1. 처분개요가. 청구법인은 2017.12.7. OOO 토지 8,200㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후,「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 같다) 제14조 제3항에 따라 농업협동조합이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.
나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 토지를 취득한 날부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다)이 경과할 때까지 고유업무에 직접 사용하지 않았다고 보아 2019.6.12. 청구법인에게 이 건 토지의 취득가격 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO 합계 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 2017.5.2. 처분청이 시행하는 OOO로 선정되어 그 사업의 일환으로 OOO(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축하기 위하여 2017.12.7. OOO(처분청)으로부터 이 건 토지를 취득한 후 유예기간 내 이 건 건축물을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나, 이 건 건축물의 신축은 국.도비 OOO이 투입되는 국가보조사업으로 예산 낭비를 방지하기 위하여 설계(기본.실시)과정에서부터 OOO 등으로부터 계속적인 지휘.감독을 받아야 하므로 그 준비 기간이 설계기간을 포함하여 6개월 이상 소요되며, 건축물의 설계를 위해서는 이 건 토지의 지질조사가 반드시 선행되어야 하는데 처분청이 2018.9.3. 이 건 토지를 2018년도 OOO(2018.9.28.부터 2018.10.9.까지)기간 중 약초 및 농산물판매장으로 제공(무상)할 것으로 요청한 후 축제 개막 전부터 천막 등 시설물을 설치하고 축제가 끝난 후에도 일정기간 이를 존치하여 축제 기간을 전후로 상당 기간 동안 지질조사를 할 수 없게 되어 이 건 건축물의 신축을 위한 준비 작업을 사실상 중단할 수밖에 없었으며, 또한 처분청은 OOO를 통한 한방산업의 발전을 위해서는 OOO장의 가운데에 소재하는 이 건 토지가 필요하다고 하여 2018.9.19. 이 건 토지(8,200㎡)와 처분청 소유의 OOO 토지 5,982㎡(이하 “처분청 토지”라 한다)를 1대1로 교환할 것을 요청하여 이 건 건축물의 신축을 위한 준비 작업을 중단하고 처분청의 제안을 받아들일지 여부에 대하여 계속적인 검토와 수정 제안을 거듭하다가 2018.11.14. 처분청의 제안을 거부하고, 설계 등 준비작업을 다시 시작하여 2018.12.10.에서야 이 건 건축물의 설계를 위한 전 단계인 지질조사를 마칠 수 있었는바, 이 건 토지의 취득일(2017.12.7.)부터 거의 1년이 다된 2018.11.14.까지는 처분청의 사실상 사용 제한 등 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 이 건 건축물의 신축 사업을 진행하지 못하였다 할 것이므로 이는 정당한 사유에 해당된다.
(2) 청구법인은 이 건 토지와 처분청 토지의 교환계획이 당사자 간의 이견으로 협상이 중단됨에 따라 2018.10.15. 처분청에 이 건 건축물의 건축허가를 신청하여 2018.11.7. 처분청으로부터 건축허가를 받은 후, 이 건 건축물의 설계 작업을 다시 시작하여 계속적인 설계 검토와 수정작업을 거쳐 OOO로부터 이 건 건축물의 설계(안)에 대한 기술검토를 받아 2019.6.10. 설계를 완료하였고, 그 후 2019.7.3. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였는바, 청구법인으로서는 이 건 토지를 신축한 후 이를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 유예기간이 너무 짧아 이를 경과한 것으로 이와 같은 사유는「지방세특례제한법」제178조제1호에서 규정한 정당한 사유에 해당된다 할 것이므로 이 건 취득세 등은 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견(1) 조세감면 등 특정 납세자에게 특혜를 주는 규정은 다른 규정 보다 엄격하게 해석하는 것이 조세형평의 원칙에 부합하므로 이 건 건축물의 신축사업이 국가 등으로부터 보조금을 지원받아 진행되는 사업으로 그 준비절차를 생략하거나 단축하기 어렵다 하더라도 이와 같은 사유를「지방세특례제한법」제178조제1호에서 규정한 정당한 사유에 해당된다고 볼 수는 없고, 청구법인은 이 건 토지를 그 유예기간 내에 건축물의 착공 등을 하지 않는 경우 감면받은 취득세 등이 추징된다는 사실을 충분히 인지하고 있었음에도 이 건 토지를 취득한 날부터 9개월이 경과할 때까지 사실상 방치하고 있었으므로 이 건 토지를 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 유예기간이 너무 짧아 이를 경과한 것이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 처분청은 이 건 토지의 취득일부터 9개월이 경과한 2018.9.19. 청구법인에게 이 건 토지를 OOO의 행사 부지로 제공하여 줄 것을 요청한 사실은 있으나, 청구법인은 이 때까지 이 건 건축물을 신축하기 위한 아무런 행위도 하지 않았고, 처분청이 2018.9.19. 제안한 이 건 토지와 처분청 토지의 교환계획에 대하여 청구법인은 2018.11.14. 이를 거부하였는바 그 기간 동안 청구법인이 이 건 토지를 사용할 수 없었다 하더라도 이는 2개월에 불과할 뿐만 아니라 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받은 날(2018.11.7.)부터 약 9개월이 경과한 2019.7.3. 에서야 건축물의 신축공사를 착공한 것을 볼 때, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 그 유예기간 내 충분히 이 건 건축물의 신축공사를 착공할 수 있었다고 할 것임에도 그 기간을 경과한 후 신축공사를 착공하였는바, 이는 청구법인의 귀책으로 정당한 사유에 해당되지 않는다 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 1970.6.16. 조합원들의 교육지원사업, 경제사업, 신용사업 등을 목적으로 설립된 농업협동조합이다.(나) 청구법인은 2017.12.7. 이 건 토지를 OOO에 취득한 후, 처분청으로부터 취득세 등 OOO 면제받았다.(다) 청구법인이 제출한 이 건 건축물의 신축을 위한 일자별 진행사항은 아래 ＜표＞와 같다.＜표＞ 이 건 건축물의 신축을 위한 일자 별 진행 사항(라) 청구법인이 제출한 OOO의 ‘농협 건축물 건립업무 절차’에 의하면, OOO이 국가 등으로부터 보조금을 받아 이 건 건축물과 같은 건축물을 신축하는 경우, 설계사업자 선정부터 건축허가까지 최대 338일이, 건축허가부터 착공까지 최대 85일이 소요되어 설계부터 착공까지 최대 423일이 소요되는 것으로 나타난다.(마) 청구법인은 2020.1.16. 이 건 건축물 1,049.3㎡(소매점 616㎡, 발골 및 정형시설 433.3㎡)를 신축한 후, 처분청으로부터 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 면제받았다.(2)「지방세특례제한법」제14조제3항에서「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 본문 및 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있다.(3)「지방세특례제한법」제178조제1호에서 규정한 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 아울러 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결, 같은 뜻임).(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 날부터 1년이 경과해서야 이 건 건축물의 설계를 마친 것은 처분청이 OOO 기간을 전.후로 이 건 토지를 사용하거나 토지 교환을 요청하여 지질 조사 등을 계획대로 할 수 없었고 만일 그 교환이 이루어질 경우 설계 자체를 처음부터 다시 해야 하므로 이에 따른 추가 비용의 발생을 우려하여 설계 작업을 중단한데 그 사유가 있다고 보이는 점, 청구법인은 처분청의 요청에 따라 이 건 건축물 신축 사업의 시행과 중단을 반복하였는바 건축물 신축 사업의 연속성 등을 고려할 때 청구법인이 이 건 토지의 유예기간을 넘긴 데에 처분청의 귀책이 없다고 볼 수는 없는 점, 청구법인의 경우 이 건 토지에 대한 지질조사를 거쳐 설계도면을 완성한 후 순차적으로 건축물 신축계약 등을 체결하고 2019.7.3. 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였음을 볼 때, 청구법인은 이 건 토지의 사용과 관련된 사실상의 장애가 해소된 후 내ㆍ외부의 규정과 절차에 따라 이 건 건축물의 신축을 위한 각종 업무를 정상적으로 수행하였다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 토지의 취득일부터 1년 7개월 이상 경과한 2019.7.3.에서야 이 건 건축물의 신축공사를 착공하였다 하더라도 여기에는 청구법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 존재하였다고 보는 것이 타당하다 할 것이고, 나아가 청구법인이 그 유예기간 내에 이 건 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하지 않았다고 보기도 어려운 이상, 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에는「지방세특례제한법」제178조제1호에서 규정한 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조제6항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)제14조[농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면] ③「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다) 및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다.
이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.제178조[감면된 취득세의 추징] 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
