청구법인이 이 건 합병으로 쟁점주식을 취득한 것은 특수관계인간 거래로서 간주취득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. AAA 주식회사(이하 “구 AAA”라 한다)는 2021.11.1. 자신을 존속법인으로 하여 BBB 주식회사(이하 “BBB”이라 한다) 및 CCC 주식회사(이하 “CCC”이라 한다)를 흡수합병(이하 “이 건 합병”이라 한다)하면서 사명을 현재의 청구법인으로 변경하였다.

나. 청구법인은 이 건 합병으로 BBB이 보유하던 DDD 주식회사(이하 “DDD”라 한다)의 발행주식 OOO주(지분율 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 2021.11.1. 취득한 후, 쟁점주식의 취득으로 청구법인이 DDD의 100% 과점주주가 됨에 따라 「지방세법」 제7조 제5항의 과점주주 취득세 과세대상이 되었다고 보아, DDD가 보유한 경상북도 포항시 OOO 토지 및 건축물과 차량운반구(이하 “쟁점부동산 등”이라 한다)를 과세대상으로 하여 취득세 등 합계 OOO원을 2021.12.29. 처분청에 신고·납부하였다.

다. 청구법인은 2025.2.10. 이 건 합병 전 이미 청구법인과 BBB이 「지방세기본법 시행령」제2조 등에서 정한 특수관계자에 해당하므로, 쟁점주식의 취득은 과점주주 집단 내 거래로서 과점주주 취득세 과세대상이 아니라는 취지로 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.3.26. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 합병 전 청구법인과 BBB은 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 나목 및 같은 조 제4항 제1호 가목에 따른 특수관계가 성립한다.(가) 이 건 합병 전 FFF의 지주회사인 EEE는 의결권 있는 주식을 기준으로 청구법인에 대하여 50.18%의 지분을 보유하고 있었고, BBB에 대하여 81.36%의 지분을 보유하고 있었던바, EEE를 중심으로 청구법인과 BBB간에는 특수관계가 성립한다.(나) 구체적으로, 이 건 합병 당시 ① 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목 및 제4항 제1호 가목에 따라 법인(EEE)이 직접 본인인 법인(청구법인)의 경영에 대하여 지배적인 영향력(EEE가 청구법인의 50.18% 주주)을 행사하고 있는 경우에 해당하여 특수관계가 성립하고, ② 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목 및 제4항 제1호 가목에 따라 본인(청구법인)이 그와 가목의 관계에 있는 자(EEE)를 통하여 어느 법인(BBB)의 경영에 대하여 지배적인 영향력(50% 이상 출자)을 행사하고 있는 경우에도 해당하므로 청구법인과 BBB은 추가적으로 특수관계가 성립한다.(다) 「국세기본법」이 2012.1.1. 세법상 특수관계인의 범위를 통합·단순화하기 위하여 특수관계인의 정의규정을 신설하는 등의 내용으로 개정됨에 따라, 「국세기본법 시행령」에 특수관계인에 해당하는 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계의 범위 등 법률에서 위임한 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하였고, 1년 뒤인 2013.1.1. 「지방세기본법」 및 「지방세기본법 시행령」도 동일한 구조로 개정되었는데, 두 법령간 경영지배관계의 범위에 일부 차이가 있으나, 이 건의 쟁점이 되는 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목, 나목의 경우 「국세기본법 시행령」과 동일하게 정의하고 있으므로 그 해석 또한 국세기본법령상의 특수관계인의 범위의 해석과 같아야 한다.국세기본법령 소관부처인 기획재정부는 2012.1.26. 및 2022.7.15. 개정 「국세기본법 시행령」과 관련하여, 본인이 그 법인에 대해 직접 지배력을 갖지 않더라도 그의 특수관계인을 통해 지배력을 갖는 경우 그 법인은 본인의 특수관계인에 해당함을 명확히 규정한 것(기획재정부 조세법령운용과-93, 2012.1.26.)이고, 본인이 특정법인의 주식을 보유하고 있지 않더라도 그와 친족관계에 있는 자가 그 특정 법인에 30% 이상 출자한 경우, 본인과 그 특정법인 사이에도 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제1호 가목에서 정하는 경영지배관계에 따른 특수관계가 성립(기획재정부 조세법령운용과-759, 2022.7.15.)한다고 해석하고 있다.(라) 국세의 경우 출자지분의 차이(국세 30% 이상, 지방세 50% 이상)만 있을 뿐 모회사가 각각 자회사의 지분을 30% 이상씩 보유하고 있다면 그 자회사 간에는 모회사를 매개체로 하여 특수관계가 성립한다고 보고 있고, ① 정부가 100％ 출자하고 있는 A, B법인은 두 법인 간에 출자관계가 없다 하더라도 특수관계가 성립한다고 해석한 사례(서면-2015-법인-2325, 2016.2.25.), ② 갑법인이 을법인, 정법인에 각각 30％ 이상 출자한 경우 을법인과 정법인은 특수관계가 성립한다고 해석한 사례(법인세과-143, 2014.3.28.) 등에서 동일한 취지의 해석을 하였을 뿐만 아니라, 조세심판원도 어느 법인이 주주를 통하여 다른 법인에 30% 이상 출자한 경우 특수관계가 성립한다(국심 1999중2430, 2000.9.16.)고 결정한바 있다.(마) 지방세기본법령의 주무부처인 행정안전부도 갑법인과 을법인이 모자관계인 상태에서 병법인이 을법인으로부터 인적분할되어 신설된 경우 특수관계 성립여부에 대하여, 모회사가 두 개의 자회사를 거느리고 있는 경우에는 형제회사 간 특수관계가 되므로, 병법인이 설립 당시부터 분할법인인 을법인 및 지배주주인 갑법인과 과점주주 집단을 형성하는 것으로 보는 것이 타당하다고 해석(행정안전부 부동산세제과-1563, 2024.4.30.)한바 있다.(바) 처분청은 이 건 경정청구 거부처분의 근거로서 ‘롯데렌탈’ 대법원 판례(대법원 2022.1.14. 선고 2021두51973 판결)를 들고 있으나, 해당 판례는 모회사와 원고들의 지분 관계가 50%를 넘지 못해 ‘가목’의 50% 이상 출자가 아닌 ‘나목’의 사실상 영향력 행사를 다퉜던 사례라서 이 건과 사실관계가 달라 원용할 수 없다.‘파르나스 호텔’ 대법원 판례(대법원 2022.1.13. 선고 2021두52464 판결) 또한 GS그룹 허창수 회장을 매개체로 하여 주식양수도 법인 간의 특수관계 해당 여부를 판단한 사례로, 허창수 회장과 주식 양수인간의 직접 지분 관계가 형성되지 않고, 허창수 회장이 양도법인과 양수법인 어느 한 법인에도 50% 이상 출자하고 있지 않아 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 가목에 따른 지배적인 영향력 자체가 성립할 수 없는 등 이 건과는 사실관계가 아예 달라 이를 원용할 수 없다.(2) FFF의 회장인 GGG은 청구법인의 임원이면서 동시에 BBB의 주주였던바, 청구법인과 BBB은 GGG을 중심으로 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 나목 및 같은 조 제4항 제1호 나목에 따른 특수관계가 성립한다.(가) GGG은 이 건 합병 당시 청구법인의 사내이사이면서 BBB의 주주(지분율 9.1%)일 뿐만 아니라, 나아가 GGG의 특수관계인(2명의 아들)을 포함하여 EEE의 최대주주(29.21%)로서 이 건 합병의 의사결정을 주도한 바 있다.(나) 또한, GGG은 2014년 9월부터 2019년 3월까지 BBB의 사내이사로 재직한 바 있고, 이 건 합병 직전까지도 BBB의 주주로서 주주총회에서 등기임원 선임 및 임원 보수한도 등의 안건을 의결하였던바, GGG은 BBB 임원의 임면권 행사 등 BBB의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사할 수 있었다.(다) 게다가, 2021년 8월 GGG은 청구법인의 이사회에 등기임원으로 참석하여 청구법인을 존속회사로 하고 BBB을 소멸회사로 하는 흡수합병에 관한 안건을 승인하였던바, 이러한 사정을 종합하면 본인(청구법인)이 본인과 경제적 연관관계(청구법인의 임원인 GGG)에 있는 자를 통하여 어느 법인(BBB)에 대하여 지배적인 영향력(BBB의 임원 임면권 행사 및 사업방침의 결정 등)을 행사하고 있는 경우에 해당한다.

(3) 이 건 합병 전·후의 지분구조가 사실상 동일하여 청구법인이 이 건 합병에 따라 쟁점주식을 취득한 것은 단순히 BBB의 자리를 대체한 것에 불과함에도 이를 간주취득세 과세대상으로 보는 것은 불합리하다.(가) 이 건 합병은 EEE의 그룹 내 3개 화학 자회사인 AAA, BBB, CCC의 역량과 자원 결집을 위하여 AAA를 합병법인으로, BBB 및 CCC을 피합병법인으로 하여 이루어진 바, 앞서 설명한 ‘롯데렌탈’ 및 ‘파르나스 호텔’ 사례와 달리 거래당사자 간 동종업종을 영위하였고 사업상 목적이 분명하였다.(나) 기존의 과점주주와 특수관계가 있으나 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우 간주취득세 과세대상에 해당하지 않는 것인데(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결 등 다수, 같은 뜻임), 특수관계의 형성을 넘어 청구법인은 이 건 합병으로 인하여 기존의 과점주주였던 BBB과 더욱 밀접한 동일체가 된 경우임에도, 이를 간주취득세 과세대상으로 삼는 것은 잘못된 것이다.(다) 간주취득세 부과의 취지는 부동산을 직접 취득하는 대신에 부동산을 보유하고 있는 법인의 주식을 취득하면서 그 부동산의 지배력만을 갖는 것을 제재하고자 그 주식의 취득을 사실상 부동산의 취득으로 간주하여 과세하는 것인데, 이 건 합병은 기존 과점주주였던 BBB이 청구법인과 합치면서 청구법인의 사업부문을 구성하게 된 것에 지나지 않을 뿐이므로, 쟁점주식이 BBB에서 청구법인으로 이전된 것은 그 부동산의 실질적 지배력의 이동이 없다고 보는 것이 타당하다.(라) 비록 가정이기는 하나, 청구법인이 이 건 합병 전에 EEE로부터 BBB의 지분을 모두 취득한 후(청구법인과 EEE는 이미 특수관계라 과점주주 집단 내 거래라서 간주취득세 부과대상이 아니다), BBB을 자회사로 둔 상태에서 이를 흡수합병하였다면 이 건 간주취득세 과세문제는 발생하지 아니하였을 것인데, 결론적으로는 그 경우와 이 건의 경우가 모두 동일한 지분구조를 갖게 되는바, 그 선택에 따라 과세 여부가 달라진다고 보는 것은 과세형평 측면에서 불합리한 결과라 할 것이다.

나. 처분청 의견「지방세법」제7조 제5항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제46조 제2호에서 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 과점주주로 보고 있다.또한, 「지방세기본법」제2조 제1항 제34호에서 특수관계인이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다고 규정하면서 그 다목에서 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제2조 제3항 제2호에서 본인이 법인인 경우는 (가) 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인, (나) 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인으로 규정하고 있으며, 위 제3항을 적용할 때, 영리법인의 경우 법인 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자하거나, 임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있다.청구법인은 기존 과점주주 집단에서 분할신설된 법인의 경우에도 과점주주 집단의 일원으로 보아야 한다는 행정안전부 유권해석(부동산세제과-1563, 2024.04.30.)을 근거로 EEE로부터 인적분할되어 신설된 청구법인도 EEE, BBB과 함께 과점주주 집단에 속하는 것으로 보아야 하며, 청구법인과 BBB은 직접적인 출자관계는 없으나, 청구법인의 임원인 GGG 사내이사가 FFF 회장으로서 BBB의 경영에 실질적인 영향력을 행사하고 있는 점 등에 비추어 보면, 청구법인의 쟁점 주식 취득은 과점주주 집단 내부거래에 해당하여 과점주주가 보유한 총주식 비율에 실질적인 변동이 없는 이상 취득세 과세대상에 해당하지 않는다고 주장하나, 청구법인과 BBB이 동일 기업집단 내 계열사라고 하더라도 당연히 특수관계인에 해당한다고 단정할 수는 없으며, 특수관계인 여부는 양 법인 사이에 경영에 대한 사실상의 영향력 행사를 통한 경영지배관계가 존재하는지에 따라 판단하여야 한다.청구법인은 FFF 회장인 GGG이 청구법인의 사내이사로 재직하면서 이사회 일원으로서 이 건 합병 의사결정에 참여하고, FFF 회장으로서 BBB의 임원 임면권 행사, BBB에 대한 사업방침 결정 등을 하였음을 근거로 청구법인이 BBB의 경영에 대하여 영향력을 행사하였다고 주장하고 있으나,GGG 회장이 청구법인의 사내이사로 이 건 “합병계약서 체결 승인의 건” 부의 안건에 대하여 의사결정을 하였으나, 해당 안건은 상법상 이사 3분의 2의 찬성으로 승인이 필요한 사안으로 GGG 회장이 단독으로 결정했다고 보기 어려우며, GGG 회장이 FFF 회장으로서 BBB의 임원 임면권 행사, BBB에 대한 사업방침 결정 등을 통해 BBB에 대한 영향력을 행사하였다고 하더라도, 이는 GGG 회장이 청구법인의 사내이사가 아닌 FFF 회장으로서 지주회사인 EEE를 통해 BBB에 대해 영향력을 행사한 것이고, 그러한 영향력이 있다는 간접적인 사실만으로 청구법인이 BBB에 사실상 영향력을 행사하였다고 볼 수 없다.또한, 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 나목은 '본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인'을 특수관계인의 범위에 포함하고 있고, 여기서 영향력을 행사하는 주체인 본인은 ‘법인’이어야 한다(대법원 2022.1.13. 선고 2021두52464 판결 참조).그러나 청구법인의 주장에 따르면 BBB에 지배적인 영향력을 행사한 자는 청구법인 본인이 아니라 GGG 회장과 FFF이므로, 청구법인이 주체가 되어 BBB에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였다고 볼 수 없고, 청구법인이 주체가 되어 BBB의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였음을 입증할 만한 근거자료를 제시하지 못하고 있으므로, 청구법인과 BBB 사이에 ‘실질적인 경영지배관계’가 존재하지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 이 건 합병으로 BBB이 보유하던 쟁점주식을 취득한 것은 과점주주 집단 내 거래로서 과점주주 취득세 과세대상이 아니라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 이 건 법인들과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 구 AAA는 무수프탈산 및 플라스틱 제조업과 지주업 등을 영위하다가 별도의 지주회사 설립을 위해 2012.9.1. 인적분할을 통해 제조 사업부문을 담당하는 구 AAA와 순수 지주업을 담당하는 EEE로 분리되었다.2) EEE는 2021년 9월 그룹 내 화학계열사인 구 AAA, BBB, CCC을 청구법인을 존속법인으로 흡수합병하는 내용으로 이사회 의결을 하였고, 2021.11.1. 위 3사가 합병하면서 사명을 현재의 청구법인으로 변경하였다.3) 이 건 합병 당시 EEE는 계열사인 AAA의 발행주식 49.4%(자기주식 제외시 50.18%)를, BBB의 발행주식 81.38% 보유하고 있었고, BBB은 DDD의 발행주식 100%를 보유하고 있었다.(나) 청구법인은 2021.11.1. 이 건 합병으로 합병 당시 BBB이 보유하고 있던 쟁점주식을 취득하였다.(다) 청구법인은 이 건 합병 전 EEE가 청구법인의 50.18% 주주임을 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.1) 청구법인의 공시자료에 의하면, 이 건 합병 전 청구법인의 주주현황과 합병 전후 자기주식으로 보유하던 주식수는 아래 ＜표1＞ 및 ＜표2＞와 같다.＜표1＞ 이 건 합병 전 청구법인 주주현황

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○＜표2＞ 청구법인의 합병 전후 자기주식 수

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○2) 이 건 합병 전후 청구법인의 자기주식을 제외한 EEE의 청구법인 출자지분 변동은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ EEE의 청구법인 출자지분 변동

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○① 합병 전 EEE의 청구법인 지분율EEE OOO주/(OOO) = 50.18%② 합병 후 EEE의 청구법인 지분율EEE OOO주/(OOO) = 62.85%(라) 이 건 합병 당시 청구법인, EEE 및 BBB의 주요 주주 및 임원현황은 아래 ＜표4＞ 및 ＜표5＞와 같다.＜표4＞ 주요 주주 현황

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※ GGG과 HHH, III은 친족관계로서 EEE 발행주식의 29.21%를 보유한 최대주주이고, BBB 발행주식의 11.79%를 보유한 2대 주주임＜표5＞ 임원 현황

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○(마) 청구법인은 GGG이 BBB의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 주장하면서 아래와 같은 자료를 제출하였다.1) GGG은 BBB의 주주로서 임시·정기주주총회에 참석하였으며, 위 주주총회에서 등기임원 선임, 임원 보수한도 등을 의결하였고, 페인트 사업부문을 물적분할하는 결정을 하였을 뿐만 아니라 이 건 합병을 승인하는 등 BBB의 전반적인 사업방침을 결정하였다.2) 특히 이 건 합병 당시 GGG이 청구법인의 이사회에서 청구법인의 이사로서 사업방침을 결정하였을 뿐만 아니라 BBB의 주주로서도 해당 합병에 이의를 제기하지 않고 「상법」제522조에 따라 합병계약서를 주주총회에서 승인하였다는 취지로 아래와 같은 청구법인의 이사회 의사록 등을 제출하였다.＜ 이 건 합병관련 이사회 의사록 ＞

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○3) 청구법인은 GGG이 BBB의 주주일 뿐만 아니라 BBB의 최대주주인 EEE의 주주로서도 영향력을 행사하고 있다는 근거로, FFF 내 임원 인사관리 규정과 청구법인과 BBB의 임원을 평가하여 통보하는 자료를 제출하였다.＜ EEE의 임원 인사관리 규정 ＞

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다.(가) 처분청은 청구법인이 EEE를 통하여 BBB에 대한 영향력을 행사한 사실관계가 인정되지 않아, 청구법인과 BBB 간에 특수관계가 성립하지 않으므로 청구법인의 쟁점주식 취득을 과점주주집단 내 거래로 볼 수 없다는 의견이다.「지방세법」에서 주주 본인이 단독으로 또는 그 특수관계인과 함께 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주가 당해 법인의 자산을 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로, 과점주주가 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과(대법원 2014.9.4. 선고 2014두36266 판결, 같은 뜻임)하도록 규정하고 있으나, 과점주주 집단 내부에서 주식이 이전되는 경우나 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계에 있으나 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우 또는 당해 법인의 주주가 아니었던 자가 기존의 과점주주와 친족 기타 특수관계를 형성하면서 기존의 과점주주로부터 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받아 새로이 과점주주가 되는 경우에는 기존의 과점주주와 새로운 과점주주가 소유한 총주식의 비율에 변동이 없다면 그 주식의 일부 또는 전부를 이전받았다 하더라도 간주취득세의 과세대상이 될 수 없다 할 것(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임)이다.「지방세기본법」상 특수관계인의 범위는 2013.1.1. 개정을 통해 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계로 구체화되어 현행의 체계를 갖추게 되었고, 특히 경영지배관계에 있어서는 당사자 간 직접 지배관계가 있는 경우 외에도 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계에 있는 자를 통하여 지배력을 행사하는 ‘간접 지배관계’에 있는 자도 특수관계인으로 포섭하도록 규정하였으며, 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항에서는 ‘지배적인 영향력 행사 여부’에 관하여 ‘50% 이상 출자한 경우(가목)’와 ‘사실상 영향력을 행사한 경우(나목)’를 구분하여 규정하였는데, 사실상 영향력을 구체적으로 입증해야 하는 위 규정 나목과 달리, 가목의 지분율을 충족하는 경우에는 지분관계의 형성 그 자체만으로 지배적인 영향력을 행사하는 것으로 보겠다는 입법취지로 이해되고, 직접 지배관계와 간접 지배관계의 경우를 달리 적용한다는 별도의 규정이 없으므로 본인이 직접 지분관계를 형성하는 경우뿐만 아니라 그의 특수관계인을 통하여 50% 이상 출자한 경우 또한 지분율에 근거하여 그 자체로 ‘지배적인 영향력’ 여부가 인정된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.이 건으로 돌아와 보건대, 이 건 합병 직전 EEE가 청구법인 발행주식의 50.18%(자기주식 제외)를 보유하고 있었으므로 EEE와 청구법인 간에는 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목에 따른 경영지배관계가 성립한다 할 것이고, EEE가 BBB 발행주식의 81.36%를 보유하고 있어 「지방세기본법 시행령」제2조 제4항 제1호 가목에 따른 지배적인 영향력을 행사하는 경우에 해당하므로, GGG이 청구법인의 임원으로서 BBB에 사실상 영향력을 행사하였는지 여부는 별론으로 하더라도, 청구법인은 경영지배관계에 있는 EEE를 매개로 BBB의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우로서 BBB과 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목에 따른 경영지배관계에 해당한다 할 것이다.(나) 한편, 「지방세법 시행령」(2021.4.27. 대통령령 제31646호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제11조에서 과점주주란 「지방세기본법」(2020.12.29. 법률 제17768호로 일부개정된 것, 이하 같다) 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제46조 제2호에서 과점주주를 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들로 규정하면서 같은 법 시행령 제24조 제3호에서 대통령령으로 정하는 자의 범위에 같은 령 제2조 제3항 제2호 가목 및 나목의 관계를 포함한다고 규정하고 있으며, 제2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위 또한 동일하게 규정하고 있다.또한, 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목에서 법인이 직접 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을, 나목에서 위 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인의 범위에 포함하고 있고, 같은 법 같은 조 제4항에서 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우를 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 규정하고 있다.조세법률주의 원칙은 납세의무자, 과세물건, 과세표준, 세율과 같은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용을 허용하지 아니함을 뜻하는바(대법원 2017.4.20. 선고 2015두45700 판결, 같은 뜻임),「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목에서 ‘가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 특수관계인으로 규정하고 있을 뿐, 본인이 가목의 관계에 있는 자에 대하여 지배적인 영향력을 행사하여야 한다는 등의 요건이 별도로 규정되어 있지 아니한 점,「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 가목의 경우 본인인 법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 법인을 정의하고 있음에도, 나목에서 가목의 관계에 있는 자를 해석함에 있어 본인인 법인이 가목의 관계에 있는 자에게 지배적인 영향력을 행사하여야 할 것을 전제하다면, 가목과 나목이 서로 충돌하는 모순이 발생하는 점,이와 관련하여 행정안전부에서도 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 제2호 나목의 규정을 토대로 모회사가 두 개의 자회사를 거느리고 있는 경우에는 형제회사간의 특수관계가 됨으로써 과점주주 집단을 형성한다고 유권해석(행정안전부 부동산세제과-1563, 2024.4.30.)한 점 등에 비추어, 과점주주의 범위가 확대되어 간주취득세를 부과할 수 없다거나 제2차 납세의무가 지나치게 확대된다는 사유로 지방세관계법령에서 규정하고 있는 것을 넘어 그 문구를 유추·해석하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배되는 것으로서 타당하지 않다 하겠다.(다) 따라서, 청구법인과 BBB은 「지방세기본법 시행령」제2조 제3항 나목 등에 따라 특수관계가 성립한다고 보아야 하고, 그렇다면 쟁점주식의 이전은 과점주주 집단 내 거래로서 과점주주 취득세 과세대상에 해당하지 아니하므로(대법원 2013.7.25. 선고 2012두12495 판결, 같은 뜻임), 이와 다른 전제에서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2025지1162, 2026.6. 10. 조세심판원 합동회의, 같은 뜻임).4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법(2019.12.31. 법률 제16855호로 일부 개정된 것)제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기·등록이 되어 있는 부동산등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.

(2) 지방세법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28524호로 일부 개정된 것)제11조(과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주(「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 같다)가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분(이하 "주식등"이라 한다)을 취득하거나 증자 등으로 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 해당 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식등을 모두 취득한 것으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 "주식등의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다.

다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.

(3) 지방세기본법(2020.12.29. 법률 제17768호로 일부 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.34. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계나. 임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계다. 주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.

다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)(4) 지방세기본법 시행령(2017.3.27. 대통령령 제27958호로 전부 개정된 것)제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하 "“법"이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 "혈족·인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다.1. 6촌 이내의 혈족2. 4촌 이내의 인척3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 사람을 포함한다)4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자·직계비속② 법 제2조 제1항 제34호 나목에서 "임원·사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람3. 제1호 또는 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서 "주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인2. 본인이 법인인 경우가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인④ 제3항을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50 이상을 출자한 경우나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

경상북도 포항시장(남구청장)이 2025.3.26. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.