1청구법인이 대도시내에서 건축물을 신축하여 사실상의 본점으로 사용하였는지 여부 2본점용 부동산 중 취득세 중과제외 대상의 면적이 적정하게 산정되었는지 여부

1. 처분개요가.청구법인은 2012.6.4. OOO토지997.3㎡(이하 "이 건 토지"라한다)를 취득하고 2014.1.7. 동 토지상에건축물 6,663.72㎡(지하 4층, 지상 8층, 이하 "이 건 건축물"이라 하고, 이 건 토지와 함께"이 건 부동산"이라 한다)를 신축·취득한 후 이 건 부동산의 취득가액 OOO(토지 OOO건축물 OOO)을 과세표준으로하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고·납부하였다.

나.처분청은 2016.9.20.～2016.9.21. 기간 동안 세무조사를 실시하여 청구법인이2014.1.27.OOO에 소재한서울지점(이하 "서울지점"이라 한다)을이 건 부동산으로 이전하여 그 중 건축물 6,104.34㎡(부속토지를 포함하여 이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 본점으로 사용하고 있는것으로 보아 2016.11.10.청구법인에게 쟁점부동산의과세표준에 「지방세법」(2014.12.23. 법률 제12855호로 개정되기 전의 것, 이하같다)제13조 제1항의 중과세율을 적용하여산출한 세액에서 기 신고·납부한 세액을감한 취득세 OOO농어촌특별세OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다.청구법인은이에 불복하여 2017.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인의 본점은 OOO에따로 소재하고 있고 과밀억제권역내인서울특별시서초구 서초동에1994년에 설치·운영되고있던서울지점을 이 건 부동산으로 이전하여 청구법인의 영업활동을 영위하고 있으므로 쟁점부동산은 청구법인의본점이라기보다는 지점을 설치한지 5년이 경과한 서울지점의 사업용 부동산이므로 취득세 중과세대상에 해당하지 아니하고, 쟁점부동산을 본점으로 본다면 마찬가지로 동일한 업무가 이루어졌던 서울지점도 본점으로 보아야 하므로 과밀억제권역내에 있던기존의 본점을쟁점부동산으로이전한 것에 불과하고 이 경우 인구유입이나 경제력 집중등의효과를유발하지 아니하므로 취득세 중과세 대상에서 제외하는 것(조심 2010지328 2010.11.23. 같은 뜻임)이 타당하다.

(2) 처분청은 이 건 건축물 중 임대부분 195.79㎡, 연구소부분333.19㎡, 복지시설부분 30.4㎡ 합계 559.38㎡를 제외한 6,104.34㎡(부속토지 포함)에 해당하는 쟁점부동산을 취득세 중과세 대상으로 보았으나, 이 건 건축물 중 관리·지원부분 2,942.78㎡를 청구법인의 본점으로 사용하고 있는 부분으로본다 하더라도 나머지 부분 3,720.94㎡(지점사업용 1,222.27㎡, 연수시설 996.81㎡, 복지후생시설 153.36㎡, 보관창고 327.21㎡, 연구소 468.96㎡, 임대 552.33㎡)는 본점의 사업용 부동산이 아니므로 취득세 중과세대상에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견(1)청구법인의 제29기 반기보고서에서 이 건 부동산으로 이전한 서울지점을 주사무소로 명시하였고, 홈페이지상의 채용공고에서도 "수원시광교(본사)"로 명시하고 있으며, 청구법인의 등기부상 본점 소재지인 천안에는 연구소와 공장만 존재할 뿐 이 건 부동산에 사장실, R&D생산총괄부사장실 및 국내영업총괄부사장실 등이 소재하는 것으로 보아쟁점부동산이 실질적으로 청구법인의 중추적인 의사결정 등의 주된 기능을 수행하는 본점 또는 주사무소로 보아야 할 것이다.

(2)이 건 부동산에 소재한 서울지점의 영업팀(지점사업용) 부동산도 본점 사업용 부동산에 해당한다고 보아야 할 것이고, 연수시설은청구법인의 사내 임직원, 영업지점 및 사업국 직원과 대리점 등의 역량강화, 자질강화 및 복지후생을 교육연수시설로 사용된 것으로 나타나고 있어 직원들의 교양증진 등을 위한 일반 연수시설이라기보다는 본점 업무와 관련된 부대시설용 부동산으로 보는 것이 타당하며, 보관창고 역시 본점 사무실의 운영에 필요한 부대시설이므로 취득세 중과세대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점①청구법인이 대도시내에서 건축물을 신축하여 사실상의 본점으로 사용하였는지 여부②본점용 부동산 중 취득세 중과제외 대상의 면적이 적정하게 산정되었는지 여부나. 관련 법령 : <별지> 기재다. 사실관계 및 판단(1)청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은사실이 나타난다.(가) 청구법인의 법인등기부상 1988.11.15. 본점을OOO로, 목적사업을 화장품, 의약부외품이 제조 및 판매업등으로 하여설립되었고, 1994.7.9. OOO토지 및 지상 건물을 매매로 취득하여 동 소에 서울지점을 설치하였다가 2014.1.27. 동 지점을 이 건 부동산 소재지로 이전한 것으로 나타난다.(나)청구법인은 2012.6.4. OOO로부터 이 건 토지를 분양·취득한 후 2012.7.26. 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO을, 2014.1.7. 동 토지상에 이 건 건축물을 신축한 후 2014.3.3. 취득가액 OOO을 과세표준으로 하고 일반세율을 적용하여 산출한취득세 등 합계 OOO을 각 신고·납부하였다.(다)처분청 담당공무원은 2016.9.20.～2016.9.21. 기간 동안 청구법인에대한 세무조사를 실시하였고, 동 세무조사 결과보고서의 주요내용은아래와 같다.(라)청구법인의 제29기(2016.1.1.～2016.6.30.) 반기보고서의 3. 설립일자 및 존속기간란에 “당사는 1988년 11월 15일에 설립되어OOO에 본사와 공장을, OOO에 주사무소를 두고 화장품 제조 및 판매업을 영위하고 있으며, 1999년 12월에 OOO에 등록 법인으로 등록하였습니다.”라고 기재되어 있다.(마)처분청은 이 건 건축물 6,663.72㎡〔전용 3,869.10㎡, 공용 2,794.62㎡(지하층의 주차장, 기계실 및 전기실)〕중 연구소부분 333.75㎡(전용193.78㎡, 공용 139.97㎡), 임대부분 195.79㎡(전용 및 공용면적) 및 여성휴게실 30.38㎡ 합계 559.92㎡를 제외한 6,103.80㎡(부속토지 포함)를 취득세 중과세 대상으로 보아 이 건 취득세 등을 부과·고지하였다.(바) 중과세 제외대상 건축물에 대한 청구법인 주장 및 처분청 과세내용은 아래 <표>와 같고, 청구법인은 이 건 건축물 6,663.72㎡는 전용면적 2,594.93㎡ 및 공용면적 4,068.79㎡(해당층 1,061.76㎡, 전체층 3,007㎡)로 이루어져있으며,그 중 ① 서울지점 사업용 부분1,222.27㎡(전용 476.33㎡, 해당층공용193.10㎡, 전체층 공용552.44㎡)는서울지점사업장으로사업자등록을하고 부가가치세를 신고하였고(사업자등록증 및 2014년 제1기부가가치세 신고내역서 첨부), ② 창고 부분327.21㎡(전용 137.48㎡, 해당층 공용 30.42㎡,전체층공용 159.31㎡)는 재고물품을 보관하기 위하여 각 층에 소규모 창고를 마련해 두고있으며(사진 첨부),③연수시설 부분996.81㎡(전용 363.98㎡, 해당층 공용 211.04㎡, 전체층 공용 421.79㎡)는사내 임직원 등의 역량강화, 자질향상및 복지후생을 위한 교육연수시설이고(사진 첨부),④복지후생시설부분 153.36㎡(전용 57.77㎡, 해당층공용 28.64㎡, 전체층 공용66.95㎡)는처분청이 인정한여성휴게실(3층) 38.38(전용면적)㎡ 외에 휴게데크 27.39㎡(전용면적)가 있으며, 동 전용면적에 공용면적을 포함하면 153.36㎡가 복지후생시설이고(사진첨부), ⑤연구소 부분 468.96㎡(전용 193.78㎡, 해당층 공용 50.63㎡, 전체층 공용224.55㎡)는 처분청이 인정한 연구소 인가면적 193.78㎡에 공용면적을 포함한 면적이며, ⑥ 임대 부분 552.33㎡(전용 217.64㎡, 해당층 공용82.49㎡, 전체층 공용 252.20㎡)는임대 전용면적 217.64㎡{3개업체〔주식회사 OOO(66.59㎡, 5층) 주식회사 OOO(79.93㎡, 5층)및OOO주식회사(71.12㎡, 1층·4층)〕에 (무상)임대}에 공용면적을 합한 면적이므로취득세 중과세 대상(부속토지 포함)에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.<표> 중과세 제외대상 건축물에 대한 청구주장 및 처분청 과세내용(단위 : ㎡)(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여살피건대, 청구법인은 이 건 부동산은 서울지점을 이전한 것임에도 이를 본점으로 보아 취득세 등을 중과세하는 것은 부당하다고 주장하나,「지방세법」제13조제1항에서 규정하고 있는 본점이라 함은 대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 총무 등 법인의 전반적인 사업을수행하는 곳을 의미하며 본점 등기가 아니라 실질적으로 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능이 이루어지는 장소를 의미한다고 할 것인바, 청구법인의 법인등기부상 이 건 부동산에 서울지점이 설치된 것으로 나타나지만 대표이사 등이 상주하면서전반적인 사업을 수행하는 것으로 나타나므로 본점으로 사용하는 것으로보는것이 타당한 점,청구법인의 주장과 같이 종전 서울지점을 사실상의본점으로 본다 하더라도 이 건은 부동산을매매로 취득하여본점으로 사용하다가 본점용부동산인 이 건 건축물을 신축한 경우이므로 청구법인이 인용한 선결정례(조심 2010지328 2010.11.23.)와는사실관계(대도시내에서 건축물을 신축하여 본점으로사용하다가 본점을다시 신축한 경우)가 상이하여이를 적용할 수 없는점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부동산중 ① 서울지점 사업용 부분 1,222.27㎡ 및 ② 창고 부분 327㎡는취득세등의 중과세 대상면적에서 제외되어야 한다고 주장하나,이 건 부동산은 청구법인의 본점용으로 사용된 것으로 보이고 동 부동산에 본점과는 구분되는 별도의 지점이 설치되어 있다고 보기는 어렵다 할 것이고, 건물 구내에 있는 보관창고는 건물의 부대시설로 「지방세법 시행령」(2014.12.30. 대통령령 제25910호로 개정되기 전의 것) 제25조에서 취득세 중과세 제외대상으로 규정하고 있는 것에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 할 것이다.한편, 처분청은 이 건 부동산 중「지방세법 시행령」제25조에서중과세 제외 대상으로 규정하고 있는 복지후생시설 부분, 취득세가면제되는 연구소 부분 및 청구법인이 본점으로 사용하고 있지아니하는 임대 부분을 중과세 대상에서 제외하였으나,③ 연수시설 부분은 그 주된 사용용도에 대한 조사 없이 직원들의 교육장소로 사용하였다는 사유로중과세 대상 면적에 포함한 것으로 보이고, 중과세 대상에서 제외한 ④ 복지후생시설 부분,⑤ 연구소 부분 및 ⑥ 임대 부분에대하여청구법인이 추가로 증빙자료를 제출하였으며 공용면적의 일부가반영되지 아니한 것으로 나타나는바,연수시설 부분이 주로 청구법인 직원들의 교양증진을 위하여 사용되었는지 아니면 업무추진을 위한 교육 등의 목적에 사용되었는지(교양증진을 위하여 사용한 것으로 재조사된 경우는 공용면적 산정이 적정한지 여부)를, 복지후생시설 부분은 처분청이 인정한 면적외에 추가로인정할 수 있는 휴게공간이 있고 공용면적 산정이 적정한지 여부를, 연구소 부분은 공용면적 산정이 적정한지 여부를,임대부분은 처분청이 인정한 면적 외에 임대한 부분이 있고 공용면적산정이 적정한지여부 등을 각각 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제4항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.<별지> 관련 법령(1) 지방세법(2014.12.23. 법률 제12855호로 개정되기 전의 것)제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ① 「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점이나 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)을 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을적용받는 산업단지·유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 1천분의 20(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다.

다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고,「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1.대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소를 대도시로 전입함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우2. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우(2) 지방세법 시행령(2014.12.30. 대통령령 제25910호로 개정되기 전의 것)제25조(본점 또는 주사무소의 사업용 부동산) 법 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산"이란 법인의본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 향토예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

(3) 수도권정비계획법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.3. "인구집중유발시설"이란 학교, 공장, 공공 청사, 업무용 건축물, 판매용 건축물, 연수 시설, 그 밖에 인구 집중을 유발하는 시설로서 대통령령으로 정하는 종류 및 규모 이상의 시설을 말한다.

(4) 수도권정비계획법 시행령제3조(인구집중유발시설의 종류 등) 법 제2조 제3호에 따른 인구집중유발시설은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다. 이 경우 제3호부터 제5호까지의 시설에 해당하는 건축물의 연면적 또는 시설의 면적을 산정할 때 대지가 연접하고 소유자(제3호의 공공 청사인 경우에는 사용자를 포함한다)가 같은 건축물에 대하여는 각 건축물의 연면적 또는 시설의 면적을 합산한다.5. 「건축법 시행령」 별표 1 제10호 나목의 교육원, 같은 호 다목의직업훈련소 및 같은 표 제20호 사목의 운전 및 정비 관련 직업훈련소로서 건축물의 연면적이 3만제곱미터 이상인 연수 시설. 다만,지방자치단체 또는 지방자치단체가 출자하거나 출연한 법인이 설치하는 시설은 제외한다.

OOO이 2016.11.10.청구법인에게한 취득세OOO농어촌특별세OOO합계 OOO의 부과처분은OOO소재 건축물6,663.72㎡(부속토지 포함) 중 취득세 중과제외 대상인 연수시설, 복지후생시설, 연구소 및 임대부분의 사용현황 및 면적(공용면적 포함)등을 재조사하여그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지심판청구는 기각한다.