청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2010.6.14.부터 2014.6.5.까지 인천광역시 OOO 토지 851.3㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후,「지방세특례제한법」제50조제1항에서 규정한 종교단체가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 토지를 그 취득일부터 3년(이하 “유예기간”이라 한다) 이내에 해당 사업에 직접 사용하지 않았다고 보아 2018.11.6. 청구법인에게 이 건 토지의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 이 건 토지에 OOO 성당(이하 “이 건 성당”이라 한다)을 신축할 목적으로 2014.6.5. 한국토지주택공사로부터 이 건 토지를 취득한 후, 이 건 성당의 신축사업을 예정대로 진행하였으나, 그 착공을 불과 몇 개월 앞두고 OOO의 입주민들이 이 건 토지의 인근에 각각 설립하기로 한 OOO초등학교와 OOO중학교의 통합을 요구함에 따라 2017.4.18. 교육부장관은 단일부지에 OOO초.중등통합학교(이하 “이 건 통합학교”라 한다)를 설립하는 학교 설립 변경(안)을 조건부로 승인하였고, 그 결과 이 건 통합학교의 부지에 이 건 토지가 포함되게 되었다.

(2) 청구법인은 당초 이 건 성당의 신축사업이 차질을 빚을 것을 우려하여 이 건 통합학교의 설립을 반대하였으나, 지역사회의 일원으로 입주민들의 요구 사항에 협조할 수밖에 없어 종교용지인 이 건 토지를 학교용지로, 학교용지를 종교용지로 변경하는데 원칙적으로 동의하였고, 그 후 2018.12.11. 이 건 토지의 매매계약을 해제하는 방법으로 이 건 토지의 소유권을 한국토지공사에게 환매하고 인근의 종교용지를 대체 취득한 것인 바, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 종교 용도에 직접 사용하지 못한데 에는 청구법인으로서는 어쩔 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것임에도 처분청이 이와 같은 부득이한 사유는 전혀 고려하지 않은 채 단지 유예기간 내 이 건 성당을 착공하지 않고 환매하였다는 사유만으로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견(1) 교육부장관이 2017.4.18. 이 건 통합학교를 설립하는 학교 설립 변경(안)을 조건부로 승인하기 전까지 이 건 성당을 신축하는데 아무런 제한이 없었다고 할 것임에도 청구법인은 이 건 토지의 유예기간이 경과할 때까지 이 건 성당을 신축하고자 하는 아무런 노력을 하지 아니한 채 그 유예기간이 경과한 2017.6.5. 비로소 인천광역시교육장 및 한국토지주택공사와 토지 교환을 위한 협의를 진행하였으므로 청구법인에게 이 건 토지를 종교 용도에 직접 사용할 수 없는 법령의 금지.제한 등과 같은 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다.

(2) 또한, 청구법인은 이 건 토지를 종교 용도로 직접 사용하지 아니한 상태에서 2018.12.11. 이 건 토지의 매매계약을 해제하고 그 소유권을 한국토지주택공사에게 환매하였으므로 이는 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여한 것에 해당된다 할 것이다.따라서 이 건 토지에 대하여 면제한 취득세 등은「지방세특례제한법」제50조제1항 제2호 또는 제3호에 따라 추징 대상이라 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 1962.11.14. 선교, 교육, 청소년육성, 사회복지 등을 목적으로 하는 설립된 재단법인으로「지방세특례제한법」제50조제1항에서 규정한 종교를 목적으로 하는 단체에 해당된다.(나) 청구법인은 2014.6.5. 한국토지주택공사로부터 종교용지인 이 건 토지를 OOO원에 취득한 후, 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.(다) 이 건 토지는 한국토지주택공사가 시행한 OOO 내에 소재하는 종교용지로서 청구법인이 취득한 후, 이 건 성당을 착공하는데 건축제한 등의 행정규제는 없었다고 보인다.(라) ‘OOO초중등학교 설립 및 지구단위계획’을 보면, 이 건 토지는 OOO중학교와 OOO초등학교의 예정 부지 사이에 있는 어린이공원(예정)의 우측 한 켠에 있는 종교용지로서, 종전 OOO초등학교를 OOO초등학교로 이전하는 계획이 무산됨에 따라 OOO지구 입주민들은 OOO초등학교와 OOO중학교를 통합하여 OOO초.중등통합학교(이 건 통합학교)를 설립하는 지구단위계획 변경을 요구하였고, 그 지구단위계획 변경(안)[이하 “이 건 변경(안)”이라 한다]을 보면 두 학교의 부지가 하나로 통합되면서 어린이공원 및 이 건 토지(종교용지)는 당초 가운데에서 우측(OOO초등학교 부지)으로 변경되는 것으로 나타난다.(마) 교육부장관이 2017.4.18. OOO초.중등통합학교설치 계획(안)을 조건부로 승인함에 따라 청구법인과 인천광역시교육장, 한국토지주택공사 등은 2017.6.5.(이 건 토지의 유예기간 종료일)부터 이 건 토지를 이 건 변경(안)의 종교용지와 교환하기 위한 협의를 수차례 진행하였으나, 청구법인이 이 건 토지의 위치 변경을 반대함에 따라 그 협의는 결렬되었으며, 청구법인은 이 건 토지의 교환과 관련한 협의를 하기 전까지 이 건 성당의 신축을 위한 건축허가를 받거나 설계 계약 등을 체결한 사실은 없는 것으로 나타난다.(바) 인천광역시교육장과 한국토지주택공사가 2017.11.1. 청구법인의 동의를 받지 아니하고 이 건 토지를 학교용지로 변경하는 지구단위계획 변경(안)을 인천경제자유구역청장에게 제출하였고, OOO 입주민들의 협조 요청이 계속됨에 따라 청구법인은 2017.11.17. 이 건 변경(안)에 원칙적으로 동의한 것으로 보인다.(사) 인천경제자유구역청장은 2018.1.23. 이 건 토지를 학교용지로 변경하는 ‘OOO 지구단위계획(변경)결정’을 고시하였고, 이에 따라 청구법인은 2018.12.11. 한국토지주택공사와 이 건 토지의 매매계약을 합의 해제한 후, 청구법인의 명의의 소유권이전등기를 말소하였다.(아) 청구법인은 2018.12.12. 이 건 변경(안)에서 종교용지로 지정된 인천광역시 OOO 토지 851.3㎡를 한국토지주택공사로부터 취득한 후, 종교 용도에 직접 사용하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았으며, 이 건 취득세 등의 부과처분에 대하여 이 건 심판청구와 별도로 행정소송을 제기하여 현재 인천지방법원에서 심리 중에 있다(2019구합50292호).(2)「지방세특례제한법」제50조제1항에서 종교단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 항 제2호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 3년이 다 될 때 까지 이 건 성당을 신축하기 위한 사전 준비(건축허가 등)를 전혀 하지 않은 점, 청구법인은 2017년도 상반기에 이 건 성당을 신축할 예정이었다고 주장만 할 뿐 그 이전까지 성당용 건축물의 신축을 위한 설계 조차 마치지 않은 점, 교육부장관이 2017.4.18. 이 건 통합학교의 설립을 조건부로 승인함에 따라 OOO 입주민들은 청구법인에게 이 건 토지(종교용지)의 위치 변경 등에 대한 협조 요청만을 하였을 뿐 이 건 성당의 신축 자체를 반대한 것은 아니므로 청구법인이 유예기간 내에 이 건 성당을 신축하고자 정상적인 노력을 다하였다면 충분히 신축할 수 있었다고 보이는 점 등에 비추어 OOO 주민들의 학교용지 변경 요청이 이 건 토지를 유예기간 내 해당 사업(종교)에 직접 사용하지 못한데 하나의 사유는 될 수 있지만 이와 같은 사유가 법령 또는 행정관청의 금지 등과 같이 청구법인으로서 어쩔 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 볼 수는 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조제6항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률지방세특례제한법제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.8. “직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.제50조[종교 및 제사 단체에 대한 면제] ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우