청구법인의 수산물 매입거래를 가공거래로 보아 손금불산입한 처분(경정청구 거부처분)의 당부

1.처분개요가. 청구법인은 2021.7.21. 설립되어 전북특별자치도 전주시 덕진구 OOO에서 현재까지 영업 중인 업체로서, B(청구법인의 대표자 A이 2017.6.24.부터 전북특별자치도 완주군에서 운영 중인 수산물도소매업체, 이하 “청구외업체”라 한다)으로부터 수취한 계산서(2021년 OOO원, 2022년 OOO원 합계 OOO원, 이하 “쟁점계산서”라 하고 해당거래에 대해 “쟁점거래”라 한다)를 가공거래에 의해 수취한 것으로 보아 2024.7.19. 2021~2022사업연도 법인세 수정신고(2021사업연도 법인세 OOO원, 2022사업연도 법인세 OOO원)를 하였다가, 2024.12.11. 쟁점계산서에 대해 이를 다시 손금으로 인정해달라는 취지의 경정청구를 하였다.

나.처분청은 위 경정청구를 검토하는 과정에서 쟁점계산서와 관련한 실거래여부가 확인되지 않는다고 보아 2025.3.20.∼2025.4.8. 기간 동안 청구법인에 대해 2021년∼2023사업연도 법인부분조사를 실시하였고, 그 결과 쟁점거래를 가공거래로 판단하여 2025.4.15. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.26. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장다음과 같은 이유로 쟁점거래는 외상매입금에 해당하는바, 청구법인의 손금에 산입되어야 한다.

(1) 청구법인 - A(청구외업체) - 어민(수산물의 실제 공급자) 간의 거래구조는 다음과 같다.청구법인의 대표자 A(이하 “A”이라 한다)은 2017.6.20. 청구외업체를 개업한 후, 2021.7.24. 청구법인을 설립하여 운영하여 왔는바, 청구법인 설립 이후 법인의 영업 확대와 홍보 활동에 전념하였고, 매출이 충분치 않은 상태에서 결손을 부담하며 사업을 지속해왔다.A은 수산물 도소매업을 영위하는 개인 유통업자이며, 업종 특성상 항구에서 어민들과의 현금 직거래가 일반적이다.

주요 거래 품목은 쭈꾸미, 꽃게, 갑오징어, 낙지 등으로 신선도 유지가 중요하여 신속한 현금거래가 필수적이다. 일반적으로 OOO 공판장을 통한 거래가 더 안전하고 세무상 명확하다는 점은 인정되지만, A은 원가경쟁력을 확보하고 현장 선매 조건의 유리함을 취하기 위해 선박 또는 소규모 어민과의 직거래를 선택하였다.이 과정에서 거래 상대방은 신용불량자, 무허가자, 고령자 등으로 구성되어 있는 경우가 많아, 실명 확인 및 계산서 수취가 사실상 불가능한 경우가 많았다.

A은 이러한 구조하에서 매입가액을 맞추기 위해 불가피하게 가공계산서를 수취하였고, 그에 따른 소득세 및 가산세는 이미 납부하였다.A은 개인자격으로 수산물을 매입한 뒤, 청구법인에 해당 수산물을 공급하고 그에 대해 외상매출로 처리하였다. 이는 외형상 가공거래로 보일 수 있으나, 실질적으로는 외상매입에 해당하는 거래였고, 청구법인은 해당 거래를 미지급금으로 회계처리하였다.A은 사업경험이 부족한 상태에서 회계처리에 서툴렀으며, 실질거래에 대한 장부정리, 미수채권 회수보다는 공급자에 대한 외상매입 정산을 우선시하는 운영 방침을 취하였다.(2) A은 당초 청구외업체를 통해 쟁점계산서를 수취하였고, 그에 대응하는 매출은 청구법인에 공급한 실질거래였으나, 범칙조사 당시 강압적인 조사환경과 촉박한 기한 속에 충분한 소명을 하지 못했다.

세무조사 결과 소득세는 확정되었으나, 이와 관련한 청구법인의 매입은 외상매입금으로 인정되어야 한다.(가) A은 세무조사 이후 해당 거래에 대한 입고자료, 회계전표, 총계정원장, 지급정황 등 입증자료 일체를 정리하여 이번 심판청구 과정에서 성실히 제출하였다. 특히 2023년에는 외상매입금의 일부를 실제로 상환하였으며, 그에 대한 계좌이체 내역 등 통장자료를 함께 제출하였다.2023년 청구법인 통장 출금 내역을 분석하면 다음 ＜표1＞과 같은바, A에게 출금된 금액 중 급여 및 국세 납부액 등을 제외한 나머지 출금액은 총 OOO원이고, 이는 모두 외상매입금 상환에 사용된 것이다.

그럼에도 불구하고, 조사 당시 처분청은 2021년 및 2022년의 출금 내역만을 근거로 판단하여 2023년에 이루어진 상환 내역을 반영하지 않은 채 쟁점계산서 전액을 부인하였는바, 이는 실질을 왜곡한 처분이다.＜표1＞ 외상매입금 상환액(급여대장, 통장거래내역 등 참고)한편, 「소득세법 시행령」 제211조 제1항에 따르면, 외상거래 등으로 인해 금전 결제가 지연되는 경우에도 계산서는 공급일을 기준으로 발행해야 하므로, 단지 대금 지급 내역이 없다는 사정만으로 가공거래로 단정할 수는 없다.(나) 처분청은 청구법인이 대표자 급여를 출처가 확인되지 않은 현금으로 지급했다고 하면서 급여목적으로 이체한 것으로 보이는 금액에 대해서는 외상매입금의 상환이라 소명하고 있어 청구주장을 인정하기 어렵다는 입장이나,청구법인은 대표자 A에게 지급된 급여에 대해 정상적으로 급여대장을 작성하고 원천징수 신고 및 계좌 이체를 통해 지급하였으며, 해당 급여는 법인의 통장에서 투명하게 처리되었다.

즉, 이체된 금액의 일부는 급여 및 기타 비용 항목에 해당하고, 잔여 금액은 외상매입금 상환을 위한 자금으로 사용된 것이다.처분청은 또한 청구법인이 2023년 A에게 이체한 OOO원은 수산물 매입에 대한 외상매입금 상환이 아니라 법인자금을 대표자가 임의로 가져간 가지급금, 또는 청구법인이 부당하게 유출한 것이라고 단정하나,① 법인의 대표자와도 정상적인 거래가 이루어질 수 있는 것이고[처분청 논리대로라면, 대표자에게 지급된 자금은 모두 가지급금 또는 부당 유출로 간주되고, 법인을 상대로 한 대표자의 채권(외상매출금)은 인정되지 않는 결과가 됨], ② 해당 외상매입금 상환액은 A에게 지급된 전체 금액을 근거로 급여대장, 세무신고자료 등과 대조하여 논리적으로 산출[청구법인은 A에 대한 급여를 세무서에 성실히 신고하였고, 급여 역시 계좌이체로 하였음]되었으며, ③ 외상매입금의 존재와 상환 여부는 거래실체와 자금흐름, 장부기록 등을 종합적으로 검토하여 판단해야 한다는 점에서 이는 부당하다.

(3) 청구법인은 수산물 입고, 재고관리, 회계장부 기장 등 전반적인 거래 흐름에서 쟁점거래를 실제 매입으로 처리해왔고, 일부 금액(OOO원)은 2023년에 결제까지 완료하였다.처분청은 조사과정에서 청구외업체가 청구법인에 매출한 금액 중 현금 입금 내역이 존재하지 않는다는 이유만으로 해당 매출을 가공거래로 판단하였으나, 이는 외상거래의 구조와 업종 특성을 전혀 고려하지 않은 처분이다. 외상거래는 공급과 대금지급 사이의 시차를 전제로 하며, 지급내역이 없다고 해서 그 자체로 실질을 부인할 수는 없다.실제로 수산물 유통업계에서는 중소형 업체를 중심으로 현금 또는 외상 위주의 거래가 다수 존재하며, 공급자 측에서 계산서 발행이나 실명확인을 기피하는 사례도 실무상 빈번하다는 점을 감안할 때, 업계 관행을 고려하지 않은 단정적 판단은 부당하다. 이러한 구조는 수산업협동조합중앙회 등 관계자들의 실무 경험을 통해서도 반복적으로 확인되는 사항이다.

(4) 청구법인과 청구외업체의 대표자가 동일하다는 점은 외형상 자가거래로 의심할 수 있는 요소가 될 수는 있으나, 거래의 실질이 존재하고 회계상 처리도 일관된 이상, 실질과세 원칙에 따라 쟁점계산서 금액은 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다.(가) 실제로 청구법인 손금불산입 전 소득률은 2021년 -0.13%(매출액 OOO원, 손금액 OOO원), 2022년 3.86%(매출액 OOO원, 손금액 OOO원)로 나타나는바, 국세청이 고시한 단순경비율(2021년·2022년 각 93.7%)에 따른 통상적인 소득률 약 6.3%와 비교하더라도 실제 수익률이 보수적으로 계상되어 있음을 확인할 수 있다.그러나 쟁점금액을 전액 손금불산입할 경우 2021년 소득률은 8.24%, 2022년은 14.61%로 상승하게 되며, 이는 기준 소득률을 현저히 상회하는 수치로서, 통상적인 수산물 도소매업 업계 수익률(6.3%)을 벗어난 비정상적인 수준이다.

이와 같은 결과는 과세소득을 과도하게 계상하는 원인이 되며, 실질과세의 원칙이나 업종 간 과세 형평을 고려할 때 타당성을 결여한 판단에 해당한다고 할 수 있다.＜표2＞ 손금불산입시 소득률 계산표 및 동종업 평균 소득률더불어 청구법인은 매출거래 전체에 대해 소비자를 대상으로 현금영수증 및 신용카드 매출전표를 발급해 왔으며, 이는 실제 소비자에 대한 공급이 존재했음을 방증하는 자료이다. 매출이 실제로 존재하였다면, 그에 대응되는 매입 역시 실질이 인정되어야 하며, 청구법인의 손금비율 역시 시장 평균 수준으로서 정당한 범위 내에 있음을 보여준다.(나) 처분청은 청구법인이 공판장을 거치지 않고 구입(이하 “사매”라 한다)할 때 장부를 작성하지 않고, B 대표인 A이 작성하고 청구법인 대표자인 A이 확인하였으며, 수량 또한 일률적으로 10단위로 기재하여 계산서에 신빙성이 없다는 입장이나,앞서 언급한 바와 같이 A은 어민 또는 소형선박 운영자와의 직거래를 통해 쭈꾸미, 꽃게, 갑오징어 등 생물 수산물을 대량으로 매입하고 있으며, 현장에서는 신속한 집하 및 선도를 유지하기 위한 속도 중심의 거래가 일반적인바, 특히, 물량은 정확한 중량(g 또는 kg 단위)보다는 운송 및 포장 단위(예 : 박스 1단, 통 1단)로 구분하여 거래되며, 통상 1단에 10kg 내외의 수산물이 담기므로, 단위 수량을 일괄적으로 ‘10단위’로 기재하는 것이 일반화되어 있다.이는 청구법인에 한정된 것이 아니라, 동일 업종에 종사하는 복수 사업자의 거래명세표에서도 동일하게 확인되는 업계 관행(동종업체의 거래명세표 사례를 함께 제출)이다.아울러, 해당 거래명세표는 A이 청구외업체의 대표로서 현장에서 작성하고, 청구법인의 대표자로서 확인한 문서로서, 거래의 실질을 입증하기 위해 정리·제출된 것인바, 단위 기재 방식이 획일적이라는 사정만으로 전체 거래의 실제를 부정하는 것은 과세관청의 엄격한 입증책임 원칙 및 실질과세 원칙에 비추어도 부당하다.

(5) 결국 ① 청구법인은 B과의 거래에 대해 실질적인 외상매입거래에 기초한 거래명세표 및 거래처원장을 보유하고 있었고, 경정청구 보정요구에 따라 제출된 거래명세표 또한 실거래 내역을 정리한 것에 불과하므로 사후제출을 이유로 외상매입금의 실재를 부정할 수 없고, ② 외상대금 상환 정황은 통장출금 내역 등을 통해 객관적으로 입증(대표자에 대한 급여는 계좌이체 등 투명하게 신고·관리되고 있었는바, 특히 2023년에 A에게 이체된 OOO원 중 급여 및 세금 등 명확한 용도를 제외한 잔액은 외상매입금 상환금으로 판단되어야 한다)됨에도 이를 단순히 대표자 개인에 대한 가지급금 또는 유출로 단정한 처분청의 판단은 회계 및 법리상 타당성을 결여한 것이며, ③ 처분청 의견대로 대표자 송금액 전부를 외상매입금 상환이 아닌 유출금으로 본다면, 법인은 대표자와의 외상매입 거래에 있어 어떤 방식으로도 정산할 수 없게 되어(즉, 법인의 대표자는 법인의 재화를 공급받고도 정당한 대가를 지불할 방법이 없으며, 대표자는 거래상 채권만 일방적으로 보유하고, 법인은 채권회수가 불가능한 가지급금만 남게 되는 모순된 구조가 형성) 실질과세원칙 및 거래 실질에 기초한 세법 적용의 취지에 반하는 점 등 청구법인의 수익구조와 손익구조, 외상거래 관행, 회계 처리의 일관성, 그리고 실제 입고 및 일부 결제 내역 등을 종합적으로 고려할 때, 쟁점 계산서는 그 실질이 인정되어 해당 금액을 손금에 산입해야 하는바 실질과세 및 과세형평의 원칙에 비추어 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.

나.처분청 의견청구법인은 쟁점거래에 해당하는 매입액을 손금에 산입해야 한다고 주장하나, 광주지방국세청장의 청구외업체에 대한 조사내용, 청구법인이 제출한 거래명세표, 대금지급내역 등의 내용을 종합하면 쟁점거래는 가공거래로 판단된다.

(1) 청구법인은 사매(사적 거래)로 불법적으로 수산물을 구입할 때 장부를 작성하지 않았고 쟁점거래에 대한 거래명세표를 경정청구 보정 요구 후에야 제출하였으며, 거래명세표 그 자체도 청구외업체 대표인 A이 작성하고 청구법인 대표자인 A이 확인하였고 그 수량 또한 일률적으로 10단위로 기재하여 신빙성이 없으며, 거래명세표에 기재된 금액 역시 외상매입금 거래처원장, 통장거래내역, 현금지급내역과 맞지 않는다.(2) A은 광주지방국세청장이 청구외업체에 대해 세무조사를 할 당시 쟁점거래에 대해 가공거래로 시인하고 세금 및 통고처분 벌금을 전액 납부한 후 불복을 제기하지 않았음에도, 동일한 거래에 대해서 청구법인의 대표자로서는 이를 정상적인 거래라 주장하는 모순된 행동을 하고 있다.(가) 청구외업체 조사 시 2021년∼2022년 계산서 매입 대부분이 가공으로 확정되었고, A은 정식공판장이 아닌 불법적인 유통방식인 사매로 계산서를 수취하지 않는 조건으로 저렴하게 구입하면서 장부를 전혀 기장하지 않은 것으로 문답서에서 진술하였다.(나) 청구법인은 쟁점거래가 실재하였음을 입증하기 위해 거래명세서를 제출하였으나, 이는 광주지방국세청장의 세무조사 시에는 제출된 적이 없고 처분청의 경정청구 보정요구 후에야 제출한 것으로, 사후 작성된 거래명세표이다.

거래명세표의 내역을 보더라도, 현금지급분은 OOO원이나 외상매입금 거래처 원장에 기재된 현금지급분은 OOO원으로 사실관계가 전혀 맞지 않는다.거래명세표는 청구외업체와 청구법인의 대표자인 A이 작성하고 스스로 확인한 것으로 신빙성이 없고, 구입한 수산물에 대한 장부도 없이 매출에 대한 거래명세표를 작성하여 청구법인의 구입사실을 확인할 수 없다.한편, 청구법인이 업계관행임을 주장하기 위해 제출한 동종업장 거래명세표상 수량이 10단위로 기재된 것은 일반적인 수산물 구입과정에서 발생하는 거래를 나타낸 것이고, 청구법인과 같이 불법으로 수산물을 구입하여 납품하는 거래에 적용하는 것이 타당하지 않다.

(3) 청구법인은 쟁점거래에 대해 청구외업체에 외상매입한 것이라고 주장(“청구외업체로부터 2021년∼2022년 수산물 구입 시 구입액 일부를 외상매입금으로 계상하고, 2023년 외상매입금의 상환으로 OOO원을 지급”)하나, 다음과 같은 이유로 이를 인정할 수 없다.(가) 청구법인의 청구외업체에 대한 2021년∼2023년 외상매입금 거래처원장을 보면 2021년 8월 ∼ 2022년 4월 현금지급 OOO원으로 되어 있는데,이에 대해 A은 현금지급 OOO원 중 OOO원은 법인의 현금영수증 매출분으로, 나머지 OOO원은 개인자금으로 본인에게 지급하였다고 주장하나, 청구법인의 2021.7.21.(개업)∼2022.4.30. 기간 동안 법인 현금영수증매출액은 OOO원으로 위 청구법인의 주장과 상이하고, A이 개인자금으로 본인의 외상매입금을 지급하였음을 인정할 수 있는 장부상 가수금 기장내역, 구체적인 날짜, 출금내역 등이 전혀 없다.(나) 청구법인은 급여를 이체하고 이체내역 중 급여에 해당하는 금액을 제외한 금액만을 외상매입금 반제하였다고 주장하나,청구법인의 대리인은 문답서에서 급여를 현금출금 형식으로 회계처리하였다고 진술하였고, 2025.3.26. 장부서류 등 자료 제출 요구에 대해서도 급여지급분에 대해 장부에 기재된 내역이 없다는 확인서를 제출하였는바, 청구주장은 사실과 다른 모순된 주장이다.또한, 대표자에 대한 급여는 투명하게 계좌로 이체해야 됨에도 청구법인은 이를 출처가 확인되지 않은 현금으로 전부 지급하였다고 주장하면서, 급여로 이체한 것으로 보이는 금액은 외상매입금의 상환이라 주장하고 있는바, 이를 인정하기 어렵다.(다) 청구법인은 2023년 통장 출금액 OOO원(청구주장에 따르면 A에게 출금된 금액 중 급여 및 국세 납부액등 을 제외한 나머지 금액)에 대해 이는 모두 외상매입금 상환에 사용된 것이라고 주장하나,청구법인은 청구외업체에 대한 세무조사에 따라 A의 종합소득세 및 벌금 합계 OOO원을 납부하고도 이를 가지급금인정이자 조정명세서(을)표에 제대로 기재하지 않았고 재무상태표에도 제대로 기재하지 않았는바, 장부 기장을 임의로 한 것으로 판단된다.

이에 대해 처분청이 2025.3.26. 장부서류 등 자료 제출을 요구하였음에도 청구법인은 대표자 가지급금·가수금은 통장으로 불분명하게 입금된 현금을 가지급금·가수금으로 처리한다고 확인서를 제출하였다.한편, 청구법인은 2023년 이체된 OOO원 중 OOO원은 대표자 A이 청구법인에게 다시 이체한 것으로 나타나는바, 해당금액이 외상매입금 상환이라는 청구주장은 신빙성이 없다.따라서 청구법인이 2023년 A에게 이체한 OOO원은 수산물 매입에 대한 외상매입금 상환이 아니라 법인자금을 대표자가 임의로 가져간 가지급금 또는 부당하게 유출한 금액일 뿐이다.(라) 청구법인은 위 자금이체는 청구법인의 상거래 현실을 반영한 것으로서, 이를 '임의 인출', '가지급금'으로 단정하는 것을 부당하다고 주장하나 청구주장(대표자와의 합법적 외상거래)을 구체적으로 입증할 수 있는 자료는 전혀 제시하지 못하고 있다.

3.심리 및 판단가. 쟁점청구법인의 수산물 매입거래를 가공거래로 보아 손금부인(경정청구 거부)한 처분의 당부나.관련 법령(1) 국세기본법제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고(3) 법인세법 시행령제106조【소득처분】①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것(4) 소득세법제163조【계산서의 작성ㆍ발급 등】① 제168조에 따라 사업자등록을 한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자가 계산서를 발급할 때에는 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 작성한 계산서(이 법에서 “전자계산서”라 한다)를 발급하여야 한다.1. 「부가가치세법」제32조 제2항에 따른 전자세금계산서를 발급하여야 하는 사업자2. 제1호 외의 사업자로서 총수입금액등을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업자(5) 소득세법 시행령제211조【계산서의 작성ㆍ발급】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각 호의 사항이 적힌 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

다.사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 수산물 도소매업을 목적으로 2021.7.21. 설립된 법인으로서, 광주지방국세청장(OOO)은 청구외업체(대표 A) 및 관련인 (유)C(대표 D)에 대해 재화·용역 공급 없는 거짓계산서 발급·수취 혐의로 2020년∼2022년 기간에 대해 2023.8.23.∼2023.11.6. 기간 동안 조세범칙조사(개인통합조사, 법인통합조사)를 실시하였는바, 그 주요 내용 및 결과는 다음과 같다.(나) 위 조사과정에서 파악된 청구법인과 관련한 주요 내용은 다음과 같다.(다) 위 조사에 따라 청구외업체의 범칙혐의금액 OOO원, 청구법인의 범칙혐의금액 OOO원이 확정된 후, A과 청구법인에게 「조세범 처벌법」 제10조 제1항 및 제3항 위반에 대해 각 통고처분이 내려졌으며, A 등은 이에 대해 불복 없이 전액을 납부하였다.(라) 청구외업체가 청구법인에 발행한 계산서 발급금액 2021년 OOO원, 2022년 OOO원 중 OOO원은 가공거래로 파악되어 2023.12.27. 청구법인 관할 세무서인 처분청으로 자료파생되었고, 처분청의 조사결과 안내에 따라 청구법인은 쟁점거래에 대해 가공거래로 보아 2024.7.19. 다음 ＜표3＞과 같이 법인세 수정신고하였다가, 2024.12.11. 쟁점거래가 실거래라는 취지로 경정청구를 하였다.＜표3＞ 2021∼2022사업연도 청구법인 법인세 수정신고 내역(마) 처분청은 청구법인에게 위 경정청구에 대한 보정요구를 하였으나, 제출된 자료(청구외업체와의 거래처원장 등)만으로 실거래여부가 확인되지 않아 청구법인에 대한 법인부분조사를 의뢰·실시하였는바, 그 주요 내용은 다음과 같다.1) 당초 A은 광주지방국세청장 조사(청구외업체) 시 조세범칙혐의자 심문조서에서는 거래명세서가 없다고 했으나, 조사청이 2025.2.13. 경정청구 추가보정(2차)을 요구하자 2025.2.18. 거래명세표(발행인 : 청구외업체, 수취인 : “E”)를 메일로 제출하였다.2) A은 위 거래명세표에 대해 본인이 작성하고 본인이 확인하였으며, 무허가 배로 고기를 잡는 어부들로부터 사매를 하면서 장부의 작성 없이 현금으로 구입하였다고 진술하였다.3) 거래명세표 수량은 10단위(kg, 망, 마리)로 기재되어 있으나, 사매로 일괄 구입하였음에도 일률적으로 10단위로 구입하여 2022년에 단일 매출처인 청구법인에 납품한 것으로 거래명세표를 작성하였고, 제출된 거래명세표를 보면 2021년에는 “입금”으로 기재된 금액이 없고, 2022년에는 일부 자료에 “입금”으로 기재되어 있으며 거래명세표 상의 “입금” 합계액은 OOO원이나 외상매입금 거래처 원장에 기재된 “입금” 합계액은 OOO원이다[

※ 당초 조사복명서 내용에서 수치가 수정됨(각주 참조)].＜표4＞ 거래명세표 및 거래처원장 비교4) 청구법인의 청구외업체에 대한 2021년~2023년 외상매입금 거래처원장을 보면 “현금” 지급은 OOO원, 통장지급(“입금”)은 OOO원으로 합계 OOO원인바, A은 위 현금지급분 OOO원 중 OOO원을 법인의 현금영수증 매출분으로 지급했고, 나머지 OOO원은 개인자금으로 지급했다고 진술하였다.＜표5＞ 외상매입금 거래처원장A은 또한 위 현금지급분 OOO원 중 OOO원을 법인의 현금영수증 매출분으로 지급했고, 나머지 OOO원은 개인자금으로 지급했다고 진술하였다.＜표6＞ 청구법인의 거래처 원장상 외상매입금 현금 지급내역5) 2021.7.21.(개업일)∼2022.4.30.까지 법인 현금영수증 매출금액은 OOO원으로 확인(A이 진술한 OOO원과 상이)되고, 법인 현금 매출분은 A이 관리하면서 장부에 제대로 기장하지 않고 임의로 가져간 것으로서, 현금 지급분에 대한 내용을 뒷받침할 수 있는 구체적인 날짜, 출금내역 등 입증서류는 존재하지 않는다.＜표7＞ 청구법인의 2021∼2022사업연도 현금영수증 매출액6) A은 청구법인의 A에 대한 외상매입금 OOO원을 개인자금으로 지급하면서 법인장부에 가수금 등으로 기재하지 않은채 확인되지 않은 자금으로 지급하였다고 주장하나, 출금내역 등 구체적인 근거자료는 제시한 것이 없다.7) 청구법인이 2023년 A에게 통장으로 지급한 금액 OOO원 중 A은 OOO원을 다시 청구법인에 이체한 것으로 나타난다.＜표8＞ A이 2023년 청구법인에 이체한 내역8) 청구법인의 A에 대한 근로소득지급(2021년 OOO원, 2022년 OOO원, 2023년 OOO원)과 관련하여, 청구법인의 세무대리인은 근로소득지급명세서를 제출하였으나 통장으로 지급한 내역이 전혀 없고, 급여 지급시 분개는 현금 처리하였다고 진술하였다.또한, 청구법인의 A에 대한 급여대장상 월급여는 OOO원∼OOO원으로, 급여 성격으로 이체한 것으로 보이는 금액 전부를 외상매입금 상환분으로 처리하였고 일부는 A 계좌 거래구분에 E-급여로 표기되어 있다(

※ 다만, 세무조사 당시 A은 이에 대해 “급여가 아닙니다. 외상매입금 반제가 맞습니다”라고 답변한 것으로 나타난다).＜표9＞ 2021년∼2023년 청구법인이 A에 외상매입금 상환으로 처리한 내역 중 급여 성격으로 이체한 것으로 보이는 금액통장지급한 금액도 지급 후 재입금된 금액이 있고, 급여는 대변에 현금으로 회계처리했다고 진술하며 급여성격으로 이체한 것으로 보이는 금액 전부 차변에 외상매입금 상환으로 처리(변칙회계처리)한 것으로, 실제 거래에 대한 대금지급으로 볼 수 없다.(바) 2023년 청구법인 통장(OOO 351-1193-****-33)의 출금내역과 관련하여 청구법인 및 처분청의 의견은 다음과 같다.1) 청구법인은 위 계좌에서 A(입출금명)에게 출금된 내역 중 ＜표1＞과 같이 OOO원은 청구법인이 청구외업체(A)에 대해 외상매입금을 지급한 것이라 주장하며, 이 중 국세 납부내역은 다음 ＜표10＞과 같다.＜표10＞ 청구법인 통장 중 2023년 A 국세 납부내역2) 처분청은 세무조사 과정에서 청구법인에게 2021∼2023사업연도 가지급금 인정이자 조정명세서(을)표의 가지급금·가수금 관련 통장거래내역 및 전표를 요청(2025.3.26.)했으나, 청구법인은 통장으로 불분명하게 입출금된 현금을 가수금·가지급금 처리한다고 소명하였다.(바) 그 외 청구법인은 심리과정에서 다음과 같은 자료를 제출하였다.1) 동종업체의 거래명세표 및 송장 사례 총 13매(아래 : 예시)에는 거래 수량이 모두 10단위로 기재되어 있다.2) A에 대한 근로소득원천징수영수증 및 통장(OOO 351-11- ****-6033) 거래내역에 따르면, A의 근로소득은 2022년 OOO원, 2023년 OOO원으로 나타나고, A 또는 A(B)에 대한 출금액은 2022.1.10.~2022.12.22. OOO원, 2023.1.25.~2023.5.2. OOO원으로 각 나타난다.3) A은 확인서(＜별첨＞)를 제출하였는바, 동 확인서에는 A이 OOO 위판장 가격보다 수산물을 저렴하게 구입이 가능했기 때문에 계산서를 발행하지 않는 어민들로부터 수산물을 구매(사매)하고, 사매 시 폐사 대비 할인 등의 이유로 10kg 단위로 구매한 사정, 그 외 청구법인이 가공계산서를 수취하게 된 경위 등이 자필로 기재되어 있다.(사) A은 2026.5.14. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 의견진술을 하였는바, 청구법인이 수산물 거래에서 업종 특성상 현장거래 및 현금거래를 할 수 밖에 없었던 상황, 시간의 경과에 따른 부족한 매입을 채우기 위해 불가피하게 일부 사실과 다른 계산서를 수취한 사실, 기타 청구법인의 영업 방식(공급받은 수산물을 특별한 가공 없이 손님에게 직접 무게를 달아 회를 떠서 판매) 등을 설명하고, 그럼에도 불구하고 본인이 세무조사를 받을 당시 검찰 수사를 받을 수 있다는 언질을 받는 등 강압적인 분위기에 위축이 되어 자료를 제대로 제출하지 못하거나 소명이 미흡하였을 뿐, 청구법인의 장부기재 오류 등에도 불구하고 쟁점거래가 실제 존재했음이 분명하다는 취지로 주장을 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점거래에 대한 거래명세표 등 청구법인이 제출한 자료를 신뢰할 수 없으므로 쟁점거래를 가공거래로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 타당하다는 입장이나,청구법인의 업종 특성상 거래품목의 신선도를 확보하기 위해 OOO 공판장 외의 항구에서 어민들과의 현금 직거래가 많이 이루어지고, 신용불량자 등 일부 어민들과의 신속한 현장거래 및 현금거래(외상매입 포함)에 있어서는 계산서 수취가 어려운 측면이 수긍되는 점, 쟁점계산서 금액(약 OOO원)을 전액 손금불산입할 경우 청구법인의 소등률은 2021사업연도 -0.13%에서 8.24%, 2022사업연도 3.26%에서 14.61%로 각 상승하게 되고 이는 해당 업종거래의 통념상 과다한 차이로 보이는 점, 청구법인 업종 특성상 외상매입이 불가피하고, 이와 관련하여 청구법인 거래처원장상 청구외업체에 대한 외상매입금이 상당액 기재되어 있고 2023사업연도 지급액은 그 상환의 일환이라는 청구법인의 주장에 일응 설득력이 있으며, 그 외 현금거래 및 외상 등을 적극 활용하는 청구법인의 거래형태를 고려할 때 처분청이 A에 대한 급여 및 가지급금 유출 등으로 본 계좌출금액이 실제 외상매입금 상환과 명확하게 추적·구분된다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 쟁점거래 중 적어도 일부는 실제로 존재하였고 청구법인은 이에 상당하는 수산물을 A 또는 청구외업체로부터 매입하여 소비자들에게 판매한 것으로 보는 것이 타당하다.그러나, 청구법인이 제출한 거래명세표나 거래처원장에 기록된 금액 및 기타 외상매입금 상환과 관련된 장부 등의 내용이 일치하지 않고 청구주장을 구체적으로 입증할만한 자료가 부족한 것으로 보이는 이상 청구주장을 그대로 인정하기에는 불분명한 측면이 있다.따라서, 이 건은 A(청구외업체)이 사적으로 매매거래하였다고 주장하는 상대방들의 진술(실제 거래의 존재 여부), 청구법인 및 A 간의 계좌 입출금 거래 내역(외상매입금 상환 등), 청구법인과 유사한 업체의 대표자 급여 수준 및 동종업계의 경비율 등을 종합적으로 고려하여 청구법인의 실제 수산물 매입금액으로 인정할 수 있는 금액을 재조사하고 이를 손금으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별첨＞ A의 확인서