쟁점주식의 취득을 명의신탁 해지에 따른 형식적 취득으로 보아 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립하지 않는다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구인은 a, b, c, d, e 및 f(이하 “이 건 과점주주”라 한다)과 주식회사 A(이하 “쟁점①법인”이라 한다)의 총 발행주식 800,000주 중 585,163주(73.14%)를 소유하고 있는 과점주주 집단이었으며, 2023.10.31. 주주 g 외 5인(h, i, j, k 및 l, 이하 “이 건 과점주주들”이라 한다)으로부터 쟁점①법인의 주식 214,837주(26.86%, 이하 “쟁점①주식”이라 한다)를 추가로 취득하였고, 이 건 과점주주들은 B 주식회사(이하 “쟁점②법인”이라 하고, 쟁점①법인과 합하여 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 총 발행주식 200,000주 중 146,293주(73.14%)를 소유하고 있었으며, 같은 날 이 건 주주들로부터 쟁점②법인의 주식 53,707주(26.86%, 이하 “쟁점②주식”이라 하고, 쟁점①주식과 합하여 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 추가로 취득하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주식을 취득함에 따라 과점주주 지분비율이 증가하여 취득세 납세의무가 발생하였음에도 이를 신고·납부하지 않은 사실을 확인하고, 2025.10.10. 「지방세법」 제7조 제5항 및 제10조의6 제4항에 따라 청구인에게 취득세 등 합계 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.＜이 건 취득세 등 부과 내역＞(단위 : 원)

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○다. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장쟁점①법인은 1960년에 설립되었고, 쟁점②법인은 쟁점①법인에서 2011년 11월 인적분할되어 설립되었으며, 분할 당시 분할 전 법인의 지분구조를 그대로 승계하였다.쟁점①법인이 설립될 당시에는 「상법」상 주식회사 설립을 위하여 7인 이상의 발기인이 필요하였다. 이에 창업주는 발기인 수 요건을 충족하기 위하여 회사 임직원 등의 명의로 주식을 명의신탁하였고, 이후에도 해당 주식의 명의신탁 관계가 계속 유지되었다.서울지방국세청은 2023년 쟁점법인 및 관련자들에 대한 세무조사를 실시하면서 청구인이 제출한 차명주식 보유현황, 명의신탁 확인서, 배당금 지급내역 등을 검토하였다.

그 결과 쟁점 주식을 명의신탁된 주식으로 판단하여 관련 증여세 등을 과세하였다.또한 쟁점법인이 제출한 주식등변동상황명세서에는 2023.10.31. 이루어진 주식 명의변경의 사유가 ‘명의신탁 등 실명전환’으로 기재되어 있다. 이는 차명주주 명의로 등재되어 있던 주식을 실질소유자인 청구인 명의로 환원한 것으로서, 청구인이 주식을 새롭게 취득한 것이 아니라 기존 명의신탁 주식의 명의를 회복한 것에 불과하다.따라서 2023.10.31. 명의변경을 청구인의 주식 취득 또는 소유주식 비율 증가로 볼 수 없으므로, 이를 근거로 과점주주 간주취득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견제출된 명의신탁확인서는 쟁점주식의 명의수탁자로 기재된 자들이 세무조사 과정에서 사후 작성한 이해관계인 간 진술자료에 불과하며, 명의신탁 사실을 뒷받침할 객관적인 증빙자료로 보기 어렵다.실제로 서울지방국세청도 명의수탁 시점이 구체적으로 확인되는 일부주식에 대해서만 증여세를 부과하였다.따라서 위 확인서만으로 쟁점주식 전부가 청구인의 명의신탁 주식이었다고 인정하기에는 입증이 부족하다.또한 증여세와 과점주주 취득세는 과세 근거와 목적이 서로 다르므로, 증여세를 납부하였다는 사정만으로 취득세가 면제되는 것은 아니다.

청구인이 쟁점 주식을 취득한 것이 단순히 명의신탁 주식을 반환받은 것이라는 주장도 객관적인 자료로 입증되지 않았다.따라서 이 사건 과점주주 취득세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주식의 취득을 명의신탁 해지에 따른 형식적 취득이므로 과점주주 간주취득세 납세의무가 성립하지 않는다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 쟁점①법인은 1960.12.24. 각종 OOO의 제조·판매 및 수리업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 본점 소재지는 서울특별시 영등포구 OOO이고, 발행주식 총수는 800,000주이고, 1주당 액면금액은 OOO원이며, 자본금은 OOO원이다.(나) 쟁점①법인의 2023사업연도 주식등변동상황명세서 및 법인등기부등본에 따르면, 청구인과 a을 포함한 이 건 과점주주들은 2022년 11월 기준 해당 법인의 발행주식 총수 800,000주 중 585,163주(지분율 73.14%)를 보유하고 있었고, 청구인과 a이 2023.10.31. 이 건 주주로부터 쟁점①주식을 추가로 취득함에 따라 과점주주 지분율은 26.86% 증가하여 최종적으로 100%에 이른 것으로 나타난다.＜쟁점①법인의 주식 변동 현황＞

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○(다) 서울지방국세청 조사4국은 2023.8.10.부터 2023.11.1.까지 쟁점 법인 및 청구인 등에 대한 세무조사에서 쟁점 법인의 주식 관련 거래 등에 대하여 조사한 결과 「상속세 및 증여세법」상 증여의제 규정 및 「소득세법」에 따른 세액을 부과하였다.＜쟁점①법인 관련 주식 명의신탁확인서 제출 및 증여세 부과 현황＞

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○(라) 쟁점②법인은 2011.11.4. OOO 생산 및 판매를 목적으로 쟁점①법인에서 분할 설립된 법인으로, 본점 소재지는 충청남도 아산시 배방읍 OOO이고, 발행주식 총수는 200,000주이고, 1주당 액면금액은 OOO원이며, 자본금은 OOO원이다.(마) 쟁점②법인의 2023사업연도 주식등변동상황명세서 및 법인등기부등본에 따르면, 청구인과 a을 포함한 이 건 과점주주들은 2022년 11월 기준 해당 법인의 발행주식 총수 200,000주 중 146,293주(지분율 73.14%)를 보유하고 있었고, 청구인과 a이 2023.10.31. 이 건 주주로부터 쟁점②주식을 추가로 취득함에 따라 과점주주 지분율은 26.86% 증가하여 최종적으로 100%에 이른 것으로 나타난다.＜쟁점②법인의 주식 변동 현황＞

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○(바) 서울지방국세청 조사4국은 2023.8.10.부터 2023.11.1.까지 쟁점 법인 및 청구인 등에 대한 세무조사에서 쟁점 법인의 주식 관련 거래 등에 대하여 조사한 결과 「상속세 및 증여세법」상 증여의제 규정 및 「소득세법」에 따른 세액을 부과하였다.＜쟁점②법인 관련 주식 명의신탁확인서 제출 및 증여세 부과 현황＞

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○(사) 쟁점법인의 주식등변동상황명세서에 따르면, 쟁점주식의 변동사유가 ‘명의신탁 등 실명전환’으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 2023.10.31. 주식 명의변경은 과거 발기인 수 요건 충족을 위해 명의신탁해 둔 차명주식을 실질소유자인 청구인 명의로 환원한 것에 불과하여 새로운 주식 취득이나 소유비율 증가로 볼 수 없으므로, 이를 근거로 한 과점주주 간주취득세 부과처분은 부당하다고 주장하나,「지방세법」 제7조 제5항 및 같은 법 시행령 제11조 제2항에 따르면 이미 과점주주인 자가 해당 법인의 주식을 추가로 취득하여 과점주주 집단이 소유하는 주식비율이 증가한 경우에는 그 증가분에 대하여 간주취득세 납세의무가 성립한다고 규정하고 있는 점, 주식등변동상황명세서에 따르면 이 건 과점주주들은 2023.10.31. 전까지 쟁점법인의 발행주식 중 73.14%를 보유하다가 같은 날 쟁점주식 26.86%를 추가 취득하여 지분율이 100%로 증가하였고, 과세관청이 주주명부 및 주식등변동상황명세서 등 객관적인 과세자료를 통해 주식의 소유 및 지분율 증가 사실을 입증한 이상, 명의상 주주가 실질주주가 아니며 해당 주식이 제3자에게 명의신탁된 주식이라는 사정은 이를 주장하는 청구인이 객관적인 증거로 입증하여야 하는 점, 청구인이 제출한 명의신탁 확인서는 쟁점주식의 명의자들이 서울지방국세청의 세무조사가 진행되던 2023년 10월경, 대부분 쟁점법인의 설립 또는 명의등재 시점으로부터 상당한 기간이 지난 후 사후적으로 작성한 것이고, 그 작성자들 역시 쟁점주식의 명의수탁자이자 이 건 처분의 결과에 이해관계를 가지는 자들이므로, 해당 확인서의 내용만으로 수십 년 전부터 명의신탁 관계가 계속 유지되었다는 사실을 인정하기 어려운 점, 또한 l, k, j 및 i 명의의 주식에 관한 확인서에는 구체적인 명의신탁 시점이 기재되어 있지 않고, 최초 주식취득 당시의 주금납입자료, 명의신탁약정서, 명의자의 주식취득자금이 청구인에게서 지급되었음을 확인할 수 있는 금융거래자료, 배당금이 청구인에게 반환되었다는 자료 및 의결권이 청구인의 지시에 따라 행사되었다는 자료 등도 구체적으로 확인되지 않는 점, 명의신탁재산의 증여의제에 따른 증여세는 명의신탁을 이용한 조세회피행위에 대응하기 위한 것이고, 과점주주 간주취득세는 주식 취득으로 법인의 재산을 사실상 지배할 수 있게 된 담세력에 대하여 과세하는 것이므로 양자는 과세요건과 과세목적이 서로 달라 일부 명의자에게 증여세가 부과되었다거나 증여세가 신고·납부되었다는 사정만으로 과점주주 간주취득세의 납세의무가 당연히 부정되는 것은 아닌 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세기본법(법률 제19229호로 개정되어 2023.6.1. 시행된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.1. ∼ 33. 생략34. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 지방세관계법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계35. ∼ 36. 생략제46조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목의 경우에는 납기 개시일) 현재 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.

다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)(2) 지방세기본법 시행령(대통령령 제33517호로 개정되어 2023.6.11. 시행된 것)제2조(특수관계인의 범위) ① 「지방세기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제34호 가목에서 “혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.1. 6촌 이내의 혈족2. 4촌 이내의 인척3. 배우자(사실상의 혼인 관계에 있는 사람을 포함한다)4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자로 입양된 사람 및 그 배우자ㆍ직계비속② 법 제2조 제1항 제34호 나목에서 “임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람3. 제1호 또는 제2호의 사람과 생계를 함께하는 친족③ 법 제2조 제1항 제34호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영 지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영 지배관계”라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인2. 본인이 법인인 경우가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인나.

본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우가. 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우2. 비영리법인인 경우가. 법인 이사의 과반수를 차지하는 경우나. 법인의 출연재산(설립을 위한 출연재산만 해당한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그중 1명이 설립자인 경우제24조(제2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위 등) ① 생략1. ∼ 2. 생략② 법 제46조 제2호에서 “대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 유한책임사원과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 친족관계2. 경제적 연관관계3. 경영지배관계 중 제2조 제3항 제1호 가목, 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 각각 “100분의 50”으로 본다.

(3) 지방세법(법률 제19430호로 개정되어 2023.7.10. 시행된 것)제7조(납세의무자 등) ① ∼ ④ 생략⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 대통령령으로 정하는 과점주주(이하 “과점주주”라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등(법인이 「신탁법」에 따라 신탁한 재산으로서 수탁자 명의로 등기ㆍ등록이 되어 있는 부동산 등을 포함한다)을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다.

이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 「지방세기본법」 제44조를 준용한다.제10조의6(취득으로 보는 경우의 과세표준) ① ∼ ③ 생략④ 제7조 제5항 전단에 따라 과점주주가 취득한 것으로 보는 해당 법인의 부동산 등의 취득 당시 가액은 해당 법인의 결산서와 그 밖의 장부 등에 따른 그 부동산 등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례로 정하는 바에 따라 취득 당시 가액과 그 밖에 필요한 사항을 신고하여야 한다.

(4) 지방세법 시행령(대통령령 제33325호로 개정되어 2023.3.14. 시행된 것)제10조의2(과점주주의 범위) ① 법 제7조 제5항 전단에서 “대통령령으로 정하는 과점주주”란 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주 중 주주 또는 유한책임사원(이하 “본인”이라 한다) 1명과 그의 특수관계인 중 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인을 말한다.1. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제1항 각호의 사람2. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제2항 제1호의 사람으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람가.

주주나. 유한책임사원3. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제1호 가목에 따른 법인 중 본인이 직접 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인4. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 가목에 따른 개인ㆍ법인 중 해당 개인ㆍ법인이 직접 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인ㆍ법인5. 「지방세기본법 시행령」 제2조 제3항 제2호 나목에 따른 법인 중 본인이 직접 또는 제4호에 해당하는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인② 제1항 제3호부터 제5호까지에 따른 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력의 기준에 관하여는 「지방세기본법 시행령」 제2조 제4항 제1호 가목 및 같은 항 제2호를 적용한다.

이 경우 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 각각 “100분의 50”으로 본다.제11조(과점주주의 취득 등) ① 생략② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 해당 법인의 주식등을 취득하여 해당 법인의 주식등의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식등의 비율(이하 이 조에서 “주식등의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가분을 취득으로 보아 법 제7조 제5항에 따라 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식등의 비율이 해당 과점주주가 이전에 가지고 있던 주식등의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다.③ ∼ ④ 생략(5) 상속세 및 증여세법(법률 제19195호로 개정되어 2023.1.1. 시행된 것)제45조의2(명의신탁재산의 증여 의제) ① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등이 필요한 재산(토지와 건물은 제외한다.

이하 이 조에서 같다)의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」 제14조에도 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세 회피의 목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기등을 하거나 소유권을 취득한 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우2. 삭제3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁재산인 사실의 등기등을 한 경우4. 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기등을 한 경우② 삭제③ 타인의 명의로 재산의 등기등을 한 경우 및 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우에는 조세 회피 목적이 있는 것으로 추정한다.

다만, 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조세 회피 목적이 있는 것으로 추정하지 아니한다.

1. 매매로 소유권을 취득한 경우로서 종전 소유자가 「소득세법」 제105조 및 제110조에 따른 양도소득 과세표준신고 또는 「증권거래세법」 제10조에 따른 신고와 함께 소유권 변경 내용을 신고하는 경우2. 상속으로 소유권을 취득한 경우로서 상속인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 신고와 함께 해당 재산을 상속세 과세가액에 포함하여 신고한 경우. 다만, 상속세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고하거나 기한 후 신고를 하는 경우는 제외한다.

가. 제67조에 따른 상속세 과세표준신고나. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고다. 「국세기본법」 제45조의3에 따른 기한 후 신고④ ∼ ⑦ 생략