쟁점1토지는 신설정비기반시설에 재편입되는 토지로서, 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 OOO 일대(38,502.9㎡)OOO정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)의 사업시행자로서, 2022.11.25. 처분청으로부터 이 건 정비사업의 준공인가를 받았고, 이에 따라「도시 및 주거환경정비법」제97조 제2항에 따라 이 건 정비사업으로 폐지되는 정비기반시설 토지 1,313.04㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 이를「지방세특례제한법」제74조 제5항 제1호 및 부칙 제17조(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따른 감면대상(75% 감면)으로 하여 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 ① 이 건 토지 중 일부 862.04㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 신설정비기반시설에 다시 편입되었으므로, 이는 이 건 감면규정이 아니라「지방세법」제9조 제2항을 적용하여 그 취득세를 비과세해야 하고, ② 이 건 토지 중 국민주택규모 주택의 부속토지에 해당하는 면적 422.5㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)에 대해서는 농어촌특별세를 비과세하여야 한다고 주장하면서, 2025.5.2. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.25. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.15. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점①토지는 신설되는 정비기반시설에 그대로 재편입되므로, 「지방세법」 제9조 제2항 본문을 적용하여 취득세 등이 비과세되어야 한다.(가) 「지방세법」(2021.12.7. 법률 제18544호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항은 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.(나) 대법원은 위 조항의 입법취지에 관하여 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 취득세를 비과세하겠다는 데에 있다고 판시하였다(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결 등, 같은 뜻임).(다) 조세심판원 또한 재건축정비사업조합이 용도폐지로 무상양여 받은 도로를 다시 신설도로에 편입한 경우에 대하여, 재건축조합은 종전의 도로를 자신의 부담으로 새로운 도로로 대체하여 처분청에 귀속하는 역할만 하였을 뿐, 이 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 해당 토지를 취득세 비과세 대상이라고 결정하였다(조심 2024지638, 2024.8.31. 등 다수, 같은 뜻임).(라) 청구법인이 사업시행계획인가를 받기 위하여 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제2항 등에 따라 제출한 사업시행계획서의 새로 설치할 정비기반시설조서에 의하면 쟁점①토지가 새로 설치할 정비기반시설 면적으로 기재되어 있는 사실이 확인된다.(마) 따라서, 청구법인은 쟁점①토지를 자신의 부담으로 새로운 도로로 대체하여 다시 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 소유하는 역할만 하였을 뿐, 이 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어렵다고 할 것인바, 쟁점①토지는「지방세법」제9조 제2항 본문에 의하여 취득세 등이 비과세되는 것이 타당하고, 처분청이 이와 다른 전제에서 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

(2) 쟁점②토지는 취득시점에 국민주택규모 이하의 공동주택 부속토지에 해당하므로「농어촌특별세법」제4조 제11호에 따라 농어촌특별세가 비과세되어야 한다.(가) 농어촌특별세법(2021.12.21. 법률 제18589호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제9호 및 제11호는 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 및 취득세의 감면에 해당하는 경우 농어촌특별세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32431호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제4항은 대통령령으로 정하는 서민주택이란 주택법 제2조 제6호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로 규정하고 있으며, 「주택법」 제2조 제6호는 국민주택규모란 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 말한다고 규정하고 있다.(나) 조세심판원은 정비사업조합이 「지방세법 시행령」 제20조 제6항에 따라 처분청에서 부분준공인가를 하여 공동주택용 건축물을 신축하여 취득하고, 그 준공인가일 이후 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제5항에 따라 준공인가통지일에 용도폐지되는 정비기반시설 토지를 무상으로 취득한 경우, 위 공동주택용 건축물의 일부가 국민주택 규모에 해당하는 것으로 확인되는 이상, 쟁점토지 중 일부는 국민주택의 부속토지로서 농어촌특별세의 비과세대상으로 보아야 한다고 결정한바 있다(조심 2023지465, 2024.3.5., 같은 뜻임).(다) 쟁점②토지의 취득시기는 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제5항에 따라 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때이고, 이 시점은 이 건 정비사업의 아파트용 건축물의 취득시기인 준공인가일과 같거나 그 이후인바, 이 건 토지 중 주거전용면적이 85㎡ 이하의 공동주택 부속토지는 농어촌특별세가 비과세되어야 한다.(라) 한편, 이 건 정비사업을 통하여 신축한 공동주택 중 주거전용면적이 85㎡ 이하의 공동주택 부속토지는 전체 공동주택 및 상가의 부속토지 30,779.9㎡ 중 28,833.33㎡로서 93.68%에 해당하므로, 이 건 토지 1,313.04㎡ 중 쟁점①토지를 제외한 나머지 451㎡의 93.63%에 해당하는 쟁점②토지(423.173㎡)은 주거전용면적이 85㎡ 이하의 공동주택 부속토지로서, 농어촌특별세가 비과세되는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견(1) 청구법인은 이 건 정비사업의 시행으로 이 건 토지를 무상양여받았으므로, 쟁점①토지에 대하여 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 비과세가 아닌 감면을 적용하는 것이 타당하다.(가) 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항에서는 국가 등에 기부채납 하는 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상양여받은 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 비과세하지 아니하고 감면하도록 하고 있다(조심 2025방217, 2025.8.4., 등 다수, 같은 뜻임).(나) 「도시 및 주거환경정비법」제97조 제2항에서는 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다고 규정하고 있는바, 신설 정비기반시설의 기부채납과 기존 정비기반시설의 취득은 불가분의 관계에 있다고 보는 것이 타당하다.(다) 청구법인은 이 건 정비사업을 시행하면서 국가등으로부터 이 건 용도폐지 정비기반시설을 무상 양여받은 사실이 확인되고, 무상 양여받은 용도폐지 정비기반시설을 신설 정비기반시설의 반대급부가 아니라고 보기 어려운 점에 비추어, 처분청이 쟁점①토지는 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 비과세 대상이 아니라는 전제에서 쟁점①토지 대한 취득세의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

(2) 청구법인은 국가ㆍ지방자치단체 또는 한국토지주택공사에 해당하지 않으므로, 쟁점②토지에 대한 농어촌특별세를 비과세할 수 없다.(가) 농어촌특별세가 비과세되는 “국민주택 부수되는 토지”라 함은 원칙적으로 국민주택 규모 이하의 주거용 건물 부속토지에 한하여 적용하는 것이 타당하고, 단지 토지만 취득하는 경우라면, 국가·지방자치단체 또는 한국토지주택공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 경우만이 농어촌특별세의 비과세대상에 해당한다(조심2009지306, 2009.10.1., 같은 뜻임) 할 것이다.(나) 이와 같이 「농어촌특별세법」에 의한 비과세 대상은 국가ㆍ지방자치단체 또는 한국토지주택공사가 개발ㆍ공급하는 토지로 제한하여 해석하여야 하므로, 청구법인이 이 건 정비사업의 사업시행자로서 쟁점②토지를 취득한 것은 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않는다는 전제에서 처분청이 쟁점②토지에 대한 농어촌특별세의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점①토지는 신설정비기반시설에 재편입되는 토지로서,「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부② 쟁점②토지는 국민주택 규모이하의 공동주택 부속토지로서, 농어촌특별세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2008.6.19.「도시 및 주거환경정비법」 및 정관에 따라 이 건 정비사업을 시행하기 위하여 설립인가를 받은 주택재개발정비사업조합이다.(나) 청구법인은 2010.9.24. 이 건 정비사업에 대한 사업시행인가를 받았고, 2017.7.18. 관리처분계획 인가를 거쳐 2022.11.25. 공동주택 및 부대 복리시설 등에 대한 준공인가를 받았으며, 2023.3.24. 이 건 정비사업에 대한 이전고시를 한 것으로 나타난다.(다) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 따르면, 이 건 정비사업으로 폐지된 정비기반시설(도로)은 1,313.04㎡이고, 이 건 토지 중 ① OOO 도로 206㎡ 중 일부(203.3㎡), ② OOO 도로 514㎡ 중 일부(128.7㎡), ③ OOO도로 7.64㎡ 전부, ④ OOO 도로 532.4㎡ 중 일부(522.4㎡), 합계 862.04㎡는 용도폐지되는 종전의 정비기반시설에서 신설되는 정비기반시설로 재편입된 것으로 나타난다.(라) 이 건 정비사업을 통하여 신축한 공동주택 중 주거전용면적이 85㎡ 이하의 공동주택 부속토지는 전체 공동주택 및 상가의 부속토지 30,779.9㎡ 중 28,833.33㎡로서 93.68%에 해당하고, 이 건 토지 1,313.04㎡ 중 쟁점①토지를 제외한 나머지 451㎡의 93.63%에 해당하는 쟁점②토지는 423.173㎡로 나타난다.＜공동주택 및 상가 면적별 비율＞

○

○

○(마) 청구법인은 2022.11.25. 처분청으로부터 이 건 정비사업의 준공인가를 받았고, 이 건 정비사업으로 폐지되는 이 건 토지(용도폐지 정비기반시설)를 취득한 후, 이를「지방세특례제한법」제74조 제5항 제1호 및 부칙 제17조에 따른 감면대상(75% 감면)으로 하여 이 건 취득세 등을 신고·납부하였다.(바) 청구법인은 2023.3.24. 이 건 정비사업에 대하여 소유권이전 고시를 하였다.(사) 청구법인은 쟁점①토지는 신설정비기반시설에 다시 편입되었으므로 이는「지방세법」제9조 제2항을 적용하여 취득세 비과세 대상에 해당하고, 국민주택규모 주택의 부속토지에 해당하는 쟁점②토지는 농어촌특별세 비과세 대상이라고 주장하면서, 2025.5.2. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.6.25. 이를 거부하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 쟁점①의 경우, 처분청은 청구법인이 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 사회기반시설을 무상으로 양여받았으므로 쟁점①토지는 비과세 대상이 아니라는 의견이나, 이 건 정비사업과 관련한 정비기반시설조서에 의하면, 쟁점①토지가 필지별로 신설정비기반시설에 편입되는 사실이 나타나고, 해당 면적의 적정성에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없으며, 이 건 정비사업의 이전고시에 의하면, 신설정비기반시설이 처분청에 무상귀속되는 사실이 나타나는 점, 청구법인은 쟁점①토지인 종전의 도로를 자신의 부담으로 새로운 도로·공원 등으로 대체하여 다시 처분청에 귀속하는 역할만 하였을 뿐, 이 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점①토지를「지방세법」제9조 제2항에서 규정하는 취득세 비과세 대상이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.(나) 쟁점②의 경우, 처분청은 청구법인이 국가ㆍ지방자치단체 등에 해당하지 않으므로 쟁점②토지에 대하여 농어촌특별세를 비과세할 수 없다는 의견이나, 「농어촌특별세법」 제4조 제11호 및 같은 법 시행령 제4조 제4항에서 국민주택규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지에 대하여 농어촌특별세를 비과세 하도록 규정하면서, 여기에서 처분청의 의견과 같이 해당 부동산의 취득 주체를 국가, 지방자치단체 등으로 한정하고 있지 아니한 점, 청구법인이 이 건 정비사업을 통하여 신축한 공동주택 중 주거전용면적이 85㎡ 이하의 공동주택 부속토지는 전체 공동주택 및 상가의 부속토지 30,779.9㎡ 중 28,833.33㎡로서 93.68%에 해당하므로, 이 건 토지 1,313.04㎡ 중 쟁점①토지를 제외한 나머지 451㎡의 93.83%에 해당하는 쟁점②토지(423.173㎡)는 주거전용면적이 85㎡ 이하의 공동주택 부속토지로서 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점②토지를 농어촌특별세 비과세 대상이 아닌 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법(2021.12.7. 법률 제18544호로 개정되기 전의 것)제7조(납세의무자 등) ⑧ 「주택법」 제11조에 따른 주택조합과 「도시 및 주거환경정비법」 제35조 제3항 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 “주택조합등”이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다.

다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 “비조합원용 부동산”이라 한다)은 제외한다.제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(2) 지방세법 시행령(2021.10.21. 대통령령 제32091호로 개정되기 전의 것)제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다.

이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

(3) 농어촌특별세법(2021.12.21. 법률 제18589호로 개정되기 전의 것)제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세(4) 농어촌특별세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32431호로 개정되기 전의 것)제4조(비과세) ④ 법 제4조 제9호 및 제11호에서 “대통령령으로 정하는 서민주택”이란「주택법」제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다.

(5) 주택법제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.6. “국민주택규모”란 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 “주거전용면적”이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)을 말한다. 이 경우 주거전용면적의 산정방법은 국토교통부령으로 정한다.

(6) 도시 및 주거환경정비법(2021.8.10. 법률 제18388호로 개정되기 전의 것)제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.

서울특별시 영등포구청장이 2025.6.25. 청구법인에게 한 취득세 등 합계 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.