청구법인이 취득한 쟁점부동산을 이 건 법인이 무상임차하여 사용 중인 점, 이 건 법인의 본점 등기 및 처분청에 신고ᆞ납부한 주민세 및 지방소득세 과세자료 등의 사업장이 쟁점 부동산인 점, 청구법인의 대표이사 사무실로 사용하고 있다고 주장하는 쟁점부동산은 이 건 법인 대표이사의 사무실이기도 한 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점부동산을 당초 지식산업센터를 분양받은 목적과 다른 용도로 사용한 것으로 보이므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.
1. 처분개요가.청구법인은2011.3.17. OOO(토지 28.54㎡ 및 건물 112.58㎡, 이하 “쟁점507호”라 한다) 및 508호(이하 “508호”라 하고 쟁점507호를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 「경기도 도세 감면조례」(2011.6.2. 조례 제4200호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제2항에 따라 ‘지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산’으로 하여 취득세 등을 감면받았다.
나. 처분청은청구법인이 2011.12.23. 쟁점507호를 OOO주식회사(이하 “이 건 법인”이라 한다)에게 임대한 사실을 확인하고 취득일부터 유예기간(5년) 내에 다른 용도로 사용한 것으로보아 2016.4.4. 청구법인에게 그 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 산출한취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO을 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.1. 이의신청을 거쳐 2016.12.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인은 이 건 부동산을 취득하여 쟁점507호는 대표이사실, 연구소 및 창고로, 508호는 관리·영업직 사무실로 사용하고 있는바, 관계회사인 이 건 법인의 직원 1명이 OOO에 파견 근무 중이어서 쟁점507호에 근무하는 직원도 없음에도 단지 이 건 법인의 사업자등록을 위한 임대차계약서를 작성하였다는 이유만으로 이 건 법인에게 쟁점507호를 임대하여 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을추징한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견청구법인과 이 건 법인은 모두 2011.12.23. 본점 주소지를 OOO에서 508호와 쟁점507호로각 이전한 점, 이 건 법인의재무제표에 의하면 본점 이전을 전후하여 임차보증금이OOO에서 OOO원으로, 지급임차료가 OOO에서 OOO원으로 감소한 점,청구법인이 이 건 법인에게 쟁점507호를2011.12.23.부터 2013.12.22.까지 무상으로 임대하였다고 진술한 점, OOO은 청구법인과 이 건 법인의 사내이사 겸 과점주주로서 지배권을 행사하고 있는 점, 이 건 법인의 경우2012년부터 심리일 현재까지 주민세(법인균등분), 지방소득세(법인소득분, 특별징수분)를처분청에 신고·납부한 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점507호는 이 건 법인에게 무상임대로 제공되고 있는 것으로 보인다.청구법인과 이 건 법인은 법인격을 달리하는 별개의 권리의무 주체로서 엄연히 구분되는 것이므로 비록 청구법인이 이 건 법인에게 쟁점507호를 무상으로 임대하였다 하여 이를 청구법인의 목적사업에 공여되고 있다고 볼 수 없고, 청구법인이 제출한 기업부설연구소 인정서는 임대차계약서상 임대기간 이후에 발급되어 이 또한 직접 사용의 근거로 삼을 수는 없다 할 것이므로 청구법인이 쟁점507호를 취득한 후 당해 사업에 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단가. 쟁 점지식산업센터용 부동산으로 감면받은 후 직접 사용하지 않은 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부나. 관련 조례경기도 도세 감면조례(2010.12.31. 경기도 조례 제4116호로 전부개정된 것)제7조(지식산업센터 등에 대한 감면) ② 중소기업자가 「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.
다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 확인된다.(가) 청구법인과 이 건 법인의 등기사항전부증명서 및 사업자등록증상의 현황은 다음 <표1>과 같다.<표1> 청구법인과 이 건 법인의 현황(나) 청구법인은 2011.3.17. 이 건 부동산을 분양으로 취득하고 처분청으로부터 ‘지식산업센터용 부동산’으로 하여 취득세 등을 감면받았으며, 청구법인은 2011.12.23., 이 건 법인은 2011.12.23.에 508호와 쟁점507호로 본점을 각 이전하였다.(다) 청구법인과 이 건 법인의 주주명부(2016.9.1. 현재) 및 직원 현황(2011년～심리일 현재)에 의하면 주식소유비율의 경우 청구법인의 주식은 OOO(대표이사)과 그 특수관계인 등이 100% 지분을, 이 건 법인의 주식은 OOO(대표이사)과 청구법인이 62.5% 지분을 소유하고 있으며, 청구법인의 직원은 8～14명, 이 건 법인의 직원은 1～2명인 것으로 나타난다.(라) 이 건 법인의2010사업연도～2012사업연도재무제표에 의하면 이 건 법인은 2010년도 및 2011년도에 각 계상되었던 임차보증금OOO및 지급임차료가 2012년도에는 OOO원으로 확인되며, 청구법인(임대인)과 이 건 법인이 2011.12.23. 체결한 임대차계약서에 의하면 임대물건은 쟁점507호, 임대차기간은 2011.12.23.부터 2013.12.22.까지, 보증금은 OOO원으로 나타난다.(마) 청구법인은 2013.6.25.OOO으로부터 쟁점507호를 소재지로 하여기업부설연구소로 인정받았다.(바) 이 건 법인이 쟁점507호를 사업장으로 하여 처분청에 신고 납부한 주민세 및 지방소득세 현황은 다음 <표2>와 같다.<표2> 주민세 및 지방소득세 납부 현황(사) 처분청 담당공무원이 2015.11.25. 및 2016.1.7. 이 건 부동산에 출장하여 작성한 결과보고서에 의한 확인사항은 다음 <표3>과 같으며, 첨부되어 있는 사진현황에 의하면 쟁점507호 출입구에 기업부설연구소 표지가 부착되어 있으며 대표이사와 직원이 사용하는 것으로 보이는 책상 등 및 기계설비(전산서버)가 비치되어 있다.<표3> 현장 확인내용<table border="1" cellpadding="0" cellspacing="0"> <tr> <td height="26" valign="middle" width="144"> <p> <span> 출장일 </span> </p> </td> <td height="26" valign="middle" width="487"> <p> <span> 현장 확인사항 </span> </p> </td> </tr> <tr> <td height="52" valign="middle" width="144"> <p> <span> 2015.11.25. </span> </p> </td> <td height="52" valign="middle" width="487"> <p> <span> 쟁점507호는 이 건 법인사용, 508호는 청구법인 사용, 두 회사는 관계회사로 대표자 동일 </span> </p> </td> </tr> <tr> <td height="261" valign="middle" width="144"> <p> <span> 2016.1.7. </span> </p> </td> <td height="261" valign="middle" width="487"> <p> <span> - </span> <span> 쟁점507호는 이 건 법인 대표이사 및 청구법인의 전무 책상과 직원용 책상 5개, 전산서버가 비치되어 있고 방문시 직원은 없었음 </span> </p> <p> <span> - 쟁점507호에 대한 두 번에 걸친 현지 확인 시 이 건 법인 직원이 근무하고 있는 것은 확인하지 못하였으나 법인등기부와 국세청자료 그리고 2011년부터 지방소득세(특별징수분), 지방소득세(법인소득), 주민세(법인균등) 납부실적을 고려하면 청구법인이 주장하는 당사의 부설 연구소로만 사용한다는 주장은 받아들이기 어려움 </span> </p> </td> </tr></table>(아) 청구법인의 직원은 2017.3.28. 조세심판관회의에 출석하여 청구법인은 OOO억원, 이 건 법인은 OOO억원 정도의 매출을 발생시키고 있다고 진술하였다.(2) 「경기도 도세 감면조례」 제7조 제2항은 중소기업자가 「산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 사업을 영위할 목적으로 지식산업센터 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 지식산업센터용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하되, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 조례 등을 종합하여 살피건대, 위 감면규정은 설립된 지식산업센터를이용하고자 하는 자에게 세제혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 할 수 있도록 지원하려는 것으로서 지식산업센터를 이용할 목적으로 부동산을 분양받았으나 이를 다른 용도로 사용하거나 타인에게 임대를 주는 경우까지 그 혜택을 주려는 취지가 아님이 분명하므로 그와 같은 경우에는 추징대상에 해당된다 할 것이고 그 임대가 무상이라 하더라도 달리 볼 수 있는 것은 아니라 할 것이다(대법원 2010.8.26. 선고 2009두21963 판결, 같은 뜻임).청구법인이 이 건 법인과 쟁점507호를 물건지로 하여 무상임대차계약을 체결한 점, 이 건 법인의 등기사항전부증명서상 본점이 쟁점507호로 등기되어 있는 점, 이 건 법인이 처분청에 신고·납부한 주민세 및 지방소득세 과세자료에 따르면 쟁점507호를 사업장으로 하고 있는 점, 청구법인의 대표이사 사무실로 사용하고 있다고 주장하는 쟁점507호는 이 건 법인 대표이사의 사무실이기도 한 점 등에 비추어 이 건 법인은 청구법인으로부터 쟁점507호를 무상으로 임대받아 사무실 등으로 사용하고 있는 것으로 보이므로 청구법인이 이를 취득하여 해당 사업에 직접 사용한 것이라 하기는 어렵다 할 것이다.따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」 제96조제4항과「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
구(舊) 경기도도세감면조례제7조 제2항