쟁점주택(조정대상지역)을 1세대 3주택 이상의 취득으로 보아 중과세(12%)한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 인천광역시 OOO외 3필지상에서 시행된 주상복합건축물인 OOO(이하 “이 건 건축물”이라 한다)의 신축 및 분양사업(이하 “이 건 사업”이라 한다)의 사업지구내에 소재한 인천광역시 연수구 송도동 21-29 토지 1160.8㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)의 1/14분 지분을 보유한 자이고, 그 지상 건축물은 2022.5.27. 사용승인되었다.

나. 청구인은 2024.10.31. 서울특별시 송파구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 2024.11.20. 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제11조 제1항 제8호 다목에 따른 표준세율(3%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 이후 청구인은 아래 ＜표1＞의 이 건 건축물 중 아파트용 건축물(이하 “이 건 주택”이라 한다) 31개호의 부속토지(“이 건 주택부속토지”라 한다)를 소유한 상태에서 쟁점주택을 취득하여, 쟁점주택의 취득을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우로 보아, 2025.5.2. 처분청에 「지방세법」제13조의2 제1항 제3호에 따른 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 취득세 등에서 기납부한 세액을 차감한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 수정신고하고, 2025.5.26. 납부하였다.＜표1＞ 이 건 주택 부속토지 상세내용

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○라. 청구인은 2025.8.12. 처분청에 쟁점주택 취득 당시(2024.12.31.)에 이 건 주택부속토지에 대하여 소유권대지권 등기가 경료되면서 전유부분의 소유자가 그 소유권을 가지게 되었으나, 신탁원부가 적시에 변경되지 않아 등기부등본에 청구인 지분이 표시되어 있을 뿐, 청구인에게는 실제로 소유권이 없었으므로, 쟁점주택의 취득은 중과세율 적용대상에 해당하지 않아 이 건 취득세 등은 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.9.30. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건 주택부속토지는 대지권(소유권) 등기가 경료된바, 전유부분의 소유자가 소유권을 가지게 되므로, 처분청이 그 소유자가 청구인이라는 전제에서 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.(가) 이 건 주택부속토지는 2022.5.27. 「부동산등기법」 제40조 제3항 및 제4항에 따라 구분건물의 대지사용권으로서 건물과 분리하여 처분할 수 없다는 의미인 소유권대지권 등기가 경료되었다.「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제2조 제6호에서는 대지사용권이란 구분소유자가 전유부분을 소유하기 위하여 건물의 대지에 대하여 가지는 권리를 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제20조 제1항 및 제2항에서는 구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따르며 전유부분과 분리하여 대지사용권을 처분할 수 없다고 규정하고 있다.(나) 이와 같이 구분건물의 대지사용권은 전유부분에 대한 종속성이 강하여 일체로 처분하는 것이 거래의 실정이고, 분리하여 처분하는 경우 복잡한 법적 분쟁의 소지가 있어 관련 법률에서 분리처분을 금지하고 그에 위반한 처분행위를 무효로 함으로써 일체성의 원칙을 선언하고 있다.이와 같이 구분건물의 대지사용권은 전유부분과 종속적 일체불가분성이 인정되는 것임에도 불구하고 처분청은 구분건물과 건물의 대지에 대한 소유권자의 지위를 분리하여 청구인이 이 건 주택부속토지의 소유권자라는 전제에서 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부하여 위법하다.

(2) 청구인은 주식회사 B와의 계약에 따라 구분되고 확정된 물건(상가 및 아파트 각 1개)을 지급받기로 하였을 뿐 미분양 물건에 대한 소유권을 보유하기로 한 것이 아니다.(가) 청구인이 2020.3.7. 주식회사 A(이후 그 지위가 주식회사 B로 이전되었으며, 이하 주식회사 A과 주식회사 B 모두를 “이 건 시행사”라 한다)과 체결한 계약서에 의하면, 제4조에서 지주는 토지를 현물출자하고 현물출자의 대가로 확정된 현물과 현금을 지급받는다고 규정하고 있고, 제5조 제7항에서 건축 후 미분양에 대한 위험 등 명의상 건축주로서의 사업과 관련된 모든 책임은 지주를 대신하여 시행사에서 부담한다고 규정하고 있으며, 제6조 제2항 및 제3항에서 시행사는 지주가 현물 출자하는 대가로 특약에 따른 대물을 지급하며, 지주에게 공급되는 상가와 아파트를 제외한 잔여 건물의 처분 수익권을 가진다고 규정하고 있다.(나) 「민법」 제211조에서는 소유자는 법률의 범위내에서 그 소유물을 사용·수익·처분할 권리가 있다고 규정하고 있는데, 위 조항에서 규정한 소유권은 물건을 직접적이고 배타적으로 지배하여 사용·수익·처분할 수 있는 권리를 말하는 것이고, 특히 처분권은 「민법」상 소유자가 법률의 범위 내에서 자신의 소유물을 매매, 증여, 담보 제공 등 자유롭게 처분할 수 있는 권리를 말하는 것으로서 소유권의 핵심적인 권능 중 하나이다.(다) 이와 같이 이 건 시행사와 체결한 계약서를 통하여 청구인은 이 건 사업을 통하여 구분되고 확정된 상가 및 아파트를 그 대가로 지급받을 뿐 처분권을 포함한 소유권은 이 건 시행사가 보유한 사실이 확인된다.(라) 또한 이 건 사업 토지신탁계약서상에 피담보채권에 관한 채무를 이행하여야 하는 채무자는 이 건 시행사 단독으로, ‘신탁건물의 준공시 신탁재산의 귀속권리자는 이 건 시행사로 함’이라고 기재하고 있고, 청구인이 인천광역시 연수구청에서 고지한 재산세를 부담하지 않은 사실은 이 건 토지에 대한 권리를 소유하지 않았다는 것에 대한 방증이다.

(3) 처분청이 신탁원부의 수익지분을 기준으로 청구인을 이 건 토지 청구인 지분의 소유자로 판단한 것은 위법하다.(가) 이 건 시행사의 2024년도 재무상태표 등에 의하면, 이 건 사업과 관련한 분양물건이 재고자산(건설용지) 계정과목으로, 우선수익자인 푸르상호저축은행의 차입금은 단기차입금 계정과목으로, 분양매출 및 분양원가, 차입금 이자 비용 등이 손익계산서 과목으로 기재되어 있다.이는 이 건 사업에 관한 수익과 비용이 이 건 시행사에게 귀속되는 의미로서, 청구인에게는 당초 약정된 대가외 다른 물건에 대한 권리가 없다는 사실에 대한 방증이다.(나) 다만 이 건 사업은 부동산 경기침체로 인하여 적지 않은 미분양 물건이 발생한바, 집합건물에 대한 구분등기(소유권보존등기)는 경료되었으나 신탁원부를 적시에 변경하지 못하여 청구인의 수익자지분이 이 건 주택부속토지로 유지된 상황이었고, 청구인은 2024.10.29. 이 건 시행사와 청구인의 수익자 지분을 변경하기 위한 약정을 체결하였다.(다) 이와 같이 청구인이 이 건 주택부속토지에 대한 실질적인 권리가 전혀 없고, 31개의 주택 부속토지 각각에 대하여 1/56 지분을 보유한다는 것은 일반적인 사회통념 및 경제적 합리성에 비추어 볼 때 정상적인 행위 또는 거래에 따른 결과로 보기에 무리가 있다.(라) 「지방세기본법」 제17조 제2항에서 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 과세하도록 규정하고, 같은 법 제20조 제1항에서 법률을 해석하거나 적용함에 있어 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있다.그럼에도 불구하고 처분청이 형식적인 명칭에 치중하여 이 건 주택부속토지를 청구인 소유로 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」 제11조 제1항 제8호 및 같은 법 제13조의2 제1항에서 부속토지만을 소유한 경우에도 주택으로 보아, 주택을 소유한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 취득세를 과세함에 있어 주택의 부속토지를 소유하고 있는 경우에도 주택을 소유하고 있는 것과 동일하게 적용되어야 하는데,등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 건축물은 각 호별구분 등기되어 있어, 청구인은 구분등기된 이 건 건축물 각 호별로 부속토지를 구분소유하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다.

(2) 인천광역시 연수구청장이 이 건 주택부속토지에 대하여 주택분 재산세를 각각 부과·고지하였음에도 불구하고, 청구인은 이에 대한 이의를 제기한 사실이 없는바 이는 청구인이 이를 소유하고 있다는 것을 인정한 것이다.

(3) 또한 청구인이 이 건 시행사와 체결한 계약서에 의하면, 청구인이 지급받는 대물이 특정되지 않는 반면, 2024.10.29. 청구인이 이 건 시행사와 체결한 약정서에 의하면, 청구인의 기존 수익자 지분이 확인되고, 해당 약정서 검인일은 청구인이 쟁점주택을 취득(2024.10.31.)한 이후이며, 등기사항전부증명서상 이 건 주택부속토지청구인 지분에 변동이 있다는 사실이 확인되지 않는 점 등을 종합하면, 청구인은 이 건 주택부속토지를 소유한 것으로 보는 것이 타당하다.따라서 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택의 취득을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 등기사항전부증명서에 의하면, 이 건 주택부속토지, 청구인이 수익자 지분 변경약정을 통하여 수익자 지분을 청구인만이 보유하기로 한 제C, 분양된 제D에 대한 주요 기재내용은 아래 ＜표2·3·4＞과 같고, 청구인 대리인은 위탁자 전원의 동의가 이루어지지 않아 신탁원부 변경을 하지 못하였고, 청구인이 쟁점주택 취득일 현재 제C호 주택을 보유했다는 사실은 인정하며, 이 경우 쟁점주택의 취득은 조정대상지역의 일시적 2주택으로서 표준세율 적용대상이라고 진술하였다.＜표2＞ 이 건 토지 등기사항전부증명서 주요내용

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○＜표3＞ 이 건 건축물 중 C 등기사항전부증명서

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○＜표4＞ 이 건 건축물 중 C 등기사항전부증명서

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○(나) 청구인과 a이 2020.3.7. 이 건 시행사인 주식회사 A과 체결한 지주공동사업 계약서 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같고, 주식회사 A의 지위는 2020.7.2. 이 건 시행사인 주식회사 B로 승계되었으며, 청구인은 2022.9.23. 이 건 시행사와 아래 ＜표6＞의 별도특약을, 2024.10.29. 아래 ＜표7＞의 지주공동사업 수익자 지분 변경약정을 각각 체결한 것으로 나타난다.＜표5＞ 지주공동사업 계약서 주요내용

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○＜표6＞ 별도특약

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○(나) 청구인과 a이 2020.3.7. 이 건 시행사인 주식회사 A과 체결한 지주공동사업 계약서 주요내용은 아래 ＜표5＞와 같고, 주식회사 A의 지위는 2020.7.2. 이 건 시행사인 주식회사 B로 승계되었으며, 청구인은 2022.9.23. 이 건 시행사와 아래 ＜표6＞의 별도특약을, 2024.10.29. 아래 ＜표7＞의 지주공동사업 수익자 지분 변경약정을 각각 체결하였고, 수익지분 변경을 위한 위탁자간 합의가 이루어지지 않아 심리일 현재까지 신탁원부가 변경되지 못한 것으로 나타난다.＜표7＞ 지주공동사업 수익자 지분 변경약정서

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○(다) 인천광역시 연수구청장이 발행한 2024년 7월분 재산세 고지서에 의하면, 청구인에게 인천광역시 연수구 OOO, OOO외 45건의 주택 및 인천광역시 연수구 OOO, OOO 외 35건 건축물에 대하여 주택분 재산세로 OOO원과 건축물분 재산세로 OOO원이 부과·고지되었고, 청구인은 OOO주식회사 운영계좌(1005-30*-******)에서 해당 금액이 출금되었다며, 항목이 청구인으로 기재된 출금내역 OOO원(주택분)과 OOO원(건축물분)을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」 제13조의2 제1항에서 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항 제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다고 규정하면서, 그 제3호에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우에는 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 제13조의3에서 제13조의2를 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세대별 소유 주택 수에 가산한다고 규정하면서, 그 제1호에서 「신탁법」에 따라 신탁된 주택은 위탁자의 주택 수에 가산한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은 쟁점주택 취득 당시 신탁원부를 적시에 변경하지 못하였을 뿐 청구인은 이 건 주택 및 이 건 주택부속토지를 소유하고 있지 않았으므로 쟁점주택의 취득은 중과세율 적용대상이 아니라고 주장한다.그러나 「지방세법」제13조의3 제1호에서는 「신탁법」에 따라 신탁된 주택은 위탁자의 주택 수에 가산하도록 규정하고 있고, 등기사항전부증명서 및 신탁원부 등에 의하면, 청구인이 쟁점주택 취득 당시에 이 건 주택은 「신탁법」에 따른 신탁재산으로서 청구인 등 19명이 공동 위탁자이며, 이러한 신탁등기가 청구인의 쟁점주택 취득일 현재까지 유효한 사실이 나타나므로, 이 건 주택수가 청구인의 주택수에 포함되어 취득세 중과세 여부가 적용되어야 하는 점,청구인과 지주, 시행사가 작성한 지주공동사업계약서에 의하면, 지주인 청구인은 현물출자의 대가로 확정된 현물과 현금을 지급받기로 하였고, 청구인은 이에 따라 2022.9.23. 확정대물에 대한 별도특약을 체결하면서 아파트와 현금 OOO원을 지급받기로 하였으나, 심리일 현재까지 사실상 이에 따른 잔금을 지급받은 사실이 없는 점,청구인이 인천광역시 연수구 OOO외 3필지 OOO아파트 C에 대한 소유권만 보유하였다는 사실을 주장하기 위하여 제출한 서류는 수익자 지분에 대한 약정일 뿐, 지주대물(소유권이전)에 대한 약정으로 보기 어려워 보이는 점 등에 비추어,이 건 주택의 주택수(31개)를 위탁자인 청구인의 주택 수에 가산하여 쟁점주택의 중과세 여부를 적용해야 하는 것으로 보이고, 이 경우 쟁점주택은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득한 경우에 해당하므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 「지방세법」제10조의7(취득의 시기) 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정을 적용하는 경우 취득물건의 취득유형별 취득시기 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다.

이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조 제1항제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.2. 1세대 2주택(대통령령으로 정하는 일시적 2주택은 제외한다)에 해당하는 주택으로서 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 장에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조제1항제7호나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율제13조의3(주택 수의 판단 범위) 제13조의2를 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 세대별 소유 주택 수에 가산한다.1. 「신탁법」에 따라 신탁된 주택은 위탁자의 주택 수에 가산한다.(2) 「지방세법 시행령」제20조(취득의 시기) ② 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일(신고인이 제출한 자료로 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없는 경우에는 계약상의 잔금지급일을 말하고, 계약상 잔금 지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다.

다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.

1. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)2. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)4. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)⑭ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.제28조의5(일시적 2주택) ① 법 제13조의2 제1항 제2호에 따른 “대통령령으로 정하는 일시적 2주택”이란 국내에 주택, 조합원입주권, 주택분양권 또는 오피스텔을 1개 소유한 1세대가 그 주택, 조합원입주권, 주택분양권 또는 오피스텔(이하 이 조에서 “종전 주택등”이라 한다)을 소유한 상태에서 이사ㆍ학업ㆍ취업ㆍ직장이전 및 이와 유사한 사유로 다른 1주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 추가로 취득한 후 3년(이하 이 조에서 “일시적 2주택 기간”이라 한다) 이내에 종전 주택등(신규 주택이 조합원입주권 또는 주택분양권에 의한 주택이거나 종전 주택등이 조합원입주권 또는 주택분양권인 경우에는 신규 주택을 포함한다)을 처분하는 경우 해당 신규 주택을 말한다.② 제1항을 적용할 때 조합원입주권 또는 주택분양권을 1개 소유한 1세대가 그 조합원입주권 또는 주택분양권을 소유한 상태에서 신규 주택을 취득한 경우에는 해당 조합원입주권 또는 주택분양권에 의한 주택을 취득한 날부터 일시적 2주택 기간을 기산한다.

(3) 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “구분소유권”이란 제1조 또는 제1조의2에 규정된 건물부분[제3조제2항 및 제3항에 따라 공용부분(共用部分)으로 된 것은 제외한다]을 목적으로 하는 소유권을 말한다.2. “구분소유자”란 구분소유권을 가지는 자를 말한다.3. “전유부분”(專有部分)이란 구분소유권의 목적인 건물부분을 말한다.4. “공용부분”이란 전유부분 외의 건물부분, 전유부분에 속하지 아니하는 건물의 부속물 및 제3조 제2항 및 제3항에 따라 공용부분으로 된 부속의 건물을 말한다.5. “건물의 대지”란 전유부분이 속하는 1동의 건물이 있는 토지 및 제4조에 따라 건물의 대지로 된 토지를 말한다.6. “대지사용권”이란 구분소유자가 전유부분을 소유하기 위하여 건물의 대지에 대하여 가지는 권리를 말한다.제20조(전유부분과 대지사용권의 일체성) ① 구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따른다.② 구분소유자는 그가 가지는 전유부분과 분리하여 대지사용권을 처분할 수 없다.

다만, 규약으로써 달리 정한 경우에는 그러하지 아니하다.③ 제2항 본문의 분리처분금지는 그 취지를 등기하지 아니하면 선의(善意)로 물권을 취득한 제3자에게 대항하지 못한다.④ 제2항 단서의 경우에는 제3조 제3항을 준용한다.제21조(전유부분의 처분에 따르는 대지사용권의 비율) ① 구분소유자가 둘 이상의 전유부분을 소유한 경우에는 각 전유부분의 처분에 따르는 대지사용권은 제12조에 규정된 비율에 따른다. 다만, 규약으로써 달리 정할 수 있다.② 제1항 단서의 경우에는 제3조 제3항을 준용한다.