청구법인이 쟁점주차장을 교육 목적으로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 재산세를 부과한 처분의 당부

1. 처분개요가. 처분청은 2020년 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인 소유의 서울특별시 OOO 소재 OOO대학교 의과대학용 건축물 42,421.77㎡(이하 “이 건 의과대학”이라 한다), 같은 동 OOO 소재 OOO대학교 의과대학 부속병원용 건축물 220,179.85㎡(이하 “이 건 부속병원”이라 한다) 등에 대하여 「지방세특례제한법」제41조 제2항 등에 따른 감면을 적용한 후, 2020.7.10., 2020.9.10. 청구법인에게 해당 재산세 등을 부과·고지하였다.

나. 이후 처분청은 청구법인이 이 건 의과대학과 이 건 부속병원의 건축물 내에 소재하는 주차장 면적 91,065.69㎡(이 건 의과대학 13,372.25㎡, 이 건 부속병원 77,693.44㎡, 이하 “쟁점주차장”이라 한다)와 쟁점주차장에 해당하는 토지 26,458.51㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에게 임대한 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점주차장을 해당 사업에 직접 사용하지 아니하여 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제41조 제2항 및 제7항에 따른 감면요건을 충족하지 않은 것으로 보아, 2025.4.10. 청구법인에게 재산세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세”라 한다)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것으로 규정하고 있는데 이는 부동산의 소유자가 감면 대상인 부동산을 그 사업목적과 용도에 맞게 사용하였는지 판단하기 위한 기준일 뿐 목적·용도를 달성하는 방법에 있어 그 소유자가 구체적으로 채택하는 외관에 대해서는 별도의 제한을 두고 있지 않다.(2)「지방세특례제한법」상 임대용 부동산에 대하여는 감면대상에서 제외한다고 명문으로 규정하고 있다.

반면, 학교용 부동산과 의과대학 부속병원의 부동산에 대하여는 「지방세특례제한법」제41조 제2항과 같은 조 제7항에서 별도로 임대용 부동산을 감면 대상에서 제외한다고 규정하고 있지 아니한바, 여기에서 직접 사용의 의미는 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것이면 충분하다(대법원 2018.10.4. 선고 2018두46643 판결, 같은 뜻임).(3) 쟁점주차장은 이 건 의과대학 및 부속병원의 부대시설 또는 종속시설인 부설주차장으로 주된 건축물의 편의에 제공하기 위해 의무적으로 설치되는 종물에 해당하며, 주물과 종물의 관계에 있어 종물(쟁점주차장)은 주물(이 건 의과대학 및 부속병원)과 구분하여 독립된 용도와 기능을 갖는 것이 아니므로 쟁점주차장은 주물의 용도에 따라 본래적 용도인 의료업 또는 교육업에 제공된 것 외에 다른 독립된 목적에 사용될 수 없다.따라서, 건축물에 반드시 설치되어야 하는 부설주차장은 건축물의 공용부분으로 이러한 공용부분은 전용부분에 따라 그 용도가 결정되는데, 지방세 과세(중과 포함) 및 감면에 있어서 공용부분은 전용 부분에 따라 그 과세 및 감면이 결정되는 것이므로 하나의 건축물이 지방세 부과와 감면대상으로 구분되는 경우 공용부분을 전용 부분과 분리하여 판단할 것은 아니다.

(4) 만일, 청구법인이 쟁점주차장을 A에게 위탁하지 않고 직영할 경우 주차안내원 등을 추가로 고용하는 것 외에도 주차설비에 대한 특허사용료를 별도로 지급하여야 하는데, 주차장 운영을 통해 얻는 수익보다 더 큰 지출을 하여야 하므로 청구법인이 쟁점주차장을 A에게 임대하였다는 사유만으로 직접 사용이 아니라고 단정할 수는 없다.

(5) 끝으로 청구법인은 이 건 의과대학 및 부속병원을 교육 및 의료사업의 용도에 맞게 운영될 수 있도록 A을 실질적으로 지휘 통제하고 있으므로 이 건 의과대학에 대하여는「지방세특례제한법」제41조 제2항을 적용하여 그 재산세를 면제하고, 이 건 부속병원에 대하여는 같은 조 제7항을 적용하여 재산세의 100분의 50을 감면하는 것이 학교용 부동산 등에 대한 취득세 감면 규정의 입법취지에도 부합하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 교육사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 것이란 취득한 부동산을 학교법인의 교육용 기본재산으로 편입하여야 함은 물론, 실제 사용 용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지·교사·체육장·실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설·설비 및 교재·교구 등과 같이 당해 부동산의 사용 용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되어야 한다(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결, 같은 뜻).(2) 헌법재판소 역시「지방세특례제한법」상 직접 사용에 소유 주체로서 사용한다는 의미가 포함되지 아니하면, 하나의 부동산에 대해 복수의 사용 주체를 인정함으로써 다수가 하나의 부동산을 직접 사용하게 되는 부당한 결과에 이르게 되는바, 2014.1.1. 신설된「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 위와 같은 해석을 더욱 명확히 한 것으로 보인다고 판결하였다(헌법재판소 2018.1.25. 선고 2015헌바277).(3) 청구법인은 쟁점주차장을 이 건 의과대학 및 부속병원의 주차장으로 운영하기 위하여 A과 임대차계약을 체결한 후 보증금 및 임대료를 받고 있고, A은 주차장 시설에 대한 관리책임과 주차장 내 사고에 대한 민·형사상의 책임을 부담하고 있음을 볼 때, 청구법인이 쟁점주차장을 해당 용도에 직접 사용하고 있다고 보기 어려우므로 청구법인에게 이 건 재산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점청구법인이 쟁점주차장을 교육 목적으로 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보아 재산세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 OOO 정신에 입각한 초등·중등·고등교육을 실시하기 위해 설립되어 현재 OOO대학교 외 OOO 학교를 설치 운영하고 있는 학교법인이다.(나) 청구법인은 2018.12.19. A과 아래와 같이 쟁점주차장 임대 운영계약을 체결하였다.

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○(다) 처분청은 2025.4.10. 청구법인에게 다음과 같이 이 건 재산세를 부과하였다.＜표＞ 재산세 등 부과처분 내역(단위 : 원)

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○(라) 청구법인은 이 건 의과대학, 이 건 부속병원, 이 건 토지에 대한 취득세, 재산세 등 부과처분에 대하여 동일 쟁점으로 하여 각각 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 각각 기각 결정(2018년 취득세 사건 : 조심 OOO, 24.2.20., 2019년 재산세 사건 : 조심 OOO, 25.4.3.)을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 청구법인은 쟁점주차장을 A에게 임대하여 사용한 경우에도 그 사업목적과 용도에 맞게 사용한 경우라면 그 사용형태와 관계 없이 그 목적에 직접 사용되는 경우에 해당하므로 이 건 재산세 부과처분은 부당하다고 주장한다.(나)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 직접 사용이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제41조 제2항 본문에서 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세 등을 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제7항에서 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학의 부속병원이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 감면(50%)한다고 규정하고 있다.(다) 「지방세특례제한법」에서 정한 직접 사용의 문구는 특별한 사정이 없는 한 직접 사용의 의미에 관한 정의규정인「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에 따라 해석하여야 하고, 직접 사용의 의미를 이와 달리 해석하기 위해서는 원칙적으로 그에 관한 별도의 규정이 필요하고 할 것이다(대법원 2021.9.9. 선고 2021두34558 판결, 같은 뜻).한편, 위 규정은 2014.1.1. 법률 제12175호로 지방세특례제한법이 개정되면서 신설되었는데, 이는 직접 사용의 주체는 사용자가 아닌 소유자임을 분명히 하기 위한 취지이고, 다만 사용용도 등을 고려하여 부동산 소유자가 아닌 제3자가 해당 용도대로 사용하는 것에 관해 개별규정에서 예외적으로 감면을 규정한 것이라 할 것이다(대법원 2019.4.5. 선고 2018두65996 판결, 같은 뜻).(라)「지방세특례제한법」제2조 제1항 제8호에서 “직접사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 임대를 통한 사용은 해당 임차인이 용도에 맞게 사용한다고 하더라도 직접 사용으로 보기는 어려운 점, 쟁점주차장의 임대차계약서를 보면, 이 건 부속병원 개원 초기 2년을 제외하면 월간 임대료가 OOO원을 초과하는 것으로 보아 이를 단순한 부설 주차장 운영을 위한 위·수탁계약으로 보기는 어려운 점, A은 쟁점주차장의 시설에 대한 관리책임과 주차장 내 사고에 대한 민·형사상의 책임을 부담하고 있고, 쟁점주차장의 수익과 지출에 대하여 독립적인 회계처리를 하고 있는 것으로 보이는 바, 청구법인이 A에게 쟁점주차장의 유지·관리만을 위탁하는 방식으로 쟁점주차장을 운영하고 있다고 보기는 어려운 점,청구법인이 의과대학과 부속병원을 운영하면서 그에 딸린 쟁점주차장을 효율적으로 유지· 관리하기 위하여 이를 A에게 임대한 것이라 하더라도 청구법인이 임대하고 있는 쟁점주차장에 대하여 재산세 등을 면제하는 것은 다른 비영리사업자와의 조세형평 등을 고려할 때 지나친 혜택으로 조세형평의 원칙에 부합하지 않는다고 보이는 점,아울러, A은 이 건 부속병원의 임직원(교직원 포함) 또는 당일 입원하는 환자 등에 대해 주차료의 일부를 감면하고 있기는 하나 그 운영 방법은 A이 운영하고 있는 다른 유료주차장과 동일한 것으로 보이는 점, 특히 청구법인이 쟁점주차장을 임대하여 소득을 얻고 있는 이상 쟁점주차장은 수익사업에 이용되고 있다고 봄이 상당한 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점주차장을 학교 또는 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.(마) 따라서, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 재산세 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 이전의 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제한다.

다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.＜ 각 호 생략＞② 학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대해서는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2021년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.1. 2020년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을, 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 50을 각각 경감한다.2. 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 목의 구분에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

가. 해당 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 30을 경감한다.

나. 해당 부동산 취득일 이후 해당 부동산에 대한 재산세 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.