쟁점주택의 매매를 장기할부조건부 매매에 해당하는 것으로 보아 1세대 1고가주택에 대한 양도차익 등의 계산특례를 배제하고 청구인들에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부

1.처분개요가. 청구인 AAA과 청구인 BBB(이하 청구인 AAA과 합하여 “청구인들”이라 한다)은 부부관계에 있는 자들로서, 2018.7.10. 대구광역시 수성구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양받은 후, 2021.4.2. 공동소유(각자 지분 50%씩 보유)로 쟁점주택에 대한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 한편, 청구인들은 2019년 직업군인인 청구인 AAA이 강원특별자치도 OOO으로 근무지를 옮기게 되자, 2020.7.25. CCC에게 보증금 OOO원에 쟁점주택을 2020.12.30.부터 2022.12.29.까지 전세로 임대하는 내용의 주택임대차계약을 체결한 후, 2021.4.9. CCC·DDD(이하 “쟁점매수인들”이라 한다)과 쟁점주택을 OOO원에 양도하는 주택매매계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 체결(계약금은 임차보증금으로 갈음하고, 중도금 OOO원은 2021.4.12., 잔금 OOO원은 2023.4.17. 지급)하고, 2023.4.17. 잔금을 수령과 동시에 쟁점매수인들에게 쟁점주택에 대한 소유권이전등기를 경료하여 주고난 후, 1세대 1주택인 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산특례를 적용하여 쟁점주택에 대한 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 대구지방국세청장은 2025.4.15.부터 2025.5.24.까지 청구인들에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하여, 쟁점매매계약을 체결한 2021.4.9.의 다음날부터 쟁점매수인들은 쟁점주택을 양수인으로서 사용수익하여 2021.4.10.이 쟁점주택의 사용수익일이고, 이 경우 쟁점매매계약은 「소득세법 시행규칙」 제78조 제3항에 따른 장기할부조건부 매매에 대한 계약에 해당하므로, 사용수익일인 2021.4.10.을 쟁점주택의 양도일로 보아, 청구인들이 쟁점주택을 보유한 기간이 2년 미만이므로 1세대 1주택인 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산특례를 적용받을 수 없다는 내용으로 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2025.9.1. 청구인들에게 2021년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(청구인들 각각 OOO원)을 결정·고지하였다.

라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.11.4. 이의신청을 거쳐 2026.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 쟁점주택의 매매계약일은 「소득세법 시행규칙」 제78조 3항에 따른 사용수익일에 해당하지 않는다.(가) 쟁점주택의 임대차계약과 쟁점매매계약의 당사자가 달라 임차인 CCC의 지위를 소유권자로 전환할 수 없다.1) 이 건은 임대차계약의 당사자는 청구인들과 CCC(단독)이고, 쟁점매매계약의 당사자는 청구인들과 CCC·DDD(공동)으로 서로 달라, CCC의 지위가 임차인에서 쟁점매매계약을 체결함과 동시에 양수인으로 전환된다고 볼 수 없다.CCC이 쟁점매매계약을 체결함으로써 그 임차권이 소유권으로 자동 전환된다고 볼 법률상 근거가 없고, 특히 임대차계약의 제3자인 DDD에게 그 지위 전환이 이루어지려면 채권양도나 계약인수가 있어야 하나 이러한 행위도 없었으므로 법리적으로 이 건에서 쟁점매매계약의 체결만으로 CCC이 임차인에서 소유권자로 되는 지위 변동이 있었다고 볼 수 없다.2) 한편 임차인에서 소유권자로 지위가 자동으로 변동되려면 ① 법률행위의 당사자가 동일하고, ② 기존 법률관계를 새로운 법률관계로 전환하는 당사자간 합의가 있어야 하는데, 이 건은 각각 법률관계의 당사자가 다르고 쟁점매매계약을 체결할 때 법률관계를 전환하는 합의도 없었다.또한, 임차보증금에 대하여 OOO은행에 OOO원의 근질권이 설정되어 있어 「민법」 제352조에 따라 근질권자인 OOO은행의 동의 없이 쟁점매매계약의 체결과 동시에 임차보증금반환채권을 소멸할 수도 없는 상황이었다.(나) 「소득세법」 제98조, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제3호, 같은 법 시행규칙 제78조 및 ‘소득세법 집행기준’ 98-162-8의 규정에 비추어, 사용수익일은 ① 양수인의 자격으로 매매목적물에 대한 사용수익하는 것을 명시적으로 약정하였거나, ② 약정이 없다면 양도인이 사용을 승낙하고 양수인이 매매목적물을 양수인의 자격으로 실질적으로 사용할 수 있게 된 날이어야 하는데, 이 건의 경우 다음과 같은 이유로 CCC이 임차인으로 거주한 것을 사용수익일 판단의 기준으로 삼을 수는 없다.사용수익일을 양도일로 하는 것은 「소득세법」 제98조에 따라 잔금청산일을 양도일로 하는 원칙의 예외로 엄격하게 판단하여야 하나, 임차권 등 소유권 외의 권리에 따라 목적물을 사용수익하고 있는 경우에는 매매계약과 다른 법률관계에 따른 사용수익으로 장기할부조건부 매매를 적용하여 사용수익일을 양도시기로 판단할 수 없고, 만약 그러할 경우에는 모든 임차인이 임차주택을 매수하는 경우 매매계약체결일이 양도시기가 되는 문제가 발생한다.이는 임차권 및 전세권에 기한 사용수익을 인정하는 「민법」 제194조 및 제303조를 보더라도 CCC의 쟁점주택에 대한 사용수익은 임차권에 기한 것으로, 쟁점매매계약의 체결일을 사용수익일로 볼 수 없다.(다) 판례(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결)에 따르면, 사용수익일은 ① 양수인이 매매목적물을 독자적으로 사용수익하고, ② 매매목적물에 대한 권리행사가 일시적·잠정적이거나 보존·유지·관리 등 제한적 목적이 아니어야 하며, ③ 매매대금의 상당부분을 지급하였거나 양수인 명의로 근저당권을 설정한 것만으로 사용수익일을 판단할 수 없다.이 건에 위 판례를 적용하면, CCC은 「민법」상 임차권의 범위 내에서 쟁점주택을 사용수익하였을 뿐 전대나 구조변경을 하는 것과 같이 독자적으로 사용수익하는 행위를 할 수 없었고, 부동산등기부에 따른 소유권자도 청구인들이어서 어떠한 처분행위도 할 수 없었으며, 쟁점매매계약서 특약 제4조 단서에 따라 임차인이자 양수인인 CCC이 각종 등기상 권리를 설정할 때 이에 적극 협조할 의무를 청구인들에게 부여하고 있어 CCC이 완전한 소유권을 가졌다고 보기 어렵다.특히, 쟁점매매계약서 본문 제2조 및 제4조는 쟁점주택의 인도일과 수익귀속일을 2023.4.17.로 명시하고 있는바, 2023.4.17. 전에 쟁점매수인들이 양수인으로서 쟁점주택에 대한 독자적 수익권을 가졌다고 볼 어떠한 합의도 없었다.(라) 다음과 같은 이유로 쟁점매매계약상 사용수익일을 매매계약의 체결일로 볼 수 없다.1) 쟁점매매계약서 본문 제2조(소유권 이전 등)는 쟁점주택의 인도일을 2023.4.17.로 명시하고 있는바, 「소득세법 시행규칙」 제78조 제3항 제2호는 소유권이전등기 접수일, 인도일 및 사용수익일 중 빠른날을 양도시기로 규정하고 있으므로, 이 건 거래의 인도일은 2021.4.9.이 아니라 2023.4.17.이고, 쟁점매매계약은 인도일과 잔금청산일을 같은 날로 하는 명시적 합의를 하였는바, 만약 매매계약의 체결과 동시에 사용수익(인도)을 하기로 합의하였다면, 굳이 인도일을 2023.4.17.로 명시할 필요가 없어 2023.4.17.을 인도일(사용수익일)로 보아야 한다.2) 쟁점매매계약서 본문 제4조는 쟁점주택에서 발생한 수익의 귀속과 제세공과금의 부담은 2023.4.17.(인도일)을 기준으로 하도록 하여, 2023.4.17. 전에 쟁점주택에서 발생한 모든 수익은 청구인들에게 귀속되는바, 2023.4.17.부터 「소득세법 시행규칙」 제78조 제3항에 따른 사용수익에 따른 이익은 쟁점매수인들에게 귀속된다.3) 쟁점매매계약서 특약 제1조는 CCC이 쟁점주택을 임차하여 거주 중인 상태로 매매계약을 진행하도록 규정하고 있는바, ① 이는 양수인이 쟁점주택의 임차인으로 그 상태에서 매매계약을 진행하도록 하는 가장 중요한 사항을 규정한 것이고, ② 임차인으로서의 지위가 계속됨을 나타내는 것이며, ③ 사용수익일의 판단과 관련하여 임차권에 따라 거주 중인 상태에서 매매계약체결일에도 양수인으로서 사용수익을 할 수 없음을 나타내는 것이고, ④ 특히, 쟁점매매계약서 특약 제3조 및 제4조의 문언만 기준으로 매매계약의 체결일을 사용수익일로 판단한 처분청의 의견이 잘못된 것임을 나타내는 것으로 당사자의 진정한 의사가 무엇인지를 알 수 있는 것이다.4) 처분청은 쟁점매매계약서 특약 제2조에서 임대차계약의 보증금을 계약금으로 하기로 하여, 임대차계약이 종료되었다는 의견이나, 이 규정은 번거롭게 계약금 지급 및 보증금 반환을 하지 않고 이미 지급한 임차보증금을 계약금에 갈음하여 단순한 채권·채무의 정산방식을 합의한 것에 불과하고, 위 계약으로 임대차계약이 종료된다고 볼 규정도 없으며, 임차보증금에 OOO원의 근질권이 설정되어 임대차가 종료되는 2022.12.29.까지 보증금을 계약금으로 전환하는 것은 불가능한바 이는 단순 회계상 정산에 불과하다.5) 처분청은 쟁점매매계약서 특약 제3조에서 계약일부터 잔금일까지 모든 하자책임 및 금전적 비용을 부담하는 주체를 양수인으로 하고 있어서, 쟁점매수인들이 사실상 사용수익하는 것이라는 의견이나, 이는 가격협상 과정에서 양도가액을 낮추는 대신 쟁점매수인들의 부담을 늘린 것에 불과하고 이는 제출된 확인서를 통해서도 확인할 수 있다.6) 처분청은 쟁점매매계약서 특약 제4조에서 청구인들이 잔금을 청산할 때까지 각종 권리설정에 제한을 받고 쟁점매수인들의 요구에 따른 권리설정에 적극 협조하도록 규정한바, 이는 쟁점매수인들이 소유권의 핵심적 부담을 한 것이라는 의견이나, 이는 일반적인 양수인 보호조항에 불과하고, 청구인들의 협조 없이는 쟁점매수인들이 자유롭게 쟁점주택에 대한 소유권을 행사할 수 없다는 것을 밝힌 것으로 쟁점매수인들이 실제 소유권이 갖지 않고 있음을 나타내는 것이다.(마) 쟁점매매계약서 어디에도 잔금청산일과 사용수익일(인도일)을 같은 날로 하는 일반적 관행과 다른 내용이 없음에도, 처분청이 쟁점매매계약의 체결일을 사용수익일로 보는 것은 사용수익의 시점과 법적 지위를 혼동한 것이다.(바) 쟁점매매계약의 체결로 기존의 임대차계약과 새로운 매매계약이 병존하는 것으로 어느 하나가 종료되었다고 볼 수 없다.1) 처분청은 쟁점매매계약의 체결로 임대차계약이 종료되었다는 의견이나, 임대차계약에 의하여 임차인이 임대목적물을 사용수익할 수 있고, 2022.12.29.까지 쟁점주택은 CCC에게 임대되었으며, 임대차계약을 종료하는 명시적인 의사표시나 합의도 없었으므로, 단지 임차보증금이 매매계약금으로 전환되었다고 하더라도 이는 보증금 반환의무를 소멸하는 것으로 계약의 종료와 별개의 문제이므로 이를 이유로 임대차계약이 소멸된 것은 아니다.2) 한편 쟁점주택의 임차보증금 채권에 OOO원의 근질권이 설정되어, 실제 임차보증금을 계약금으로 대체하는 것이 불가능하고, 「민법」 제352조도 질권자(OOO은행)의 동의 없이 질권의 목적이 되는 권리를 소멸하게 할 수 없다고 규정하고 있는바, CCC이 전세자금대출을 상환하는 2022.12.19.까지 임차보증금에 대한 채권·채무관계는 유지되는 것이다.따라서 위와 같이 쟁점매매계약의 당사자들은 법률상·계약상 제약으로 가장 합리적인 방법을 선택하여 쟁점매매계약을 체결한 것으로 실제와 다른 어떠한 외관을 작출하거나 조세회피를 위한 거래를 한 사실이 없다.(사) 처분청은 임대차기간이 종료된 2022.12.30.부터 2023.4.17.까지 4개월은 쟁점매수인들이 양수인의 지위에서 쟁점주택을 사용수익하였다는 의견이나, 2022.12.30.부터 잔금청산일(최종 할부금 지급일인 2023.4.17.)까지 1년 미만으로 「소득세법 시행규칙」 제78조 제3항 제2호에 따른 장기할부조건부 매매의 요건을 충족하지 못하므로, 이러한 처분청 의견에 따르더라도 사용수익일을 양도시기로 볼 수 없고, 위 4개월의 거주는 묵시적 동의에 의한 임대차계약의 자동갱신으로 임차인의 지위가 연장되는 것으로 보는 것이 타당하며, 임차인 CCC의 확인서에서 볼 수 있듯 이는 임대차기간을 잔금을 지급할 때까지 연장하는 합의에 따른 것으로 당사자의 의사 합치로 이루어진 것이다.(아) 쟁점매수인들은 임차인의 지위에서 쟁점주택에 거주하였다.1) CCC은 확인서를 통해, 쟁점매매계약서의 내용과 같은 내용으로 ① 임대차계약을 유지한 상태에서 쟁점매매계약을 체결한 사실, ② 임대차기간을 잔금을 지급할 때까지 연장하여 양수인이 아닌 임차인의 지위에서 쟁점주택에 거주한 사실, ③ 청구인들이 요구하는 양도가액(OOO원)을 맞추지 못하여 모든 하자책임 및 금전상 부담을 CCC이 부담하되 양도가액을 낮춰 계약한 사실, ④ OOO은행의 질권설정이라는 제약으로 임차보증금을 정상적으로 사용하기 위해 2023.4.17.까지 전세기간이 유지되어야 한다고 하여, 조세회피 목적이 없었다는 사실, ⑤ 보증금과 계약금의 입출금 거래의 번거로움을 피하기 위해 이를 대체하였다고 하여 2021.4.7. 임대차계약이 종료되지 않았다는 사실을 확인하였는바, 이러한 확인서에 기재된 명확한 임차인 CCC의 의사에 따라 거래의 실질을 파악해야 한다.2) 청구인 AAA은 2022.11.29. OOO은행(OOO지점)으로부터 “임차인 전세대출 만기도래 시 임차보증금 반환 안내 메시지”를 받았는데, 해당 메시지는 ① 쟁점매매계약 체결일부터 약 1년 7개월이 지나 발송된 것으로 당시에도 임대차계약이 존속되고 있음을 나타내고 있는 것이고, ② OOO은행이 CCC을 임차인으로 청구인들을 임대인으로 인식하고 있었다는 것을 나타내므로, 이 메시지를 보더라도 쟁점매매계약의 체결로 임차인이 양수인의 지위에서 쟁점주택을 사용수익하였다는 처분청 의견은 잘못된 것임을 알 수 있다.

(2) 설령 쟁점매매계약의 체결일을 사용수익일로 보더라도, 쟁점매매계약은 장기할부조건부 매매로 볼 수 없다.(가) 대법원 2002.4.12. 선고 2000두6282 판결의 취지는 자산의 양도시기와 관련한 「소득세법」 및 같은 법 시행령의 규정은 납세자의 자의를 배제하려는 의제규정으로, 그 요건의 해석·적용도 객관적이고 획일적인 기준에 의하여야 한다는 것인바, 이러한 법리는 처분청의 자의적 해석·적용을 한 것을 부정하는 것이다.(나) 대법원은 「소득세법 시행규칙」 제78조 제3항 제2호에 따른 장기할부조건부 매매의 판단기준으로 ① “1년 이상”은 매매계약 당시에 계약서 그 자체에 의하여 객관적으로 확인할 수 있어야 하고, ② 결과적 또는 사후적으로 1년 이상 경과되었다고 장기할부조건부 매매로 보기 어려운 것으로 판단하고 있다(대법원 2014.6.12. 선고 2013두2037 판결).(다) 이 건은 계약당시 “1년 이상”이 확정되지 않았다.1) 쟁점매매계약서에는 수익귀속일, 양도일을 모두 2023.4.17.로 명시하고 있을 뿐 언제부터 사용수익을 허용할 것인지에 대하여 명확하게 확정하지 않았다.2) 설령 “약정된 사용수익일”이 아닌 “양수인이 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날”이라는 보충적 의미를 적용하더라도, 쟁점매매계약을 체결한 때(2021.4.9.) 임차인은 여전히 계약상 임차인의 지위에 있었고, 임대차계약도 2022.12.29.까지 유효하게 존속할 것이며, OOO은행이 설정한 근질권으로 인하여 임대차계약의 중도해지도 어려웠으므로, 보충적 의미가 적용되는 때가 언제인지 객관적으로 확정될 수 없다.

(3) 이 건 처분은 실질과세 원칙을 위반하였다.(가) 판례(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결)의 핵심법리는 ① 실질과세 원칙은 “조세의 부담을 회피할 목적으로” 형식과 실질이 “괴리”되는 “비합리적인” 외관을 취한 경우에 적용되고, ② 그 “실질”에 관한 판단은 합리적이어야 하고 누구나 수긍할 수 있어야 하며, ③ 실질과세 원칙은 “예외적 적용” 원칙으로 당사자가 선택한 법률관계는 원칙적으로 존중되어야 한다는 것이다.한편, 위 판례와 다른 두 판례(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 및 1999.11.9. 선고 98두14082 판결)를 종합하면, 실질과세 원칙을 적용하여 당사자가 선택한 법률관계를 부인하려면, ① 특별한 사정이 존재하여야 하고, ② 그 “실질”에 관한 판단이 합리적이고 누구나 수긍할 수 있어야 하며, ③ 원칙적으로 법률에 개별적·구체적인 부인규정이 있어야 할 것이다.(나) 이 건에서 청구인들이 선택한 법률관계는 합리적 선택에 따른 결과이다.1) 직업군인인 청구인 AAA의 근무지가 강원특별자치도 화천군으로 변경되여 청구인들이 쟁점주택에 거주할 수 없는 객관적 사정이 발생함에 따라, 청구인들은 ① 쟁점주택을 임대하기로 결정하고 임대차계약을 체결하였고, ② 임차인의 매수의사에 따라 매매계약을 체결하되 당초 임대차계약기간까지 임대차계약을 유지하는 병행적 법률관계를 유지하는 것을 합리적으로 선택하는 한편, ① 임대차계약이 만료될 때 임대인(양도인)의 보증금 반환과 임차인(양수인)의 매매대금 마련이라는 이중부담을 줄이고, ② 부동산 시세변동의 위험을 회피하며, ③ 새로운 양수인을 물색하는 부담을 줄이기 위하여 임대차계약 종료일부터 4개월 후인 2023.4.17.을 매매계약 잔금일로 지정하는 합리적 선택을 하였다.2) 쟁점매수인들도 쟁점매매계약을 체결함으로써 ① 보증금을 계약금으로 대체하여 자금조달을 효율적으로 할 수 있었고, ② 잔금일까지 4개월 동안 무상으로 거주할 수 있었으며, ③ 쟁점주택에 대한 가격변동의 위험을 낮췄고, ④ 보증금에 대한 질권설정에도 보증금을 활용한 부동산 매수가 가능한바, 쟁점매수인들도 이 건 거래에서 합리적 선택을 한 것이다.3) 이 건 거래는 위와 같이 당사자들이 처한 사정에서 경제적 이익을 얻기 위한 합리적 선택의 결과로, 이 건 거래가 비합리적이라고 볼 어떠한 근거도 없는바, 이는 청구인들이 세부담이 가장 적은 거래를 선택한 것은 납세의무자의 정당한 선택권에 기인한 것으로(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 참조), 이는 결코 조세회피 행위가 아니며 헌법상 권리의 행사에 해당한다.(다) 처분청이 “실질”이라고 하는 상황은 다음과 같은 비합리성이 있다.1) 통상 부동산매매거래에서 양수인이 잔금청산 이전에 양수인의 자격으로 매매목적물을 사용수익하는 경우는 극히 이례적이고 특히 이는 주거용 아파트의 경우 더욱 그러한데, 일반적으로 잔금의 청산 전 매매목적물에 거주하기 위해서는 ① 매매계약서에 사전입주 약정을 명시하거나, ② 별도의 사전입주에 따른 사용료나 임대료를 약정하거나, ③ 양수인의 입주에 따른 비용 및 위험 부담을 명시해야 하는데, 이 건에는 그러한 합의가 전혀 존재하지 않는다.2) 쟁점매매계약서 특약 제1조, 제2조 및 제4조와 CCC의 확인서 등을 통해 임차거주 중 매매계약이 진행되고, 인도일과 수익의 귀속이 모두 2023.4.17. 이며, 임대차계약을 유지한 상태로 임차인의 지위로 CCC이 거주한 것이 명백히 확인됨에도 불구하고, 처분청은 CCC이 양수인의 지위에서 거주하였다고 하여 당사자간 합의된 법률관계를 정면 부정하여 실질과 괴리된 판단을 하였다.3) 청구인 AAA이 2022.11.29. OOO은행으로부터 수신한 CCC의 ‘전세자금대출 만기 도래 시 임차보증금 반환에 관한 안내 메시지’는, 쟁점매매계약을 체결한 후 1년 7개월이 경과한 시점에도 청구인들을 임대인, CCC을 임차인으로 인식하고 있음을 나타내는 한편, OOO은행의 질권은 쟁점주택에 대한 임대차계약의 유효한 존속을 전제한 것으로 임차인 CCC이 쟁점매매계약을 체결한 후에도 임차인의 지위에 불과한 사정을 인식하고 양수인의 지위에서의 권리행사를 한 사실을 보더라도 당사자들은 임대차계약이 유효하고 그에 따라 CCC이 임차인의 지위에 있다고 인식하였다는 사실을 알 수 있다.4) 처분청은 쟁점매매계약서의 전체 문언과 당사자의 진정한 의사를 무시하였는데, 구체적으로 ① 쟁점매매계약서 특약 제2조 및 제4조에 명시된 인도일과 수익귀속일을 2023.4.17.로 하는 문언을 외면하고, 일부분(특약 제3조, 제4조)만으로 2021.4.19.을 사용수익일로 판단하여 계약 전체를 종합적으로 고려하여 계약내용을 파악해야 하는 기본원칙을 무시하였고, ② 임대차계약에 따른 임차상태에서 쟁점매매계약을 진행하는 내용의 쟁점매매계약서 제1조(쟁점매매계약서에는 “전세거주 중인 상태로 매매계약 진행한다”로 기재)도 고려하지 않아 처분청의 의견은 계약내용과 당사자의 의사를 왜곡하였다.5) 위와 같이 처분청이 실질이라고 주장하는 상황은, 처분청이 ① 청구인들이 합리적으로 선택한 법률관계를 실질과 괴리되는 비합리적 형식이나 외관을 갖는 것으로 오인하고, ② 각종 증빙으로 확인되는 CCC이 임차인으로 거주한 사실을 의도적으로 양수인의 지위라고 가공으로 설정하였으며, ③ 잔금의 청산 전에 양수인의 지위에서 매매목적물을 사용수익하는 사회통념에 반하는 것을 실질이라는 의견을 제시하고, ④ 쟁점매매계약서의 전체문언을 종합적으로 고려하지 않고 일부조항만 발췌하여 그 결론을 왜곡하였으며, ⑤ 실질과 다른 비합리적 외관을 만들고 조세를 회피하는 행위가 없었음에도 양도시기를 의제하는 것에 대한 「소득세법」 및 같은 법 시행령·시행규칙의 해석·적용에 대하여 실질과세 원칙을 적용한 것으로, 결과적으로 처분청은 이 건 처분을 하면서 실질과세 원칙의 한계를 일탈하였다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점주택의 매매가 「소득세법 시행령」 제162조 및 같은 법 시행규칙 제78조에 따른 장기할부조건부 매매에 해당하는지를 살펴보면 아래 ＜표1＞과 같이 장기할부조건부 매매에 해당한다.＜표1＞ 처분청의 장기할부조건부 매매 해당여부 판단<table cellpadding="0" cellspacing="0" class="tbl3"><tbody><tr><td><p>법령 </p></td><td><p>법령 내용 </p></td><td><p>해당 여부 </p></td></tr><tr><td><p><a href="#here14" title="소득세법제88조 새창 열림" onclick="javascript:lawJomunHistoryPopup_content_new('소득세법제88조', '', '', '2026중2389', '20260801', '1'); return false;">「소득세법」 제88조</a><a name="here14"></a> </p></td><td><p>‘양도’란 자산을 유상으로 사실상 이전 </p></td><td><p>

○ </p></td></tr><tr><td><p><a href="#here15" title="소득세법제98조 새창 열림" onclick="javascript:lawJomunHistoryPopup_content_new('소득세법제98조', '', '', '2026중2389', '20260801', '1'); return false;">「소득세법」 제98조</a><a name="here15"></a> </p></td><td><p>대통령령으로 정하는 경우 외에는 자산의 대금을 청산한 날 </p></td><td><p>

○ </p></td></tr><tr><td><p><a href="#here16" title="소득세법시행령제162조 새창 열림" onclick="javascript:lawJomunHistoryPopup_content_new('소득세법시행령제162조', '', '', '2026중2389', '20260801', '1'); return false;">「소득세법 시행령」 제162조</a><a name="here16"></a> </p></td><td><p>장기할부조건부 매매의 경우 등기접수일·인도일·사용수익일 중 빠른 날 </p></td><td><p>

○ </p> <p>(사용수익일) </p></td></tr><tr><td><p><a href="#here17" title="소득세법시행규칙제78조 새창 열림" onclick="javascript:lawJomunHistoryPopup_content_new('소득세법시행규칙제78조', '', '', '2026중2389', '20260801', '1'); return false;">「소득세법 시행규칙」 제78조</a><a name="here17"></a> </p></td><td><p>① 계약금 제외 양도대금 2회 분할 </p> <p>② 소유권이전 다음날부터 잔금까지 기간이 1년 이상 </p></td><td><p>

○ </p></td></tr></tbody></table>(2) 쟁점매매계약이 「소득세법」 제88조에 따른 양도에 해당하는지 살펴보면, 청구주장대로 임대차계약도 유효한 계약이지만 쟁점매매계약도 당사자 간 의사표시의 합치, 매매목적물과 대금 확정 및 대금지급에 대한 의무발생 등과 관련하여 하자 없는 유효한 계약이고, 「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조에서 양도시기에 대하여 잔금청산일 외의 경우를 정하여 양도시기를 별도 규정하고 있으므로, 임차인 CCC은 2020년 7월 임대차계약을 체결한 후 2021년 3월 입주하여 쟁점주택에 거주하여 사용수익하고 있었고, 청구인들이 쟁점주택을 분양받아 취득한 후 쟁점매수인들과 매매계약을 2021년 4월 체결한 후에도 이전과 변동없이 CCC은 동일하게 쟁점주택에 거주하면서 사용수익하였다.

(3) 이는 주택 본래의 사용 용도인 거주용도로 사용·수익한 것으로 임차인 또는 양수인 지위 어디에 해당하는지는 별도로 성립·존재하는 법률관계에서 임차권이 매매계약을 원천적 무효로 만들지 않는 이상 계약일부터 쟁점매매계약에 따라 CCC이 사용·수익한 것이다.

(4) 그리고 이 건 세무조사는 양도소득세 조사로 세법에 따라 이 건 거래의 실질을 판단하여야 하는데, 청구주장인 임차보증금에 대한 질권 등 「민법」에 관한 사항은 임대차계약에 영향을 미치는 사안이며 쟁점매매계약과 관련이 없는 법률·사실관계이다.

(5) 쟁점매매계약이 하자 없는 정상이고 실제 사용수익하고 있으며 쟁점매매계약서의 특약 제3조 및 제4조에서 확약, 임차보증금으로 매매계약금 전환 등 양수인이 실질적 소유자와 유사한 권리와 의무를 가지고 실질적 자산을 사용할 수 있게 된 매매계약일을 사용수익일로 보아야 한다.(6) 「소득세법 시행규칙」 제78조에서 장기할부조건부 매매를 규정하고 있는 계약금 외 양도대금의 2회 분할지급은 논쟁의 여지가 없으며, 사용수익일인 매매계약일 다음날부터 최종 잔금일까지 기간이 1년 이상이므로, 이 건 거래는 장기할부조건부 매매의 요건을 모두 충족하고 있는바, 형식과 그에 따른 실질이 장기할부조건부 매매에 해당되므로, 이 건에 실질과세의 일탈도 있을 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점처분청이 쟁점주택의 매매를 장기할부조건부 매매에 해당하는 것으로 보고 1세대 1주택인 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산특례를 배제하고 청구인들에게 양도소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 이 건과 관련한 사실관계의 진행상황을 살펴보면 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 사실관계의 진행상황

○

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○(2) 청구인들이 쟁점매수인들과 2021.4.9. 작성한 쟁점매매계약서의 주요내용은 아래와 같다.

○

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○(3) 청구인들과 CCC이 2020.7.25. 작성한 쟁점주택에 대한 임대차계약서(전세)의 주요내용은 아래와 같다.

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○

○(4) 임차인 CCC은 쟁점주택의 임차보증금(OOO원)에 대하여 OOO은행에 근질권(채권최고액 OOO원)을 설정하였고, OOO은행은 2020.12.11. 청구인들에게 아래와 같이 질권설정통지서를 보낸 것으로 나타난다.

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○(5) 청구인들은 근질권의 설정과 관련하여, 쟁점주택에 대한 임대차기간 종료일(2022.12.29.)에 근질권이 설정된 대출금을 상환한 내역을 아래와 같이 제출하였다.

○

○

○(6) 청구인들은 근질권설정과 관련하여, OOO은행에서 청구인 AAA에게 2022.11.29.에 보낸 대출금 만기도래에 따른 안내문자를 아래와 같이 제출하였다.

○

○

○(7) CCC이 이 건 거래와 관련하여 제출한 확인서는 아래와 같다.

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○(8) 처분청은 쟁점매매계약서 특약 제3조에 따라 쟁점매수인들이 제세공과금 등을 실제 부담하였는지와 관련하여, 아래 ＜표3＞과 같이 CCC의 배우자 DDDOOO이 청구인들의 지방세를 대납한 금융거래 자료를 제출하였다.＜표3＞ 청구인들 지방세 납부 금융거래 내역(단위 : 원)

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○(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.(가) 처분청은 쟁점매수인들이 쟁점매매계약을 체결함으로 인하여 쟁점주택의 양수인으로서 쟁점주택을 사용수익하였으므로, 쟁점매매계약을 체결한 다음날인 2021.4.10.이 사용수익일에 해당하고, 쟁점매매계약은 계약금, 중도금, 잔금으로 그 매매대금을 지급하도록 되어 있어 2회 이상 그 대금을 할부로 지급하도록 되어 있으며, 잔금은 2023.4.17. 지급하도록 되어 사용수익일부터 잔금청산일까지의 기간이 1년 이상으로 쟁점주택의 매매는 장기할부조건부 매매에 해당하므로, 잔금청산일, 등기접수일 및 사용수익일 중 가장 빠른 날인 사용수익일(2021.4.10.)에 쟁점주택이 양도되었는바, 이 경우 청구인들의 쟁점주택 보유기간이 2년 미만이어서 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택인 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산특례를 적용할 수 없다는 의견이다.(나) 「소득세법」 제98조는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날을 자산의 양도시기로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제3호는 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우 소유권이전등기 접수일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 양도시기로 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제78조 제3항은 계약금을 제외한 양도대금을 2회 이상 분할하여 수입하고, 소유권이전등기 접수일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종할부금의 지급기일까지 기간이 1년 이상인 경우를 장기할부조건으로 규정하고 있다.(다) 쟁점매매계약의 체결일(2021.4.9.)의 다음날을 쟁점매수인들이 양수인의 지위에서 쟁점주택에 대한 사용수익한 날로 볼 수 있는지를 살펴보면, 청구인들과 CCC이 기존 임대차계약에 따른 임차보증금을 쟁점매매계약의 계약금으로 갈음하는 내용에 합의하여 임대차계약의 목적인 임차보증금 채권이 소멸된 것으로 보고 임대차계약이 실효되었다고 할 수 있으나, 해당 임차보증금 채권에는 OOO은행의 근질권이 설정되어 있어, 「민법」 제352조에 따라 CCC(질권설정자)은 OOO은행(질권자)의 동의없이 근질권의 목적인 청구인들에 대한 임차보증금 채권을 계약금 채무에 갈음하여 소멸시킬 수 없고, OOO은행이 위와 같은 합의에 동의한 사실도 없어, 청구인들이 상환해야 하는 임차보증금 채무가 존속하고 있어서 기존의 임대차계약이 유효하게 유지되고 있는 것으로 보이는 한편, 쟁점매매계약의 경우 위에서 살펴본 바와 같이 계약을 체결할 당시 쟁점매수인들의 계약금 지급의무도 이행되지 않은 것으로 보이는바, 쟁점주택에 대한 임대차계약에서 임차인은 임차보증금 지급의무를 이행하여 임대차계약기간 동안 정당하게 쟁점주택을 사용수익할 수 있는 권리를 취득한 반면, 계약금 및 잔금 지급의무를 이행하지 않아 쟁점매매계약에 의하여 쟁점주택을 사용수익할 수 있는 권리를 갖지 못한 것으로 보인다.다만, 부동산에 대한 매매계약이 체결되었을 뿐 잔금청산 등이 이루어지지 않았다고 하더라도 매도인이 매수인에게 부동산을 인도할 경우 매수인은 이를 정당하게 점유하여 사용수익할 수 있으나(대법원 1988.4.25. 선고 87다카1682 판결, 대법원 1996.6.25. 선고 95다12682·12699 판결 참조), 이 건의 경우 이미 임대차계약에 따라 쟁점주택을 임차인(CCC)에게 인도하였고, 쟁점매수인들에게 쟁점매매계약에 따라 사용수익할 수 있는 권리가 없는 반면 쟁점주택에 대한 임대차계약은 유효하게 유지되고 있어서, 처분청 의견과 같이 쟁점매매계약에 따라 쟁점매수인들이 쟁점주택의 양수인으로서 사용수익한다고 볼 수 있으려면, 이에 대한 청구인들의 의사표시나 당사자 사이에 합의가 있어야 하나, 청구주장이나 CCC의 확인서에서 볼 수 있듯이 당사자들이 처분청 의견을 뒷받침할 사실관계를 부인하고 있고 과세요건에 대한 입증책임이 처분청에 있음에도 이에 대한 처분청의 입증이 부족한 것으로 보여, 쟁점매매계약의 체결일부터 쟁점매수인들이 양수인의 지위에서 쟁점주택을 사용수익하였다고 보기 어려워 보인다.(라) 다음으로 쟁점매수인들이 쟁점주택을 양수인의 지위에서 사용수익한 시기를 살펴보면, 2022.12.29. 임차보증금에 설정된 근질권의 원인채무인 전세자금대출이 OOO은행에 상환됨에 따라 근질권이 소멸된 것으로 보이고, 이와 동시에 쟁점주택 임대차계약의 목적인 임차보증금은 쟁점매매계약에 따른 계약금으로 전환되어 더 이상 임차보증금은 없는 것으로 보이는바, 임대차계약이 계약기간 만료 시 법정갱신되는 것과 무관하게 임차보증금이 없어져 쟁점주택에 대한 임대차계약은 실효된 것으로 보이므로, 전세자금대출을 상환한 다음날인 2022.12.30.부터 쟁점매수인들이 쟁점주택을 사용수익하는 것은 청구인들의 묵시적 동의에 따라 양수인의 지위에서 사용수익하는 것으로 보인다.(마) 따라서 쟁점매수인들이 쟁점주택을 사용수익한 날은 2022.12.30.로 잔금이 청산된 2023.4.17.과의 기간이 1년 미만이어서, 「소득세법 시행규칙」 제78조 제3항에 따른 장기할부조건부 매매의 요건을 갖추지 못한 것으로 보여, 쟁점주택의 양도시기는 잔금이 청산된 2023.4.17.이고, 이 경우 청구인들은 쟁점주택을 2년 이상 보유한 것으로 나타나, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택인 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산특례를 배제하고 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 국세기본법제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.가. ∼ 다. ＜생 략＞제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.

다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.1. ∼ 3. ＜생 략＞제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ①법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다.

이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169217749"></img>2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액<img src="/LSA/flDownload.do?flSeq=169217751"></img>②제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.제162조(양도 또는 취득의 시기) ①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날(4) 소득세법 시행규칙제78조(장기할부조건의 범위) ③영 제162조 제1항 제3호에서 “재정경제부령이 정하는 장기할부 조건”이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 해당 자산의 대금을 월부ㆍ연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 계약금을 제외한 해당 자산의 양도대금을 2회이상으로 분할하여 수입할 것2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

「소득세법 시행령 제162조 및 같은 법 시행규칙」 제78조