「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 따라 일반 부과제척기간 경과 후 법인지방소득세를 증액경정할 수 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 1993.2.20. 설립되어 현재 경기도 화성시 OOO에서 출판 및 인쇄업, CD 제작 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, 「지방세법」 제103조의19 제1항 및 제103조의23 제1항에 따라 2019사업연도 귀속 법인지방소득세 과세표준을 법인세 과세표준과 동일한 OOO원으로 하여 신고·납부하여야 함에도, 2020.4.28. 법인지방소득세 과세표준을 OOO원으로 하여 법인지방소득세 OOO원만 신고·납부하였다.

나. 동화성세무서장은 2025.7.14. 「국세기본법」 제45조의2에 따라 청구법인의 2019사업연도 법인세 과세표준을 OOO원에서 OOO원으로 감액경정하고, 그 경정 내용을 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 위 통보에 따라 청구법인의 2019사업연도 귀속 법인지방소득세 과세표준이 과소 신고된 사실을 확인하고, 2025.8.1. 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 따라 법인지방소득세 과세표준을 OOO원에서 OOO원으로 증액경정한 후, 본세 OOO원과 가산세 OOO원을 합한 법인지방소득세 OOO원(이하 “이 건 법인지방소득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 부과처분은 부과제척기간이 경과한 후 이루어진 것으로 위법하다.청구법인은 2019사업연도 귀속 법인지방소득세를 신고·납부하면서 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 사실이 없으므로, 이 건 부과처분의 부과제척기간은 「지방세기본법」 제38조 제1항 제3호에 따른 5년이 적용된다.따라서 2020.5.4. 신고기한을 기준으로 한 부과제척기간은 2025.5.3.에 만료되었다.그런데 처분청은 부과제척기간이 경과한 이후인 2025.8.1. 법인지방소득세 과세표준을 증액경정하고 이 건 부과처분을 하면서 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호를 적용하였다.그러나 같은 규정은 결정 또는 경정에 따라 함께 이루어지는 부수적인 처분 등에 한하여 부과제척기간의 예외를 인정하는 규정으로서, 세무서장의 법인세 과세표준 감액경정을 계기로 지방소득세 과세표준을 새롭게 증액경정하는 경우까지 적용되는 것은 아니다.따라서 처분청이 부과제척기간이 만료된 이후에 한 이 건 부과처분은 「지방세기본법」상 부과제척기간을 위반한 것으로 위법하므로 취소되어야 한다.

(2) 이 건 납부지연가산세 부과는 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다.처분청은 이 건 부과처분을 하면서 납부지연가산세의 산정기간 종료일을 부과고지일인 2025.8.1.로 하여 가산세를 부과하였다.그러나 청구법인은 처분청으로부터 2024.8.1. 세무조사 결과 “과세표준 변동 없음”이라는 통지를 받았고, 이에 따라 추가적인 법인지방소득세 납부의무가 존재하지 않는 것으로 신뢰하였다.그럼에도 처분청은 위 통지 이후 약 1년이 경과한 시점에서 다시 과세표준을 증액경정하여 이 건 부과처분을 하였고, 그 기간 전부에 대하여 납부지연가산세를 부과하였다.

이는 처분청의 공적인 견해표명에 대한 청구법인의 정당한 신뢰와 예측 가능성을 침해하는 것으로서 신뢰보호원칙에 반한다.따라서 처분청이 위 기간까지 포함하여 납부지연가산세를 부과한 것은 부당하므로, 적어도 그 기간에 대한 납부지연가산세는 취소되어야 한다나. 처분청 의견(1) 이 건 부과처분은 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 따른 적법한 처분이므로, 청구법인의 부과제척기간 경과 주장은 이유 없다.청구법인은 이 건 부과처분이 「지방세기본법」 제38조 제1항 제3호에 따른 5년의 부과제척기간이 경과한 후 이루어져 위법하다고 주장하나, 이 건 처분에는 같은 법 제38조 제2항 제4호가 적용되므로 이를 받아들이기 어렵다.「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호는 “지방소득세 관련 자료의 통보일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 통보에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.”라고 규정하고 있을 뿐, 청구법인이 주장하는 것처럼 그 적용 대상을 ‘부수적 처분’으로 한정하고 있지 않다.2019사업연도 귀속 법인지방소득세의 법정 신고기한은 2020.5.4.이므로 일반적인 부과제척기간은 2025.5.3.에 만료된다.

그러나 동화성세무서장이 2025.7.14. 법인세 과세표준 경정 결과를 처분청에 통보하였으므로, 처분청은 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 따라 그 통보일부터 2개월 이내인 2025.9.14.까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다. 처분청은 그 기간 내인 2025.8.1. 이 건 부과처분을 하였으므로 적법하다.또한 이 건 경정은 세무서장의 법인세 과세표준 경정 결과를 반영하여 법인지방소득세 과세표준을 법인세 과세표준과 일치시키기 위한 후속 조치에 해당한다.

이는 「지방세법」 제103조의19가 법인지방소득세 과세표준을 법인세 과세표준과 연계하도록 규정한 입법 취지에도 부합한다.따라서 이 건 부과처분은 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 근거하여 적법하게 이루어진 처분이므로, 청구법인의 주장은 이유 없다.

(2) 이 건 납부지연가산세는 관련 법령에 따라 적법하게 산정되었으므로, 청구법인의 주장은 이유 없다.청구법인은 납부지연가산세의 산정 종료일을 지방세 통합조사 결과 통지일인 2024.8.1.로 보아야 한다고 주장하나, 이는 「지방세기본법」 제55조 제1항의 규정에 부합하지 않는다.「지방세기본법」 제55조 제1항은 납세의무자가 지방세를 법정납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우, 법정납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간에 대하여 납부지연가산세를 부과하도록 규정하고 있다.청구법인은 2019사업연도 귀속 법인지방소득세를 법정납부기한인 2020.5.4.까지 신고·납부하였으나, 과세표준을 과소 신고하여 법인지방소득세 OOO원을 과소납부하였다.

이에 따라 처분청이 법정납부기한의 다음 날부터 부과고지일인 2025.8.1.까지의 기간을 기준으로 납부지연가산세 OOO원을 산정한 것은 관련 법령에 따른 적법한 처분이다.또한 청구법인이 지방세 통합조사 결과 “과세표준 변동 없음”이라는 통지를 받았다는 사정만으로는 납세의무의 이행이 지연된 데 대한 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다. 해당 통지는 납부지연가산세의 산정기간을 단축하거나 가산세를 면제할 법적 근거가 될 수 없다.따라서 이 건 납부지연가산세 부과는 「지방세기본법」에 따라 적법하게 이루어진 것이므로, 청구법인의 주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 따라 일반 부과제척기간 경과 후 법인지방소득세를 증액경정할 수 있는지 여부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 청구법인은 2020.4.28. 2019사업연도 귀속 법인지방소득세에 대하여 과세표준을 OOO원, 산출세액을 OOO원으로 하여 전자적 방식으로 신고·납부하였다.(나) 청구법인은 2021.7.20. 외국법인세액 OOO원의 발생을 반영하여 2019사업연도 귀속 법인지방소득세에 대한 경정청구를 하였고, 처분청은 이를 받아들여 2021.8.17. 법인지방소득세 OOO원을 환급하였다.(다) 처분청은 2024.7.22.부터 2024.8.1.까지 청구법인에 대한 지방세 통합조사를 실시하였으며, 2024.8.1. 세무조사 결과를 통지하면서 2019사업연도 귀속 법인지방소득세 과세표준에 대하여는 별도의 경정결정을 하지 아니하였다.(라) 청구법인은 2025년 중 2019사업연도 귀속 법인세에 대하여 다시 경정청구를 하였고, 이에 동화성세무서장은 2025.7.14. 법인세 과세표준을 종전 OOO원에서 OOO원으로 감액경정한 사실을 처분청에 통보하였다.(마) 처분청은 동화성세무서장의 통보자료를 검토한 결과, 청구법인이 2019사업연도 귀속 법인지방소득세 과세표준을 과소 신고한 사실을 확인하고, 2025.8.1. 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 따라 법인지방소득세 과세표준을 OOO원에서 OOO원으로 증액경정하여 본세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 부과·고지하였다.(바) 청구법인의 2019사업연도 귀속 법인지방소득세 과세표준 관련 신고 및 세무서 통보 내역은 아래 ＜표＞와 같다.〈표＞ 2019년 귀속 법인지방소득세 과세표준 내역(단위:원)

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○(사) 청구법인은 처분청 의견에 대하여 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호는 결정이나 통보에 따른 경정 또는 그에 부수되는 처분만을 허용하는 예외규정으로 새로운 증액경정처분까지 허용하는 것은 아니며, 행정안전부 유권해석, 조세심판원 결정 및 대법원 판례도 같은 취지로 예외적으로 연장된 제척기간 내에서도 당초 결정 등의 내용과 무관한 새로운 처분이나 증액경정처분은 허용되지 않고 과세제척기간이 만료된 이후에는 새로운 과세처분을 할 수 없다고 판시하고 있으므로, 일반 부과제척기간이 경과한 이후 같은 규정을 근거로 한 이 건 증액경정처분은 허용되지 않는 새로운 처분으로서 위법하다고 항변하였다.(아) 처분청은 청구법인의 항변에 대하여 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호는 제1호와 달리 세무서장의 지방소득세 관련 자료 통보에 따른 경정절차를 규율하는 독립적인 특례규정으로 그 적용 요건과 입법 취지가 서로 다르고, 청구법인이 인용한 대법원 판례 및 행정안전부 유권해석은 모두 같은 호 신설 이전에 제1호 등을 전제로 한 것이어서 이 건에 그대로 적용할 수 없으며, 같은 호는 법인지방소득세가 독립세로 전환된 이후 국세 과세표준의 변동을 지방세에 신속히 반영하여 과세표준의 불일치를 방지하고 과세형평을 확보하기 위하여 신설된 규정이고, 이 건 처분은 세무서장의 법인세 과세표준 경정 통보에 따라 「지방세법」 제103조의19의 과세표준 연동 원칙에 따라 이루어진 후속 경정으로서 새로운 증액경정처분이 아닌 연동경정에 해당하며 통보일부터 2개월 이내에 이루어진 적법한 처분이므로 청구법인의 항변은 이유 없다고 재항변하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부과처분은 사기나 그 밖의 부정한 행위가 없는 이상 5년의 부과제척기간이 적용되어 2025.5.3. 이미 제척기간이 만료되었음에도, 처분청이 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호를 잘못 적용하여 2025.8.1. 한 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장하나,「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호는 지방소득세 관련 자료를 통보받은 경우 그 통보일부터 2개월 이내에는 해당 통보에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있도록 규정하고 있는바, 이는 법인지방소득세가 독립세로 전환된 이후 국세 과세표준의 변동사항을 지방세에 신속하게 반영하여 국세와 지방세 간 과세표준의 불일치를 방지하고 과세형평을 확보하기 위하여 마련된 부과제척기간의 특례규정으로 보는 것이 타당한 점,또한 처분청은 세무서장의 법인세 과세표준 경정 통보를 받은 후 그 통보일부터 2개월 이내에 「지방세법」 제103조의19에 따른 법인세 과세표준 연동 원칙에 따라 이 건 부과처분을 하였으므로, 이를 부과제척기간이 경과한 후 새롭게 이루어진 증액경정처분으로 보기보다는 관계기관의 통보자료에 따른 후속 경정처분으로 보는 것이 타당한 점,아울러 청구법인이 인용한 대법원 판례 및 행정안전부 유권해석은 이 건과 적용 법령 및 사실관계를 달리하는 것이어서 이를 그대로 원용하기는 어려운 점에 비추어,처분청이 「지방세기본법」 제38조 제2항 제4호에 따라 세무서장의 통보일부터 2개월 이내에 한 이 건 부과처분은 부과제척기간을 위반한 것으로 보기 어려우므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.또한, 청구법인은 처분청의 “과세표준 변동 없음” 통지를 신뢰하였음에도 이후 과세표준을 증액경정하고 그 기간까지 포함하여 납부지연가산세를 부과한 것은 신뢰보호원칙에 반하므로 취소되어야 한다고 주장하나,「지방세기본법」 제55조 제1항은 납부지연가산세를 법정납부기한의 다음 날부터 납세고지일까지의 기간에 대하여 부과하도록 규정하고 있고, 처분청의 “과세표준 변동 없음” 통지만으로는 장래 과세를 하지 않겠다는 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어려우므로 신뢰보호원칙이 적용된다고 보기 어려운 점에 비추어,처분청이 법정납부기한의 다음 날부터 이 건 부과고지일까지를 산정기간으로 하여 납부지연가산세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률지방세기본법제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제51조에서 정하는 바에 따른다.

3. 그 밖의 경우: 5년② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 경우에는 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일이나 제4호에 따른 지방소득세 관련 자료의 통보일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구나 지방소득세 관련 자료의 통보에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.4. 「지방세법」 제103조의59 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호 및 같은 조 제2항 제1호ㆍ제2호ㆍ제5호에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 지방소득세 관련 소득세 또는 법인세 과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 등에 관한 자료를 통보한 경우제55조(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다.

이하 이 조에서 같다)가 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다.

이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 하고, 제4호의 가산세를 부과하는 기간은 60개월(1개월 미만은 없는 것으로 본다)을 초과할 수 없다.

1. 과세표준과 세액을 지방자치단체에 신고납부하는 지방세의 법정납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 일수 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자