코로나19에 따른 해외 출입국 제한, 해외사업 차질, 수주 감소 및 경영상 어려움 등은 청구법인의 영업활동과 투자 여건에 영향을 미친 사정에 불과할 뿐 직접적인 장애사유로 보기 어려운 점, 쟁점토지를 취득한 후 약 3년이 경과한 시점에 이르러서야 설계, 건축허가 및 착공 절차를 진행한 것으로 나타나고, 유예기간 내 공장 신축을 위한 지속적이고 적극적인 준비행위를 하였다는 것을 객관적인 자료에 의해 입증되지 않은 점 등 고려시 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유를 인정하기 어려움
1. 처분개요가. 청구법인은 2022.8.30. 경상북도 구미시 산동읍 OOO 소재 토지 1,817㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 유상으로 취득한 후, 쟁점토지가 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목 및 「경상북도 도세 감면조례」 제10조에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지에 해당하는 것으로 보아 감면을 신청하여 취득세 등의 100분의 75를 경감받고, 나머지 100분의 25에 해당하는 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
나. 처분청은 쟁점토지에 대한 사후관리 결과, 청구법인이 정당한 사유 없이 쟁점토지의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아 청구법인에게 이를 안내하였고, 청구법인은 2025.8.11. 감면받은 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함)을 신고·납부하였다.
다. 청구법인은 2025.11.28. 위 취득세 등의 신고·납부에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2026.3.4. 이를 거부하였다.
라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.6. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인은 자동화장비를 제조하여 해외에 수출하는 업체로서 기존 공장의 부지 부족 문제를 해소하기 위하여 산업단지 내 쟁점토지를 취득하여 공장을 신축할 계획이었다.그러나 코로나19의 확산으로 해외 입국 제한, 격리 의무 및 비자 발급 제한 등이 시행됨에 따라 핵심 엔지니어의 해외 파견에 어려움을 겪었고, 주요 수출시장인 베트남에서 장비 설치 및 유지보수에 차질이 발생하면서 수주 감소와 재정 악화가 지속되었다.또한 청구법인은 미국 출장과 관련한 비자 발급 거절 및 입국 제한 등 예측하기 어려운 출입국 문제가 반복됨에 따라 해외사업의 정상화가 지연되었고, 이로 인하여 공장 신축을 위한 투자 결정과 자금 집행을 불가피하게 유보할 수밖에 없었다.그럼에도 청구법인은 사업 여건이 회복된 이후 공장 신축 계획을 재수립하여 2025년 상반기부터 설계 및 시공 준비를 진행하였고, 관계 법령상 기준을 충족하기 위한 설계 변경을 거쳐 건축허가를 받은 후 지체 없이 착공하여 단기간 내에 공장 준공 및 사용승인을 완료하였다.따라서 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것은 단순한 자금 부족이나 사업상 판단 등 청구법인의 내부적인 사정에 따른 것이 아니라, 코로나19에 따른 해외 출입국 제한과 이에 따른 해외사업 차질 및 경영환경 악화 등 청구법인이 예측하거나 통제하기 어려운 외부적 사유에 기인한 것이고, 청구법인이 이러한 장애사유가 해소된 후 공장 신축을 위하여 정상적인 노력을 다한 점 등에 비추어 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”가 있는 것으로 보아야 하므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견청구법인이 제시한 사유는 해외 영업 및 장비 유지보수 과정에서 발생한 사업상 차질, 수주 감소, 경영상 불확실성, 인력 운용의 어려움 및 이에 따른 투자 일정의 조정에 관한 것으로서, 쟁점토지의 사용을 법률상 또는 사실상 불가능하게 한 직접적인 장애사유에 해당한다고 보기 어렵다.코로나19 및 해외 출입국 제한 등으로 청구법인의 영업활동에 일정한 어려움이 있었다고 하더라도, 이러한 사정만으로 쟁점토지에 공장을 신축하여 해당 용도로 직접 사용하는 것이 불가능하였다고 보기 어렵고, 이는 청구법인의 사업여건, 수익구조, 자금사정 및 투자판단 등에 영향을 미친 간접적인 사정에 불과한 것으로 보인다.또한 청구법인은 2025년 초부터 공장 신축을 위한 부지 정리 및 설계를 시작한 후 설계변경, 건축허가, 착공 및 준공 등의 절차를 진행하였다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 실제 공장 신축을 위한 본격적인 절차에 착수하기까지 상당한 기간이 경과한 것으로 나타난다.청구법인이 쟁점토지의 취득일부터 유예기간 내에 공장 신축을 위하여 객관적으로 확인할 수 있는 적극적인 준비행위, 인허가 절차의 추진, 자금조달 및 공사착수 등의 조치를 지체 없이 계속하여 이행하였다고 보기 어렵고, 공장 신축이 장기간 지연된 것은 청구법인의 사업여건 및 자금사정 등을 고려한 내부적인 경영상 판단에 따른 것으로 보는 것이 타당하다.따라서 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 데에 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”가 있다고 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 쟁점토지를 취득한 날부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 대해 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 청구법인은 2022.8.30. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득하고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목 및 「경상북도 도세 감면조례」 제10조 규정에 따른 감면을 받은 것으로 나타난다.(나) 처분청이 제출한 착공신고필증에 따르면, 청구법인은 2025.8.6. 쟁점토지에 공장을 신축하기 위하여 착공예정일을 2025.8.11.로 하여 착공신고를 한 것으로 나타난다.(다) 청구법인은 쟁점토지에 공장을 신축하기 위하여 2025.8.7. 착공하였고, 2025.11.20. 공사를 완료하여 사용승인을 받은 것으로 나타난다.＜쟁점토지 로드뷰 사진(2026년 4월 기준)＞
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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 코로나19에 따른 해외 출입국 제한과 해외사업 차질 등 예측·통제하기 어려운 외부적 사유로 공장 신축이 지연되었고, 장애사유 해소 후 공장 신축을 위한 정상적인 노력을 다하였으므로 쟁점토지를 3년 이내 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 주장하나,「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제1호에서 규정한 “정당한 사유”는 토지를 해당 용도로 사용할 수 없게 하는 법률상 또는 사실상의 장애사유이거나, 납세자가 정상적인 노력을 다하였음에도 이를 극복할 수 없는 외부적 사유가 있는 경우를 의미하는 것으로 보아야 하는 점, 청구법인이 주장하는 코로나19에 따른 해외 출입국 제한, 해외사업 차질, 수주 감소 및 경영상 어려움 등은 청구법인의 영업활동과 투자 여건에 영향을 미친 사정에 불과할 뿐, 쟁점토지에 공장을 신축하는 행위 자체를 법률상 또는 사실상 불가능하게 한 직접적인 장애사유에 해당한다고 보기 어려운 점, 또한 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 약 3년이 경과한 시점에 이르러서야 설계, 건축허가 및 착공 절차를 진행한 것으로 나타나고, 유예기간 동안 공장 신축을 위하여 지속적이고 적극적인 준비행위를 하였음이 객관적인 자료에 의해 입증되지 않았으며, 이후 단기간 내 공장을 준공한 사실만으로 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있었다고 인정하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법룰지방세특례제한법(2021.12.28. 법률 제15656호로 일부개정된 것)제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지2. 경감 내용가. 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2022년 12월 31일까지 경감한다.
나. 산업단지등에서 대수선(「건축법」 제2조 제1항 제9호에 해당하는 경우로 한정한다)하여 취득하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2022년 12월 31일까지 경감한다.
다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우