지방세의 과세면제법인이 건축 중에 있는 토지를 취득한 후 취득일로부터 5년이 경과한 후 추징사유가 발생한 경우에 기 과세 면제한 취득세 등을 부과 고지한 처분의 당부(기각)

1. 원처분의 요지처분청은

○

○대학교병원설치법에 의하여 설립된 청구인이 1997.11.30.

○

○도

○

○시

○

○구

○

○동

○

○번지의 토지 120,660.1㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득함으로써 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제290조제1항제15호 규정에 의하여 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 토지로 보아 1997.12.30. 이 사건 토지에 대한 취득세와 등록세 등을 과세 면제하였으나 2003.4.4. 이 사건 토지상에 병원용건축물 130,300.98㎡를 신축한 후 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 (주)

○

○호텔, (주)

○

○은행 등에 임대 및 위탁 관리하는 건축물 3,728.27㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)에 대한 취득세 및 등록세 등을 신고 납부하였으나 이 사건 건축물에 대한 부속토지 3,450.87㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)에 대한 취득세 및 등록세 등을 신고 납부를 하지 아니하므로 이 사건 쟁점토지에 대한 취득가액(1,465,862,290원)에지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,180,680원, 농어촌특별세 3,224,890원, 등록세 158,313,090원, 지방교육세 29,024,060원, 합계 225,742,720원(가산세 포함)을 2004.8.10. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유청구인은

○

○대학교병원설치법에 의하여 설립된

○

○대학교병원으로서

○

○공사 소유인 이 사건 토지를 병원신축부지로 사용하고자 1992.11. 연부조건부 매매계약을 체결하고 연부취득중인 1995.10.14. 토지사용 승낙을 받은 다음 1996.10.8. 처분청으로부터 건축허가 (허가번호 96-허24)를 받고 건축 중인 1997.11.30. 이 사건 토지의 연부금을 최종납부한 후 같은 날 이 사건 토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 과세면제 받고 2003.4.4. 병원용건축물의 임시 사용승인을 받은 다음 2003.4.4.부터 (주)

○

○호텔, (주)

○

○은행 등에게 임대 및 위탁 관리하는 이 사건 건축물에 대한 취득세 및 등록세 등을 신고납부 하였음에도 취득·등기일로부터 5년이 경과한 이 사건 쟁점토지를 이 사건 건축물의 부속토지로 보아 취득세 및 등록세를 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 그 이유로첫째, 구 지방세법(1994.12.22. 법률제4794호로 개정된 것) 제30조의4제1호에서 지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점토지 취득일은 1997.11.30.이고 이 사건 취득세의 자진신고 납부기간인 30일이 경과한 1997.12.31.부터 5년 이내인 2002.12.31. 까지 이 사건 취득세 등을 부과 고지하여야 함에도 1997.12.31.부터 5년이 경과한 2004.8.10. 부과고지한 것은 위법, 부당한 부과처분이며둘째, 구지방세법 제290조제1항에서 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있는바 이 사건 쟁점토지를 취득한 후에도 1년이 경과하도록 계속하여 건축공사가 이루어졌기 때문에 고유 업무에 직접 사용하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당되어 이 사건 쟁점토지 취득일로부터 1년이 경과한 후에는 고유 업무의 사용여부에 관계없이 취득세 및 등록세를 추징할 수도 없는 것이며셋째, 이 사건 쟁점토지를 취득하기 전인 1996.10.8. 동지상에 병원용건축물 신축허가를 받을 당시 건축물의 용도별(의료실, 입원실, 근린생활시설 등) 설계에 의하여 건축 중에 있었으므로 이 사건 쟁점토지 취득 당시 근린생활시설은 청구인이 직접 사용하지 아니하는 건축물에 해당되어 이에 대한 동 부속토지에 대한 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세를 부과고지 하여야 함에도 이를 과세면제한 후 과세면제일(1997.11.30.)로부터 부과세척기간인 5년이 경과한 2004.8.10. 부과 고지한 것은 위법, 부당한 부과처분이라고 주장하면서 이 사건 취득세 등의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단이 사건 심사청구는 지방세의 과세면제법인이 건축 중에 있는 토지를 취득한 후 건축기간이 장기간 소요됨에 따라 토지 취득일로부터 5년이 경과한 후 추징사유가 발생한 경우에 기 과세 면제한 취득세 등을 부과 고지한 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다.먼저 관계 법령의 규정을 보면, 구 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제290조제1항제15호에서 서울대학교병원이 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제287조제1항제4호에서 서울대학교병원이 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유 업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며 구 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제30조의4제1호에서는 “지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다, 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다”라고 규정하고지방세법시행령 제14조의2제2항제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음 날이라고 각각 규정하고 있다.다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 신축중인 병원용건축물의 부속토지를 연부로 취득한 후 동 병원용건축물의 사용승인을 받은 날인 2003.4.4. (주)

○

○호텔, (주)

○

○은행 등에게 임대 및 위탁 관리하는 이 사건 건축물에 대한 취득세 및 등록세 등은 신고납부 하였으나 동 부속토지에 대한 취득세 및 등록세 등은 신고납부를 하지 아니하므로서 처분청에서는 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세 등을 2004.8.10. 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세를 부과 고지하는 것은 부당하다고 주장하면서 그 이유로첫째, 구지방세법 제30조의4제1호에서 지방세는 부과할 수 있는 날로부터 5년간 부과하지 아니하는 경우에는 부과할 수 없다고 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점토지 취득일은 1997.11.30.이고 취득세의 자진신고납부기간인 30일이 경과한 날인 1997.12.31.부터 5년이 경과한 2004.8.10. 부과 고지한 이 사건 취득세 등은 위법, 부당하다고 주장하고 있으나,지방세법시행령 제14조의2제2항제3호에서 비과세 또는 감면받은 세액 등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날부터 부과할 수 있는 날이라고 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 1997.11.30. 취득한 이 사건 쟁점토지를 청구인의 고유목적사업에 직접 사용할 것으로 보아 처분청에서 이 사건 취득세 등을 과세 면제하였지만, 2003.4.4. 동지상에 병원용건축물을 신축하고 같은 날 이 사건 건축물을 고유목적사업에 직접사용하지 아니하고 임대 및 위탁하므로서 기 과세 면제한 취득세 등의 추징사유가 발생되고 이로부터 취득세 신고납부기한인 30일 이내인 2003.5.4. 까지 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 등을 신고납부를 하여야 함에도 이를 신고납부를 하지 아니함에 따라 2004.8.10. 부과 고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단되고둘째, 구지방세법 제290조제1항에서 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으므로 이 사건 쟁점토지 취득 전부터 건축공사가 계속되고 있는 이 사건 쟁점토지를 취득한 후에도 1년이 경과하도록 계속하여 건축공사가 이루어졌기 때문에 고유 업무에 직접사용하지 못한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당되어 이 사건 쟁점토지 취득일로부터 1년이 경과한 후에는 고유 업무의 사용여부관계 없이 취득세와 등록세를 추징할 수 없다고 주장하고 있으나, 구지방세법 제290조제1항 규정은 당초 과세 면제하였다가 취득·등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 고유 업무에 직접사용하지 아니할 경우에 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바 토지 취득·등기 당시부터 동 지상에 병원용건축물이 신축 중에 있어 직접 사용하지 못한 것을 청구인은 1년 이내에 고유업무에 사용하지 못함을 충족시키는 정당한 사유로만 보고 있으나, 위 건축행위는 법령상의 사용제한 또는 금지와 같이 이 사건 부동산을 직접 사용하는 것을 기간적으로 유예시키는 조건으로서의 정당한 사유일 뿐, 건축행위 자체가 구지방세법 제290조에서 규정하고 있는 직접 사용으로 간주된다거나 계속하여 고유업무에 사용하지 못한 것을 정당화 하는 것도 아니라 할 것이며, 또한 유예기간의 기간이 경과한 경우에 비로소 과세요건이 발생한다고 보아야 하므로(같은 취지의 대법원 유사판례 91누13281, 1992.6.23) 청구인의 경우와 같이 건축중에 있는 이 사건 쟁점 토지를 취득함으로써 취득일부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 것은 직접 사용의 제한으로서 정당한 사유로 해석되어야 할 것으로서 비로소 고유목적에 직접 사용하지 못한 제반조건이 해소되어 고유업무에 직접 사용할 수 있음에도 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 병원용건축물의 사용승인한 날로부터 임대 및 위탁한 사실이 임대차계약서 등에서 입증되고 있는 이상, 이 사건 건축물과 동 부속토지에 대한 취득세 및 등록세 등의 납세의무가 성립되므로 처분청에서 신고 납부를 하지 아니한 이 사건 쟁점 토지에 대한 취득세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 판단되고,셋째, 이 사건 쟁점토지를 취득하기 전인 1996.10.8. 동지상에 병원용건축물 신축허가를 받을 당시 건축물의 용도별(의료실, 입원실, 근린생활시설 등) 설계에 의하여 건축 중에 있었으므로 이 사건 쟁점토지 취득 당시 근린생활시설은 청구인이 직접 사용하지 아니하는 건축물에 해당되어 이에 대한 동 부속토지인 이 사건 쟁점토지에 대한 취득세 및 등록세를 부과 고지하여야 함에도 이를 과세면제한 후 이로부터 5년이 경과한 2004.8.10. 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나 청구인의 경우는 1997.12.30. 이 사건 토지를 취득한 후 같은 날 검인계약서만을 첨부하여 구지방세법 제290조제1항제15호의 규정에 의하여 서울대학교병원이 고유 업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 토지라는 사유로 취득세 및 등록세의 과세면제 신청을 함으로서 같은 날 처분청에서 면제결정을 한 것이 감면확인서등에서 입증되고 있는 것으로 미루어 보면 처분청에서는 신축중인 병원용건축물의 근린생활시설도 청구인이 직접 사용하는 것으로 판단할 수밖에 없을 뿐만 아니라 건축물을 신축할 당시 근린생활시설은 임대 및 위탁하는 계획이 되어 있었으면 청구인은 당연히 근린생활시설에 대한 부속토지의 취득세 등을 신고납부 하여야 함에도 청구인의 고유 업무에 직접 사용한다는 조건으로 이 사건 취득세 등을 과세면제 받은 것은 청구인이 부당하게 감면받은 경우에 해당되므로 이 또한 청구인의 주장을 받아들일 수 없다고 할 것이다.따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.2004. 10. 27.행 정 자 치 부 장 관

「지방세법 제290조 【국립공원관리사업에 대한 감면】 지방세법」 제287조 【국민건강증진사업자 등에 대한 감면】