득한 토지’로서 비과세 대상에 해당한다”라고 판시하여, 토지 취득 시점에 납세자에 대한 사업계획승인이 없다 하여도, 기부채납 목적물의 특정 및 기부채납 협의가 있었던 경우에는 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’으로 인정하였다.따라서, ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당하는지 여부는, 결국, 토지 취득 시점에 기부채납에 대한 최종승인이 있었는지 내지 사업계획승인 이후 취득한 부동산인지가 아니라, 토지 취득 시점에 ① 기부채납 목적물이 구체적으로 특정되어 있었는지와 ② 기부채납에 관한 협의가 진행된 사정이 있는지에 따라 판단하여야 한다.

(3) 청년주택 운영기준은 일정 산식에 따른 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지에 대해 기부채납 의무를 확정적으로 규정하고 있고, 청년주택 사업시행자는 누구나 반드시 당해 규정을 준수하여야 하므로, 기부채납 대상으로 규정되어 있는 공공임대주택 부속토지는 ① 기부채납 목적물이 특정되어 있고, ② 기부채납에 관한 협의가 진행된 사정이 인정되는 것으로서, 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산’에 해당한다.(가) 기부채납 목적물의 특정1) 기부채납 목적물이 특정된 것으로 인정되는 경우조세심판원은 고시에서 기부채납 대상 토지의 지번과 면적이 명시적으로 확인되는 일반적인 경우 외에도, 기부채납 대상 토지를 다른 토지들과 구분하여 인식할 수 있는 정도에 이르는 경우에는 기부채납 목적물이 특정된 것으로 판단하여 왔고,구체적으로 고시 외에도 건축위원회에 제출된 건축심의도서에 기부채납 대상 부동산의 위치 등이 구체적으로 나타나는 경우(조심 2022지966, 2023.10.16.)에 그 사정을 참작하여 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 것으로 판단하였다.그리고 기부채납 목적물이 특정된 것으로 보기 위해서 기부채납 할 대상이 지번별로 특정되어야 하는지와 관련하여, 사업 제안시에 이미 사회기반시설을 설치할 것이 예정되어 있었고, 추후 고시된 도시관리계획상 지번별로 기재되어 있는 사업구역 계획에 같은 면적으로 공공시설을 설치할 계획임이 나타나는 경우에 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 것으로 보인다고 하여(조심 2021지1707, 2022.4.14.), 토지 취득 당시에 기부채납 대상이 지번별로 특정되어 있지 않아도 추후에 그 지번과 면적이 확인되는 경우에는 토지 취득 시점에 기부채납 목적물이 특정된 것으로 보았다.더불어, 기부채납 대상 면적이 일단 확정된 이후 일체의 변경 없이 동일하게 유지되어야 하는지에 관하여, 도시관리계획결정(변경) 고시 전에 처분청의 요청에 따라 기부채납 목적물의 용도와 면적이 변경되어 일부 차이는 있으나, 부동산 취득 당시에 이미 기부채납 목적물의 용도와 면적의 대강이 정해진 상태에서 구체적인 기부채납 협의가 진행되었고, 그러한 협의 과정에 따른 일부 내용 변경이 있었다 하여 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 특정되지 아니하였다고 보기 어렵다고 하여, 기부채납 대상 토지의 면적이 추후 일부 변경된 경우에도 토지 취득 시점에 기부채납 목적물이 구체적으로 특정된 경우로 판단(조심 2017지718, 2018.5.23.)하였다.상기 조세심판원 선결정례의 취지를 종합하여 보면, 고시를 통해 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 명시적으로 확인되기 전이라 하여도, 사업제안서나 사업계획 승인 절차상 제출된 건축심의 도서 등에 기부채납 목적물이 기재되어 있고, 추후 그 기재 내용과 동일성을 해치지 않는 범위 내에서 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 구체화 된 경우에는, 설사 토지 취득 시점에 기부채납 대상 토지가 지번별 일정 면적으로 획정되어 있지 않았다 하여도 기부채납 목적물이 구체적으로 특정된 것으로 인정된다.2) 이 건에 대한 판단a(이하 “종전 사업제안자”라 한다)는 서울특별시 강남구 OOO㎡를 사업대상지로 하여 이 건 사업을 제안하였고, 처분청은 당해 제안을 수용하여 검토하였으며, 추후 사업대상지의 지번과 면적이 사업시행지로 그대로 확정되었다.한편, 청년주택 운영기준 제3-2-1조 및 제3-2-2조는 사업계획 수립 기준으로 용적률 및 공공기여율 기준을 명시적으로 상세하게 규정하고 있는데, 청년주택 사업을 수행하는 자라면 누구나 당해 규정을 반드시 준수하여야 하고, 당해 규정에 따라 산정된 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지를 기부채납 할 것이 강제된다(청년주택 운영기준 제4-2-1조).이때, 공공기여율은 기본 용적률과 추가 용적률에 따른 공공기여율 산정 방식이 이미 청년주택 운영기준에 명확하게 규정되어 있어 당해 규정에 따라 결정될 뿐이고, 납세자와 처분청의 협의에 따라 재량으로 결정되는 사항이 아니다.그 결과, 청년주택 사업 상 기부채납 대상으로 정해진 공공임대주택 부속토지는, 도시관리계획 결정고시에 따라 비로소 기부채납 여부 및 그 위치와 면적이 확인되는 것이 아니라, 사업 제안 단계에서부터 이미 기부채납 의무가 확정적으로 부여되고, 사업시행지의 위치(용도지역)와 면적이 확인되면 곧바로 공공기여율 산정 기준에 따라 기부채납 목적물로 확정되는 토지이며, 시·도지사 또한 당연히 기부채납 받을 것을 예정하고 있는 토지다.이와 관련하여, 이 건의 경우 종전 사업제안자가 이 건 사업계획의 결정 절차에 따라 기제출한 건축심의도서 및 사업계획안에 사업대상지의 지번과 면적이 구체적으로 기재되어 있었고, 이후 당해 기재 내용 그대로 사업시행지가 확정되어 고시되었음이 확인되므로, 기부채납 대상이 되는 공공임대주택 부속토지는 그 위치와 면적이 구체적으로 특정된 토지(서울특별시 강남구 OOO㎡)에 대해 청년주택 운영기준상 용적률 및 공공기여율 기준에 따라 산정된 공공기여율에 상응하는 면적으로 도출되어, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 시점에 이미 그 위치와 면적이 구체적으로 특정되어 있었다고 봄이 타당하다.더불어, 공공기여율이 추후 도시관리계획 결정고시 이후에 어떠한 사유로든 동일하게 볼 수 없을 정도로 크게 변경된다면 토지 취득 시점에 기부채납 목적물이 구체적으로 특정되지 않은 것으로 볼 여지가 있을 수 있지만, 이 건 사업상 공공기여율의 경우, 통합심의위원회 사전자문용 심의도서에서 33.01%였다가 도시관리계획 결정고시에서 30.25%로 변경된 후 최종적으로 30.20%로 변경되어 그 면적 변경비율이 최대 9%에 지나지 않으므로, 관련 법령에서 경미한 변경으로 보는 면적 10% 범위 내 변경을 이유로 토지 취득 당시 기부채납 목적물이 구체적으로 특정되었다는 판단을 부정하는 것은 타당하지 않다.(나) 기부채납에 관한 협의의 진행1) 기부채납에 관한 협의를 진행한 사정이 인정되는 경우사업시행자와 국가 등 간에 기부채납에 관한 협의가 진행된 사실을 협의서 내지 공문 등을 통해 명시적으로 확인할 수 있는 외에, 조세심판원은, 사업 관련 규정에서 기부채납 의무와 공공기여 결정절차 및 관련세부 기준을 명시하고 있고, 협상 과정에 관계기관을 포함하거나 공공기여시설에 대한 관계기관의 의견을 수렴하도록 하고 있는 경우, 당해 규정에 따라 공공기여에 대한 사전협상을 진행하여 도시관리계획에 반영된 이상 기부채납에 대한 협의가 구체적으로 진행되었다고 볼 수 있고, 공공기여와 같이 처분청과 직접적으로 연관된 사안에 대해서는 처분청과 내부적인 협의를 거쳤다고 보는 것이 합리적이므로, 토지 취득 전에 기부채납에 관한 협의를 진행하였음을 인정하여, 취득한 부동산이 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로서 취득세 비과세 대상으로 봄이 타당하다고 판단하였다(조심 2022지966, 2023.10.16.).그리고 사업제안자가 도시관리계획 결정고시 전에 공공시설 설치계획을 일부 변경하는 내용으로 처분청에 주민제안을 하였고 처분청이 이를 검토하여 수용한 경우 기부채납에 관한 협의가 있었던 것으로 보았다(조심 2021지1707, 2022.4.14.).위 조세심판원 선결정례의 취지를 종합하여 보면, 사업 관련 규정에서 공공기여 결정 절차와 관련 세부 기준을 명시하면서 기부채납 의무를 강제하고 있고, 그 절차상 관계기관의 참여가 규정되어 있으며, 사업계획 결정절차를 진행하는 과정에서 처분청이 사업제안자의 기부채납 계획을 충분히 알 수 있었음에도 이견을 제시하지 않은 경우에는, 명시적인 협의서 등이 없다 하여도 기부채납에 관한 협의를 진행한 사정이 인정된다.2) 서울시 역세권 청년주택 사업은, 사업제안자의 사업계획 수립부터 사업계획의 결정 및 운영에 이르기까지 전단계에 걸쳐 청년주택 조례 및 청년주택 운영기준이 적용되며, 사업제안자는 물론 관계 행정관청도 이들 규정을 절대적으로 준수하여야 한다.그런데 주지하다시피, 청년주택 운영기준 제3-2-1조 및 제3-2-2조는 지역 구분별 공공기여율의 결정 절차와 산정 기준을 세부적으로 정하고 있고, 제4-2-1조는 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지를 기부채납 할 것을 강제하면서 그 예외를 규정하지 않고 있으며, 제2-2-4조는 사업계획 결정절차 상 시장이 사업제안자로부터 사업계획을 제안받은 후 사전검토단 회의, 통합심의위원회 사전자문, 주민 열람공고 및 관계부서 협의, 통합심의위원회 심의를 거쳐 도시관리계획을 결정하되, 사전검토단 회의 및 통합심의위원회 사전자문 절차에 자치구가 함께 참석하여 의견을 제시할 것을 규정하고 있다.이와 관련하여, 이 건 사업 역시 위 규정들을 모두 준수하여 진행되었는데, 구체적으로, 종전 사업제안자는 사업계획안과 심의도서에 청년주택 운영기준에서 정하고 있는 기준에 따라 산정한 공공기여율과 당해 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지 면적을 구체적으로 기재하여 사업계획 승인 신청을 접수하였고, 처분청은 당해 계획안 등을 접수하여 검토하였으며, 2020.3.26. 및 2020.9.10.에 각 관계 행정관청의 의견을 수렴할 것을 전제하고 있는 사전검토단 회의 및 통합심의위원회 사전자문 절차를 거쳐, 처분청을 비롯한 관계 행정관청으로부터 공공기여 계획을 포함한 건축계획에 대한 검토 의견을 제시받았다.이처럼 종전 사업제안자와 관계 행정관청 모두가 청년주택 운영기준의 규정을 준수하여 이 사건 사업계획 결정절차를 수행한 이상, 도시관리계획 결정 전에 이미 기부채납에 대한 협의가 구체적으로 진행된 것으로 볼 수 있고, 특히, 공공기여와 같이 처분청과 직접적으로 연관된 사안에 대해 처분청과 내부적인 협의를 거치지 않을 수 없으므로, 이 건 부동산 취득 전에 기부채납에 관한 구체적인 협의가 진행되었다고 인정함이 합리적이다.요컨대, 이 사건 사업계획 결정절차에서, 이 건 사업계획 상 가장 중요한 내용이라 할 수 있는 임대주택 건설규모 및 용적률과 용적률을 기준으로 산정되는 공공기여율이 주요 논의 및 협의 대상이 되는 것이 당연지사이므로, 기부채납에 관한 협의가 진행되었음을 부인할 수 없다.또한 대법원(2022.10.27. 선고 2022두49311 판결)은, 청구법인과 마찬가지로 청년주택 사업에 관한 사안에서, ① 사업시행 단계에서 이미 공공임대주택 부속토지를 서울특별시에 기부채납할 것이 예정되어 있었고, 그 기부채납 산정에 관한 공공기여율도 청년주택 조례에 정해져 있었던 점, ② 추후 서울특별시와 협약을 체결하면서 기부채납의 권리의무 사항을 명확하게 확정하였는데 기존 협의 내용과 본질적으로 크게 달라진 바가 없는 점, ③ 비록 토지 취득 당시에는 서울특별시와 사이에 구체적인 기부채납 약정이 존재하지 않았지만, 기부채납 목적물의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 서울특별시와 기부채납에 관한 협의를 한 사정이 인정되는 점을 종합적으로 고려하여, 납세자가 취득한 토지가 취득세 면제 대상이라고 판시하였다.위 대법원 판례는, 청년주택 사업의 경우, 청년주택 사업규정에 정해져 있는 공공기여율에 따라 공공임대주택 부속토지를 기부채납하는 것이 관련 규정에서 이미 예정하고 있는 것이어서, 최종 협의 결과 본질적으로 달라졌다는 특별한 사정이 없는 한, 협의를 한 사정을 인정할 수 있다는 점을 시사하는바, 동일한 규정에 근거하고 있는 이 건의 경우에도 동일한 판단을 하는 것이 타당하다.한편 대법원은 종전 사업제안자의 지위를 승계하여 새로이 사업시행자가 된 자가 직접 관계 행정관청과 기부채납에 관한 약정을 체결하기 전에 취득한 토지를 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 토지로 볼 수 있는지에 관하여, 소유권이전등기를 마칠 당시에 납세자에 대한 사업계획승인이나 기부채납약정이 존재하지 않았어도, 납세자가 관계 행정관청과 기부채납 조건을 협의한 종전 사업제안자의 사업주체 지위를 그대로 이전받아 이미 기부채납 목적물이 특정된 상태에서 주택건설사업계획변경승인 신청을 하였고 실제 변경승인을 받아 당해 토지를 기부채납 한 점 등을 종합하여 보면 당해 토지가 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 비과세 대상이라고 판시하여(대법원 2011.11.1. 선고 2011두17363 판결), 사업시행자의 지위를 승계받은 경우에는 종전 사업제안자와 관계 행정관청 간에 이루어진 기부채납에 관한 협의 사항도 그대로 승계되어 직접 기부채납에 관한 협의를 한 것과 동일한 효과가 발생하는 것으로 인정하였다.위 대법원 판례 취지에 따를 때, 이 건의 경우 청구법인이 종전 사업제안자로부터 이 건 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄승계 받고, 종전 사업제안자의 지위를 그대로 이전받은바, 종전 사업제안자가 관계 행정관청과 한 기부채납에 관한 협의 사항 또한 그대로 청구법인에 승계된 것으로 봄이 타당하고, 청구법인은 이미 기부채납 목적물이 특정된 상태에서 사업계획 결정절차를 이어 진행한 결과, 유의미한 변경 없이 사업계획 승인을 받고 이 건 사업을 수행하였으므로, 이 건 부동산 취득 시점에 청구법인이 기부채납에 관한 협의를 진행한 사정이 인정된다고 봄이 타당하다.3) 포괄승계의 본질 및 법적 효과는 포괄승계인이 사업시행자의 지위를 승계하든 사업제안자의 지위를 승계하든 동일하므로, 청구법인이 이 건 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄승계 한 이상, 종전 사업제안자와 관계 행정관청과의 기부채납에 관하여 협의한 사정 및 협의사항은 청구법인에게 이전된 것으로 봄이 타당하다.

나. 처분청 의견(1) 기부채납은 기부자가 그의 소유재산을 국가나 지방자치단체의 국·공유재산으로 증여하는 의사표시를 하고 국가나 지방자치단체는 이를 승낙하는 채납의 의사표시를 함으로써 성립하는 증여계약으로서(대법원 2006.1.26. 선고 2005두14998 판결 참조) 지방자치단체장이 주택건설사업계획에 대한 승인결정을 할 무렵에 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지의 위치나 면적이 어느 정도 특정되고, 구체적으로 공공시설용지로 편입할 토지에 대하여 기부채납을 하도록 승인조건을 부과한 때에 비로소 기부채납에 대한 의사의 합치가 있었던 것(대법원 2005.5.12. 선고 2003다43346 판결 참조)으로 볼 수 있는바,청구법인은 이 건 부동산을 취득하기 전에 국가에 기부채납의 의사표시를 하여 국가로부터 승낙의 의사표시를 얻어야 했으나 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 이후에야 비로소 기부채납 협의를 진행하였다.주택건설사업계획 승인 이전에 기부채납서를 제출하였다고 하더라도 기부채납의사는 주관적인 것으로서 주택건설사업계획 승인을 하기 이전에는 관할청이 승낙의 의사를 표시하였다고 볼 수는 없고, 관할청의 채납의 의사표시는 주택건설사업계획 승인으로 표시되는 것인바(대법원 2011.10.13. 선고 2011다59544 판결 참조),도시관리계획 결정고시가 난 이후가 되어서야 비로소 기부채납 승낙 의사를 표했다 볼 수 있으며, 이 건 부동산은 결정고시가 나기 이전 취득하였으므로 기부채납을 조건으로 취득한 토지라 볼 수 없어 취득세 등의 비과세 대상이 아니다.(2)「지방세법」에서 취득세 비과세 요건으로 규정한 “기부채납을 조건으로 취득하는 부동산”이라 함은, 사업자가 주택건설 사업계획 승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고, 나아가 주택건설 사업계획 승인 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는, 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 “기부채납을 조건으로 취득한 토지”로서 비과세 대상에 해당한다고 할 것(대법원 2011.11.1. 선고 2011두17363 판결 참조)인바,청구법인이 주택건설 사업계획 승인 이전에 취득한 이 건 부동산이 「지방세법」에 따른 취득세 비과세 조건을 충족하기 위해서는, ‘이 건 부동산 취득 당시’ 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정이 되어야 하고, 설령 위치나 면적이 특정되지 아니하고 비율로 정해졌다 하더라도, 이에 관한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 사정을 입증하여야 할 것인데, 청구법인은 기부채납에 대한 협의가 진행 중이라고 주장하나, 이는 종전 사업제안자인 a가 사업계획 사전검토 및 자문요청을 한 내용일 뿐, 처분청과 a 사이에 기부채납 면적이 명시된 제안서 수용 통보와 같은 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 이후에야 기부채납 협의를 진행하였으므로, 이 건 부동산은 기부채납이 예정되어 있었던 부동산이라 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 취득한 이 건 부동산 중 공공임대주택의 부속토지는「지방세법」 제9조 제2항의 ‘국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 부동산’에 해당하여 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 부동산업, 부동산분양업을 영위할 목적으로 2020.12.15. 설립된 법인으로 청구법인의 정관에 따르면「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 전문투자형 사모집합투자기구로, ‘OOO 역세권 청년주택 신축사업’(이 건 사업)을 수행하여 이 건 부동산을 취득 후, 민간임대주택법상 기업형임대사업자로 이 건 부동산을 임대, 관리, 개량한 후 이를 처분하여 그 수익을 사원에게 배당하는 것을 목적으로 하고 있는바, 2022.1.10. 민간임대주택법에 따라 임대사업자등록을 한 것으로 나타난다.(나) 청년주택 운영기준에 따르면 청년주택의 사업방식과 사업계획 결정절차는 다음과 같다.

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○(다) 종전 사업제안자는 2020.3.12. 서울특별시장에게 이 건 부동산 일원 ‘서울특별시 역세권 청년주택 사업계획’ 사전검토를 요청하였고, 2020.3.26. 사전검토단 회의가 개최되었으며, 서울시장은 종전 사업제안자에게 사전검토단 회의 결과(주택공급과-OOO, 2020.3.31.)를 알린 것으로 나타난다.(라) 종전 사업제안자는 2020.5.6. 서울특별시장에게 이 건 부동산 일원 역세권 청년주택 공급촉진지구 지정, 지구계획 및 사업계획 승인 관련 ‘공공지원민간임대주택 통합심의위원회 사전자문’을 요청한 것으로 나타나는바, 그 일부 내용은 아래와 같다.

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○(마) 종전 사업제안자가 2020.9.10. 제출한 통합심의위원회 사전자문 심의도서에는 이 건 사업의 사업대상지가 서울특별시 강남구 OOO㎡로 특정되어 있고, 청년주택 운영기준을 준수한 용적율 적용기준 의무사항으로 공공임대주택 부속토지에 대한 공공기여 의무(공공기여율 33.01%) 관련 내용이 명시되어 있는 것으로 나타나며, 주관부서 검토의견으로는 건축물 높이 기준 사항만이 제시되었을 뿐, 공공기여율에 대한 이견은 제시되지 않은 것으로 확인된다.(바) 위 심의도서 내용을 바탕으로 2020.9.10. 공공지원민간임대주택 통합심의위원회 사전자문 소위원회가 개최되었고, 종전 사업제안자는 2020.9.17. 건축계획 및 교통계획 개선에 관한 의견제시 결과를 반영한 이 건 사업계획을 2020년 11월 서울특별시 강남구청에 접수(공급촉진지구 지정, 지구계획 승인 및 건축허가 신청)하였다.(사) 청구법인이 제출한 공문은 아래와 같다.

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○(아) 종전 사업제안자는 2021년 2월 청구법인에게 이 건 사업에 관한 권리를 양도하는 사업권 포괄 양도·양수계약서를 작성하였다.(자) 서울특별시 강남구청장은 이 건 사업계획 결정에 앞서 주민 등의 의견청취를 위하여 2021.2.5. 사업계획안 열람공고를 하였고(서울특별시 강남구 공고 제2021-OOO호), 동 공고에서 이 건 사업제안자가 청구법인으로 변경되었음이 확인된다.(차) 서울특별시는 2021.12.30. 이 건 부동산 일원 역세권 청년주택 공급촉진지구 지정, 지구계획 승인 및 도시관리계획 결정에 따라 지형도면을 고시(제2021-OOO호)한 바, 사업시행자는 청구법인이고, 청년주택 운영기준에 근거한 용적률 적용기준 의무사항으로, 사업부지 면적의 25%에 해당하는 254.70㎡(53세대)를 기본공공기여분으로, 완화용적률의 50%에 상응하는 12세대를 추가공공기여분으로 총 공공기여율 30.25%에 해당하는 공공임대주택 부속토지를 기부채납토지로 결정하였음이 나타난다.(카) 청구법인은 2022.1.2. 청구법인을 건축주로 하여 주택 신축에 대한 건축허가를 받고, 2022.10.5. 주택 신축공사에 착공한 이후 2025.4.11. 이 건 주택에 대해 사용승인을 받은 후, 기부채납 대상 공공임대주택 부속토지를 기부채납하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」 제9조 제1항에 의하면, “국가 또는 지방자치단체 등의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고, 제2항에 의하면, “국가, 지방자치단체 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다”고 규정하고 있으며, 제2호에서는 “국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우”를 규정하고 있다.(나) 기부채납은 기부자가 그의 소유재산을 국가 등의 공유재산으로 증여하는 의사표시를 하고 국가 등은 이를 승낙하는 채납의 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약으로서, 상기 규정에서 취득세 비과세요건으로 규정한 “기부채납을 조건으로 취득하는 부동산”에는, 사업자가 주택건설사업계획승인을 받고 그 승인조건에서 나타난 기부채납 등의 조건에 맞추어 취득한 토지가 이에 해당함은 당연하고, 나아가 주택건설사업계획승인은 이전이라도 이미 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 상태에서 행정관청과 사이에 기부채납에 대한 협의가 진행 중인 것으로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있는 경우에는 그 이후에 취득하여 국가 등에 기부채납한 토지도 “기부채납을 조건으로 취득한 토지”로서 비과세 대상에 해당한다 할 것이다(조심 2021지1707, 2022.4.14. 참조).(다) 처분청은 도시관리계획 결정고시가 난 후에야 기부채납 승낙 의사를 표했다 볼 수 있으므로 이 건 부동산은 결정고시가 나기 전에 취득하여 기부채납을 조건으로 취득한 부동산이라 볼 수 없다는 의견이다.그러나, 청년주택 조례 제7조 제1항 및 제4항에서는 청년주택 사업을 수행하고자 하는 사업자는 사업계획을 시장에게 제출하여야 하고 공공기여율 등 사업계획의 수립기준을 별도로 정할 수 있으며, 제9조 제3항에서는 시장은 제7조에 따라 수립된 사업계획을 접수한 때 관계 기관 및 관할 자치구청장과 협의하여야하고, 청년주택 운영기준 제3-2-1조 및 제3-2-2조에서 지역 구분별 공공기여율의 결정 절차와 산정 기준을 세부적으로 정하고 있고, 제4-2-1조는 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지를 기부채납 할 것을 강제하면서 그 예외를 규정하지 않고 있으며, 제2-2-4조는 사업계획 결정절차 상 시장이 사업제안자로부터 사업계획을 제안받은 후 사전검토단 회의, 통합심의위원회 사전자문, 주민 열람공고 및 관계부서 협의, 통합심의위원회 심의를 거쳐 도시관리계획을 결정하되, 사전검토단 회의 및 통합심의위원회 사전자문 절차에 자치구가 함께 참석하여 의견을 제시할 것을 규정하고 있는바, 이러한 절차는 단순 자문과정이 아닌 서울시장이 주관하는 법정 인허가 절차인 점,이 건 사업을 진행하려면 위 청년주택 조례 및 청년주택 운영기준에 따라야 하는데, 청구법인이 제출한 자료에 따르면 종전 사업제안자는 사업계획안과 심의도서에 청년주택 운영기준에서 정하고 있는 기준에 따라 산정한 공공기여율과 당해 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지 면적을 구체적으로 기재하여 사업계획 승인 신청을 접수하였고, 처분청은 당해 계획안 등을 접수하여 검토하였으며, 2020.3.26. 사전검토단 회의가 개최되었고, 서울시장은 종전 사업제안자에게 사전검토단 회의 결과(의견제시)를 알렸으며(주택공급과-OOO, 2020.3.31.), 종전 사업제안자는 서울시장의 의견제시를 반영하여 2020년 8월 통합심의위원회 사전자문용 자료를 제출하였고, 이후 통합심의위원회 사전자문 절차를 거쳐 처분청을 비롯한 관계 행정관청으로부터 공공기여 계획을 포함한 건축계획에 대한 검토 의견을 제시받은 것으로 나타나는 점,이 건 사업은 관련 조례 및 운영기준에 따라 공공기여 및 공공임대주택 부속토지의 기부채납이 필수적으로 예정된 사업으로, 사업제안 단계부터 공공기여율 산정 방식과 기부채납 의무가 명확히 규정되어 있어 청구법인과 처분청 간 별도의 재량으로 결정될 사항이 아니고 사업대상지의 위치와 면적이 확정되는 즉시, 공공기여율에 상응하는 공공임대주택 부속토지는 법령과 기준에 의해 자동적으로 기부채납 대상에 포함되므로 이러한 규정에 따라 공공기여에 대한 사전협상을 진행하여 도시관리계획에 반영된 이상, 기부채납에 대한 협의가 구체적으로 진행되었다고 볼 수 있는 점(조심 2022지966, 2023.10.16., 같은 뜻임),종전 사업제안자가 제출한 사업계획안 및 통합심의위원회 사전자문 심의도서에 사업부지의 지번·면적과 공공기여율이 구체적으로 기재되어 있었고, 처분청을 포함한 관계 행정기관이 사전검토단 회의 및 통합심의 절차에 참여하여 이를 검토하였으므로, 이는 기부채납 대상 토지가 이 건 부동산 취득 당시 이미 특정 가능했고, 기부채납을 전제로 한 협의를 거쳤다고 보는 것이 타당한 점,청구법인은 종전 사업제안자의 지위를 포괄승계하여 사업을 연속 수행하였고, 청구법인이 이 건 부동산을 취득하기 전 처분청은 이 건 사업계획 결정에 앞서 2021.2.5. 사업계획안 열람공고(서울특별시 강남구 공고 제2021-OOO호)에서 이 건 사업의 수행자가 이 건 사업제안자에서 청구법인으로 변경되었음을 공고하여 행정청 역시 이를 전제로 사업제안자 변경을 수용하였으므로, 종전 사업제안자와 행정청 간에 이루어진 기부채납 관련 협의 역시 청구법인에게 승계된 것으로 보는 것이 타당한 점(대법원 2011.11.1. 선고 2011두17363 판결, 참조) 등에 비추어,이 건 부동산 중 법률상 기부채납 의무가 확정되어 있는 공공임대주택의 부속토지의 경우, 도시관리계획 결정고시 전에 이미 기부채납 대상 토지의 위치나 면적이 사실상 확정된 상태에서 관계 행정관청과 기부채납에 관한 사전 협의를 수행한 것으로 보이므로 「지방세법」 제9조 제2항의 ‘국가등에 기부채납을 조건으로 취득한 부동산’에 해당한다 할 것이다(조심 2021지2274, 2022.12.14., 같은 뜻임).따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세법제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(2) 서울특별시 역세권 청년주택 공급 지원에 관한 조례제2조(정의) 이 조례에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. "청년주택"이란 시장, 서울주택도시공사 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자가 만 19세 이상 만 39세 이하로서 무주택자인 청년 및 신혼부부 등에게 우선적으로 공급하기 위하여 역세권에 공급하는 다음 각 목의 임대주택을 말한다. 다만, 오피스텔은 제외한다.

가. 공공임대주택 : 「공공주택 특별법」 제2조제1호가목에 따른 주택 중 시장 또는 서울주택도시공사가 공급하는 주택나. 공공지원민간임대주택 : 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제4호에 따른 주택제7조(사업계획의 수립ㆍ제출) ① 제4조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업시행자가 촉진지구 지정 대상에서 청년주택 사업을 추진하고자 할 때에는 다음 각 호의 사항을 포함하는 사업계획을 시장에게 제출하여야 한다.1. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제23조 및 제28조에 따른 촉진지구 지정 제안 및 지구계획 승인신청서2. 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인신청서 및 관련 서류 또는 「건축법」 제11조에 따른 건축허가신청서 및 관련 서류3. 사업대상지 기준 350미터 범위 내 주야간 주ㆍ정차 및 교통현황4. 그 밖에 청년주택의 건설ㆍ관리ㆍ운영 등에 필요한 사항으로서 시장이 별도로 정하는 사항④ 시장은 청년주택 사업의 원활한 추진을 위하여 이 조례 및 관계 법령에서 정한 범위에서 용도지역 변경, 용적률, 공공기여율, 건축계획 등 사업계획의 수립기준을 별도로 정할 수 있다.제9조(사업계획의 결정절차) ② 제4조에 따른 사업시행자등 중 공공주택사업자 이외의 자는 다음 각 호의 절차를 이행하여야 한다.

1. 사업대상지가 촉진지구 지정 대상인 경우 : 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 촉진지구 지정, 지구계획 승인, 사업계획승인 또는 건축허가(이하 "촉진지구지정등"이라 한다). 다만, 사업계획승인 또는 건축허가는 사업시행자의 신청이 있는 경우로 한정한다.

2. 사업대상지가 촉진지구 지정 대상이 아닌 경우 : 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조에 따른 도시관리계획 결정③ 시장은 제7조에 따라 수립된 사업계획을 접수한 때에는 관계 기관 및 관할 자치구청장(이하 "구청장"이라 한다)과 협의하여야 하며, 제1항에 따른 공공주택건설사업계획 승인, 제2항 각 호의 촉진지구지정등 또는 도시관리계획 결정을 한 때에는 관계 법령이 정하는 바에 따라 관보 또는 서울시보에 고시하고 관계 서류의 사본을 관할 구청장에게 송부하여야 한다.

서울특별시 강남구청장이 2025.4.21. 청구법인에게 한 취득세 등에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.