제조업을 영위하는 법인의 전사적자원관리 시스템 개발비가 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부 (쟁점1 관련)

1. 처분개요가. 청구법인은 ATM기기 등 금융자동화기기를 제조, 판매, 위탁운영하는 법인으로, 2008사업연도 내지 2009사업연도 중 전산시스템 개발업체인 OOO기술 주식회사 등(이하 “전산업체”라 한다)에 ERP통합시스템(전사적 자원관리시스템) 등 전산시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 개발용역을 위탁하고 개발위탁비용을 지출하고도 이에 대하여 「조세특례제한법」제10조 제1항의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 법인세를 신고하였다가, 2012.4.2. 쟁점시스템 구축을 위하여 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원의 개발위탁비용을 지출하였다면서 이에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원의 환급을 구하는 취지로 처분청에 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 전산시스템 개발비용은 「조세특례제한법」 제10조 제1항의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 2012.6.4. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.31. 심판청구를 제기하였다가, 세액공제대상 연구 및 인력개발비를 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원(소프트웨어 구입비 및 전담부서 없는 기업에 재위탁된 개발용역의 개발위탁비용을 제외함, 이하 “쟁점비용”이라 한다)으로, 불복대상을 법인세 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원의 환급거부로 변경하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 소비성서비스업이 아닌 컴퓨터시스템 통합 자문 및 구축 서비스업을 영위하고 있는 법인으로 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상 사업자에 해당하며, 쟁점시스템 수탁업체는「기술개발촉진법 시행령」제15조 및 동 시행규칙 제7조에 따른 기업부설연구소를 보유하고 있는 업체이고, 쟁점시스템은 회사의 전사적 비즈니스 전략을 효과적으로 반영하고 지원할 수 있도록 비즈니스와 IT를 이상적으로 통합시킨 새로운 프로그램으로 「기술개발촉진법」 제2조 제1호에 의한 “기술개발”의 정의에도 부합하므로 그 개발비용은 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로서 「조세특례제한법」제10조 제1항에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 대상이다(ERP시스템을 세액공제 대상에서 제외한 개정규정은 2010.1.1.이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이므로 이 건에는 적용되지 아니함).(2) ERP는 기능별 블록단위(모듈)로 만들어지는바, IFRS나 PLM도 ERP 모듈의 일부로 다른 ERP 모듈과 같이 그 개발비를 세액공제 대상으로 봄이 타당하다.

(3) 청구법인으로부터 쟁점시스템 개발위탁을 받은 위탁회사가 이를 다시 전담부서를 보유한 기업에 재위탁한 경우에도 그 시스템개발비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 참조).나. 처분청 의견(1) 기업의 신제품 기술개발비용 등 제한적으로 적용되어야 할 연구 및 인력개발비 세액공제의 본래 취지에 비추어 제조업을 영위하는 내국법인의 전사적 자원관리시스템 위탁 개발비용은 「조세특례제한법」 제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 해당하지 않으며, 이러한 단순 소프트웨어 구입에 불과한 전사적 자원관리시스템 관련 비용에 대한 무분별한 세액공제를 제한하고자 2010사업연도부터 법 규정에 의하여 이를 공제대상에서 제외되었는바 위 법 개정취지에 비추어 개정 전이라 하더라도 세액공제 대상을 확대해석하여 쟁점비용을 세액공제 대상으로 볼 수 없다.(2) IFRS 구축비용(국제회계기준에 맞추어 시스템을 재정비하는 비용)이나 PLM 구축비용은 실질적으로 시스템 구입 및 정비 비용으로 연구 및 인력개발비에 해당하지 않으며, 동 비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 신청한 기업은 없다.

(3) 국세청 예규(법인세과483, 2010.5.26) 등에 의하면 연구개발용역 수탁업체가 제3자에게 이를 재위탁한 경우 그 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점(1) 제조업을 영위하는 법인의 전사적 자원관리 시스템 구축비도 「조세특례제한법」 제10조 제1항의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지(2) PLM 및 IFRS 시스템 개발비도 위 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지(3) 연구개발을 위탁받은 업체가 이를 다시 제3자에게 재위탁한 경우 그 연구개발비도 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지나. 사실관계 및 판단(1) 물품공급계약서, 용역계약서, 전문서비스 계약서, 전문서비스 계약에 대한 작업설명서·작업계획서·작업일정, 세금계산서 등에 의하면 청구법인이 쟁점 비용을 아래 ＜표＞와 같이 지출한 사실이 확인된다.OOO(2) 청구법인은 당초 위 OOO원을 연구 및 인력개발비 세액공제대상 지출액이라는 취지로 경정청구 및 심판청구를 하였다가, 그 중 소프트웨어 구입비 및 전담부서 없는 기업에 개발이 재위탁된 경우의 개발위탁비를 제외한 나머지 금액 OOO만 세액공제 대상 지출액이라는 취지로 청구를 변경하였다.

(3) 쟁점①에 대하여 본다.(가) 「조세특례제한법」(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것으로서 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항에서는 대통령령이 정하는 소비성 서비스업을 영위하는 자를 제외한 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 소정의 금액을 해당과세연도의 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제9조 제1항에서는 소비성 서비스업이라 함은 호텔업, 여관업, 주점업 및 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업을 말한다고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제9조 제2항, 별표 6 제1호 나목에서는 각 과세연도의 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용”을 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 나열하고 있다.(나) 한편, 기업의 전사적 자원관리 시스템(ERP) 개발비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 2010.2.18. 「조세특례제한법 시행령」이 개정되기 이전에는 동 개발비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지에 대하여 명확한 규정이 없었으나, 국세청은 금융·보험업을 영위하는 법인이 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 전산시스템 개발을 위탁함에 따른 개발비용은 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용의 일종으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 해석하여 왔으며(법규과-816, 2009.6.15.), 우리원은 금융·보험업을 영위하는 법인 이외에도 소비성서비스업을 영위하는 법인이 아닌 한 제조업(국심 2007서1424, 2008.7.17. 국심 2004서2389, 2005.7.4.), 수출입업(국심 2006서1483, 2007.1.22.), 백화점업(조심 2009서3678, 2010.9.1), 출판업(조심 2010서2916, 2011.7.20.), 게임개발업(조심 2010서3070, 2011.7.26.) 등을 영위하고 있는 법인이 지출한 전사적 자원관리시스템 개발 위탁비도 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용대상이라는 취지로 다수의 조세(국세)심판결정을 하여 왔다.(다) 살피건대, 다수의 선결정례에서 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시켜주는 전산시스템 개발비용도 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로서 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 왔는바, 제조업은 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용제외 사업인 소비성서비스업에 해당하지 아니함에도 청구법인이 제조업을 영위하고 있다는 이유로 청구법인이 지출한 전사적 자원관리시스템 개발 위탁비를 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상에 해당하지 아니하는 것으로 본 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다.(가) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2009.6.30.OOO기술주식회사(이하 “OOO기술”이라 한다)에게 PLM시스템 개발 용역을 위탁{계약기간 : 2009.6.8.～2010.1.31., 계약금액 : OOO하고 2009사업연도에 그 위탁개발용역비 중 OOO원을 지급하였으며 OOO기술은 청구법인으로부터 위탁받은 개발용역의 일부를 연구개발 전담부서를 보유하지 아니한 기업에 재위탁하고 위 위탁개발비 중 OOO원을 지급한 사실, 청구법인이 2009.10.9. OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)에게 IFRS시스템 개발 용역을 위탁OOO하고 2009사업연도에 그 위탁개발비 중 145,200,000원을 지급하였으며 OOO는 청구법인으로부터 위탁받은 개발용역에 이OOO 등의 개발인력을 투입하는 한편 그의 일부를 연구개발 전담부서를 보유하지 아니한 기업에 재위탁하고 위 위탁개발비 중 OOO원을 지급한 사실이 각 확인된다.(나) 전사적 자원관리(Enterprise Resource Planning) 시스템이란 기업활동을 위해 쓰이고 있는 기업내의 모든 인적, 물적 자원을 효율적으로 관리하여 궁극적으로 기업의 경쟁력을 강화시켜 주는 역할을 하게 되는 통합정보시스템으로, FI(Financial Accounting, 일반회계), CO(Controlling, 관리회계 및 원가관리), SD(Sales and Distribution, 판매 및 영업관리), PP(Production Planning, 생산관리), MM(Materials Management, 구매 및 자재관리), IFRS(International Financial Reporting Standards), PLM(Product Lifecycle Management, 제품수명주기관리) 등의 구성 모듈이 유기적으로 통합되어 기업의 데이터를 실시간으로 통합 처리하여 기업의 정보를 관리하며 그 중 PLM 모듈은 제조업에 있어 제품 개발 단계부터 생산 이전까지 관련된 모든 정보를 관리하는 모듈로 ERP 모듈 중 확장형 모듈이고, IFRS 모듈은 국제회계기준위원회가 제정하는 회계기준에 맞게 재무회계시스템을 구현하는 모듈을 말한다.(다) 살피건대, PLM 모듈 및 IFRS 모듈은 모두 ERP시스템을 구성하는 블록단위로 타 ERP시스템의 구성모듈과 함께 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시켜주는 전산시스템의 일종에 해당하므로 ERP시스템 개발비를 세액 공제 대상 비용이라고 한다면 ERP의 구성 모듈을 이루는 PLM 및 IFRS 시스템 구축 용역 관련 비용을 ERP 구축 용역 비용과 구분하여 달리 취급할 이유가 없으므로 제품수명주기관리(PLM) 시스템 및 국제재무보고기준(IFRS) 시스템 개발용역비도 전사적 자원관리 시스템 구축비의 일종으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2012중1855, 2012.8.27., 조심 2011서1754, 2012.6.12. 참조).(라) 이 건의 경우, 청구법인이 지출한 전사적 자원관리시스템 개발비 중 제품수명주기관리(PLM) 시스템 및 국제재무보고기준(IFRS) 시스템 개발비를 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용 대상 비용으로 볼 수 없다하여 연구 및 인력개발비 세액공제 적용을 부인한 처분은 잘못이 있다할 것이다.

(5) 쟁점③에 대하여 본다.(가)「조세특례제한법 시행령」제9조 제2항 및 동 시행령 별표 6 제1호 나목에서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 연구 및 인력개발비라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다고 규정하고 있고 동 시행령 별표 6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 나열하고 있다.(나)「조세특례제한법」제10조 등 관련규정에서 위 별표 6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 정하면서 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업으로 개발 용역 위탁대상 기관을 한정할 뿐 재위탁함에 따른 비용을 제외하고 있지 아니하고 있고, 자체기술개발 비용 뿐 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것이므로 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁된 기술개발용역을 수탁자가 직접 수행하지 아니하고 이를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 그 재수탁자가 위 별표6의 규정에서 정한 기업의 연구기관 또는 전담부서에 해당하는 경우에는 동 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 결정 참조).(다) 이 건의 경우, 「조세특례제한법 시행령」별표6 제1호 나목 에서 규정하는 연구개발 전담부서를 보유한 기업이 청구법인으로부터 전사적 자원관리시스템 개발용역을 위탁 및 재위탁받아 수행하고 청구법인으로부터 받은 쟁점비용을 「조세특례제한법」 제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 해당 사업연도 법인세 세액을 경정함이 타당할 것인바, 처분청이 쟁점비용 중 기술개발용역을 위탁받은 기업이 이를 다시 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 재위탁한 경우에 대한 비용을 연구·인력개발비 세액공제를 적용 대상 비용으로 볼 수 없다하여 연구·인력개발비 세액공제 적용을 부인한 처분은 잘못이 있다할 것이다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOO세무서장이 2012.6.4. 청구법인에게 한 법인세 2008.1.1.～2008.12.31. 사업연도분 OOO원, 2009.1.1.～2009.12.31.사업연도분 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 전담부서를 보유한 기업에 전산시스템 개발용역을 위탁(재위탁)하고 지출한 [별지] 기재 개발위탁비를 「조세특례제한법」 제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.