1 쟁점특허권사용료가 과세대상 근로소득인 직무발명보상금에 해당하는지 여부 2 청구법인이 대표이사에게 특허권사용료를 과다하게 지급한 것으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2008.7.14. 반도체 관련 부품 및 소켓 제조업을 영위하기 위해 설립된 법인으로, 2012.3.27. 청구법인의 대표이사 a(이하 “대표이사”라 한다)으로부터 대표이사가 2008년부터 출원한 특허 총 43건(이하 “쟁점특허”라 한다)을 사용할 수 있는 권리를 부여받고 추후 쟁점특허의 가치를 합리적으로 평가하여 보상하기로 하는 계약(이하 “쟁점특허계약”이라 한다)을 체결하였으며, 이후 2021.12.29.쟁점특허로 인하여 발생한 청구법인의 매출 중 3.0∼5.5%를 대표이사에게 지급하는 것으로 쟁점특허계약을 변경하였다.한편, 청구법인은 2021년까지 대표이사에게 쟁점특허계약에 따른 사용료를 지급하지 않다가 2022년부터 2024년까지 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점특허로 발생한 매출액에 4.75∼5.5%를 곱하여 산출한 금액 합계 OOO원(이하 “쟁점특허권사용료”라 한다)을 대표이사의 개인사업장인 A에 지급한 후, 쟁점특허사용료를 손금에 산입하고 해당 매입세액을 공제하여 법인세와 부가가치세를 각 신고ㆍ납부하였다.＜표1＞ 쟁점특허사용료 지급 내역OOO나.

처분청은 2025.8.5.부터 2025.11.7.까지 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 쟁점특허사용료는 근로소득인 ‘직무발명보상금’에 해당하고, 청구법인이 대표이사에게 특허권사용료를 과다하게 지급한 것으로 보아, 2025.11.14. 청구법인에게 ＜별지1＞ 기재와 같이 2023∼2024사업연도 법인세 합계 OOO원, 2022년 제2기∼2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2022∼2024년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 각 경정ㆍ고지하고, 과다하게 지급한 특허권사용료 합계 OOO원을 상여처분(대표이사)하여 2023∼2025년 귀속 각 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) (주위적) 쟁점특허는 대표이사가 스스로의 역량에 기반하여 발명한 것으로서, 그 과정에서 청구법인의 인적ㆍ물적 자원이 활용된 사실이 없으므로 과세대상 근로소득인 직무발명으로 볼 수 없다.(가) 대표이사는 OOO대학교 기계공학과를 졸업한 후, 1989년경 글로벌 반도체 기업의 한국법인인 B에 입사하여 근무하였으며, 1996년경 C 생산본부장을 역임한 뒤, 2002년에는 D의 CEO로 재직하며 경영 전반을 관리하였다.또한 대표이사는 미국반도체협회가 주관하는 국제회의(OOO)에서 8회에 걸쳐 신기술에 관한 연구결과를 발표하였고, 그 중 2건은 최우수상을 수상하는 등 반도체 부품 분야에서 우수한 연구 역량을 인정받아 왔다.(나) 쟁점특허는 기계공학적 관점에서 전기 신호를 전달하는 부품의 효율성을 제고하는 방안에 관한 것으로, 기존에 존재하던 특허나 제품을 개량하여 새로운 내용의 특허를 창출해 내는 ‘개량특허’의 성격을 지니고 있다.기계공학 분야의 개량특허는 발명 과정에서 상당한 노력과 창의력이 요구되기는 하나, 기본적인 공학 지식을 토대로 특별한 실험 결과를 확인하지 않고서도 의도한 결과가 도출될 것임을 예상할 수 있기 때문에 별도의 실험이 필요하지 않고 아이디어만으로도 출원할 수 있어 청구법인의 인적ㆍ물적 시설을 이용할 필요가 없다.실제로 쟁점특허의 특허출원서와 등록특허공보를 보면 어디에도 실험이 이루어졌다는 내용이 없고, 특허심사관이 출원 과정에서 대표이사에게 실험 결과나 데이터를 요구한 사실도 없다.(다) 대표이사는 쟁점특허를 발명하는 과정에서 직접 연구노트를 작성하였고, 특허 출원 과정에서도 담당 변리사와 소통하며 출원서의 기재 사항까지 직접 검토하였다.대표이사가 작성한 연구노트의 내용이 특허출원서에 상당 부분 반영되었으며, 특허출원 과정에서 대표이사가 직접 특허출원서의 수정을 요구하고 반영된 사실이 확인된다.

이는 대표이사가 청구법인의 인적ㆍ물적 시설과 무관하게 스스로의 역량으로 특허를 출원하였다는 점을 명확히 보여주는 근거이다.＜특허 연구노트 및 검토내역과 실제 특허출원서 비교＞<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>대표이사의 연구노트 발췌 </p></td><td><p>특허출원서 발췌 </p></td></tr><tr><td><p> <span><img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169222085"></img></span><span> </span> </p></td><td><p> <span><img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169222083"></img></span><span> </span> </p></td></tr><tr><td><p> <span><img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169222087"></img></span><span> </span> </p></td><td><p> <span><img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169222081"></img></span><span> </span> </p></td></tr><tr><td><p> <span><img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169222089"></img></span><span> </span> </p></td><td><p> <span><img style="display: block;" src="https://www.tt.go.kr/mUser/common/getImage.do?filename=simpan/2026/08/H_2026전1410.xml&amp;file_path=/H_Images/H_2026wjs1410_about:./PIC36A8.png"></img></span><span> </span> </p></td></tr></tbody></table>OOO(라) 「발명진흥법」 제2조 제2호에 따르면 ‘직무발명’이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인의 업무 범위에 속하고, 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다고 규정되어 있고, ‘그 발명을 하게 된 행위가 임원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명’이란 해당 임원 등이 담당하는 직무내용과 책임 범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우를 의미한다(대법원 1991.12.27. 선고 OOO판결 참조). 따라서 쟁점특허사용료가 ‘직무발명보상금’에 해당하려면 대표이사의 직무 범위에 특허 ‘연구ㆍ개발’ 업무가 포함되어 있어야 하나, 청구법인의 대표이사 직무는 ‘경영 총괄’과 ‘영업 활동’으로 개별적으로 특허를 발명하는 것이 대표이사의 직무에 당연히 예정되거나 기대된다고 볼 수 없으므로 쟁점특허사용료를 직무발명보상금으로 볼 수 없다.(마) 법원은 대표이사가 회사 업무와 유사한 범위의 발명을 하였더라도 그것이 대표이사의 발명이라는 이유만으로 대표이사의 직무에 속하는 발명으로 볼 수는 없다는 취지로 판단한 바 있으며, 송전ㆍ변전 설비 계획수립 및 관련 시설 발주를 수행하는 직원이 그 설비를 제작하는 업무까지 담당한다고는 볼 수 없다고 판단하기도 하였다(서울고등법원 2010.9.29. 선고 OOO판결).또한 조세심판원은 특허 발명을 위한 충분한 역량을 갖추고 다수의 특허를 출원해왔다면 직무와 무관하게 독자적으로 발명했다고 봄이 타당하다고 결정(조심 2021전1862, 2021.8.19., 조심 2019중2524, 2020.9.25.)한바 있다.(2) (예비적) 설령, 쟁점특허사용료를 직무발명보상금으로 보더라도, 대표이사가 수령한 쟁점특허사용료는 10년의 소멸시효 범위 내에서 과거 수령하지 못한 특허권사용료 중 일부를 수취한 것으로 경제적 합리성이 인정되며, 그 금액 또한 시가 대비 과다하지 않다.(가) 청구법인의 매출 대부분은 쟁점특허를 활용하여 제작한 제품을 고객사에 납품함으로써 발생한 것으로 아래 ＜표2＞와 같이 2017∼2024사업연도 기준 청구법인의 전체 매출액 OOO원 중 쟁점특허 관련 매출액은 OOO원에 달한다.＜표2＞ 청구법인의 연도별 매출 현황OOO(나) 대표이사가 2022∼2024년에 수취한 쟁점특허사용료는 해당 사업연도의 특허권사용료가 아니라, 2021년까지 수취하지 못한 사용료를 소급해서 받은 것으로 보는 것이 합리적이고(조심 2018중3553, 2019.6.4. 참조), 처분청의 의견처럼 2.5%의 요율을 적정 요율로 보더라도, 2017∼2024 사업연도의 쟁점특허 관련 매출총액 추산액 OOO원에 2.5%의 요율을 곱하여 산출한 적정 보상금은 약 OOO원(OOO원)이므로 쟁점특허사용료(OOO원)가 시가 대비 과다하다고 볼 수 없다.(다) 국세청은 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부는 ‘개별 사업연도’가 아니라 ‘거래 또는 계약단위’ 전체를 기준으로 판단하여야 한다고 해석(사전-2017-법령해석법인-OOO, 2017.7.30.)한바, 쟁점특허 계약은 장기ㆍ계속 계약에 해당하므로 적정 보상금의 산정 역시 과거 10년간의 매출액을 기준으로 판단하여야 한다.

나.처분청 의견(1) (주위적) 쟁점특허사용료는 과세대상 근로소득인 직무발명보상금에 해당한다.(가) 청구법인은 대표이사의 직무는 연구ㆍ개발이 아니라 ‘경영 총괄과 영업 활동’이므로 ‘새로운 개별 특허에 대한 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 기대될 것’이라고 보기 어렵기 때문에 직무발명에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나,청구법인과 같이 기술력을 바탕으로 운영되는 중소기업의 경우, 창업이나 매출 증대가 대표이사의 기술력을 전제로 이루어지므로, 사실상 최고기술자인 대표이사에게 연구개발 활동을 기대할 수밖에 없는바, 대표이사의 직무가 경영 총괄 및 영업 활동에 국한되며 연구개발이 직무 범위 밖이라는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.(나) 대표이사가 출원한 쟁점특허는 ‘프레스 금형을 이용한 일체형 판 스프링 포고핀’, ‘고직접도 고성능 테스트 핀 및 검사용 소켓’, ‘독립 탐침을 가진 반도체 검사 소켓’ 등으로, 이는 반도체검사용 소켓 소재 제조업을 주업종으로 영위하고 있는 청구법인의 업무 범위와 일치한다.대표이사는 청구법인의 전반적인 업무를 총괄하면서 현재까지 재직하고 있는바, 대표이사가 발명한 쟁점특허는 성질상 청구법인의 업무 범위에 속하고 쟁점특허 발명행위는 대표이사의 현재 직무에 속하는 발명이라고 볼 수 있다.(다) 청구법인의 주장대로 대표이사의 직무를 ‘경영 총괄과 영업 활동’으로만 한정한다면, 동일한 특허권을 발명하더라도 대표이사의 경우 직무발명이 아니므로 세부담에서 유리한 기타소득 규정을 적용받게 되는 반면, 일반직원의 경우 직무발명으로 보아 세부담에서 불리한 근로소득 규정을 적용받게 되는 형평성의 문제가 발생한다.(라) 이와 같이 쟁점특허사용료는 대표이사가 통상적인 직무 수행과정에서 도출된 직무발명보상금에 해당하며, 대표이사 또한 이를 인정하고 2026.2.13. 쟁점특허사용료와 관련하여 기 납부한 부가가치세 및 종합소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기한 사실이 있다.(2) (예비적) 쟁점특허사용료 중 청구법인의 ‘직무발명 및 보상기준’에 규정된 대가(관련 매출액의 2.5%)를 초과하는 부분은 부당행위계산부인 규정 적용대상에 해당한다.(가) 청구법인은 ‘직무발명 및 보상기준’을 마련하여 관련 매출액의 2.5%를 직무발명보상금으로 지급하고 있으므로 위 기준을 초과하여 지급한 금액은 부당행위계산부인 규정 적용대상에 해당한다.(나) 청구법인의 ‘직무발명 및 보상규정’ 제2항 제2호에 따르면 특허권사용료는 3개월 단위로 해당 분기말에 청구하기로 명시되어 있고, 손금의 귀속시기는 그 원인이 되는 권리와 의무가 확정되는 날이 속하는 사업연도로 보도록 되어 있으므로, 쟁점특허사용료는 각 매출이 발생한 사업연도의 종료일에 그 의무가 확정된 것으로 봄이 타당하다.한편, 청구법인은 회사의 경영사정으로 인해 2021사업연도까지 대표이사에게 지급해야 할 특허권사용료를 지급하지 못했다고 주장하나, 청구법인의 장부에 미지급 특허권사용료가 계상되어 있지 않고, 쟁점특허계약서 제5항에 의하면 회사의 경영사정으로 특허권사용료를 지급하지 못하는 경우에는 사전에 동의를 받아야 한다고 약정되어 있으나 청구법인과 대표이사 간의 동의 여부가 확인되지 않는다.「법인세법」상 손익의 귀속시기는 납세자의 선택에 의하여 소급하거나 변경할 수 없는 강행규정인바, 과거에 확정되지 않은 비용을 특정 연도에 임의로 귀속시키려는 청구법인의 주장은 손익의 귀속시기 원칙을 위배하는 것이다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① (주위적) 쟁점특허사용료가 과세대상 근로소득인 ‘직무발명보상금’에 해당하는지 여부② (예비적) 청구법인이 대표이사에게 특허권사용료를 과다하게 지급한 것으로 보아 부당행위계산 부인 규정을 적용한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2008.7.14. 반도체 관련 부품 및 소켓 제조업을 영위하기 위해 설립되었으며, 청구법인의 대표이사는 OOO대학교 기계공학과를 졸업한 후, B의 C 생산본부장을 거쳐 D의 CEO로 재직한 것으로 확인된다.(나) 청구법인과 대표이사는 2012.3.27. 청구법인이 대표이사로부터 대표이사가 출원한 쟁점특허를 사업에 활용하는 권리를 부여받고, 향후 청구법인의 재정상태가 개선되면 쟁점특허의 가치를 합리적으로 평가하여 보상하기로 하는 쟁점특허계약을 체결하였다.이후 청구법인과 대표이사는 2013.3.30. 및 2021.12.29. 두 차례에 걸쳐 쟁점특허계약을 변경하였고, 2021.12.29. 체결된 쟁점특허계약에 따라 청구법인은 대표이사에게 쟁점특허사용료를 지급한 것으로 확인된다.＜2012.3.27. 작성한 쟁점특허계약서 발췌＞OOO＜2021.12.29. 작성한 쟁점특허계약서 발췌＞OOO(다) 대표이사가 2008년부터 출원한 특허는 총 43건이며, 이 중 실제 매출로 이어진 주요 특허 목록은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 대표이사가 출원한 주요 특허 목록OOO(라) 청구법인은 쟁점특허가 대표이사의 역량에 의해 발명한 특허이며, 기존에 존재하던 특허나 제품을 개량하여 새로운 내용의 특허를 창출한 개량특허의 성격으로 청구법인의 인적ㆍ물적 자원이 활용된 사실이 없다는 취지로 아래 ＜표4＞와 같은 자료를 제출하였다.＜표4＞ 기존 특허 대비 대표이사가 출원한 특허의 개선 사항OOO(마) 대표이사는 자신이 대표자로 등재되어 있는 개인사업장 'A'를 통하여 쟁점특허사용료를 수취하고, 해당 사용료를 사업소득으로 보아 2022∼2024년 귀속 종합소득세를 신고ㆍ납부하였으며, 청구법인은 쟁점특허사용료를 2022∼2024사업연도의 손비(지급수수료)로 계상하고 매입세액 공제를 받은 것으로 확인된다.(바) 청구법인은 2009.12.14. 직무발명 기술과 시장성을 심사한 후 A∼E 등급으로 분류하여 해당 기술을 바탕으로 한 매출의 0.4∼2.5%를 지급하는 직무발명 및 보상규정을 마련하였으며, 처분청은 청구법인의 직무발명 및 보상규정에 따라 쟁점특허권사용료의 시가를 쟁점특허권으로 인해 발생하는 매출액의 2.5%인 것으로 보았다.＜청구법인의 직무발명 및 보상규정＞OOO(사) 청구법인은 쟁점특허와 관련하여 2017∼2024사업연도 동안 OOO원의 매출액이 발생하였으며, 청구법인의 직무발명 및 보상규정에 따라 대표이사가 수취했어야 할 직무발명보상금은 OOO원이므로 쟁점특허사용료 OOO원을 부당행위계산 부인규정 적용대상으로 볼 수 없다고 주장하며, 지난 10년간 청구법인의 매출 현황 자료를 제출하였다.＜표4＞ 청구법인의 연도별 매출 현황OOO(아) 청구법인은 2021사업연도 이전 청구법인의 부채비율이 높아 대표이사에게 쟁점약정에 따른 특허권사용료를 지급하지 못하였으며, 이후 회사의 자금사정이 개선됨에 따라 과거 지급하지 못한 특허권사용료를 소급하여 지급하게 되었다며, 2016∼2024사업연도 부채비율 자료와 2022사업연도 특허권사용료 지급결의서를 제출하였다.＜청구법인의 부채비율과 특허권사용료 지급결의서＞OOO(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허 발명은 대표이사가 스스로의 역량에 기반하여 발명한 것으로서 대표이사의 직무 범위에 속하지 않으므로 과세대상 근로소득인 직무발명으로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인이 원활한 사업을 영위하게 위해서는 쟁점특허를 활용할 필요가 있고 청구법인의 매출액 중 대부분이 쟁점특허와 관련되어 있다는 것에 대해서는 청구법인도 인정하고 있는바, 쟁점특허는 청구법인의 업무 범위에 속하는 것으로 보이는 점, 대표이사의 업무는 청구법인의 전반적인 업무를 총괄하는 것으로 대표이사의 특허에 의존하여 운영되는 청구법인의 특성상 쟁점특허의 발명 행위가 대표이사의 직무 수행과정과 무관하다고 보기 어렵고, 경영과정에서 대표이사의 연구개발 활동이 예정되어 있었거나 기대되었던 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점특허사용료 중 각 사업연도 특허관련 매출액의 2.5%를 초과하는 부분은 부당행위계산에 해당한다는 의견이나, 부당행위계산의 부인이란 법인이 특수관계인과 거래를 하면서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고, 정상적인 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에, 과세권자가 이를 부인하여 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 인정되는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 하는바(대법원 2010.1.14. 선고 OOO판결 등 참조), 청구법인과 대표이사가 2012.3.27.에 작성한 쟁점특허계약서에 의하면 청구법인은 대표이사가 발명한 특허를 활용해야만 하나 회사의 재정상태가 원활하지 못하여 합리적인 보상을 하기 어려우므로 추후 회사의 재정이 정상화되면 특허권의 가치를 합리적으로 평가하여 양자가 합의한 금액을 보상하기로 약정한 점, 청구법인의 2016∼2021사업연도 부채비율이 2022사업연도 이후 보다 높은 것으로 확인되는바, 회사의 재정상태가 원활하지 못하여 2021사업연도 이전에는 특허권사용료를 지급하지 못하였다는 청구법인의 주장이 수긍되는 점, 직무발명보상금의 소멸시효는 10년으로 쟁점특허사용료는 소멸시효가 완성되기 이전 발생한 직무발명보상금을 소급하여 지급한 것으로 볼 수 있고, 처분청은 쟁점특허권사용료의 적정가액을 쟁점특허 관련 매출액의 2.5%인 것으로 보고 있는데, 청구법인의 2017∼2024사업연도에 발생한 쟁점특허 관련 매출액에 2.5%를 적용할 경우 대표이사가 수취할 특허권사용료는 OOO원으로, 대표이사가 2022∼2024사업연도에 실제 수취한 쟁점특허사용료 합계 OOO원보다 많아 쟁점특허사용료가 비정상적으로 과다하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 대표이사에게 쟁점특허사용료를 과다하게 지급한 것으로 보아 부당행위계산부인의 규정을 적용한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지1＞ 처분청의 경정ㆍ고지 내역OOO＜별지2＞ 관련 법령(1) 법인세법제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다.제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여(3) 소득세법제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)(4) 부가가치세법제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(5) 발명진흥법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다.③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 서면으로 알려야 한다.⑥ 사용자등이 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원등에게 보상한 경우에는 정당한 보상을 한 것으로 본다.

다만, 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

(6) 특허법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다.제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.

동청주세무서장이 2025.11.14. 청구법인에게 한 2023∼2024사업연도 법인세 합계 OOO원, 2022년 제2기∼2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2023∼2025년 귀속 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원, 2023∼2024년 귀속 소득금액변동통지 합계 OOO이랜드건설원의 각 부과처분(＜별지1＞ 참조)은 청구법인의 대표이사 a이 수취한 특허권사용료를 부당행위계산 부인대상에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.