쟁점차량 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 2023.11.1. 강원특별자치도 OOO에 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 비주거용 건물 임대업 등의 사업자등록을 한 개인사업자이다.

나. 청구인은 2024.6.14. 공급받는 자를 쟁점사업장으로 하여 B 주식회사로부터 비영업용 소형승용차(C, 이하 “쟁점차량”이라 한다)를 OOO원(공급가액)에 매입하고 세금계산서를 수취한 후, 2024년 제1기 부가가치세 신고시 관련 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하였다(OOO원 환급신고).다. 중부지방국세청장은 2025년 9월 청구인의 부가가치세 신고내용에 대하여 확인한 결과, 쟁점차량 구입이 쟁점사업장의 사업과 무관하고 비영업용 소형승용차의 구입에 해당하는 것으로 보아 처분청에 쟁점매입세액을 불공제하여 청구인의 2024년 제1기 부가가치세를 경정·결정할 것을 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2026.3.3. 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 청구인에게 2024년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.＜표1＞ 부가가치세 신고 및 경정 내역(쟁점사업장)OOO라. 청구인은 이에 불복하여 2026.4.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 실질과세의 원칙에 위반된 위법한 처분이다.청구인은 2024.7.30. 경기도 OOO에 자동차임대업으로 사업자등록을 하고, 2024.7.31. 경기도 OOO호에 ‘D’(이하 “쟁점자동차임대업”이라 한다)라는 상호로 사업자등록을 한 후, 쟁점차량으로 2025.7.24.까지 쟁점자동차임대업을 영위하였다.청구인은 자동차임대업에 사용할 목적으로 2024.6.14. 쟁점차량을 취득하였으나, 쟁점자동차임대업의 사업자등록이 쟁점차량 취득 당시 이루어지지 않았기 때문에 쟁점사업장의 2024년 제1기 부가가치세 신고시, 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하였다.청구인은 쟁점차량을 자동차임대업에만 사용하였고 사적으로 사용한 사실이 없다.

그럼에도 처분청은 형식적으로 사업자등록만을 기준으로 하여 쟁점차량이 실제 자동차임대업에 사용되는 사업용자산이라는 점은 고려하지 않고 쟁점매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과하였으므로 이는 실질과세의 원칙에 위반한다.청구인은 관련 법령에서 요구하는 사업자등록을 신청하기 전 매입세액을 공제하기 위한 요건인 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내(2024.7.20.)에는 해당하지 않지만 그로부터 겨우 11일이 도과한 2024.7.31. 쟁점자동차임대업의 사업자등록을 신청하였다.과세관청은 쟁점차량의 매입세금계산서가 쟁점사업장(부동산 임대사업장) 명의로 발행되었다는 점, 실제 쟁점차량을 사용한 자동차임대업 사업자등록 신청이 관련 법령에서 정한 기간(20일) 보다 늦게 이루어졌다는 점 등을 이유로 관련 매입세액공제를 부인하고 있으나 2024.6.14. 쟁점차량을 취득한 이후 쟁점자동차임대업으로 사업자등록을 하기 위한 준비기간이 필요했고, 2024.7.31.까지의 기간은 사업개시를 위한 객관적 준비기간이었는바, 쟁점차량은 사업 개시를 위하여 필요한 사업용 자산으로 실제 자동차대여업에 사용할 목적으로 취득한 것이므로 이를 쟁점사업장의 사업과 관련이 없는 지출로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하여 이루어진 이 건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

(2) 쟁점자동차임대업 사업자등록 지연은 청구인의 귀책에 의한 것이 아니다.쟁점자동차임대업은 E 운영정책상 경기도 소재 사업자만 등록이 가능하여 청구인은 불가피하게 사업장소재지를 변경하여 2024.7.31. 사업자등록을 신청하게 되었다. 청구인의 사업자등록 지연은 정부가 E 사업을 경기도 지역에 제한하였기 때문이고, 이는 신규창업과정에서의 행정적 착오에 불과하며 청구인의 귀책으로 볼 수 없다.

(3) 과잉금지의 원칙에 위반한 처분이다.과세관청은 쟁점차량을 사용한 자동차임대업 사업자등록 신청이 관련 법령에서 정한 기간(20일) 보다 늦게 이루어졌다는 점을 이유로 쟁점매입세액 전액을 매출세액에서 불공제하였는바, 이는 과잉금지의 원칙(비례의 원칙)에 위반한 처분이고 과세형평에도 위반된다.

(4) 처분청 의견과 관련한 항변은 다음과 같다.(가) 신의성실원칙에 대한 항변은 다음과 같다.1) 처분청은 쟁점차량의 매입주체는 새로 사업을 개시하는 쟁점자동차임대업이어야 함에도 청구인은 이와 전혀 별개의 사업장인 쟁점사업장 명의로 세금계산서를 발급받았으므로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 따라서 처분청이 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.2) 「국세기본법」 제15조의 신의성실 원칙은 과세관청이 필요할 때만 선택적으로 적용하는 선언적 규정이 아니라, 세법 해석과 집행의 전 과정을 지배하는 대원칙이다.

처분청은 성실납세조사를 통해 청구인의 매입 증빙과 사업 실질이 100% 진실하며 탈세의도가 전혀 없음을 직접 확인하고 공인했다. 그렇다면 잘못 지정된 사업장의 매입세액을 부인함과 동시에, 정당한 사업장으로 소급하여 이행할 수 있도록 행정적 권리 구제 절차를 안내하는 것이 납세자 보호를 위한 당연한 의무이다. 자신들의 행정적 지도 의무방기를 ‘의무가 없다’고 자백하며 책임을 납세자에게 전가하는 처분청의 태도는 신의성실의 원칙을 정면으로 부정하는 행정 편의주의적 발상이다.(나) 조세법률주의 엄격해석 및 실질과세원칙 위반과 관련한 항변은 다음과 같다.1) 처분청은 「부가가치세법」상 사업장단위 과세원칙과 세금계산서 수취 요건은 형식적 요건이 아니라 필수적 요건이므로, 실질과세원칙을 이유로 이를 무시해서는 안 된다는 의견이다.2) 이는 대법원의 확립된 법리를 무시한 본말전도이다.

대법원(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결 등)은 사업장별 구분이나 등록기한 등은 세무행정의 통제 편의를 위한 ‘절차적, 형식적 규정’에 불과하므로, 상위법이자 조세법의 최고 이념인 ‘실질과세원칙’의 본질적 가치를 무력화 할 수 없다고 일관되게 판시하고 있다. 본 건은 매입과 매출의 실질, 그리고 세액 부담의 사실이 완벽하게 입증된 사건이다. 하위의 절차적 규정을 강변하며 실질과세원칙을 배제하겠다는 처분청의 의견은 조세법률주의의 근본 취지를 오해한 유추해석이다.(다) 부가가치세 매입세액공제가 가능한 등록 전 매입세액에 해당하지 않는다는 의견에 대한 항변은 다음과 같다.1) 처분청은 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 의하면 사업자등록 전 매입세액으로 인정받기 위해서는 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록하여야 하는데, 청구인은 2024.6.14. 쟁점차량을 구입하였고, 쟁점자동차임대업의 사업자등록을 2024.7.31.에 하였으므로 부가가치세 매입세액공제가 가능한 등록 전 매입세액에 해당하지 않는다는 의견이다.2) 처분청은 해당 조항의 구제 취지를 심각하게 오해하고 있다.

「부가가치세법」 제39조 제1항 제1호 단서(과세기간 종료 후 20일이내 등록시 소급공제)의 본질은 아예 사업자등록을 하지 않고 음성적으로 거래하던 미등록자에게도 최소한의 구제 기회를 주어 매입세액을 공제해 주겠다는 취지이다. 청구인은 세무 통제를 벗어난 무등록 탈세업자가 아니라 이미 정당하게 개설된 사업장(OOO) 명의로 매입·매출을 국세청 전산망에 100% 투명하게 노출하며 신고, 납부하던 중 지자체 인허가 일정으로 인해 단 11일의 착오가 발생한 것에 불과하다.

아예 등록조차 안했던 자도 구제해 주는 법의 정신에 비추어 볼 때 이미 전산망에 포착된 성실납세자의 단순 사업장 착오 변경을 구제 불가능하다며 가혹하게 추징하는 것은 조세평등주의의 심각한 왜곡이다.3) 처분청은 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따라 사업자등록을 신청하기 전 매입세액은 공제되지 아니하고, 다만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내(2024.7.20.)에 등록을 신청한 경우에 한하여 예외적으로 그 과세기간 내의 매입세액을 공제하도록 엄격히 제한하고 있으며 해당 법정 등록기한(과세기간 종료 후 20일 이내) 규정은 제척기간 또는 효력요건으로 주관적 사유를 이유로 이를 도과한 경우 공제혜택을 부여할 수 없다(광주고등법원 2025.10.29. 선고 2025누10251 판결 참조)는 의견이다.4) 본 건은 단순히 법 규정을 무시해 달라는 것이 아니다.

청구인은 과세기간 종료 후 지자체 인허가가 나오는 즉시(2024.7.31.) 사업자등록을 완료하여 납세자로서의 협력의무를 다하고자 최선을 다했다. 거래의 실질이 존재하고 국고 손실이 전혀 없음이 증명되었음에도, 단지 기속규정이라는 형식논리에만 매몰되어 납세자의 실질적 권리인 매입세액공제를 전액 부인하는 것은 행정의 목적과 수단 간의 비례를 상실한 가혹한 처사이다.(라) 사업장 간 착오 기재 여부 및 처분청이 원용한 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 판결에 대한 항변은 다음과 같다.1) 처분청은 본 건은 단순 착오 기재가 아니며, 세금계산서상 공급받는 자의 등록번호가 다른 경우 「부가가치세법」 제60조에 따라 거래 사실 여부를 떠나 무조건 불공제 대상이며 이러한 사실은 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 판결을 통해 확인할 수 있다는 의견이다.2) 처분청이 인용한 대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 판결은 명의위장 사업자가 타인의 명의로 세금계산서를 수수하여 거래 단계의 추적을 불가능하게 만들고 세무 통제 기능을 마비시킨 악의적 탈세 사건에 관한 것으로, 본 건과 본질이 완전히 다르다.

청구인은 동일한 인격체 내에서 지방자치단체의 인허가 절차로 인해 두 사업장 간의 일시적 착오가 발생한 것 뿐이다. 청구인은 정부 규제 샌드박스 신산업을 영위하여 발생한 매출 부가가치세를 누락없이 100% 전액 납부했다. 거래상대방이나 명의를 위장하여 국세청을 속인 사 실이 전혀 없음에도, 영세 소상공인의 단순 절차 착오를 ‘악의적 명의 위장 범죄자’의 판례에 끼워 맞추는 처분청의 해석은 자의적 인 아전인수식 왜곡이다.(마) 규제샌드박스 실증특례 기반 사업의 인허가 절차 지연에 대한 항변은 다음과 같다.1) 처분청은 지자체 인허가 지연 등은 내부적 사정일 뿐이며, 「국세기본법」 및 「부가가치세법」상 연장 사유인 ‘천재지변이나 이에 준하는 사유’가 아니므로 불가피한 지연으로 인정할 수 없다는 의견이다.2) 처분청은 정부가 주도하는 ‘규제샌드박스 실증특례’ 신산 업의 구조적 특수성을 완전히 무시하고 있다.

본 사업(E)은 정부(과학기술정보통신부)의 승인하에 진행된 특례사업이므로, 지방자치단체의 행정적 인허가 프로세스가 완료되어야만 정식 사업자등록증의 업태변경 및 등록이 가능한 연쇄적 구조를 가지고 있다. 지방자치단체의 행정 처리에 시간이 걸리는 물리적 한계로 인해 발생한 11일의 기간 도과는 납세자의 태만이나 고의가 아닌 ‘행정절차상 불가항력적 사유’이다. 이를 천재지변이 아니라는 이유로 납세자의 귀책으로 몰아 붙이는 것은 정부 정책을 믿고 따른 소상공인에게 모든 행정리스크를 전가하는 부당한 행정이다.(바) 조세 채권 손실 유무와 과잉금지 원칙 위반 여부 및 결론에 대한 항변은 다음과 같다.1) 처분청은 「부가가치세법」상 사업자등록과 기한 내 등록은 매입세액을 공제받기 위한 필수적인 전제요건이고, 실질과세의 원칙은 형식과 실질이 다른 경우 실질에 따라 과세한다는 원칙이지 법이 정한 엄격한 절차와 기한 자체를 무의미하게 만드는 원칙이 아니며 이는 단순한 행정편의를 위한 것이 아니라 거래의 투명성을 확보하고 탈세를 방지하기 위한 제도적, 적법성 확보를 위한 필수적 규정인바, 조세법률주의의 엄격해석 원칙상 법적기한 내에 적법한 명의로 등록 및 신고를 하지 아니한 청구인에게 매입세액공제를 부인한 이 건 처분은 실질과세의 원칙을 위반한 것이 아니라 법을 올바르게 집행한 것이라는 의견이다.2) 이는 두 가지 심각한 오류를 범하고 있다.가) 첫째, 매입세액공제는 시혜적 혜택이 아니라 전단계세액공제제도를 근간으로 하는 「부가가치세법」상 사업자의 당연한 권리이다.

처분청의 논리대로라면 국가의 매출세금은 다 받아 가고 매입세액은 고작 11일 늦었다는 이유로 환급해 주지 않겠다는 것인데, 이는 국가가 납세자의 재산을 아무런 정당한 이유없이 찬탈하는 국가의 이중이득(부당이득)이며 과잉금지 원칙 위반이다.나) 둘째, 처분청은 형평성의 대상을 잘못 짚었다. 조세형평성은 같은 것은 같게, 다른 것은 다르게 취급하는 것이다. 진짜 처벌 받아야 할 대상은 세금을 탈루하기 위해 무자료 거래를 하거나 명의를 위장한 탈세업자들이다.

거래 실질이 100% 입증되었고 세액을 단 1원도 누락없이 부담한 청구인을 탈세 행위자들과 똑같이 취급하여 매입세액을 전액 부인하는 것이야말로 진정한 성실납세자들에 대한 역차별이자 형평성 파괴이다.

(5) 본 건의 실질 거래와 성실 납부 사실은 처분청조차 부인하지 못하는 명백한 사실이다. 처분청은 ‘날짜가 지났다’는 형식적 기속규정만 도돌이표처럼 반복할 뿐, 왜 탈세 의도가 전혀 없고 부가가치세를 100% 납부한 성실 소상공인에게 정부 인허가 지연의 책임을 전가하여 국가가 이중 이득을 취해야 하는지에 대해서는 아무런 법리적 해명을 하지 못하고 있다. 이것은 단지 절차적 등록기한이 지자체 인허가과정에서 11일 늦었다는 형식적 이유만으로 매입세액 전부를 부인하고 추징하는 처분청의 처분은 실질과세원칙과 부당이득금지 원칙을 정면으로 위반한 부당한 처분이므로, 조세심판원의 선결정례(조심 2015부5465, 2016.4.4. 등)의 취지에 따라, 이 건 부과처분은 모두 취소(인용)되어야 한다.

나. 처분청 의견(1) 청구인은 쟁점차량을 취득하여 실제 자동차임대업에 사용하였으므로 쟁점매입세액은 매입세액공제대상이라는 의견이나, 쟁점차량 구입은 부동산임대업을 영위하는 쟁점사업장의 사업과 직접 관련이 없는 지출 및 비영업용소형승용차 구입에 해당한다.과세사업을 영위하는 개인사업자가 다른 지역에 기존 사업내용과 관련이 없는 사업장을 설치하는 경우 해당 신설 사업장의 설치와 관련된 매입세액은 기존 사업장에서 공제되지 않는다(“부가가치세법 집행기준” 38-0-3 제3항 제2호). 따라서 쟁점매입세액은 부가가치세 매입세액공제대상에 해당하지 않는다.

(2) 청구인은 쟁점자동차임대업 사업자등록 전 취득한 자산이라고 하더라도 매입세액공제가 가능하므로 쟁점매입세액은 매입세액공제대상이라는 의견이나, 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 의하면 사업자등록 전 매입세액으로 인정받기 위해서는 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록하여야 하는데, 청구인은 2024.6.14. 쟁점차량을 구입하였고, 쟁점자동차임대업의 사업자등록을 2024.7.31.에 하였으므로 부가가치세 매입세액공제가 가능한 등록 전 매입세액에 해당하지 않는다.(3) 「부가가치세법」 제32조에 의하면 공급받는 자의 등록번호는 세금계산서의 필요적 기재사항으로, 위반하거나 사실과 다르게 기재하는 경우 같은 법 제39조 제1항 제5호에 따라 관련 매입세액은 공제하지 않는다.실질적 귀속여부와 관련 없이 실제 공급받는 주체와 세금계산서상의 명의자가 다르면 관련 매입세액은 공제될 수 없으며 이는 거래의 투명성을 확보하기 위해 엄격하게 적용되어야 한다(대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 판결, 대법원 2025.5.29. 선고 2023두41314 판결, 같은 뜻임).쟁점차량의 매입주체는 새로 사업을 개시하는 쟁점자동차임대업이어야 함에도 청구인은 이와 전혀 별개의 사업장인 쟁점사업장 명의로 세금계산서를 발급받았으므로 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 따라서 처분청이 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

(4) 청구인은 쟁점자동차임대업 사업자등록 신청이 법정기한(2024.7.20.)보다 수일(2024.7.31.) 늦었을 뿐 정부추진사업에 참여하는 과정에서의 행정착오에 불과하므로 구제되어야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따라 사업자등록을 신청하기 전 매입세액은 공제되지 아니하고, 다만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내(2024.7.20.)에 등록을 신청한 경우에 한하여 예외적으로 그 과세기간 내의 매입세액을 공제하도록 엄격히 제한하고 있다.청구인은 과세기간 종료 후 31일이 경과한 2024.7.31.에야 비로소 등록신청을 하였으므로 관련 규정에 따라 예외규정의 적용을 받을 수 있는 요건에 해당하지 않는다.

법정 등록기한(과세기간 종료 후 20일 이내)은 제척기간 또는 효력요건으로 주관적 사유를 이유로 이를 도과한 경우 공제혜택을 부여할 수 없다(광주고등법원 2025.10.29. 선고 2025누10251 판결 참조).(5) 「부가가치세법」상 사업자등록과 기한 내 등록은 매입세액을 공제받기 위한 필수적인 전제요건이다.실질과세의 원칙은 형식과 실질이 다른 경우 실질에 따라 과세한다는 원칙이지 법이 정한 엄격한 절차와 기한 자체를 무의미하게 만드는 원칙이 아니며 이는 단순한 행정편의를 위한 것이 아니라 거래의 투명성을 확보하고 탈세를 방지하기 위한 제도적, 적법성 확보를 위한 필수적 규정이다.이를 무시하고 사후적인 실질만을 이유로 모두 매입세액공제를 인정한다면 사업자등록제도 및 세금계산서 제도의 근간이 흔들리게 된다.

따라서 조세법률주의의 엄격해석 원칙상 법적기한 내에 적법한 명의로 등록 및 신고를 하지 아니한 청구인에게 매입세액공제를 부인한 이 건 처분은 실질과세의 원칙을 위반한 것이 아니라 법을 올바르게 집행한 것이다.청구인은 실질과세의 원칙을 전면에 내세우고 있으나, 대법원은 세무업무를 통제하기 위한 절차적 규정(세금계산서, 등록기한)에는 실질과세의 원칙보다 조세법률주의(엄격해석의 원칙)가 우선한다고 판시하고 있다(대법원 2016.3.24. 선고 2014두46430 판결, 대법원 2006.12.7. 선고 2006두11378 판결 각 참조). 세금계산서 불공제 제도와 등록기한 제한은 거래의 포착을 위한 법적 장치이므로 이를 무시하고 실질과세만을 주장할 수 없다.

(6) 이상의 내용을 종합해 볼 때, 청구인은 실질만을 강조하고 법이 정한 엄격한 등록기한과 절차를 무시하고 있다. 그러나 「부가가치세법」은 엄격한 신고주의에 기반하고 있으며 정당한 매입세액공제를 받기 위해서는 법에서 정한 기한과 요건을 반드시 준수해야 한다. 또한 조세법률주의의 엄격해석 원칙상 등록기한(과세기간 종료 후 20일 이내)을 도과한 청구인의 사정은 매입세액공제의 예외사유가 될 수 없으므로 이 건 부가가치세 과세처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점차량을 쟁점사업장의 사업과 무관하게 구입한 비영업용 소형승용차로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 처분의 당부② 쟁점차량을 쟁점자동차임대업에 실제 공하였으므로 사업자등록 전 쟁점차량 취득관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인의 부가가치세 신고내역과 처분청의 경정결의서 등에 의하면, 청구인은 공급받는 자를 쟁점사업장으로 하여 2024.6.14. B 주식회사로부터 쟁점차량을 OOO원(공급가액)에 매입하고 세금계산서를 수취한 후 쟁점사업장의 2024년 제1기 부가가치세 신고시 매입세액공제를 적용하였으나, 처분청은 쟁점매입세액을 부동산임대업인 쟁점사업장의 사업과 직접 관련없는 지출 및 비영업용소형승용차 매입세액 부당공제로 보아 이를 매출세액에서 불공제하였다.

(2) 쟁점사업장 및 쟁점자동차임대업의 사업자 기본사항은 아래 ＜표2＞ 기재와 같다.＜표2＞ 사업자 기본사항OOO(3) 쟁점매입세금계산서 내역은 아래 ＜표3＞ 기재와 같다.＜표3＞ 쟁점매입세금계산서 내역OOO(4) 쟁점자동차임대업에 대한 부가가치세 신고내역은 ＜표4＞ 기재와 같다.＜표4＞ 쟁점자동차임대업 부가가치세 신고내역OOO(5) E 홈페이지(OOO) 조회자료에 의하면, E는 개인차량 소유자와 차량을 필요로 하는 이용자를 연결하는 공유경제 기반 모빌리티플랫폼으로, 대표자 G이 H라는 법인을 설립하여 서비스 이용자가 E 어플리케이션을 이용해 차량을 등록하거나 예약할 수 있도록 하는 사업으로, 2021년 4월 규제샌드박스 실증특례 사업으로 지정(당시 사업범위 : 경기도 OOO)되었고, 2023년 7월 경기도 전역으로 사업을 확대한 것으로 확인된다.

(6) 쟁점자동차임대업과 관련하여 제출된 자동차대여사업등록증(OOO) 및 사업자등록증(2024.7.31.)에 의하면, 청구인은 G 대표가 운영하는 E서비스에 본인 소유의 쟁점차량을 등록하여 다른 사용자들에게 이를 단기 대여하는 사업(D)을 운영하였고, E는 청구인을 대신하여 경기도 OOO에게 자동차대여사업등록허가를 신청하였으며, 청구인은 2024.7.30. 자동차대여사업등록허가를 받은 후 2024.7.31. 홈택스를 통해 사업자등록신청을 한 것으로 확인된다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점차량을 취득하여 실제 자동차임대업에 사용하였으므로 쟁점매입세액은 매입세액공제대상이라는 의견이나, 「부가가치세법」 제38조 제1항은 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 공제하는 매입세액으로 규정하고 있고, 위 규정에서 공제 가능한 매입세액으로 규정하고 있는 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’은 동일한 사업장 내에서 그 사업장의 사업상 필요에 의하여 사용되었거나 사용될 재화 등의 공급에 대한 세액을 의미하는 것인데(대법원 2006.1.26. 선고 2005두14608 판결 참조), 청구인 스스로 쟁점차량을 취득하여 쟁점자동차임대업(OOO)에 사용하였다고 주장하고 있으므로 쟁점차량 구입은 부동산임대업을 영위하는 쟁점사업장의 사업과 직접 관련이 없거나 비영업용 소형승용차 구입에 해당하는 것으로 보이는 점, 「부가가치세법」 제32조에 의하면 공급받는 자의 등록번호는 세금계산서의 필요적 기재사항이고, 이를 사실과 다르게 기재하는 경우 같은 법 제39조 제1항 제5호에 따라 관련 매입세액을 공제하지 아니하는 것인데, 쟁점차량과 직접 관련된 사업이 청구주장과 같이 쟁점자동차임대업이라면 쟁점차량 취득과 관련하여 쟁점사업장 명의로 발급받은 매입세금계산서는 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점차량 취득 관련 매입세액공제를 부인하고 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점자동차임대업 사업자등록 전 취득한 자산이라고 하더라도 매입세액공제가 가능하므로 쟁점매입세액은 매입세액공제대상이라는 의견이나, 「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따르면 사업자등록 전 매입세액으로 인정받기 위해서는 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록하여야 하는데, 청구인은 2024.6.14. 쟁점차량을 구입하였고, 쟁점자동차임대업의 사업자등록을 2024.7.31.에 한 것으로 확인되며, 처분청이 관련 법령에 따라 쟁점매입세액을 불공제한 것이 과잉금지의 원칙에 위배되었다고 보기도 어려우므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 부가가치세법제6조[납세지] ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제8조[사업자등록] ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다.

다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.제38조[공제하는 매입세액] ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)제39조[공제하지 아니하는 매입세액] ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액5. 「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령제77조[사업과 직접 관련이 없는 지출] 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」제78조 또는「법인세법 시행령」제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

(3) 소득세법 시행령제78조[업무와 관련 없는 지출] 법 제33조 제1항 제13호에서 "직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금