제1차 경정청구와 동일한 내용으로 제2차 경정청구를 하여 거부처분을 받고 심판청구를 한 경우, 적법한 청구로 볼 것인지 여부

1. 이 건 심판청구의 적법여부가. 청구법인은 「법인세법」제60조 제1항에 따른 기한 내 남대문세무서장에게 2019 내지 2023 사업연도의 법인세를 각 신고하면서, 각 사업연도 귀속 이자소득(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)을 비영리내국법인의 고유목적사업준비금으로 계상하여 손금 산입함에 따라 ＜표1＞과 같이 법인세(이하 “이 건 법인세”라 한다)를 환급받았다.＜표1＞ 이 건 법인세 환급 내역

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○나. 청구법인은 쟁점이자소득에 관하여 처분청에 2025.3.27. 2023 사업연도 법인지방소득세를, 2025.4.16. 2019 사업연도 내지 2022 사업연도 법인지방소득세를 각 기한 후 신고하였다.

다. 청구법인은 이후 이 건 법인세 환급에 따른 법인지방소득세 환급이 이루어져야 한다고 주장하며 2025.4.25. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 「지방세법」제103조의23 제1항에 따른 기한 내 쟁점이자소득에 관한 법인지방소득세를 신고하지 아니하였으므로, 같은 법 제100조의32 제1항 및 같은 법 시행령 제100조의22 제2항에 따라 쟁점이자소득을 과세표준에 포함시킬 수 없다고 보아 2025.6.13. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.1. 심판청구를 제기하였다.

마. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건 심판청구의 적법여부에 대하여 살펴본다.(1) 「지방세법」제103조의32 제1항은 전단에서 “비영리내국법인은 「법인세법」제4조 제3항 제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제103조의29에 따라 특별징수된 이자소득에 대하여는 제103조의23에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다”고 규정하고, 후단에서 “이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제103조의19에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다”고 규정하고 있으며,같은 법 시행령 제100조의22 제1항은 “법 제103조의32 제1항을 적용할 때에 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득 중 일부에 대해서도 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “법 제103조의32 제1항에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다”고 규정하고 있다.(2) 「지방세기본법」제50조 제1항에서는 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 기한 후의 신고서를 제출한 자에 한해서 경정청구를 허용하고 있는 점,청구법인은 「지방세법」제103조의23 제1항에 따른 기한 내 쟁점이자소득에 대하여 법인지방소득세의 과세표준을 신고하지 아니하였으므로, 같은 법 제103조의32 제1항에 따른 원천징수 과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결된 것이고, 같은 법 시행령 제100조의22 제1항 및 제2항에 따라 쟁점이자소득에 대한 기한 후 신고가 허용되지 않는 것인 점,청구법인이 적법한 법인지방소득세의 신고 또는 기한 후 신고 없이 제기한 경정청구는 부적법한 경정청구에 해당하고, 이에 대한 처분청의 거부 통지 또한 민원회신에 불과할 뿐 불복의 대상이 되는 거부처분에 해당하지 않는 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법한 청구에 해당하므로 각하되어야 하는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제85조(정의) ① 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “법인지방소득”이란 「법인세법」 제4조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다.5. “내국법인”이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.6. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.가.

「민법」 제32조에 따라 설립된 법인나. 「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)다. 「국세기본법」 제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 「법인세법」 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월(「법인세법」 제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 5개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.제103조의32(비영리내국법인에 대한 과세특례) ① 비영리내국법인은 「법인세법」 제4조 제3항 제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제103조의29에 따라 특별징수된 이자소득에 대하여는 제103조의23에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다.

이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제103조의19에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 지방세법 시행령제100조의22(비영리내국법인의 과세표준 신고의 특례) ① 법 제103조의32 제1항을 적용할 때에 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득 중 일부에 대해서도 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다.② 법 제103조의32 제1항에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다.

(3) 법인세법제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다.

이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액가. 「소득세법」 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액나. 「소득세법」 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액(4) 지방세기본법제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때