청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내에 지식산업센터용 건축물의 건축공사를 착공하지 못한 정당한 사유가 있다는 주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)와 그 지상의 건물 OOO㎡(이하 “종전건물”이라 한다)를 2017.7.25. 취득(매매)한 후, 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2020.8.13. 이 건 토지가 「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 한다) 제58조의2 제1항 제1호에 따른 OOO를 설립하는 자에 대한 취득세 감면에 해당하고, 청구법인이 유예기간(취득일로부터 1년) 내 OOO용 건축물을 착공하지 못한 정당한 사유가 있으므로 취득세 등 합계 OOO원을 감면하여야 한다고 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2020.9.14. 이를 거부(이하 “이 건 거부처분”이라 한다)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 이 건 토지 등을 취득하는 과정에서 이전부터 임차해 있던 기존 기업들이 이전을 할 수 있도록 명도 기간(잔금 청산 후 6개월 내 명도 완료)과 대수선을 하는 등 OOO의 착공을 위한 진지한 노력을 하며 경영의사 결정을 하였다.청구법인은 이 건 토지 등의 매도인과 기존 임차 기업들과의 임대차 계약이 종료된 날인 2018.1.24.부터 1년 이내인 2018.11.16. OOO착공신고를 완료하였으므로 이는 정당한 사유에 해당한다.이 건 거부처분은 대법원 판결(2017.1.12. 선고 2016두53951 판결) 등에 비추어 OOO의 원활한 설립을 지원하기 위한 「산업직접활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 “산업직접법”이라 한다)의 제정 취지에 어긋난다.

(2)지특법 제58조의2제1항이 2016.12.27. 법률 제14477호로 개정(＜별지1＞ 참조)되면서 설립승인을 받기 이전 토지를 취득한 경우 취득세 감면이 가능하도록 한 점 등에 비추어 OOO용 건물을 설립하는 자가 사전에 승인을 받지 아니한 채 토지를 취득한 경우에도 취득세 감면대상에 해당된다고 보아야 할 것이다.

(3) 최근 대법원(2014.11.12. 선고 2014두35942 판결)은 벤처기업집적시설로 지정되기 전에 취득한 부동산에 대하여 취득세 등을 감면받았다고 하더라도 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 않는 등의 일정한 사유가 발생하면 과세관청으로서는 구「지방세법」 제276조제3항 단서에 따라 감면된 취득세 등을 추징할 수 있다고 판결하였다.위 판결은 벤처기업직접시설용 부동산을 취득세 등의 감면대상에서 제외할 현실적인 필요성이 크지 않으므로 장래에 벤처기업집적시설로 지정된 신축 부지에 해당되는 경우에는 취득세 등을 감면하도록 한 것인데, 이는 벤처기업의 창업을 촉진해 우리 산업의 경쟁력을 높이는데 그 목적이 있다고 볼 수 있다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인은 이 건 토지상 건물인 공장의 매매계약서를 작성하였고, 그 특약사항에는 “2017.7.25. 잔금 지급 후 6개월 이내인 2018.1.24.까지 매도인 및 현재 임차인 전체를 매도인 책임으로 명도를 인도하기로 매도인과 합의한다”는 내용이 기재되어 있다.청구법인은 위 계약 내용으로 보아 임차인들의 명도처리에 따른 기간이 상당히 소요될 수 있음을 인지할 수 있었고, 조금만 주의를 기울였다면 유예기간 내 착공하기 어려운 장애 사유가 있다는 것을 알 수 있었으므로 이는 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

(2) 이 건 토지를 OOO의 사업시설용 분양 또는 임대하기 위하여 신축하는 건축물의 부속토지로 감면받고자 한다면, 해당 건축물을 우선 철거하여야 하는데, 청구법인은 2018.3.29. 이 건 토지 등의 종전 건물에 대한 대수선 허가(기둥, 보, 방화벽, 슬래브, 지붕틀 이부 해체 및 일부 증설과 CARLIFT 증축에 따른 연면적 OOO㎡ 증가)를 득하고 2018.4.16. 대수선 허가 및 증축을 위한 착공신고를 완료한 후 2018.7.2. 대수선 건축허가의 취소를 하게 되면서 3개월 이상 기간을 소요한 바 있다.위와 같은 사정은 청구법인의 내부적인 것으로 유예기간이 경과하여 OOO의 신설 승인 신청, 건축허가 및 착공 신고 등이 이루어졌으므로 이를 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적으로 여유가 없거나 객관적인 사유 등으로 부득이하게 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 1년 이내에 OOO용 건축물의 건축공사를 착공하지 못한 정당한 사유가 있다는 주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인이 이 건 토지를 취득하고 지식산업센터 건물을 신축한 경위는 아래 ＜표1＞과 같다＜표1＞ 이 건 토지 취득 및 지식산업센터 신축 경위(나) 청구법인은 2017.6.26. 이 건 토지 등을 매도인 주식회사 AAA으로부터 취득하는 매매계약서를 작성하였고, 그 [별지]의 특약사항에는 “7. 잔금지급 후 6개월 이내인 2018.1.24.까지 매도인 및 현 임차인 전체(특약사항 8항 참조)를 매도인 책임으로 명도를 완료하여야 한다”고 기재되어 있다.(다) 청구법인은 2017.7.25. 이 건 토지 등의 소유권 이전등기를 경료하고, 같은 날 이 건 취득세 등을 신고하였으며, 청구법인의 계정별 원장의 ‘과목명 : 부동산’에는 ‘2017.6.26. 차변에 계약금 OOO원, 2017.7.25. 잔금 OOO원 누계 OOO원’이 기재되어 있다.(라) 처분청은 2018.3.29. OOO장, OOO이사장, 처분청 내 OOO등 관계부서에 쟁점부동산의 건축허가(대수선허가, 증축신고) 처리(인천광역시 부평구 건축과-18095)를 통보하였고, 2018.4.13. 착공 신고 처리(건축과-20959)를 통보하였으며, 2018.7.2. 그 건축허가 취소 처리(건축과-33205)를 통보하였다.(마) 청구법인은 2018.8.3. 처분청에 이 건 토지에 OOO(부지면적 OOO㎡, 건축 면적 OOO㎡, 투자액 : OOO원)를 신설하는 승인 신청서를 제출하였다.(바) 처분청(건축과)은 2018.9.21. OOO청장, 처분청 내 OOO등 관계부서에 건축물 철거(멸실) 확인(건축과-46902)을 통보하였고, 2018.11.5. OOO장, OOO사장, 처분청 내 OOO등 관계 부서에는 건축허가(구분 : 신축, 구조 : 철근콘크리트조, 용도 : OOO 규모 : 1층 ~ 9층, 연면적 OOO㎡) 처리(건축과-53438)를 통보하였다.(사) 청구법인은 2018.11.6. 처분청에 위 건축물의 착공신고서를 제출하였는바, 그 신고서에 의하면, 2018.11.5. 건축허가(2018-건축과-신축허가-115)를 받아 2018.11.20. 착공(예정) 및 2020.3.31. 준공(예정)이고, 시공자 BBB 주식회사(대표이사 AAA)가 2018.6.22. 도급금액 OOO원에 계약을 체결하였으며, OOO사무소(대표자 BBB)가 설계와 감리를 맡는다고 기재되어 있다.(아) 처분청(건축과)은 2018.11.16. 청구법인에게 위 건축물의 착공신고 처리(건축과-55746)를 통보하며 착공신고필증(공장, 건축면적 : OOO㎡, 연면적 합계 OOO㎡)을 교부하였다.(자) 처분청(경제지원과)은 2018.12.1. OOO입주자모집공고 승인 처리(경제지원과-53547)를 통보하였고, 쟁점부동산은 2020.3.27. 사용승인이 되었으며, 2020.4.13. OOO신설이 승인되었다.(차) 청구법인은 2020.8.10. 처분청에 이 건 토지 등이지특법 제58조의2제1항에 따른 OOO등에 대한 취득세 감면대상에 해당된다며 이 건 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 아래와 같이 2020.9.14. 이 건 거부처분을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.(가) 청구법인은 이 건 토지의 매매계약서상 특약사항에 의해 기존 임차인들의 임대차 계약이 종료된 날부터 1년 내에 OOO착공신고를 완료하였으므로 정당한 사유에 해당하여 이 건 부과처분은 부당하다고 주장하나, 아래와 같은 이유 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다.1)지특법 제58조의2제1항 제1호에 의하면, “OOO를 설립하는 자는 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축하여 취득하는 부동산에 대한 취득세를 감면하는 것”으로 규정하고 있으나, 그 가목에서 “정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우’에는 경감된 취득세를 추징한다”고 규정하고 있다.2) 위 법률의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이다(대법원 1992.6.23. 선고 92누1773 판결, 같은 뜻임).3) 청구법인은 이 건 토지의 매매계약을 체결하면서 특약사항으로 인해 기존 임차인들의 명도 이전 기간(6개월)이 지나 착공을 하게 되었다 하더라도 청구법인은 위 매매계약에 따라 기존 임차인들의 명도 이전이 완료된 이후 2018.3.29. ~ 2018.7.2. 기간 동안 건축(대수선, 증축) 허가 및 취소의 과정을 거치면서 3개월의 기간을 소요하였는데, 이는 OOO의 설립과 관련한 것이 아니라 일반 대수선 공사와 관련된 것이므로 이 건 토지의 취득일부터 1년 내 OOO를 신축하기 위한 정상적인 노력을 다하였다고 보기 어렵다 하겠다.4) 또한, 청구법인은 감면유예기간이 종료된 날(2018.7.24.) 이후 OOO신설의 승인을 신청(2018.8.3.)하고 2018년 9월 ~ 2020년 4월 기간 동안 이 건 토지상 종전건물의 철거(2018년 9월경), 착공(2018년 11월경)을 하여 이 건 토지의 취득일(2017.7.25.)부터 2년 8개월이 경과한 후에 사용승인(2020.4.13.)을 받게 되었다.5) 이러한 일련의 과정을 종합하여 볼 때, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 시점부터 OOO설립을 위한 계획과 진지한 노력과 추진을 하였다고 보기 어려우므로 이를 부득이하게 감면유예기간 내 OOO사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵다 하겠다.(나) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구에 대하여 이 건 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조제6항과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률 등(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부 개정되기 전의 것)제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.1. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다.

이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.② 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우2. 2019년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의2(지식산업센터의 설립 등) ① 지식산업센터의 설립승인, 인ㆍ허가 등의 의제, 설립 등의 승인에 대한 특례, 처리기준의 고시 등, 설립 등의 승인취소, 건축허가, 사용승인, 제조시설설치승인, 제조시설설치승인의 취소 및 협의에 관하여는 제13조, 제13조의2부터 제13조의5까지, 제14조, 제14조의2부터 제14조의4까지 및 제18조를 준용한다.② 지식산업센터를 설립한 자가「건축법」 제22조제1항에 따른 사용승인을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 기간 내에 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 관리기관에 지식산업센터 설립완료 신고를 하여야 한다.

신고한 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.③ 시장ㆍ군수ㆍ구청장 또는 관리기관은 제2항에 따라 지식산업센터 설립완료 신고를 받으면 지식산업센터 대장에 등록하여야 한다.④ 관리기관은 제3항에 따라 지식산업센터의 등록을 한 경우에는 이를 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 통보하여야 한다.제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설2.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설② 제1항 제1호에 따라 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다.