쟁점임대주택의 취득이 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 비과세 대상인지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 주택재건축정비사업을 목적으로 설립된 법인으로서, 2020.9.28. 서울특별시 강남구 OOO 일대 임대주택(120세대, 16,673.14㎡, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2020.11.27. 「지방세특례제한법」제47조의2 녹색인증 건축물 감면(10%)을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 2021.7.19. 쟁점임대주택에 대한 소유권보존등기를 한 후 같은 날 처분청에 소유권을 이전하는 등기를 하였고, 2025.4.5. 쟁점임대주택의 취득이 「지방세법」제9조 제2항에 따른 비과세 대상이므로, 이 건 취득세 등을 환급하여야 한다는 취지로 처분청에 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.7.16. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 2025.7.23. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점임대주택은 「지방세법」제9조 제2항에서 규정하는 취득세 비과세요건을 모두 충족한다.청구법인은 주택재건축정비사업을 시행하기 위하여 서울특별시장과 법령이 정하는 바에 따라 쟁점임대주택을 건설하여 매각하는 매매계약을 체결하였고, 이에 따라 청구법인은 쟁점임대주택을 신축하여 서울특별시장에게 양도하였는바, 쟁점주택은 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 건축물에 해당한다.또한, 청구법인은 서울특별시장에게 쟁점임대주택을 귀속함에 따른 반대급부로 매매대금을 지급받았을 뿐, ‘국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여 받거나 기부채납 대상물의 무상사용권’을 제공받은 사실이 없고, 대법원에서도 귀속의 의미가 반드시 무상으로 이루어져야 하는 것은 아니라고 판시(대법원 2016.12.15. 선고 2015다256312 판결)하고 있으므로, 청구법인이 서울특별시장으로부터 쟁점임대주택에 대한 매각대금을 받았다하더라도 쟁점임대주택은 「지방세법」제9조 제2항에 따른 취득세 비과세 요건을 모두 충족한다 할 것이다.

(2) 헌법재판소에서 “귀속이라 함은 과세물건인 부동산의 소유권을 국가 등이 취득하게 하는 것으로서, 당사자 사이의 합의나 법률규정에 의해 발생한다.”고 판시(헌법재판소 2011.12.29. 선고 2010헌바191 판결)한바, 당사자 사이에 합의에는 법률행위도 포함되므로, 법률행위에 의한 취득 또한 귀속에 해당한다.청구법인과 서울특별시장은 쟁점임대주택 매매계약을 체결하였으나, 이는 「도시 및 주거환경정비법」의 규정에 따른 것으로 해당 법률에서 쟁점임대주택의 매매계약 체결의무, 매매시기와 가격, 매도 상대방 등을 모두 규정하고 있으므로, 이러한 매매계약에 청구법인의 의사가 반영될 여지가 없다.이는 서울특별시장이 청구법인으로부터 쟁점임대주택을 취득한 행위가 ‘법률의 규정에 의한 일방적인 절차’이고, 매매계약은 형식적으로 이를 확인하는 것이 불과함을 반증한다.

나. 처분청 의견(1) 「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하면서, 그 2호에 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여 받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.「지방세법」제9조 제2항의 입법 취지가 조건 없이 무상으로 소유권을 국가 등에 이전하는 경우에는 세 부담을 완화해주고자 하는데 있고(조심 2021지1972, 2023.2.16.), 그 단서에서 국가 등이 소유하고 있는 부동산과 같은 일정한 반대급부를 제공받는 귀속 등의 경우는 취득세 과세대상으로 규정하고 있는 점을 고려해볼 때, 청구법인이 서울특별시장으로부터 매매대금을 지급받고 쟁점임대주택의 소유권을 이전한 것은 위 규정에 따른 취득세 비과세 대상으로 보기 어렵다.이와 같은 해석은 「지방세법」제9조 제2항의 체계에도 부합하는바, ‘귀속’과 병렬적으로 규정된 ‘기부채납’은 민법상 증여계약에 해당하는데(대법원 1996.11.8. 선고 96다20581 판결 참조), 만약 청구법인의 쟁점임대주택 매매와 같은 유상의 매매계약이 위 규정의 ‘귀속’에 포함된다고 볼 경우 ‘기부채납’ 부분은 독자적인 의미가 없게 된다.또한, 해당 규정 본문의 괄호 부분에서 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3항에 따른 방식(사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료 시 소유권이 국가 등에 귀속되는 방식)에 대하여는 이를 ‘귀속’으로 보겠다고 명시적으로 규정한 것과 달리, 쟁점임대주택 경우와 같은 방식에 대하여는 달리 규정하고 있지 아니하므로, 위 규정에서의 취득세 비과세는 법률의 규정에 의한 소유권의 일방적 이전과 무상성에 근거하고 있는 것으로 해석된다(조심 2024지153, 2024.10.23.)결국 청구법인이 서울특별시장과 매매계약을 체결하여 서울특별시장에게 쟁점임대주택을 매각한 것은 법률의 규정에 의한 일방적인 소유권의 무상이전에 해당하지 않아 「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세 된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점임대주택의 취득이 「지방세법」제9조 제2항에 따른 비과세 대상인지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청에서 제출한 자료에 따르면, 아래의 사실관계가 확인된다.(가) 청구법인은 2013.8.9. 서울특별시 강남구 OOO일대 주택재건축정비사업(이하 “이 건 정비사업”이라 한다)을 목적으로 설립된 조합이고, 이 건 정비사업은 2014.6.27. 사업시행인가, 2016.1.8. 관리처분계획인가를 받은 후 2020.9.28. 준공인가를 거쳐 2021.5.21. 이전고시된 것으로 확인된다.(나) 청구법인은 2020.4.6. 서울특별시장과 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점임대주택 매매계약을 체결하였다.＜표1＞ 쟁점임대주택에 대한 매매계약서(일부 발췌)

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○(다) 청구법인은 2020.9.28. 쟁점임대주택을 취득하고, 2021.7.19. 청구법인 명의로 소유권보존등기를 하였으며, 같은 날 서울특별시로 소유권이전등기를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」제9조 제2항에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 「도시 및 주거환경정비법」제55조 제1항에서 주택재건축사업의 시행자는 초과용적률의 일정 비율에 해당하는 면적만큼 국민주택규모 주택을 건설하여 이를 국토교통부장관, 시·도지사, 시장, 군수, 구청장 또는 토지주택공사 등에 공급하여야 한다고 규정하면서 같은 법 제2항에서 국민주택규모 주택의 공급가격은 「공공주택 특별법」제50조의4에 따라 국토교통부장관이 고시하는 공공건설임대주택의 표준건축비로 하며, 부속 토지는 인수자에게 기부채납한 것으로 본다고 규정하고 있다.(나) 청구법인은 「지방세법」제9조 제2항에서 취득세 비과세의 요건으로 반드시 법률에 의한 ‘무상귀속’이 이루어질 것을 요구하고 있지 아니하므로, 「도시 및 주거환경정비법」제55조 제1항에 따라 처분청에 매매하는 것을 조건으로 취득한 쟁점임대주택 역시 해당 규정에 따른 취득세 비과세대상에 해당한다고 주장하나,「지방세법」제9조 제2항의 입법취지가 조건 없이 무상으로 소유권을 국가 등에 이전하는 경우에 세부담을 완화해주고자 하는 데 있고(조심 2021지1972, 2023.2.16.), 그 단서에서 국가 등이 소유하고 있는 부동산과 같은 일정한 반대급부를 제공받는 귀속 등의 경우 취득세 과세대상으로 규정하고 있는 점을 고려하였을 때, 청구법인이 국가등에 매매대금을 지급받고 쟁점임대주택의 소유권을 이전한 것은 동 규정에 따른 취득세 비과세 대상에 해당한다고 볼 수 없다.이와 같은 해석은 「지방세법」제9조 제2항의 체계에도 부합하는 바, ‘귀속’과 병렬적으로 규정된 ‘기부채납’은 민법상 증여계약에 해당하는데(대법원 1996.11.8. 선고 96다20581 판결 참조), 만약 청구법인의 쟁점임대주택 매매와 같은 유상의 매매계약이 위 규정의 ‘귀속’에 포함된다고 볼 경우 ‘기부채납’ 부분은 독자적인 의미가 없게 된다.해당 규정 본문의 괄호부분에서 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제4조 제3항에 따른 귀속, 즉, 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료 시 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식에 대하여는 이를 ‘귀속’으로 보겠다고 명시적으로 규정한 것과 달리, 청구법인의 경우와 같이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비사업 시행 시 국가 등에 임대주택을 유상으로 양도하는 방식에 대하여는 그와 같이 규정하고 있지 않은 점을 종합적으로 고려하였을 때, 위 규정에서의 취득세 비과세는 법률의 규정에 의한 소유권의 일방적 이전과 무상성에 근거하고 있는 것으로 해석(조심 2024지153, 2024.10.23.)된다.결국 청구법인이 국가 등과 매매계약을 체결하여 국가 등에 쟁점임대주택을 매각한 것은 법률의 규정에 의한 일방적인 소유권의 무상이전에 해당하지 않아 「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세가 비과세 된다고 볼 수 없다.(다) 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제9조(비과세) ① 국가 또는 지방자치단체(다른 법률에서 국가 또는 지방자치단체로 의제되는 법인은 제외한다. 이하 같다), 「지방자치법」 제176조 제1항에 따른 지방자치단체조합(이하 “지방자치단체조합”이라 한다), 외국정부 및 주한국제기구의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다.

다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취득에 대해서는 취득세를 부과한다.② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가 등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 “귀속 등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우2. 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(2) 지방세법 시행령제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다.

이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

(3) 도시 및 주거환경정비법제54조(재건축사업 등의 용적률 완화 및 국민주택규모 주택 건설비율) ④ 사업시행자는 법적상한용적률에서 정비계획으로 정하여진 용적률을 뺀 용적률(이하 “초과용적률”이라 한다)의 다음 각 호에 따른 비율에 해당하는 면적에 국민주택규모 주택을 건설하여야 한다. 다만, 제24조 제4항, 제26조 제1항 제1호 및 제27조 제1항 제1호에 따른 정비사업을 시행하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 과밀억제권역에서 시행하는 재건축사업은 초과용적률의 100분의 30 이상 100분의 50 이하로서 시ㆍ도조례로 정하는 비율2. 과밀억제권역에서 시행하는 재개발사업은 초과용적률의 100분의 50 이상 100분의 75 이하로서 시ㆍ도조례로 정하는 비율제55조(국민주택규모 주택의 공급 및 인수) ① 사업시행자는 제54조 제4항에 따라 건설한 국민주택규모 주택을 국토교통부장관, 시ㆍ도지사, 시장, 군수, 구청장 또는 토지주택공사 등(이하 “인수자”라 한다)에 공급하여야 한다.② 제1항에 따른 국민주택규모 주택의 공급가격은 「공공주택 특별법」제50조의4에 따라 국토교통부장관이 고시하는 공공건설임대주택의 표준건축비로 하며, 부속 토지는 인수자에게 기부채납한 것으로 본다.

(4) 사회기반시설에 대한 민간투자법제4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

3. 사회기반시설의 준공 후 일정기간 동안 사업시행자에게 해당 시설의 소유권이 인정되며 그 기간이 만료되면 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식