제1차 경정청구와 동일한 내용으로 제2차 경정청구를 하여 거부처분을 받고 심판청구를 한 경우, 적법한 청구로 볼 것인지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2019.10.2. 주식회사 OOO(이하 “쟁점흡수합병법인”이라 한다)을 흡수하는 과정에서 쟁점흡수합병법인이 소유하고 있던 A 골프장(이하 “A”라 한다)의 사업용 재산인 강원특별자치도 횡성군 OOO 외 44필지 토지 1,330,159.90㎡, 건물 6,874.48㎡, 입목, 차량운반구, 기계장비 등(이하 “쟁점사업용재산”이라 한다)을 취득한 후,「지방세법」(2021.12.28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제3호 및 「지방세특례제한법」(2019.11.26. 법률 제16652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조의2 제1항(이하 “지방세 사후관리 규정”이라 한다)에 따라 취득세 등을 감면(경감)받았다.

나. 그 후, 청구법인은 쟁점흡수합병법인의 합병일로부터 3년 이내인 2021.7.22. 쟁점사업용재산을 B 주식회사에 매각(처분)한 후, 지방세 사후관리 규정 단서의 추징사유에 해당하는 것으로 보아 2021.9.23. 기 경감받았던 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 아래 ＜표1＞과 같이 신고·납부하였다.＜표1＞ 쟁점사업용재산에 대한 취득세 등 신고·납부 내역(단위 : 원)

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○다. 청구법인은 「법인세법」 제44조 제3항의 적격합병(이하 “모자회사 적격합병”이라 한다)은 지방세 사후관리 규정 단서의 추징대상에 해당하지 아니한다는 사유로 2022.10.4. 경정청구(이하 “제1차 경정청구”라 한다)를 하여 2022.10.25. 처분청으로부터 거부처분(이하 “제1차 경정청구 거부처분”이라 한다)을 받고, 2022.12.9. 감사원에 심사청구를 하였다가 2024.7.19. 이를 취하한 후,2024.7.23. 동일한 취지로 경정청구(이하 “제2차 경정청구”라 한다)를 하여 2024.8.12. 처분청으로부터 거부통지(이하 “제2차 경정청구 거부통지”라 한다)를 받았다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.9.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「지방세기본법」제50조 제1항, 법원 판례 및 조세심판원 결정 등에 의하면, 제2차 경정청구 거부통지는 새로운 거부처분에 해당하는 것으로 보고 있으므로, 처분청의 제2차 경정청구 거부통지에 대한 청구법인의 심판청구는 아래와 같은 이유로 적법하다.(가) 「지방세기본법」제50조는 경정청구 횟수 제한을 두고 있지 않으므로 「지방세기본법」 또는 지방세관계법에 따른 지방세 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 횟수의 제한 없이 지방자치단체의 장에게 지방세 경정을 청구할 수 있다.(나) 이러한 이유로 법원(대법원 2002.3.29. 선고 2000두6084 판결, 서울행정법원 2021.4.23. 선고 2019구단3431 판결 등)은 경정청구 기한 내에 납세자는 동일한 사유로 경정청구를 할 수 있고, 과세관청이 제1차 경정청구와 동일한 결과라는 취지라고 회신한 경우 이러한 회신은 사실의 통지가 아닌 새로운 경정청구 거부처분에 해당한다고 판단하였다.(다) 조세심판원(조심 2023지457, 2023.12.22., 조심2022지385, 2023.5.30., 조심 2023지3721, 2024.3.11. 등)도 납세자가 「지방세기본법」상 경정청구 기한 내(5년)에 동일한 사유로 취득세 환급을 구하는 경정을 청구하는 경우 두 번째 거부처분은 새로운 거부처분이므로 두 번째 거부처분에 대하여 심판청구가 가능하다고 결정하였다.(라) 따라서, 청구법인은 2019.10.2. 쟁점흡수합병법인을 합병한 후, 이로 인한 취득세 법정신고기한인 2019.12.2.까지 취득세 과세표준신고서를 처분청에 제출하였으므로, 「지방세기본법」제50조에 따라 법정신고기한으로부터 5년 이내인 2024.12.2.까지 동일한 사유로 취득세 환급을 구하는 경정청구를 할 수 있다 할 것인바,처분청은 2024.8.12. 제2차 경정청구를 거부한다는 의사표시를 하였으므로, 처분청의 제2차 경정청구 거부통지는 사실의 통지가 아닌 새로운 경정청구 거부처분에 해당하고, 청구법인은 제2차 경정청구 거부통지를 받은 날(2024.8.16.)부터 90일 이내인 2024.9.20. 심판청구를 하였으므로 이 건 심판청구는 적법하다.

(2) 문언에 따른 해석, 사후관리 규정의 목적, 「지방세법」사후관리 규정 입법취지, 조세심판원의 선행 심판례 및 조화로운 법체계에 따른 해석을 종합하면, 「법인세법」제44조 제3항에 따른 모자회사 적격합병은 취득세 등 추징대상이 아니라 할 것인바,청구법인과 쟁점흡수합병법인의 합병은 「법인세법」의 적격합병이라 할 것이어서, 청구법인이 A 관련 쟁점사업용재산을 합병등기일로부터 3년 이내에 매각하였다 하더라도 취득세 등 추징대상에 해당하지 아니한다 할 것이므로, 처분청의 제2차 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.(가) 관련법령 등의 문리해석에 따르면 모회사(청구법인)와 100% 자회사(쟁점흡수합병법인)의 합병은 취득세 등 추징대상이 아니다.1) 「법인세법」은 제44조 제2항 적격합병(일반 적격합병)의 경우 3년 이내에 같은 법 제44조의3 제3항(이하 “법인세 사후관리 규정”이라 한다)에 의한 사후관리 규정을 위배하면 합병 때 주어졌던 양도손익 비과세라는 혜택을 추징하도록 규정하고 있으나, 제44조 제3항의 적격합병(모자회사 적격합병)의 경우 사후관리 규정을 위배하더라도 양도손익 비과세 혜택을 추징하지 아니하도록 규정하고 있고,이는 일반 적격합병과 모자회사 적격합병의 적용요건과 사후관리 규정의 적용 여부에 따른 차이에서 비롯되는 것이라 할 것이고, 일반 적격합병과 모자회사 적격합병의 적격합병 요건·효과, 사후관리 규정과 위반효과 등을 비교하면 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 일반 적격합병과 모자회사 적격합병 비교

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○2) 「지방세법」제15조 제1항 제3호 및 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항(이하 “지방세 사후관리 규정”이라 한다)은 「법인세법」제44조 제2항 및 제3항과 마찬가지로 제44조 제2항 적격합병(일반 적격합병)과 제44조 제3항 적격합병(모자회사 적격합병)의 경우 취득세를 중과기준세율을 뺀 세율로 계산하고 50%를 감면한다고 규정하고 있고, 합병등기일로부터 3년 이내에 법인세 사후관리 규정의 사유가 발생하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으나,지방세 사후관리 규정의 단서 괄호 부분(이하 “쟁점 괄호 부분”이라 한다)은 법인세 사후관리 규정 단서에 해당하는 경우는 취득세 추징대상에서 제외한다고 규정하고 있다.＜ 쟁점 괄호 부분(「지방세법」 등) ＞

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○쟁점 괄호 부분을 정확하게 이해하기 위해서는 인용하고 있는 법인세 사후관리 규정의 내용과 체계를 살펴보면, 법인세 사후관리 규정은 적격합병의 사후관리 위배에 따른 추징사유를 규정하고 있는 조문으로,아래 ＜그림＞과 같이 ①본문(초록색 상자 부분), ②단서(붉은색 상자 부분), ③각호(주황색 상자 부분)로 구성되어 있고, 쟁점 괄호 부분은 법인세 사후관리 규정 중 ② 단서만 제외한다는 내용이므로, 지방세 사후관리 규정 단서(합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우)에 ②단서만 제외되고 ①본문과 ③각호는 포함된다고 해석하여야 한다.＜그림＞ 법인세 사후관리 규정의 체계도

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○3) 쟁점 괄호 부분은 해당 법문의 단서 규정에서 제외되는 부분을 명확히 한 것인바, 해당 법문의 각 단서 규정에 해당하는 ‘합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우’(「지방세법」제15조 제1항 제3호 단서)와 ‘합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우’(「지방세특례제한법」제57조의 2 제1항 단서)에 이미 포함되어 있는 내용 중 일부를 그 뒤편에서 괄호의 기재를 통해 일부를 제외시키는 조문 체계를 구성하고 있는 것이고,만약, 위 해당 법문의 각 단서 규정에서 포함되어 있지도 않은 내용이라면 그 뒤편에서 괄호를 통해서 제외할 필요도 없는 것이기 때문이라 할 것이며, 그에 따라 법인세 사후관리 규정인 위 ＜그림＞의 ①본문에 따르면 사후관리 규정은 제44조 제2항 적격합병(일반 적격합병)에만 적용되고, 제44조 제3항 적격합병(모자회사 적격합병)에는 적용되지 않는다고 규정하고 있는 것이다.4) 따라서, 지방세 사후관리 규정 단서는 법인세 사후관리 규정 ①본문을 따르므로, 지방세 사후관리 규정도 「법인세법」과 마찬가지로 제44조 제2항 적격합병(일반 적격합병)에만 적용되고, 제44조 제3항 적격합병(모자회사 적격합병)에는 적용되지 아니한다 할 것이며,결국, 청구법인과 쟁점흡수합병법인의 합병은 모회사(청구법인)와 100% 자회사간(쟁점흡수합병법인)의 합병이라 할 것이어서 「법인세법」제44조 제3항 적격합병(모자회사 적격합병)에 해당한다 할 것이므로, 청구법인과 쟁점흡수합병법인의 합병은 지방세 사후관리 규정의 적용대상이 아니다.(나) 법인세 사후관리 규정을 인용하려는 지방세 사후관리 규정의 입법취지에 따르더라도 「법인세법」제44조 제3항 적격합병(모자회사 적격합병)은 취득세 추징대상이 아니다.1) 사업의 계속성 등 요건이 없으면 사후관리 규정이 필요 없다는 점은 법인세 뿐만 아니라 지방세도 마찬가지이므로, 사업의 계속성 등 요건을 필요로 하지 않는 「법인세법」 제44조 제3항의 적격합병(모자회사 적격합병)은 합병 이후 적격합병이 되기 위한 지분율 요건을 충족시키지 않는 것이 불가능하기 때문에 사후관리 규정이 필요 없으므로, 지방세 사후관리 규정은 「법인세법」 제44조 제3항 적격합병(모자회사 적격합병)에 적용될 수 없다.2) 「지방세특례제한법」제57조의2는 2015.12.29. 법률 제13637호로, 「지방세법」제15조 제1항은 2015.12.29. 법률 제13636호로 각 개정되면서 지방세 사후관리 규정 단서부분이 아래 ＜표3＞과 같이 신설되었고, 행정안전부는 「지방세특례제한법」제57조의2 단서의 신설이유를 “「법인세법」제44조의3 제3항의 사후관리 규정을 인용하여, 감면요건에 적격합병 요건을 갖추도록 하고”라고 표현하였고, 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서 개정이유를 “법인세법 제44조의3 제3항의 사후관리 규정을 차용”이라고 표현하였다.＜표3＞ 지방세 사후관리 규정 단서부분 신설 연혁

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○3) 따라서, 지방세 사후관리 규정의 목적, 개정이유, 「법인세법」과 「지방세법」의 조화로운 해석 등을 고려할 때, 「법인세법」제44조 제3항의 적격합병(모자회사 적격합병)은 사후관리 규정 위배에 따른 취득세 등 추징대상이 아니라 할 것인바, 청구법인이 2019.10.2. 쟁점흡수합병법인을 합병할 당시 쟁점흡수합병법인은 청구법인의 100% 자회사였고, 청구법인과 쟁점흡수합병법인의 합병은 「법인세법」 제44조 제3항 적격합병(모자회사 적격합병)이라 할 것이므로, 청구법인이 합병등기일로부터 3년 이내에 A 관련 쟁점사업용재산을 매각하였다 하더라도 사후관리 규정 위배로 인한 취득세 등을 추징할 수 없다.(다) 조세심판원(조심 2022지1342, 2023.10.25., 조심 2023지3474, 2024.4.15.) 또한 청구법인과 동일한 사안에서 모자회사 합병에는 구 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 의한 취득세 추징 규정이 적용되지 않는다고 판단하였다.

나. 처분청 의견청구법인은 2022.10.4. 제1차 경정청구를 하여 2022.10.25. 제1차 경정청구 거부처분을 받고, 2024.7.23. 동일한 취지로 제2차 경정청구를 하여 2024.8.12. 처분청으로부터 제2차 경정청구 거부통지를 받았는바,제2차 경정청구 거부통지는 청구법인의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아닌 민원 회신의 성격에 불과하여 불복대상으로서의 “처분”으로 인정하기 어려운 점(조심 2021지2845, 2021.12.15., 같은 뜻임), 「지방세기본법」제91조 제3항에 따라 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날부터 90일 이내에 심판청구를 하여야 하나, 이 건 심판청구는 그 기간이 경과한 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 제1차 경정청구와 동일한 내용으로 제2차 경정청구를 하여 거부통지을 받고 심판청구를 한 경우, 적법한 청구로 볼 것인지 여부② 청구법인이 쟁점흡수합병법인과의 합병등기일부터 3년 이내에 쟁점사업용재산을 매각(처분)한 경우, 「법인세법」제44조의3 제3항 등에 따른 추징사유가 발생한 것으로 본 처분의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 청구법인의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 전자지불업무(고속도로 통행료 전자지불 등), 전자카드업무 및 통합 보안관리업무 등을 목적으로 하여 2007.7.5. 설립되었으며, 2016.2.19. 경기도 성남시 OOO부터 서울특별시 OOO으로 본점을 이전한 것으로 나타난다.＜표4＞ 청구법인 현황(등기사항전부증명서, 발췌)

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○(나) 쟁점흡수합병법인의 등기촉탁서 및 등기사항일부증명서 등에 의하면, 청구법인은 2017.8.24. 기업회생절차가 진행중이던 쟁점흡수합병법인의 유상증자에 참여하여 지분 100%(9,600,000주, 자본금의 액 OOO원)를 취득하여 모자회사 관계가 된 것으로 나타난다.(다) 쟁점흡수합병법인은 A를 소유하고 있었으며, 청구법인은 2019.10.2. 쟁점흡수합병법인을 흡수하는 과정에서 A 관련 쟁점사업용재산을 취득한 후, 지방세 사후관리 규정에 따라 취득세 등을 경감받았다.(라) 청구법인은 쟁점흡수합병법인과의 합병일(2019.10.2.)로부터 3년 이내인 2021.7.9. A 관련 쟁점사업용재산을 B 주식회사에게 매각하기로 하는 계약을 체결하여 2021.7.22. 이를 매각한 후, 2021.9.23. 지방세 사후관리 규정 단서에 따라 기 경감받았던 취득세 등을 신고·납부하였다.(마) 청구법인은 2022.10.4. 「법인세법」제44조 제3항에 따른 모자회사 적격합병은 지방세 사후관리 규정 단서의 추징 대상이 아니라는 제1차 경정청구를 하여 2022.10.25. 처분청으로부터 제1차 경정청구 거부처분을 받고, 2022.12.9. 감사원에 심사청구를 하였다가 2024.7.19. 이를 취하하였다.(바) 그 후, 청구법인은 2024.7.23. 제1차 경정청구와 동일한 취지로 제2차 경정청구를 하였다가, 2024.8.12. 처분청으로부터 제2차 경정청구 거부통지를 받은 것으로 나타난다.

(2) 먼저, 쟁점① 이 건 심판청구가 적법하게 제기되었는지에 대하여 살펴본다.(가) 청구법인은 2022.10.4. 처분청에 제1차 경정청구를 하여 2022.10.25. 처분청으로부터 제1차 경정청구 거부처분을 받고, 2022.12.9. 감사원에 심사청구를 하였다가 2024.7.19. 이를 취하한 후, 2024.7.23. 제1차 경정청구와 동일한 취지로 제2차 경정청구를 하였다가, 2024.8.12. 처분청으로부터 제2차 경정청구 거부통지를 받았는바,(나) 납세의무자가 과세관청으로부터 경정청구에 대한 거부처분을 받은 경우, 거부처분에 대한 불복절차를 밟지 않고 「국세기본법」상 경정청구기간 내라고 해서 언제든지 과세관청에 동일한 경정청구를 다시 할 수 있다고 한다면, 결과적으로 경정청구 거부처분에 대한 불복청구기간(처분일로부터 90일)이 경정청구기간(법정신고기한으로부터 5년)으로 연장되는 것과 같게 되어 「국세기본법」이 불복청구기간을 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하게 되는 점 등에 비추어 경정청구기간 내라고 하더라도 납세의무자가 이미 과세관청에 자신이 신고한 과세표준과 세액에 대하여 경정청구를 하여 과세관청으로부터 그에 대한 경정청구 거부처분을 받은 경우에는 당초의 경정청구와 동일한 경정청구를 다시 할 수 없다고 보는 것이 타당하다 할 것(국심 2006서378, 2006.9.1. 국심심판관합동회의, 조심 2024서2348, 2024.9.25. 조세심판관합동회의, 같은 뜻임)이다.(다) 또한, 제2차 경정청구에 대한 거부통지는 납세의무자의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아닌 민원 회신의 성격에 불과하여 불복대상으로서의 ‘처분성’을 인정하기도 어려워 보인다(조심 2021지2845, 2021.12.15. 등, 같은 뜻임).(라) 따라서 이 건 제2차 경정청구 거부통지는 청구법인의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아닌 민원 회신의 성격에 불과하여 불복대상으로서의 ‘처분성’을 인정하기 어려우므로 이 건 심판청구는 부적법하다고 판단된다.

(3) 쟁점②는 이 건 심판청구가 부적법한 것인 이상 심리를 생략한다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구이므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 지방세기본법제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조 제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때③ 제1항 및 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 지방자치단체의 장은 청구받은 날부터 2개월 이내에 그 청구를 한 자에게 과세표준 및 세액을 결정ㆍ경정하거나 결정ㆍ경정하여야 할 이유가 없다는 것을 통지하여야 한다.제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청 또는 심판청구를 할 수 있다.제91조(심판청구) ① 이의신청을 거친 후에 심판청구를 할 때에는 이의신청에 대한 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.제96조(결정 등) ⑦ 심판청구에 관하여는 이 법 또는 지방세관계법에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」제7장 제3절을 준용한다.

(2) 국세기본법제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.