쟁점세금계산서를 실물 거래 없이 수취한 세금계산서로 본 처분의 당부

1.처분개요가.청구인은 1997.4.11.부터 울산광역시 OOO에서 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)이라는 상호로 축산·환경기자재 제조업을 영위하고 있는 사업자로, 2018년 제2기 및 2019년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 ‘B’(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(총 8매, 이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취하고, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나.쟁점매입처를 관할하는 포천세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점매입처에 대한 세무조사 결과, 쟁점세금계산서를 실제 거래없이 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점세금계산서와 관련된 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2025.6.12. 청구인에게 2018년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019년 제2기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2025.8.28. 이의신청을 거쳐, 2025.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1)쟁점사업장은 대표자를 포함한 전문인력 2명과 사무직 1명으로 구성된 소규모 사업장으로 전자부품 및 전기부품을 구입하여 오존발생기를 조립생산·설치하고, 오존발생기 제작과 시운전 이외의 기계실 건축, 장치의 설치 등 업무는 대부분 하도급에 의존한다.쟁점거래 또한 주식회사 C, D, E(이하 합하여 “쟁점매출처”라 한다)으로부터 악취저감시설 공사를 수주하여, 쟁점매입처에 공사 중 일부(기계실 건축 등)를 하도급하고 쟁점매입처로부터 건축자재를 구매한 것이다.

(2)청구인은 쟁점매입처로부터 도급용역 등을 공급받고, 대금을 정상적으로 지급하였다. 금융거래내역 증빙에 따르면 쟁점거래 대금의 일부는 쟁점매입처 대표자인 F의 계좌로 입금하였고, 나머지 일부는 쟁점사업장 계좌에서 배우자 G의 계좌로 송금한 후 현금을 인출하여 쟁점매입처에 지급하였다. 쟁점매입처의 작업자들 대부분이 일용직 근로자여서 일당지급을 현금으로 해야 한다고 하여 대금 일부를 현금으로 지급하게 된 것이다.

(3)처분청은 건축물대장 등에 쟁점매출처 소재지에 악취저감시설이 설치될 만한 건축물이 신축되거나 증축된 사실이 확인되지 않는다는 의견이나, 쟁점매출처 세 곳 모두 기존 건물의 건폐율이 100%에 육박하여 더 이상 건축이 불가한 상황에서 이동식 바닥·건축물(주식회사 C, E) 또는 가설건물(D)에 설비를 설치하였다.

(4)쟁점사업장은 수주 후 제품을 생산하는 방식으로 운영하고 있고 제품을 선 생산하지는 않는바, 매출액 대비 매입액 비율이 평균 50∼60% 수준이다. 그러나 2018·2019년도 매입액에서 쟁점매입처에서의 매입액을 제외한다면 매출액 대비 매입액 비율이 약 16% 정도에 불과하게 되어 설비를 제작·설치할 수 없는 비율로 나타나게 된다.

나.처분청 의견(1)청구인은 쟁점매출처로부터 악취저감시설 도급공사를 수주하여 쟁점매입처로부터 실제로 건축자재 등을 구매하고, 일부 설치작업을 하도급 주었다고 주장하나, 조사청의 세무조사 결과, 쟁점매입처는 2017년 10월경 경기도 의정부시에서 사업자등록을 하였으나, 사업을 영위하는 기간 동안 원천징수이행상황신고서 및 지급명세서 등 제출된 인건비 자료가 없고, 거래처로 대금이 송금된 이력이 없으며, 실제로 재화를 보유하고 있음이 확인되지 않는 등의 사유로 매입·매출거래가 전액 가공거래로 조사되었다.쟁점거래 또한 청구인은 쟁점매입처와 처음으로 거래하였음에도 불구하고 하도급계약서 및 발주서 등 쟁점거래를 입증할 수 있는 증빙자료가 제출되지 아니하였다.

(2)쟁점거래에 대한 대금지급 방식 또한 통상적인 거래와 다른 거래 형태를 보이고 있다. 청구인이 본인의 계좌를 사용할 수 없는 특별한 사유가 없는 한, 청구인의 계좌에서 공급대가에 해당하는 금액을 쟁점매입처에 지급해주는 것이 정상적인 거래이나, 청구인은 쟁점세금계산서상 부가가치세액에 상당하는 금액만 쟁점매입처 대표자 F의 계좌로 송금하였을 뿐, 공급가액에 상당하는 금액에 대하여는 대금 이체 내역이 없고, 청구인의 배우자 G의 계좌에서 인출한 현금이 쟁점매입처로 지급되었는지 여부를 확인할 수 있는 증빙은 제출되지 아니하였다.

(3)쟁점사업장에서 악취저감시설 등을 쟁점매출처에 공급하기 위해서는 이에 선행하여 건축물 등이 있어야 하나, 건축물대장 등에 따르면 쟁점사업장이 쟁점매출처에 악취저감시설 등을 설치할 당시 쟁점매출처의 소재지에 새로이 건축물이 신축되거나 증축된 사실이 확인되지 않는바, 쟁점사업장이 쟁점매입처로부터 실제로 도급용역을 공급받았다는 주장은 신빙성이 없다.

3.심리 및 판단가.쟁점쟁점세금계산서가 실제 거래없이 수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부나.관련 법률부가가치세법제32조(세금계산서 등)①사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1.공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2.공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3.공급가액과 부가가치세액4.작성 연월일5.그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제39조(공제하지 아니하는 매입세액)①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다.사실관계 및 판단(1)국세청 전산시스템 상 조회되는 쟁점사업장 및 쟁점매입처의 사업자 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 사업자 현황＜쟁점사업장＞OOO＜쟁점매입처＞OOO(2)쟁점사업장이 쟁점매출처에 발행한 매출세금계산서의 내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 쟁점거래와 관련하여 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서의 내역은 아래 ＜표3＞과 같다.＜표2＞쟁점사업장이 쟁점매출처에 발행한 세금계산서 내역OOO＜표3＞쟁점세금계산서 내역OOO(3)청구인은 쟁점매입처로부터 공사용역 및 건축자재를 공급받고 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하며 아래와 같은 자료를 제출하였다.(가)청구인은 쟁점거래 대금의 일부인 OOO원은 아래 ＜표4＞와 같이 쟁점매입처 대표자 F의 계좌로 이체하였고, 일부 OOO원은 청구인이 아래 ＜표5＞ 및 ＜표6＞과 같이 배우자 G의 계좌로 이체하여 G의 계좌에서 출금한 후 현금으로 지급하였으며, 쟁점세금계산서 공급대가 합계 OOO원과 총 대금지급액 OOO원의 차액인 OOO원은 세금계산서를 초과발급 받은 금액이라고 주장하였다.＜표4＞계좌이체내역(청구인→쟁점매입처)OOO＜표5＞계좌이체내역(청구인→G)OOO＜표6＞G 계좌 출금내역OOO(나)청구인은 쟁점매출처로부터 악취저감시설 등 제작 및 설치 공사를 도급받아 그 중 일부를 쟁점매입처에 하도급하였다고 주장하며, 쟁점매출처와의 공사 관련 계약서, 아래 ＜표7＞의 견적서를 제출하였다.＜표7＞쟁점매출처에 송부한 견적서(발췌)OOO(다)청구인은 쟁점매출처에 설치한 악취저감시설 등의 공사 관련 현장 사진을 아래 ＜표8＞과 같이 제출하였다.＜표8＞설치공사 현장사진OOO(라)청구인은 쟁점사업장의 제조원가 기준 매출액 대비 매입액 비율은 평균 50∼60%(2016∼2021년) 정도이나, 쟁점세금계산서상 공급가액을 매입액에서 제외한다면 2018·2019년의 비율은 25% 및 24%에 불과하다고 주장하며, 아래 ＜표9＞와 같이 매출액 대비 매입액 비율을 계산하여 제출하였다.＜표9＞매출액 대비 매입액 비율OOO(4)처분청이 제출한 쟁점매입처에 대한 조사종결보고서 등 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.(가)조사청은 아래 ＜표10＞과 같이 대금 지급여부가 불분명하고, 매출에 대응하는 매입근거가 확인되지 않았다고 보아 쟁점거래를 가공거래로 판단하였다.＜표10＞ 쟁점매입처에 대한 조사종결보고서(발췌)OOO(나)이 건 처분 관련 이의신청 결정서에 따르면 청구인의 부가가치세 신고 당시 제출한 매출·매입처별 세금계산서합계표에 따라 계산한 연도별 매출액 대비 매입액 비율은 아래 ＜표11＞과 같다.＜표11＞매출액 대비 매입액 비율(처분청 제시)OOO(5)청구인은 2026.5.20. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 아래 ＜표12＞와 같이 대금지급내역을 제출하면서, 대금지급액과 쟁점세금계산서 공급대가 합계액과의 차액은 공급가액을 초과발급받은 데 따른 것이라고 진술하였다.＜표12＞대금지급내역OOO(6)처분청은 청구인에게 아래 ＜표13＞과 같이 세금계산서불성실가산세(가공발급)를 포함한 2018년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019년 제2기 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.＜표13＞ 부가가치세 경정내역＜2018년 제2기＞OOO＜2019년 제2기＞OOO(7)이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점매입처의 요청으로 일부 거래대금을 현금으로 지급한 것일 뿐 쟁점매입처로부터 실제 공사용역 및 건축자재를 공급받았으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 주장하나,쟁점거래와 관련된 계약서, 자재 구매내역 등 실제 거래를 입증할 수 있는 객관적인 증빙이 제출되지 아니하였고, 청구인이 제출한 쟁점매출처와의 계약서, 견적서, 현장사진 등의 증빙은 청구인이 쟁점매출처로부터 도급받은 공사와 관련된 증빙으로, 청구인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서와 직접적인 상관관계에 있는 증빙이라고 보기는 어려운 점, 쟁점세금계산서의 품목을 보면 건축자재 등으로만 기재되어 있을 뿐 공사 용역과 관련된 내역은 확인되지 않는 점, 청구인이 쟁점세금계산서 공급대가 합계 OOO원 중 초과발급 받았다고 인정한 OOO원을 제외한 나머지 OOO원에 대한 거래대금 일부(OOO원)를 배우자 계좌에서 현금으로 인출하여 쟁점매입처에 지급한 사실이 있다고 하나, 배우자 계좌에서의 출금시기와 쟁점세금계산서의 발급시기가 불일치하는 등 배우자 계좌에서 인출되었다는 금원이 쟁점거래처에게 실제 거래대금으로 지급되었는지 여부가 불분명한 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.