지정지역내 공익사업용 토지를 실지거래가액으로 예정신고 후 확정신고기한 경과후 기준시가 신고가능 여부(기각)

1. 처분개요청구인은 2002.6.10. 경기도 OOO OOO OOOOOO OO OOOO O O OOO OOOOOO 임야 462㎡ 88/462지분 합계 2필지 1,014㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매로 취득하였고, 쟁점토지가 OOOOOOO 택지개발사업에 편입되어 OOOOOO에 수용됨에 따라, 2006.12.5. OOOOOO에 쟁점토지를 양도한 다음, 2007.2.28. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고 및 납부를 하였다.청구인은 확정신고 기한(2007.5.31.) 경과 후인2007.6.21. 처분청에쟁점토지의 양도차익을 기준시가로 계산하여 위 신고 납부한양도소득세액과의차액 49,069,330원을 환급해달라는 경정청구를하였다.처분청은 2007.8.9.예정신고 및 확정신고한 경우확정신고기한이 경과한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다는 이유로 이를 거부하였다.청구인은 이에 불복하여 2007.11.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장조세특례제한법 제85조과세특례에 관한 내용을 간과하여 실지거래가액으로 과세표준 및 세액을 신고·납부하였는 바, 청구인은경정청구 기간 내에 경정청구를 하였으므로 경정청구 거부처분은 부당하다.

나. 처분청 의견청구인은 확정신고 기한 후에 경정청구를 하였는 바,소득세법 제105조및 제110조의 규정에 의하여 예정신고 및 확정신고한 경우확정신고기한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 예정신고를 한 다음, 확정신고기한이 도과한 이후에 기준시가로 양도차익을 산정하여 그 차액을 환급해 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련법령(1)국세기본법 제45조의 2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때(2)소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은제1항의 규정에 불구하고다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한지정지역 안의 부동산인 경우(3)조세특례제한법 제85조(2006.12.30. 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것)【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가「소득세법」 제104조의 2제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이「소득세법」 제104조의 2제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다.

이하 이 조에서 같다)하는 경우에는「소득세법」 제104조의 2제1항 및동법 제97조제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만,「소득세법」 제96조제2항 제6호 및동법 제97조제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단(1) 청구인은 2002.6.10. 취득한 쟁점토지가 OOOOOOO 택지개발사업에 편입되어 OOOOOO에 수용됨에 따라, 2006.12.5. 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 예정신고하였다가, 확정신고기한 경과 후 양도차익을 기준시가로 계산하여 예정신고·납부한 양도소득세액과의 차액 49,069,330원을 환급해달라는 경정청구를 하였고, 처분청은 예정신고 및 확정신고한 경우 확정신고기한이 경과한 후에는 기준시가로 경정 등의 청구를 할 수 없다하여 이를 거부한 사실이 경정청구서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 후, 경정청구 기간 내에 경정청구를 하였으므로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장한다.

(3) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도한 경우에도 공익사업용으로 수용(양도)되었다면조세특례제한법 제85조본문의 규정에 따라 기준시가로 양도가액 및 취득가액을 산정할 수 있다 할 것이나, 같은 법 단서에서는 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고한 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 토지가 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되었다 하더라도 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 한다 할 것인 바, 청구인이 지정지역 내에 소재하는 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도소득 과세표준 예정신고를 한 다음, 확정신고기한까지 기준시가에 의한 신고를 하지 않은 이상 쟁점토지의 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 따라 산정할 수밖에 없다 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO O OO OO O).4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

「국세기본법」 제45조의2 【경정등의 청구】 / 「조세특례제한법」 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】