1.처분개요가.청구인은 2023.5.5. 부친 A(이하 “피상속인”이라 한다)으로부터 상속을 원인으로 취득한 경기도 OOO 소재 전 2,702㎡ 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2025.1.10. 매매로 OOO원에 양도하고 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
나.이후 청구인은 쟁점토지 양도에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하여야 한다고 주장하며, 당초 신고·납부한 세액을 환급하여 달라는 취지로 2025.6.27. 처분청에 경정청구를 제기하였다.
다.처분청은 조특법 시행령 제66조 제12항에 따라 청구인의 경작기간으로 볼 수 있는 피상속인의 경작기간이 8년에 미달하는 등, 청구인이 조특법 제69조 제1항에 따른 자경농지 감면 규정의 거주요건 및 자경요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2025.12.9. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다.
라.청구인은 이에 불복하여 2026.2.3. 심판청구를 제기하였다.
2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장피상속인은 호적상 ‘일가창립’ 내지 ‘혼인’한 1952∼1955년경부터 서울특별시 OOO로 주소를 이전한 1968년경까지 쟁점토지 소재지에서 8년 이상 거주하며 자경하였으므로 이러한 피상속인의 경작기간을 통산할 경우 청구인은 조특법 제69조에 따른 8년 재촌·자경요건을 충족하였다.
(1)피상속인의 제적등본에 따르면 피상속인은 1932.8.19. 경기도 OOO(이하 “B”라 한다)에서 출생하였고, 1955∼1963년 기간 동안 출생한 피상속인의 자녀 4명(청구인 포함)의 출생지 또한 B로 동일하다.한편, 피상속인의 주민등록표(말소자 초본)에 따르면, 최초 작성(1968.10.20.자)된 주소로 ‘서울특별시 OOO’이 등재되어 있는데, 이러한 자료에 비추어 보면 피상속인은 1932년 출생 이후부터 1968.10.20. 서울특별시로 전출하기 전까지 그 가족과 함께 쟁점토지로부터 불과 500미터 인근에 위치한 B에서 계속 거주한 것으로 보는 것이 타당하므로 조특법 시행령 제66조 제1항 제1호에 따른 재촌요건을 명백히 충족한다.
(2)피상속인은 피상속인의 부친이 1951.1.1. 사망함에 따라 쟁점토지를 상속받아 취득하였다.쟁점토지 등기사항전부증명서에 따르면 1961.12.22. 피상속인 명의로 소유권보존등기가 이루어져 있는데, 이는 통상 상속이나 종전 미등기상태에서 권원을 승계한 후 뒤늦게 등기부를 정리한 경우에 흔히 나타나는 형태이다. 피상속인의 배우자 C의 진술에 따르면 쟁점토지는 피상속인이 부친 D(청구인의 조부)으로부터 상속받은 토지로서 구체적인 상속시점은 1951.1.1. D의 사망 이후이며, 1961년경 비로소 소유권보존등기로 정리된 것으로 기억하고 있다.
즉 피상속인의 부친 D이 생전부터 쟁점토지를 소유 및 경작하였고, 1951.1.1. 사망함에 따라 피상속인이 상속으로 취득하였으나, 1961년경 뒤늦게 보존등기를 마친 것이라고 보는 것이 합리적이다.
(3)아래와 같은 정황 등을 종합하여 볼 때 피상속인은 호적상 ‘일가창립’ 내지 ‘혼인’한 1952∼1955년경부터 서울특별시로 주소를 이전한 1968년경까지 쟁점토지를 자경하였다고 보아야 한다.(가)1950∼1960년대 우리나라는 전형적인 농업국가로 도시근로자·공무원·교사 등을 제외하면 대부분이 자가농업에 종사하던 시기이다. 피상속인은 1951.1.1. 부친 사망 이후 가계를 이어 받게 되었고, 1952.1.15. 호적상 ‘일가창립’을 신고하여 실질적인 세대주·가장으로서의 지위를 형성하였으며, 1955년 배우자와 혼인 후 1955∼1963년 동안 자녀 4명을 출산하였다.
이와 같은 가족·생활 구조에서 별도의 상시근로 직업 없이 농업에 종사하면서 쟁점토지 등을 경작하며 생계를 유지하였을 개연성이 매우 크다.(나)경기도 OOO는 OOO 후손들이 집성촌을 형성한 지역으로 전통적으로 종중·문중의 농지 소유 및 후손들의 자가경작 형태가 이어져 온 곳이다. 이러한 집성촌에서는 외부 임차인에게 농지를 장기간 임대하기보다는 후손 세대가 직접 경작하는 것이 통상적인 관행이다.(다)피상속인에 대하여 당시 서울특별시 또는 타 지역에서의 상시 근로, 사업자등록 등 비농업 소득활동이 확인되는 자료는 없다.
조특법 시행령 제66조 제14항이 규정한 바와 같이 일정 규모 이상의 사업소득·근로소득이 있는 기간은 경작기간에 제외되나, 피상속인에 대하여 이러한 고액 소득이 존재했다는 자료가 없다.위와 같은 정황을 모두 종합하면, 피상속인은 1952∼1955년경부터 쟁점토지를 포함한 선대 농지를 직접 경작·관리하면서 가족의 생계를 책임져 왔고, 적어도 1968년 서울특별시 OOO로 주소를 이전하기 전까지는 쟁점토지에 대한 농작업을 직접 수행하였다고 보는 것이 합리적인 사실관계에 대한 판단이다.
(4)선결정례의 경우 이 건과 같이 자경을 주장하는 기간이 수십 년 전인 사례에서, 등기부·주민등록·제적등본 등 간접자료와 당시 농촌현실, 가족관계 등 정황 등으로 볼 때 자경이 합리적으로 추정되는 경우에는 명시적인 농자재 영수증·판매장부 등이 없다는 이유만으로 자경을 부정할 수 없다고 판단하고 있다.이 건에서도 청구인은 피상속인과 가족의 출생·거주사실(제적등본, 주민등록표), 쟁점토지 보존등기(상속에 의한 취득 정황), OOO 집성촌이라는 마을 구조 등의 증빙을 제출하여 피상속인이 쟁점토지를 자경하였다는 사실을 입증하고 있으므로, 수십 년 전 농촌지역 자경에 대하여 농자재·판매 영수증 등 직접 증빙의 부존재만을 이유로 자경을 부인하는 것은 부당하다고 할 것이다.
(5)처분청은 1968.10.20.부터 1976.3.24.까지 피상속인이 서울특별시 OOO에 주소를 두고 있었던 기간에 대하여만 청구인이 쟁점토지 자경을 주장하는 것으로 오해하고 의견을 제시하고 있다.처분청은 피상속인이 서울특별시 OOO에 주소를 두고 있던 기간이 약 7년 6개월로서 8년에 미달하고, 1960∼1970년대 교통 인프라 등을 감안하면 쟁점토지와의 직선거리가 약 28∼29㎞에 이르는 서울특별시 OOO에 거주하면서 주당 여러 차례 쟁점토지에 오가면서 자경을 했다고 보기는 어렵다는 취지의 의견이다.그러나 청구인이 주장하는 피상속인의 재촌·자경 기간은 위에서 본 바와 같이 서울특별시로 전출하기 전인 1952년경부터 1968년까지의 B 거주기간이다.
쟁점토지 인근에 위치한 B에서의 거주기간만으로도 피상속인의 재촌·자경요건은 이미 충족되므로 처분청이 서울특별시 OOO 거주기간만을 문제삼아 ‘8년 기간 미달’ 또는 ‘자경 불인정’으로 판단하는 것은 타당하지 않다고 할 것이다.
나.처분청 의견(1)조세감면요건에 대한 입증책임은 납세자인 청구인에게 있음에도 불구하고 청구인 및 피상속인이 8년이상 재촌·자경했다는 사실에 대한 객관적인 증빙이 제출되지 아니하였다.조특법 제69조 제1항은 8년 이상 직접 경작한 농지를 양도하는 경우 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있는바, 이는 조세감면에 관한 특례규정으로서 그 적용요건은 엄격하게 해석되어야 하고, 그 요건사실에 대한 입증책임은 감면을 주장하는 청구인에게 있다.동 조항의 ‘직접 경작’이라 함은 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력으로 수행하는 것을 의미하는바, 단순한 농지의 소유 또는 공부상 등재만으로는 그 요건을 충족하였다고 볼 수 없고, 실제로 계속적·반복적으로 농작업에 종사하였다는 사실이 객관적 자료에 의하여 확인되어야 한다.
즉, 실질적인 자경사실을 인정하기 위해서는 농자재 구입내역, 농산물 판매자료, 농협 거래내역, 관련 소득자료, 경작 사진 등 객관적이고 구체적인 증빙이 요구된다고 할 것이다.
(2)청구인은 피상속인이 1968년 10월부터 1976년 3월까지 해당 농지를 직접 경작하였다고 주장하고 있으나, 위 기간은 7년 6개월에 불과하여 법령에서 요구하는 8년의 기간에 명백히 미달한다.또한 쟁점토지와 1968년 10월부터 1976년 3월까지의 피상속인의 주소지인 서울특별시 OOO 주소지가 직선거리 30㎞ 내에 있다고 하더라도, 1968년부터 1976년까지의 교통 인프라 및 사회적 여건을 고려할 때, 서울 도심에서 경기 북부지역 농지까지 28∼29㎞의 거리를 지속적·반복적으로 왕복하며 직접 경작을 수행하였다고 인정하기 위해서는 상당히 구체적인 소명이 요구된다고 할 것이다.
특히 자가용 보유율이 낮고 도로망과 교통수단을 고려할 때, 농작업의 절반 이상을 피상속인이 수행했다는 것은 사회통념 및 경험칙에 비추어 신뢰하기 어렵다.
3.심리 및 판단가.쟁점피상속인이 8년 이상 쟁점토지 소재지 인근에서 거주하며 직접 경작하였으므로 피상속인의 경작기간을 통산하면 청구인은 조특법 제69조 제1항에 따른 8년 재촌·자경요건을 충족하였다는 청구주장의 당부나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.사실관계 및 판단(1)쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점토지는 아래 ＜표1＞과 같이 소유자를 피상속인(주소지로 B 기재)으로 하여 1961.12.22. 소유권보존등기되었고, 청구인이 2023.5.5. 상속으로 취득하였다가 2025.1.10. 매매로 양도한 것으로 확인된다.＜표1＞쟁점토지 등기사항전부증명서(갑구 발췌)OOO(2)피상속인의 제적등본에 따르면, 피상속인의 부친의 사망일은 1951.1.1.이고, 아래 ＜표2＞와 같이 피상속인 및 1955.9.2.부터 1963.8.23.에 걸쳐 출생한 피상속인 자녀 4인(청구인 포함)의 출생장소는 모두 ‘B’인 것으로 확인된다.＜표2＞피상속인 제적등본(발췌)OOO(3)피상속인의 주민등록표(말소자 초본)에 따르면, 아래 ＜표3＞과 같이 1968.10.20.자 ‘서울특별시 OOO’ 주소가 ‘최초작성’ 사유로 기재되었고, 이후 1968.10.20.부터 1976.3.23.까지 서울특별시 OOO에 주소를 두었다가, 1976.3.24. 서울특별시 OOO으로 전입한 이후로는 사망시(2023.5.5.)까지 계속하여 서울특별시 OOO에 주소를 두었던 것으로 확인된다.＜표3＞피상속인 주민등록표(발췌)OOO(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인 및 피상속인의 재촌·자경여부와 관련하여 객관적·구체적인 증빙이 제출되지 아니하였으므로 청구인이 조특법 제69조 제1항에 따른 자경농지 감면 규정의 재촌·자경요건을 충족하지 못하였다는 의견이나,등기사항전부증명서상 쟁점토지의 최초 소유권보존등기일은 1961.12.22.로 나타나는데, 이는 피상속인의 제적등본 상 확인되는 피상속인 부친의 사망일이 1951.1.1.로서, 피상속인이 그 부친 사망으로 쟁점토지를 상속받아 소유권을 취득한 이후 사후적으로 소유권보존등기를 마친 것으로 보이는 점, 피상속인의 제적등본에 따르면 1932.8.19. 출생한 피상속인과 1955.9.2.부터 1963.8.23.에 걸쳐 출생한 피상속인의 자녀 4인(청구인 포함)의 출생장소는 모두 ‘B’인 것으로 확인되어 피상속인은 1968.10.20. 주민등록표상 최초작성 주소지인 서울특별시 OOO로 전입할 때까지 쟁점토지 소재지에서 재촌한 것으로 보이는 점, 피상속인의 재촌기간 동안 쟁점토지를 자경하였는지에 대한 직접적인 증빙은 부족하나 이 사건 심리일 현재시점으로부터 약 60∼70년 이전의 상황이므로 농자재 구입내역, 농산물 판매자료, 관련 소득자료, 경작 사진과 같은 자경에 관한 증빙의 제출을 기대하기에 무리가 있고 당시 농업이 주업이었던 우리나라의 경제상황 등을 감안할 때 피상속인이 다른 상시 근로 직업을 갖는 등 자경을 하지 아니하였다는 증거도 없는 이상, 자경하였음을 인정하는 것이 합리적으로 보이는 점(조심 2019부739, 2019.10.1., 같은 뜻임), 청구인은 피상속인으로부터 쟁점토지를 상속을 원인으로 취득(2023.5.5.)한 후 3년 이내에 이를 양도(2025.1.10.)한 점, 위와 같은 사정 등을 종합적으로 고려하여 볼 때 피상속인은 1968.10.20. 서울특별시로 전입하기 전까지 8년 이상 쟁점토지 소재지에서 거주하며 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 보이고 이러한 피상속인의 경작기간은 조특법 시행령 제66조 제12항에 따라 청구인의 경작기간으로 통산이 가능한 점 등에 비추어, 처분청이 피상속인의 재촌·자경여부에 대하여 증빙이 부족하다고 보아 청구인의 경정청구를 거부통지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞관련 법령(1)조세특례제한법제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)①농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
(2)조세특례제한법 시행령제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)①법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1.농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역2.제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역3.해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역④법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
(각 호 생략)⑪제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1.피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)2.피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간⑫제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.
(각 호 생략)⑬법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1.거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것2.거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.⑭제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.1.「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우.
이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.2.「소득세법」 제24조 제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우
