종교단체가 취득한 부동산을 유예기간내에 종교용에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유가 있는 지 여부(취소)

1. 원처분의 요지처분청은 비영리사업자인 청구인이 2000.4.20. ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 910㎡와 그 지상건축물 488.12㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 증여 취득한 데 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 이 사건 부동산중 2필지 토지 880㎡와 지상 건축물 488.12㎡(이하 “이 사건 쟁점부동산”이라 한다)를 정당한 사유없이 종교용에 직접 사용하지 아니하고 2000.8.17.에 매각하였으므로 이 사건 쟁점부동산은 비과세한 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보아 그 시가표준액(70,444,040원)에지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,690,650원, 농어촌특별세 154,960원, 등록세 676,220원, 교육세 123,970원, 합계 2,645,800원(가산세 포함)을 2001.1.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로,청구인은 이 사건 쟁점부동산에 대하여 형식상 매각한 것으로 되어 있으나 실제로는 상급기관인 ㅇㅇ유지재단에 귀속하기 위하여 소유권이전의 절차를 거쳤을 뿐이며, 취득후 청구인의 담임목사가 이를 사용하고 있었고, 소유권 이전을 한 후에도 청구인이 계속 종교용에 사용하고 있으므로, 처분청이 이러한 부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단이 사건 심사청구는 종교단체가 취득한 부동산을 유예기간내에 종교용에 직접 사용하지 아니하고 매각한 정당한 사유가 있는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 본문 및 제1호, 제127조제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있고,지방세법시행령 제79조제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 비영리사업자로 규정하고 있다.다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.4.20. 청구외 ㅇㅇㅇ와 이 사건 부동산에 대한 증여계약을 체결하여 취득한 후, 같은 해 8.17. 이 사건 부동산중 도로인 1필지 토지를 제외한 이 사건 쟁점부동산에 대하여 청구외 ㅇㅇ유지재단(이하 “유지재단”이라 한다)과 매매대금을 130,000,000원으로 하여 매매계약을 체결하고, 유지재단 명의로 소유권 이전등기를 하였으나, 그 이후에도 청구인이 계속 점유하면서 종교용으로 사용하고 있으며, 청구인의 담임목사인 ㅇㅇㅇ는 유지재단에 소속한 목사로서 이 사건 부동산의 소재지로 주민등록상 주소지를 이전하였던 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.이에 대하여 살펴보면,지방세법 제107조및 제127조제1항 단서에서 종교를 목적으로 하는 단체가 취득·등기한 부동산을 3년 이내에 종교용에 사용하지 아니한 경우에 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있으나, 청구인의 경우 이 사건 부동산을 증여로 취득한 후 담임목사와 그 가족이 이 사건 부동산 소재지로 주소지를 이전한 사실과 이 사건 쟁점부동산의 매수인인 유지재단은 청구인의 담임목사가 소속한 종교재단이며, 소유권 이전등기를 경료한 이후에도 청구인이 계속 당초 취득목적대로 종교용으로 사용하고 있는 사실을 종합해 보면, 이 사건 쟁점부동산은 청구인이 당초 취득한 목적대로 계속해서 종교용으로 사용되고 있다고 하겠으므로, 이 사건 쟁점부동산을 취득한 후 제3자에게 매각하므로서 종교용으로 사용하지 아니하게 된 경우와는 달리 봄이 타당하다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 쟁점부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다.따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.2001. 9. 24.행 정 자 치 부 장 관

처분청이 2001.1.15. 청구인에게 부과고지한 취득세 1,690,650원, 농어촌특별세 154,960원, 등록세 676,220원, 교육세 123,970원, 합계 2,645,800원(가산세 포함)을 취소한다.

「지방세법」 제107조 【용도구분에 의한 비과세 】 / 「지방세법」 제127조 【용도구분에의한 비과세】 / 「지방세법시행령」 제79조 【비영리사업자의 범위】