적법한 심판청구인지 여부

1. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부에 대하여 살펴본다.

가. 청구법인 ㈜A(이하 “청구법인①”이라 한다)은 2019사업연도분 장애인고용부담금 OOO원을 납부하였으나 이를 손금에 산입하지 아니하였고, 청구법인 ㈜B(이하 “청구법인②”라 한다)는 2019사업연도 장애인고용부담금 OOO원을 납부하였으나 이를 손금에 산입하지 아니하였으며, 청구법인 ㈜C(이하 “청구법인③”이라 하고, 청구법인①,②,③을 통틀어 “청구법인들”이라 한다)은 2019사업연도분 장애인고용부담금 OOO원을 납부하였으나 이를 손금에 산입하지 아니하였다.

나. 청구법인①은 2025.3.27. 강남세무서장(이하 “처분청①”이라 한다)에게 2019사업연도 법인세 신고시 손금불산입하였던 장애인고용부담금 OOO원을 손금산입하여 법인세 OOO원 환급하여 달라는 경정청구를 하였고,청구법인②는 2025.3.17. 서광주세무서장(이하 “처분청②”라 한다)에게 2019사업연도 법인세 신고시 손금불산입하였던 장애인고용부담금 OOO원을 손금산입하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 환급하고, 장애인고용부담금 손금산입에 따라 발생하는 2019사업연도 미환류소득 경정을 반영한 2020사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으며,결손법인인 청구법인③은 2025.5.29. 성동세무서장(이하 “처분청③”이라 하고, 처분청 ①·②와 합쳐 이하 “처분청들”이라 한다)에게 2019사업연도 법인세 신고시 손금불산입하였던 장애인고용부담금 OOO원을 반영하여 2019사업연도 귀속 결손금 OOO원을 증액하여 달라는 경정청구를 하였다.

다. 처분청①은 2025.5.26. 경정청구와 관련하여 청구법인①에게 “대법원 상고심이 진행중으로 처리가 지연된다”고 통지하였고, 처분청②는「국세기본법」제45조의2 제3항에 규정된 통지기한(2개월)이 도과할 때까지 경정청구를 처리하지 아니하였으며, 처분청③은 청구법인③에게 2025.5.29. 경정청구 거부처분 통지를 하였다.

라. 청구법인①, ②는 처분청①, ②가 경정청구 이후 2개월이 지난 이후에도 처리를 하지 아니하여「국세기본법」제45조의2 제3항에 따라 2026.1.30. 심판청구를 각 제기하였고, 청구법인③은 2025.8.25. 이의신청을 거쳐 2026.1.30. 심판청구를 제기하였다.

마. 심판청구 이후 대법원 OOO 판결 등이 장애인고용부담금에 대한 손금산입을 인정함에 따라 처분청①은 2026.5.12., 처분청②는 2026.5.13., 처분청③은 2026.5.14. 직권으로 청구법인들의 청구내용을 각 인용하였다.

바. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항은 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 제65조 제1항 제1호 마목, 제80조의2 및 같은 법 시행령 제52조의2 제1호는 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바, 처분청들은 각 청구법인들의 경정청구를 당초 거부하거나 처리하지 아니하였으나, 이 건 심판청구가 제기된 이후 위 경정청구를 받아들인바, 이 건 심판청구는 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.

2. 결론이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.