쟁점임대주택을 「지방세특례제한법」 제31조의3 제2항 제1호에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 AAA재개발정비사업조합(이하 “이 건 조합”이라 한다)이 재개발사업을 통하여 2023.11.30. 신축한 인천광역시 부평구 OOO 외 1필지 OOO(합계 42세대, 각 세대 전용면적 39.5793㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 이 건 조합으로부터 취득하기로 하는 포괄양수도계약을 2023.10.18. 체결하였고, 2023.12.14. 중도금과 잔금 지급방식에 대한 조항을 추가한 포괄양수도계약(변경)을 체결하였다.이후 청구법인은 2024.12.3. 쟁점주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자 임대주택으로 등록하였고, 쟁점주택 임차인의 임대보증금을 인수하여 중도금과 잔금을 치르는 방식으로 2025.3.5. 쟁점주택 취득을 완료 후 2025.3.6. 처분청에 「지방세법」제13조의2 제1항 법인의 주택 취득에 따른 중과세율을 적용한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 장기일반민간임대주택 감면에 대한 행정안전부 유권해석(이하 “행안부 유권해석”이라 한다)과 조세심판원 결정 사례(이하 “조세심판원 결정례”라 한다)를 근거로 쟁점주택 취득이 「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것, 이하 같다) 제31조의3 제2항(이하 “개정 지특법 규정”이라 한다)에 따른 감면 대상이므로 처분청에 2025.11.4. 취득세 등에 대한 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 처분청은 2025.11.28. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.2.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점주택이 감면대상 주택인지 여부(가) 2025.1.1. 시행된 개정 지특법 규정은 “임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 실제 입주한 사실이 없는 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 최초로 유상거래로 취득하는 경우”에는 취득세를 감면하도록 규정하고, 같은 항 제1호 나목에 따라 ‘전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우’에는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.따라서 취득세 감면을 받기 위해서는, ① 임대사업자일 것, ② 임대할 목적으로 취득할 것, ③ 건축주로부터 취득할 것, ④ 실제 입주한 사실이 없는 공동주택 등을 취득할 것, ⑤ ‘최초로’ 유상거래로 취득할 것, ⑥ 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택일 것 등의 요건을 모두 충족하여야 한다.(나) 청구법인은 아래와 같이 개정 지특법 규정이 정한 감면요건을 모두 충족하였다.첫째, 청구법인은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 ‘임대사업자’로 2024.12.3. 쟁점주택에 관하여 임대사업자등록을 마쳤다.둘째, 청구법인은 쟁점주택을 ‘임대할 목적’으로 취득하였다.

청구법인은 이 건 조합으로부터 임대주택을 포괄적으로 양수하였고, 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하였으며, 실제로 임대사업에 이 사건 주택을 제공하였다.셋째, 청구법인은 쟁점주택을 ‘건축주’인 이 건 조합으로부터 취득하였다. 쟁점주택은 이 건 조합이 재개발사업을 통해 건설한 것으로, 청구법인은 건축주인 조합으로부터 직접 이를 양수하였다.넷째, 청구법인은 ‘최초로 유상거래’를 통해 쟁점주택을 취득하였다. 이 건 조합이 쟁점주택을 건축한 후, 이를 제3자에게 분양하거나 임대한 사실 없이 청구법인이 포괄양수도계약을 통해 유상으로 취득하였으므로, 이는 쟁점주택에 대한 최초의 유상거래에 해당한다.다섯째, 쟁점주택은 ‘전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택’이다.

쟁점주택의 전용면적은 39.5793㎡로서, 「지방세특례제한법」 제31조의3 제2항 제1호 나목의 요건을 충족한다.여섯째, 쟁점주택은 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택을 최초 유상거래로 취득한 경우에 해당한다. 청구법인이 포괄양수도 계약을 통해 조합으로부터 최초로 취득하였으며, 포괄양수도 계약(2023.10.18.) 당시 이 건 주택은 ‘실제 입주한 사실이 없는 주택’이다. 약정에 따라 청구법인의 임대 입주자 모집절차를 진행하여 준공 전 사용승인을 받은 상태에서 최초 임대가 개시되었을 뿐이다.

처분청은 청구법인의 취득일(2025.3.5.) 이전에 임차인들의 입주가 개시(2023.12.13.)되었으므로 이 요건을 충족하지 못한다고 보나, 이는 실질과세의 원칙과 법령의 입법취지를 오해한 위법한 해석이다.

(2) 처분청의 경정거부 사유의 위법성(가) 처분청은 청구법인이 쟁점주택을 취득하기 이전인 2023.12.13.부터 임대가 개시되어 임차인들이 입주하였으므로, 청구법인의 취득은 ‘실제 입주한 사실이 없는 공동주택을 최초로 유상거래로 취득하는 경우’에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 경정청구를 거부하였다.개정 지특법 규정은 ‘임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 실제 입주한 사실이 없는 공동주택 등을 최초로 유상거래로 취득하는 경우’를 규정하고 있다.개정 지특법 규정의 문언을 그대로 해석하더라도 취득의 대상이 되는 공동주택 등은 ‘유상거래 당시 실제 입주한 사실이 없는 공동주택’을 의미하고, 실제 입주한 사실이 없는 공동주택을 유상으로 취득하기로 하는 계약을 맺은 후, 그에 따라 취득할 경우에는 감면 대상이 된다고 해석함이 타당하다.

즉 ‘유상거래의 대상’인 주택이 ‘실제 입주한 사실이 없을 것’을 요하는 것이지, ‘취득일 이전에 실제 입주가 개시되지 않았을 것’을 요하지는 않는 것이다.따라서, 유상거래의 결과 취득일 이전에 임대를 개시하였더라도 감면이 배제되지 않는다고 해석하는 것이 법령의 문언해석의 원칙에도 부합한다.(나) 개정 지특법 규정의 입법취지는 신축 주택의 임대주택 공급 확대를 유도하여 서민의 주거 안정을 도모하는 데 있다.개정 지특법 규정의 입법취지는 새로 건축된 주택이 임대주택 공급 확대에 기여할 수 있도록 최초로 임대주택으로 사용하기 위해 취득하는 경우 감면을 적용한다는 것에 있는바, ‘실제 입주’의 의미는 단순히 물리적인 입주 사실 여부만을 기준으로 형식적으로 판단할 것이 아니라, 당해 주택이 임대주택 공급 시장에 ‘최초로’ 제공되는 것인지 여부를 실질적으로 판단하여야 한다.이 건에서 임차인들의 입주는 청구법인이 이 건 조합으로부터 임대사업자의 지위를 포괄적으로 승계하여 진행한 임대차계약의 결과이다.청구법인은 이 건 주택의 임차인 모집, 임대료 결정 등 임대주택 운영에 관한 모든 사항을 실질적으로 결정하고 관리하였으며, 임차인 모집공고에도 청구법인이 포괄양수인으로서 임대인의 자격을 승계할 것임이 명시되었다.

따라서 임차인들의 입주는 청구법인의 임대사업 개시 행위의 일부이며, 이를 두고 청구법인의 취득 이전에 제3자가 입주한 사실이 있는 경우라고 보는 것은 거래의 실질을 외면한 형식논리에 치우친 해석으로서, 임대주택 공급을 장려하려는 법의 입법취지에도 정면으로 반한다.(다) 청구법인은 재개발조합인 이 건 조합으로부터 임대주택 및 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 양수하였다. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제2항은 “양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계한다”고 명시하고 있다.

이는 단순한 소유권 이전이 아니라 임대사업 자체의 승계를 의미한다.이 건의 경우, 청구법인은 포괄양수도계약 체결 시점(2023.10.18.)부터 이 건 조합의 임대사업자로서의 지위를 승계하였고, 실질적으로 임차인 모집, 임대조건 결정 등 모든 임대사업 업무를 수행하였다.따라서 임차인의 입주가 청구법인의 소유권 취득일 이전에 개시되었다 하더라도, 이는 청구법인이 포괄양수도계약에 따라 이 건 조합을 대리하여 임대사업을 수행한 결과이므로, 청구법인을 기준으로 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택을 최초로 취득한 것으로 보아야 한다.(라) 2025.5.28. 행정안전부는 ‘재개발조합 등으로부터 임대주택을 포괄양수도 하여 취득할 경우 이는 「지방세특례제한법」상 감면대상’이라는 해석을 하였고(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.), 조세심판원(조심 2023지1668, 2025.9.25.)도 재개발조합이 건축한 임대아파트를 포괄양수한 임대사업자가 취득세 감면 대상이라고 결정하였다.이 건 역시 청구법인은 재개발조합으로부터 임대주택을 최초로 포괄양수도 계약을 체결하여 취득한바, 위 해석례 및 조세심판원 사례와 그 사실관계가 동일하다.다만, 위 해석례와 조세심판원 사례는 2025.1.1. 이전 취득분이었으므로, 개정 지특법 규정이 아닌 ‘개정 전 「지방세특례제한법」 (2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것) 제31조 제2항(이하 “종전 지특법 규정”이라 한다)’이 적용되는 사안이었는데, 당시 종전 지특법 규정은 ‘임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택을 최초로 분양받은 경우’에 각호에 따라 감면한다고 규정함으로써, 포괄양수도로 취득한 임대주택이 건설임대주택인지, 매입임대주택인지, 포괄양수도로 인한 취득을 종전 지특법 규정상의 ‘분양’받은 것으로 보아야 하는지 등에 대한 법적 해석을 두고 이견이 분분하였고, 이를 정리하고자 행정안전부 유권해석(지방세특례제도과-1509, 2025.5.28.)은 재개발조합 등으로부터 임대주택을 포괄양수도 하여 취득할 경우에도 ‘최초로 분양’받은 경우에 포섭하는 방식으로 취득세를 감면한다는 취지로 해석하였고, 조세심판원 역시 이에 따라 포괄양수도 받은 임대사업자의 임대주택에 대한 취득세를 감면하는 것이 타당하다는 결정을 하였다.이에 비추어 보면, 오히려 개정 지특법 규정은 종전 규정의 해석상의 모호함을 제거하여 이 건과 같은 유형의 감면요건을 명백하게 하고자 ‘최초 분양’ 등의 용어를 삭제한 후, ‘임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 실제 입주한 사실이 없는 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 최초로 유상거래(부담부증여는 제외한다)로 취득하는 경우’로 법령을 개정한 것으로 보아야 하는 것이지, 처분청과 같이 청구법인과 같은 사업자를 감면에서 배제하고자 법령을 개정하였다고 해석할 수는 없다.

나. 처분청 의견(1) 쟁점주택에 대한 취득세 납세의무 성립세금의 부과는 납세의무 성립 시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997.10.14. 선고 97누9253 판결 등). 납세의무 성립이란 세법이 정하는 과세요건이 충족되어 추상적 납세의무가 발생한 상태를 말하고, 납세의무 성립 시기는 세법이 정한 과세요건이 완성한 때를 의미하는바, 취득세 납세의무는 취득세 과세물건을 취득한 때 성립한다.청구법인과 이 건 조합이 2023.12.14. 체결한 포괄양수도 변경계약서를 보면, 쟁점주택에 대한 매매금액은 OOO원으로 하고 계약금은 계약 체결 시 10%, 중도금은 입주 기간 만료 후 30일 이내 20%, 잔금은 소유권이전등기 시 70%를 지급하되 이 건 조합이 쟁점주택의 임차인으로부터 수령한 임대보증금 반환 채무를 인수하여 중도금과 잔금을 지급하는 것으로 계약이 이루어져 있다.포괄양수도 변경 계약서상의 잔금 지급 시기에 관한 내용 및 청구법인이 취득세 신고 시 제출한 신고서상 쟁점주택 취득일자(2025.3.5.로 기재), 계정별 원장(잔금 일자를 2025.3.5.로 계상) 등을 볼 때, 청구법인의 쟁점주택 취득시기이자 취득세 납세의무 성립일은 2025.3.5.이다.

(2) 쟁점주택이 개정 지특법 규정에 따른 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택에 해당하는지 여부 판단(가) 개정 지특법 규정은 “임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 실제 입주한 사실이 없는 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 최초로 유상거래로 취득하는 경우”에는 취득세를 감면하도록 규정하고 있고, 같은 항 제1호 나목에 따라 전용면적 60㎡이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제하도록 규정되어 있다.위 개정 지특법 규정을 적용하기 위해서는 취득자가 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자 해당 여부, 임대할 목적 여부, 취득 물건을 건축주로부터 취득한 것인지 여부, 취득 물건이 실제 입주한 사실이 없는지 여부, 취득 원인이 유상거래에 해당하는지 여부, 전용면적이 60㎡ 이하인 공동주택 또는 오피스텔 해당 여부 등 6가지 요건을 모두 충족해야 한다.(나) 대법원은 “조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.”라고 판시하였다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결).또한 지방세 감면 적용에 있어서 대법원은 “구 「지방세특례제한법」에서 정하고 있는 취득세의 감면 여부는 취득세 납부의무 성립 시기를 기준으로 각각의 감면 조항에서 규정한 요건 충족 여부에 따라 개별적으로 판단하여야 한다”라고 판시한 바(대법원 2016.11.10. 선고 2016두46212 판결) 있다.이러한 대법원 판결에 근거하여 개정 지특법 규정상의 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택이란 취득세 납세의무 성립 당시 임차인이 쟁점주택에 입주한 사실이 없는 주택을 의미한다고 할 것이다.

(3) 청구법인은 2023.10.18. 체결한 포괄양수도 계약을 통해서 쟁점주택을 이 건 조합으로부터 최초로 취득하였고 포괄양수도 계약 당시 쟁점주택은 실제 입주한 사실이 없는 주택이라고 주장하고 있다.(가) 그러나, 청구법인은 이 건 조합과 포괄양수도 계약(변경계약 포함)체결일이 쟁점주택 취득일이고 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택 판단도 포괄양수도 계약일을 기준으로 해야 한다고 주장하나, 앞서 본 것처럼 청구법인의 쟁점주택에 대한 취득세 납세의무 성립일은 2025.3.5.이다.포괄양수도 계약서 ⅰ) 제12조에 따라 청구법인으로의 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계(임대기간, 임대료, 임대사업자의 등록 내용 등)한다는 것 ii) 제8조에 따라 입주기간 지정일 이후 발생하는 관리비, 재산세 등을 전액 부담하기로 한 것 iii) 제16조에 따라 임대분양을 위한 광고홍보비 등 일체 경비를 부담하고 임대수입은 모든 청구법인의 수입으로 한다는 것 iv) 제4조 및 제16조에 따라 이 사건 조합을 대리하여 임차인 모집공고 게시 및 임차인 모집 등은 이 사건 조합에서 청구법인으로의 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계하기 위한 행정절차일 뿐 「지방세기본법」상에 규정된 취득세 납세의무 성립 시기에 아무런 법적 영향을 미치지 아니한다.그러므로 개정 지특법 규정을 적용하기 위한 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택에 대한 판단은 포괄양수도 계약 당시가 아닌 쟁점주택의 취득시기인 2025.3.5.자를 기준으로 하여야 한다.

이는 원고와 부친과의 아파트 부담부 증여계약에 따라 원고가 부친으로부터 아파트를 증여받으면서 보증금 반환 채무를 인수하였고 이러한 보증금 반환 채무를 원고가 변제할 수 있는지가 쟁점인 사안에서 대법원이 “취득시점을 기준으로 원고가 위 채무를 변제하기에 충분한 소득이나 재산을 갖추고 있었는지를 심리하였어야 한다”(대법원 2025.10.16. 선고 2024두67238 판결)라고 판시한 사례를 볼 때, 이는 앞서 본 대법원 판결(2016두46212)과 더불어 취득세 납세의무 성립시기를 기준으로 지방세 감면 적용 여부를 판단해야 한다는 처분청의 의견을 확고히 지지하는 판결인 것이다.(나) ‘실제 입주한 사실이 없는’ 쟁점주택에 대한 법적 판단 이외에 쟁점주택에 임차인의 실질 입주 내역을 확인하고자 처분청은 2026.2.27. 주민센터에 전입세대 열람 회신 요청을 하였고 2026.3.6. 회신받은바, 쟁점주택 중에서 41세대가 청구법인의 쟁점주택 취득일 이전에 임차인이 전입하였고, 오직 1세대(OOO)만이 취득일 이후(전입일자 2025.10.1.) 전입하였음이 확인된다.(다) 개정 지특법 규정상의 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택은 취득세 납세의무 성립 당시를 기준으로 임차인이 입주한 사실이 없는 것을 의미한다.

청구법인의 쟁점주택에 대한 취득세 납세의무 성립시기는 2025.3.5.로서 쟁점주택 임차인 전입세대 열람 회신 내역을 통해 납세의무 성립 당시 전체 42세대 중에서 1세대(OOO)만이 2025.3.5.이후 입주한 사실이 확인되고 나머지 41세대는 이전에 입주한 사실이 확인되므로 쟁점주택 중에서 41세대는 취득세 감면 대상에 해당하지 아니하고 오직 1세대(OOO)만 감면 대상에 해당한다.

(4) 행안부 유권해석 및 조세심판원 결정례를 보더라도 쟁점주택이 취득세 감면 대상에 해당한다는 주장에 대한 당부(가) 청구법인은 쟁점주택에 대한 취득세 감면 대상이라는 주장의 근거로 행안부 유권해석과 조세심판원 결정례를 제시하고 있다. 행안부 유권해석은 개정 지특법 규정 전의 종전 지특법 규정에 대한 유권해석으로서 이는 2025.1.1. 전에 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 매입임대사업자가 건설임대사업자로부터 임대목적으로 신축 공동주택 또는 오피스텔을 포괄양수도를 통한 유상거래로 취득한 경우에는 건설임대사업자로서의 지위가 그대로 승계 된다는 점, 유상취득 거래도 최초로 분양받은 경우로 본다는 점을 인정한 것이지 이 건의 핵심 쟁점인 개정 지특법 규정상의 ‘실제 입주한 사실이 없는’ 주택인지 여부에 대한 해석은 아니다.조세심판원 결정례 역시 종전 지특법 규정을 근거로 한 결정인 것이고, 이 건은 청구법인이 쟁점주택을 2025.3.5.에 취득한 것이므로 취득세 감면 적용 여부는 종전 지특법 규정이 아닌 개정 지특법 규정에 따라 판단하여야 한다.(나) 설령 쟁점주택이 개정 지특법 규정에 따른 감면 대상에 해당하더라도 청구법인이 임대의무기간 내 쟁점주택 중 일부 세대를 매각하였으므로 추징 대상에 해당한다.「지방세특례제한법」제31조의3 제3항에서는 개정 지특법 규정을 적용함에 있어 지방세 감면을 받았으나 「민간임대주택에 관한 특별법」제43조 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령으로 정하는 경우가 아닌 사유로서 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 임대 외의 용도로 사용하거나 매각·증여하는 경우에 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있다.「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제5호에 따라 임대의무기간은 10년이나 청구법인은 2025.12.16. 쟁점주택 중 21세대를 타 법인에 매각한 사실이 부동산 등기부법인 및 취득세 신고서 등을 통해 확인된다.그러므로 설령 청구법인의 쟁점주택이 취득세 감면 대상에 해당한다고 하더라도 임대의무기간 내에 매각한 21세대는 추징 대상에 해당한다.

3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택을 개정 지특법 규정에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 서울특별시 마포구 OOO을 본점으로 하고, 토목 및 건축공사업, 부동산 관련 서비스업, 부동산 임대 및 공급업 등을 목적사업으로 하여 2018.10.26. 설립된 법인이다.(나) 이 건 조합은 2023.9.21. 쟁점주택을 매각하기 위하여 임대주택 포괄양수자 선정 입찰을 공고하였고, 그 결과 청구법인이 2023.10.4. 선정되었다.(다) 청구법인은 이 건 조합과 2023.10.18. 쟁점주택에 대하여 아래와 같이 ‘임대주택 포괄양수도 계약’을 체결하였고, 2023.12.14. 제4조 대금지급시기에 대하여 “중도금, 잔금지급시기에도 불구하고 을이 초기 입주자모집 업무 및 주택도시보증공사의 임대보증금에 대한 보증서 발급업무를 갑을 대리하여 행하고 그 비용을 을이 대신 부담하는 조건으로 을이 납부하는 중도금과 잔금을 소유권 이전등기시 지급할 수 있다.

단 을은 갑이 임차인으로부터 수령한 임대보증금 반환채무를 인수함으로서 중도금과 잔금을 납부한 것으로 하며, 인수하는 임대보증금 반환채무금액이 중도금 및 잔금의 합계액과 다를 경우 상호 합의하여 그 차액을 정산하기로 한다”는 것을 추가한 것으로 나타난다.

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○(라) 청구법인은 2023.11.27. 입주자(임차인) 모집공고를 한 것으로 나타나는바, 청구법인이 포괄양수인으로서 임대인의 자격을 승계할 것임이 명시되어 있다.(마) 인천광역시 부평구청장은 2023.11.30. 쟁점주택에 대하여 사용검사를 한 것으로 나타난다.(바) 2024.11.7. 쟁점주택을 양도주택으로 하여 민간임대주택 양도신고가 인천광역시 부평구청장에 의해 수리된 것으로 나타난다.(사) 청구법인은 「민간임대주택법 관한 특별법」 제5조에 따라 2024.12.3. 쟁점주택을 목적물로 하여 아래와 같이 임대사업자 등록을 한 것으로 나타난다.＜청구법인의 임대사업자 등록 내용＞

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○(아) 쟁점주택의 등기사항전부증명서에 따르면, 2025.2.4. 이 건 조합으로 소유권보존등기되었다가 2025.3.6. 청구법인에게 소유권이전(등기원인 : 2023.10.8. 매매)된 것으로 나타난다.(자) 처분청은 2026.2.27. 주민센터에 전입세대 열람 회신 요청을 하였고 2026.3.6. 회신받은바, 쟁점주택 중에서 41세대가 청구법인의 쟁점주택 취득일 이전에 임차인이 전입하였고, 오직 1세대(OOO)만이 취득일 이후(전입일자 2025.10.1.) 전입하였음이 아래 ＜표1＞과 같이 확인된다.＜표1＞ 쟁점주택 임차인 전입세대 열람 회신 내역(열람 기간 : 2023.11.30.~ 2026.3.4.)

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○(차) 청구법인은 2025.12.16.에 쟁점주택 중 21세대를 타 법인에 매각한 사실이 부동산 등기부법인 및 취득세 신고서 등을 통해 확인되는바, 그 내역은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 쟁점주택 중 21세대 매각 내역

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○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 개정 지특법 규정에서는 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 실제 입주한 사실이 없는 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 최초로 유상거래로 취득하는 경우 2027.12.31.까지 취득세를 감면하도록 규정하고 있고, 같은 항 제1호 나목에서는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제하도록 규정하고 있다.(나) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결).(다) 청구법인은 쟁점주택을 개정 지특법 규정에서 규정하고 있는 임대주택으로 보아 취득세 등을 감면하여야 한다고 주장한다.청구법인의 임대사업자 등록증에서 장기일반민간임대주택(8년)인 이 건 주택의 주택 구분을 ‘건설’로 기재하고 있고 청구법인은 쟁점주택을 취득하면서 쟁점주택의 임대인의 지위(권리와 의무)를 포괄양수한 것으로 보아 청구법인이 취득한 쟁점주택은 건설임대주택으로 볼 수 있고,「지방세특례제한법」제31조의3 제1항에서 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 단기민간임대주택을 임대주택으로 등록한 임대사업자는 취득세 등의 감면 대상이 되는 임대사업자의 범위에서 제외하도록 규정하고 있으나 청구법인이 취득한 쟁점주택은 건설임대주택에 해당하고 단기매입임대주택에 해당하지 아니하므로 청구법인들은 위 조항에 따른 임대사업자에 해당한다고 볼 수 있다 할 것이다.그러나, 「지방세법 시행령」제20조 제2항에서 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일을 취득시기로 규정하고 있는바, 청구법인이 제출한 포괄양수도 변경 계약서상의 잔금 지급 시기에 관한 내용 및 취득세 신고서, 계정별원장 등을 볼 때, 청구법인의 쟁점주택 취득시기는 2025.3.5.이므로 2025.3.5. 현재 개정 지특법 규정에 따라 실제 입주한 사실이 없는 주택만을 감면 대상으로 보아야 할 것이다(조심 2025지2060·2061·2062, 2026.2.19. 같은 뜻임).처분청이 제출한 전입세대열람자료에 따르면 쟁점주택 중 41세대가 청구법인의 쟁점주택 취득일 이전에 임차인들이 전입하였고, OOO만이 2025.10.1. 전입한 것으로 나타나므로 개정 지특법 규정에 따라 OOO(1세대)만 감면 대상으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다 할 것이다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 지방세기본법제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

1. 취득세 : 과세물건을 취득하는 때(2) 지방세법제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조 제1항 제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조제1항제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우 : 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율2. 1세대 2주택(대통령령으로 정하는 일시적 2주택은 제외한다)에 해당하는 주택으로서 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 장에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 3주택에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율3. 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 또는 1세대 4주택 이상에 해당하는 주택으로서 조정대상지역 외의 지역에 있는 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율(3) 지방세법 시행령제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일(신고인이 제출한 자료로 사실상의 잔금지급일을 확인할 수 없는 경우에는 계약상의 잔금지급일을 말하고, 계약상 잔금 지급일이 명시되지 않은 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다)에 취득한 것으로 본다.

다만, 해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 않고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류로 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 않는다.

1. 화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)2. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)3. 행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)4. 부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일부터 60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(「도시개발법」 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 「도시 및 주거환경정비법 시행령」 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다.

이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다⑭ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

(3) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정되기 전의 것)제31조(임대주택 등에 대한 감면) ② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 “오피스텔”이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2024년 12월 31일까지 감면한다.

다만, 「지방세법」 제10조의3에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 경우에는 감면 대상에서 제외한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우에는 취득세를 면제한다.

2. 장기임대주택을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제1항 또는 「공공주택 특별법」 제50조의2 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정한 경우가 아닌 사유로 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 임대 외의 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소된 경우(4) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것)제31조의3(장기일반민간임대주택 등에 대한 감면) ① 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자[임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2 제4호에 따른 공공지원민간임대주택{「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따라 등록한 같은 법 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택(이하 이 항에서 “단기민간임대주택”이라 한다)을 같은 법 제5조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 공공지원민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다.

이하 이 조에서 “공공지원민간임대주택”이라 한다} 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택{2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위하여 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이거나 단기민간임대주택을 같은 조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다.

이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택”이라 한다}을 임대용 부동산으로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말하되, 토지에 대해서는 「주택법」 제15조에 따른 사업계획승인을 받은 날 또는 「건축법」 제11조에 따른 건축허가를 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월 이내에 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 임대용 부동산으로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제2항에서 “임대사업자”라 한다]가 임대할 목적으로 임대형기숙사 또는 공동주택을 건축하기 위하여 취득하는 토지와 임대할 목적으로 건축하여 취득하는 임대형기숙사 또는 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 2027년 12월 31일까지 감면한다.

1. 다음 각 목의 경우에는 취득세를 면제한다.

가. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우나. 임대형기숙사 또는 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택을 건축하여 취득하는 경우2. 다음 각 목의 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다.가. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 10년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다)을 20호 이상 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우나.

장기임대주택을 20호 이상 건축하여 취득하는 경우다. 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 건축하기 위하여 토지를 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 건축하기 위한 토지를 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 건축하기 위한 토지를 포함한다)라. 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 건축하여 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)② 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 실제 입주한 사실이 없는 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 최초로 유상거래(부담부증여는 제외한다)로 취득하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 취득세를 2027년 12월 31일까지 감면한다.

다만, 「지방세법」 제10조의3에 따른 취득 당시의 가액이 3억원(수도권은 6억원으로 한다)을 초과하는 공동주택과 오피스텔은 감면 대상에서 제외한다.

1. 다음 각 목의 경우에는 취득세를 면제한다.

나. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택 또는 오피스텔을 취득하는 경우③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 해당 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 임대형기숙사 또는 공동주택을 착공하지 아니한 경우2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조 제1항에 따른 임대의무기간에 대통령령으로 정하는 경우가 아닌 사유로 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우가. 임대형기숙사, 공동주택 또는 오피스텔을 임대 외의 용도로 사용하거나 매각ㆍ증여하는 경우나. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조에 따라 임대사업자 등록이 말소되는 경우제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다.

이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

※ 부칙 ＜법률 제20632호, 2024.12.31.＞제1조(시행일) 이 법은 2025년 1월 1일부터 시행한다.제4조(공공임대주택 등에 대한 지방세 감면ㆍ추징에 관한 적용례 등) ① 제31조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분 본문 및 제31조의3 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항의 개정규정은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.

인천광역시 부평구청장이 2025.11.28. 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구 거부처분은 인천광역시 부평구 OOO 외 1필지 지상의 건축물 합계 42세대 중 1세대(OOO)만 「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것) 제31조의3 제2항의 감면 대상에 해당하는 것으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.