1 직권으로 취소된 2021년 귀속 종합부동산세 부과처분에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부2 2022~2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 민간임대주택법상 민간임대주택사업자로 등록되지 아니한 쟁점임대주택2를 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부

1. 처분개요가.청구인은 2003.1.1. 부동산임대업으로 사업자등록하여 2003.4.8. 등에 경기도 성남시 OOO등 4필지 지상 단독주택 및 다가구주택을 취득한 후,2022.2.10. 경기도 성남시 OOO지상 다가구주택(이하 “쟁점임대주택①”이라 한다)을 임대물건(장기일반민간임대주택, 10년)으로 하여 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 민간임대주택사업자등록을 하였고, 2025.9.25. 경기도 성남시 OOO지상 다가구주택(이하 “쟁점임대주택②”라 하고, 쟁점임대주택①과 합하여 “쟁점임대주택”이라 한다)을 임대물건으로 하여 민간임대주택사업자등록을 한 후, 쟁점임대주택에 대한 주택임대업을 영위하였다.

나. 청구인은 2005.12.15. 쟁점임대주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상으로 신고하였고, 이에 따라 처분청은 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 부과시 쟁점임대주택을 합산배제하였다.

다. 처분청은 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검 결과, 청구인이 「소득세법」상 주택임대업으로 사업자등록되지 아니하여 쟁점임대주택이 「종합부동산세법」 (이하 “종부세법”이라 한다) 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항의 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아,2025.11.11. 청구인에게 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 종합부동산세”라 한다)을 아래 ＜표1＞과 같이 각 결정·고지하였다.＜표1＞ 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 등 부과내역OOO라. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.2. 심판청구를 제기하였다.

마. 이후 처분청은 쟁점임대주택①의 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 및 쟁점임대주택②의 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 청구인이 「소득세법」상 사업자등록 및 민간임대주택법상 임대사업자등록되어 「종합부동산세법 시행령」(이하 “종부세법 시행령”이라 한다) 제3조 제1항의 합산배제요건을 충족한 것으로 보아, 2026.4.10. 이 건 종합부동산세 중 2021년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원의 부과처분을 직권 취소하고, 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원을 감액 경정하였다.＜표2＞ 처분청의 경정 내역OOO2. 청구인 주장 및 처분청 의견가.

청구인 주장(1)청구인은 2022.2.10., 2025.9.25. 쟁점임대주택을 임대물건으로 하여 서초구청장에게 민간임대주택법에 따른 민간임대주택사업자등록을 하였고, 청구인은 이후 임대료 5% 증액 제한, 표준임대차계약서의 사용 등 세법상 의무를 엄격히 준수하였다.합산배제제도의 본질은 임대주택의 공급촉진과 주거안정에 있는바, 청구인은 다가구주택인 쟁점임대주택을 공급하여 실질적으로 다수의 임차인에게 주거를 제공하였고, 실질적 요건을 모두 이행하였으나, 형식적 명칭의 불일치만을 근거로 청구인의 세제혜택을 전면 부정하는 것은 조세법률주의의 경직된 운영으로 인하여 실질과세원칙을 훼손하는 처분이다.청구인은 사업자등록시 주택임대사업의 실질을 가졌음에도 지방자치단체와 세무서로 이원화된 복잡한 등록체계와 행정기관의 안내 미흡으로 인해 사업자등록증상 업종을 단순 임대업으로 기재하는 형식적 오기를 범하였으나, 이를 청구인의 과실로 전가하는 것은 가혹하다.특히, 2021년 당시 코로나19 확산 등 특수한 사회적 상황으로 인하여 행정절차의 진행이 지연된 사정이 있었음을 참작하여야 할 것으로, 청구인에게 더 이상의 주의의무를 기대할 수 없는 불가항력적 상황을 고려할 때, 단지 형식적 기재의 불일치를 이유로 실질 요건을 완비한 임대주택의 혜택을 박탈하는 것은 세법을 해석, 적용할 때 과세형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다는 「국세기본법」 제18조 제1항에 위배된다.

(2) 종합부동산세는 종부세법 제16조 제1항에 따른 정부부과세목으로, 2021년 귀속 종합부동산세 부과시 청구인의 사업자등록상태를 실시간으로 확인할 수 있는 지위에 있었음에도 아무런 보정요구나 시정안내 없이 정당한 신고로 수리하여 왔고, 이러한 과세관청의 관리 및 감독 소홀(업무해태)로 인해 누적된 세액을 청구인에게 일시에 소급적용하여 전가하는 것은 청구인의 신뢰를 정면으로 침해한 처분으로, 과세관청의 업무해태가 있다.사업자등록증의 교부는 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하고, 사업자등록증상 주택임대가 아닌 임대로 기재되었다 하여 납세자가 수행하는 사업의 실질 자체를 규정하거나 변경할 수는 없으며, 이러한 업종코드 착오기재라는 실수로 인해 청구인이 감당해야 할 경제적 불이익이 과도하여 과잉금지의 원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견처분청은 쟁점임대주택①이 2026.2.27. 개정된 종부세법 시행령 제3조 제1항에 따라 주택임대사업자 등록요건 외 민간임대사업자등록, 기준시가, 임대료 5% 증액제한 등의 종합부동산세 합산배제 요건을 모두 충족한 사실을 확인하여 이에 대해 부과된 2021∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 전액 직권 취소하였다.다만, 쟁점임대주택②는 2025.9.25. 민간임대사업자등록된 것으로 확인되어 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제요건만을 충족한 것으로 보아 직권 취소하였고, 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과 처분은 종전대로 유지하였으므로 적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 직권으로 취소된 2021년 귀속 종합부동산세 등의 부과처분에 대한 심판청구가 적법한 청구인지 여부② 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 민간임대주택법상 민간임대주택사업자로 등록되지 아니한 쟁점임대주택②를 합산배제 임대주택으로 볼 수 있는지 여부나. 관련 법령(1) 종합부동산세법제7조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.

(2) 종합부동산세법 시행령(가) 2026.2.27. 대통령령 제36132호로 일부개정되기 전의 것제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.

이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건1) 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것가) 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우: 3억원2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것.

이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.

나. 제외되는 주택2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(나) 2026.2.27. 대통령령 제36132호로 일부개정된 것제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다.

이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.(각 호 생략)부 칙＜2026.2.27. 대통령령 제36132호＞제2조(합산배제 임대주택에 관한 적용례) 제3조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 과세표준 및 세액을 신고하거나 결정ㆍ경정하는 경우부터 적용한다.

(3) 소득세법제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

(4) 부가가치세법제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

(5) 부가가치세법 시행령제11조(사업자등록 신청과 사업자등록증 발급) ① 법 제8조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록 신청서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신청인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)해야 한다.

1. 사업자의 인적사항2. 사업자등록 신청 사유3. 사업 개시 연월일 또는 사업장 설치 착수 연월일4. 그 밖의 참고 사항(6) 민간임대주택에 관한 특별법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택〔토지를 임파하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다〕으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 ＜2018. 1. 16.＞2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택(7) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등) ③ 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다) 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 부동산등기부등본에 의하면, 쟁점임대주택은 공부상 다가구주택 및 단독주택으로 등재되어 있고, 2003.4.8. 등에 청구인 명의로 소유권보존등기된 후 2022.2.10., 2025.9.25. 민간임대주택으로 등록된 것으로 나타난다.＜표3＞ 쟁점임대주택의 취득 및 민간임대주택사업자등록 현황OOO(나) 사업자등록증에 의하면, 청구인은 2003.1.1.을 개업일로 하고, 사업장 소재지를 쟁점임대주택의 주소지로, 업태는 부동산업, 종목은 임대업으로 하여 처분청에 사업자등록을 한 후, 2025.9.29. 업종에 부동산업(주택임대)을 추가하여 사업자등록변경신청한 것으로 나타난다.(다) 임대사업자등록증을 살펴보면, 청구인은 2022.2.10. 서초구청장에게 쟁점임대주택①을 장기일반민간임대주택(10년, 다가구주택)으로 하여 임대사업자등록(등록번호 : 2022-서초구-임대사업자-OOO)을 한 후 2025.9.25. 쟁점임대주택②를 임대물건에 추가한 것으로 나타난다.(라) 2026년 4월 발간된 국세청의 “2026 개정세법 해설”에 따르면, 임대주택 합산배제 임대사업자 요건 완화에 관한 개정내용은 아래와 같다.＜2026년 개정세법 해설 중 일부＞<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p> <span><img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169222077"></img></span><span> </span> </p></td></tr></tbody></table>(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항은 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제80조의2는 심판청구에 관하여는 제65조를 준용하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제65조 제1항 제1호는 심사청구가 적법하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바,처분청이 2026.4.10. 2021년 귀속 종합부동산세 등 합계 OOO원의 부과처분을 직권으로 취소하여 심리일 현재 불복대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로, 이에 대한 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 「소득세법」상 사업자등록요건을 충족한 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외한 이 건 부과처분이 위법하다고 주장하나,처분청은 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 「소득세법」상 사업자등록 및 민간임대주택법상 임대사업자등록 요건을 모두 충족한 쟁점임대주택①을 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다고 보아 2026.4.10. 그에 대한 종합부동산세 등을 감액 경정한 것으로 확인되는 점,반면, 종합부동산세 합산배제 대상인 임대주택에 해당하기 위해서는 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 합산배제 신고기간 종료일(9.30.)까지 임대사업자로서 사업자등록을 하여야 함에도, 청구인은 이를 경과한 2025.9.25.에 쟁점임대주택②를 임대물건으로 한 민간임대주택사업자등록을 한 것으로 확인되는바, 쟁점임대주택②는 2022∼2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 종부세법 시행령 제3조 제1항에서 정한 합산배제요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

반포세무서장이 2025.11.11. 청구인에게 한 2021년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원의 부과처분에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.