1쟁점부동산이 중과세 예외 대상인 다가구주택에 해당하는지 여부2쟁점부동산이 취득세 감면 대상인 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는지 여부3가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 경상남도 사천시 OOO에서 OOO병원(이하 “이 건 병원”이라 한다)을 운영하고 있는 비영리의료법인으로서, 2023.8.4. 경상남도 사천시 OOO단독주택(다가구주택)용 건축물 600.84㎡와 그 부속토지 375.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득하고, 같은 날 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 쟁점부동산의 취득을 「지방세법 시행령」(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것, 이하 같다) 제28조의2 제12호(이하 “쟁점중과세예외조항”이라 한다)에 따른 사원에 대한 임대용으로 직접 사용할 목적으로 취득하는 주택으로서 1구의 건축물의 연면적이 60제곱미터 이하인 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 다가구주택으로 보아, 「지방세법」제13조의2에 따른 법인이 주택을 취득하는 경우의 중과세율(12%)이 아닌 같은 법 제11조 제1항 제8호에 따른 취득세 표준세율(1.67%)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 경상남도는 2025.3.17.부터 2025.3.28.까지 사이에 처분청에 대한 지방세 컨설팅 점검을 실시하고, 쟁점부동산이 건축물대장에 호수별 전용면적이 구분되어 기재되어 있지 않는 경우로서 쟁점중과세예외조항의 적용대상에 해당하지 않는다고 처분청에 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 2025.7.22. 청구법인에게 쟁점부동산의 취득가액에 「지방세법」 제13조의2 제1항 제3호에 따른 취득세 중과세율(12%)을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세OOO원이 포함된 금액으로 이하 “이 건 가산세 등”이라 하고 취득세 등 합계OOO원을 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.15. 심판청구를 제기하였다.

마. 청구법인은 2026.4.1. 처분청에 쟁점부동산은 간호사 등 필수불가결한 존재의 기숙사 등으로 사용하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 「지방세특례제한법」 제38조 제1항(이하 “쟁점감면조항”이라 한다)에 따른 감면(30%) 대상에 해당한다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2026.4.16. 이를 거부하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점부동산은 「건축물대장의 기재 및 관리 등에 관한 규칙」 (2018.12.4. 국토교통부령 제563호로 개정된 것, 이하 “쟁점건축물대장규칙”이라 한다)의 개정 전에 준공되어 호별 전용면적의 구분기재 의무가 없었음에도 처분청이 이 건 취득세 등을 중과세한 처분은 쟁점중과세예외조항의 개정취지에 부합하지 않고, 소급과세 금지 및 실질과세 원칙에 위배된다.(가) 법률불소급의 원칙1) 쟁점건축물대장규칙은 2018.12.4. 제5조 제5항에서 건축물이 다가구주택인 경우에는 다가구주택의 호(가구)별 면적대장을 작성해야 한다고 개정되었다.또한 그 부칙은 이 규칙은 공포한 날부터 시행하도록 규정하고 있을 뿐 시행일 전에 준공된 다가구주택에 대하여 별도의 경과규칙 즉, 이 규칙 시행일 전에 준공된 다가구주택에 대하여 언제까지 호(가구)별 면적대장을 작성하도록 규정하지 않았다.2) 따라서 쟁점건축물대장규칙의 시행전에 사용승인된 쟁점부동산은 호별 면적대장을 작성할 의무가 없어 법률불소급의 원칙에 따라 호별 면적대장을 작성하지 않았다는 이유로 「건축법」 상 소급하여 불이익한 처분을 할 수 없고, 또한 작성할 의무없는 호별 면적대장을 작성한 다가구주택이 아니라는 이유로 「지방세법 시행령」 제28조의2 제12호의 적용을 배제하고 취득세 중과세라는 불이익한 처분을 받을 수도 없다.(나) 쟁점건축물대장규칙 개정 이유1) 국토교통부는 쟁점건축물대장규칙을 개정하면서 그 개정이유를 ‘다가구주택의 효율적 관리를 위하여 다가구주택의 호별 또는 가구별 전용면적을 건축물대장으로 작성·관리하도록 하는 것’이라고 밝힌바 있다.이와 같이 쟁점건축물대장규칙의 개정 이유는 다가구주택의 효율적 관리를 위해 호별 전용면적을 건축물대장으로 작성·관리하게 한 것일뿐 「건축법」상 다가구주택의 구분하는 근거로 삼기 위한 것이 아니다.2) 따라서 처분청이 호별 전용면적을 건축물대장에 기재하지 않았다는 이유로 처분청이 이 건 취득세 등을 중과세한 처분은 쟁점건축물대장규칙의 개정이유에 부합하지 않는다.(다) 쟁점중과세예외조항 개정 이유1) 한편 쟁점중과세예외조항은 사원에 대한 임대용으로 직접 사용할 목적으로 취득하는 주택으로서 1구의 건축물의 연면적 60㎡이하인 공동주택을 취득세 중과세율 예외대상으로 열거하다가, 2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정되면서 괄호부분을 신설하고 “「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택으로서 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 다가구주택을 포함한다”고 규정하였다.2) 행정안전부는 종전에 법인이 사원 임대용으로 취득하는 전용면적 60㎡이하 공동주택은 취득세 중과세에서 제외하나, 다가구주택의 경우 중과세하던 것을 다가구주택 또한 사원임대용으로 취득하는 경우 중과세에서 제외한다고 밝힌바 있다.3) 이와 같이 위 조항의 입법취지는 「건축법」상 단독주택에 해당하는 다가구주택에 대하여 투기수요가 아닌 사원임대용으로 취득하는 경우에는 취득세 중과세의 예외로 보는 공동주택에 포함하되, 호별 전용면적의 판단을 돕게 할 목적으로 건축물대장에 전용면적을 구분 기재하도록 규정한 것이다.따라서 쟁점건축물대장규칙 시행일 이전에 준공되어 호별 전용면적 구분기재가 없는 쟁점부동산에 대하여 청구법인이 취득당시에 이를 구분기재 하지 않았다는 이유로 중과세하는 것은 ‘다가구주택을 사원임대용으로 취득하는 경우’ 중과세의 예외로 적용하고자 한 위 조항의 입법취지에 어긋난다.4) 실질과세 원칙가) 쟁점중과세예외조항이 2023.3.14. 신설되면서 그 괄호에서 ‘건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 다가구주택을 포함한다’고 규정한 것이 쟁점건축물대장규칙 개정(2018.12.4.)전에 사용승인되어 호별 전용면적을 구분하여 기재할 의무가 없는 다가구주택에 대하여 중과세 예외에서 배제할 입법의도였다고 단정하기 어렵다.나) 쟁점중과세예외조항은 구분되어 기재되어 있는 시점이 언제인지 즉 준공일·매매계약체결일·취득일·신고일·부과처분일 당시인지에 대한 별도의 명문규정을 두고 있지 않은 점과, 쟁점건축물대장규칙의 부칙에서 시행일 전 준공된 다가구주택의 경우 언제까지 호별 전용면적을 구분기재 하여야 하는지에 관한 별도의 경과규정이 없는 점 등을 종합하면, 처분청이 실체적 진실을 찾아 과세하는 시점인 부과처분일 당시까지 건축물대장에 호별 전용면적을 구분기재한 경우에는 중과세의 예외로 볼 수 있다고 해석하여도 별 무리가 없다.다) 청구법인은 쟁점부동산 취득(2023.8.4.)한 후 2025.5.19. 건축물 표시변경 신청을 하고 2025.5.21. 건축물대장에 호별 전용면적을 구분기재하여, 부과처분일(2025.7.22.) 현재 쟁점부동산은 호별 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 다가구주택으로서 중과세 예외대상에 해당한다.라) 처분청의 의견과 같이 건축물대장상에 호별 전용면적 구분 기재 여부가 중과세 예외의 필수요건으로 해석된다면, 실제 호별 전용면적이 60㎡를 초과하여도 건축물대장에 호별 전용면적이 60㎡이하로 기재되어 있다면 중과세대상이 아니라는 결론에 도달한다.마) 그러나 처분청의 의견대로라면 다가구주택의 실제 호별 전용면적이 60㎡를 초과하면 건축물대장에 호별 전용면적이 60㎡ 이하로 기재되어 있다 하더라도 「지방세기본법」 제17조의 실질과세 원칙에 따라 취득세를 중과세하여야 하므로, 건축물대장의 호별 전용면적 구분기재 행위는 중과세율 예외의 필수요건이 아니라 실질과세 원칙이 적용되는 「지방세법」 영역에서 전용 면적 확인을 돕는 납세자의 협력의무의 일부로서 사후 보정이 가능한 요건으로 판단된다.바) 따라서 부과처분일(2025.7.22.) 이전에 건축물대장상에 호별 전용면적을 구분하여 기재한 쟁점부동산은 쟁점중과세예외조항의 적용대상에 해당한다.사) 한편 「지방세기본법」 제17조 제2항에서 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있다.또한 「지방세법 시행령」 제13조에서 부동산 등은 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다고 규정하고 있다.따라서 지방세법령상 중과세 예외를 판단하는데 있어서도 실질과세를 적용하는 것이 그 입법취지에 부합한다.아) 실질과세 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률 관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건 사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에도 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다.이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규의 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 그 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분의 관계에 있다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결, 같은 뜻임).자) 특히 취득세를 중과세 하는 것이 엄격하게 해석할 경우 오히려 조세공평이 어긋나고 실질과세를 적용하여야 조세공평 원칙에 부합한다면 조세형평을 달성하기 위해서 엄격해석보다는 실질과세를 적용하는 것이 타당하다.차) 대법원은 회원제 골프장을 대중골프장으로 인허가를 변경하지 아니한 상태에서 대중골프장으로 운영한 경우에 대하여 실질과세의 원칙과 현황부과의 원칙 등을 종합하여, 재산세 고율분리과세대상이 아니라고 판시한바 있다(대법원 2018.5.31. 선고 2018두35889 판결, 같은 뜻임).카) 쟁점부동산 또한 취득세 중과세 예외 여부를 판단함에 있어 건축물대장상에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있지 않더라도 실제 전용면적이 60㎡ 이하로 확인되면 중과세를 적용하지 않는 것이 과세의 형평을 제고하고 조세정의를 실현하고자 하는 실질과세의 원칙 및 현황부과의 원칙에 부합함에도, 처분청이 쟁점부동산의 건축물대장상의 등록현황만을 기준으로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 위법하다.

(2) 쟁점부동산은 간호사 등 이 건 병원에 필요불가결한 존재의 기숙사 등으로 사용하여 의료사업에 직접 사용한 것에 해당하므로 쟁점감면조항의 적용대상이다.(가) 청구법인은 지역적으로 낙후된 경상남도 사천시에 소재하여 유능한 의료진을 채용하는 것에 상당한 어려움이 있다.청구법인은 이를 해결하기 위하여 본인 명의로 주택을 취득한 후 이를 간호사 등에게 기숙사 또는 숙소로 제공하고 있다.청구법인의 2023.12.31. 현재 임직원 현황 및 임직원 중 기숙사 및 숙소 이용자 현황, 쟁점부동산 입주현황은 아래 ＜표1·2·3＞과 같다.＜표1＞ 청구법인의 임직원 현황(단위 : 명)

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○＜표2＞ 임직원 중 기숙사 및 숙소이용자 현황(단위 : 명, %)

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○＜표3＞ 쟁점부동산(기숙사) 입주현황(단위 : 명, %)

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○(나) 청구법인은 야간 입원환자나 응급환자를 위하여 간호사를 대기시켜야 하는 이 건 병원의 경영상 필요성과 병원 종사자의 후생복리 측면에서 이 건 병원 구내에 기숙사를 신축하여 무료로 제공하고 싶었으나, 이 건 병원 구내에 기숙사를 지을 만한 부지가 없어 부득이하게 이 건 병원과 직선거리 260m, 도보로 3분 정도 거리에 소재한 쟁점부동산을 취득하였다.쟁점부동산은 그 취득일부터 심판청구일 현재까지 17개호 모두를 야간 당직이 잦은 간호사 등(간호사 16명, 팀장급 행정직 지원 1명)의 기숙사로 사용 중이다.(다) 쟁점감면조항은 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세의 100분의 30을 감면하도록 규정하고 있다.청구법인은 쟁점부동산의 취득일부터 심판청구일 현재까지 쟁점부동산을 병원의 구성원으로서 필수불가결한 존재인 간호사와 일반 사무직원의 기숙사로 사용중이므로, 쟁점부동산이 이 건 병원의 구내에 소재하고 있지 않다 하더라도 의료법인의 목적 사업의 직접 사용하는 부동산에 해당한다(대법원 1992.9.22. 선고 92누7351 판결, 조심 2018지231, 2018.4.23. 등 다수, 같은 뜻임).(라) 한편 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부하면서 원용한 조세심판원 결정(조심 2017지305, 2017.5.19.)은 이후의 결정(조심 2018지231, 2018.4.23.)에 의하여 의료사업에 직접 사용한 것으로 보는 것으로 변경되었다.따라서 처분청이 이와 다른 전제에서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

(3) 청구법인은 처분청으로부터 취득세 중과세율 적용여부에 관하여 적용대상이 아니라고 답변을 받고 취득세 납부서를 교부받아 쟁점부동산에 대한 취득세를 신고·납부한 바, 이는 신고·납부 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다.(가) 취득세는 지방세법령상 신고납부 방식의 조세이지만 그 실무 과정에서 청구법인이 신고한 내용대로 처분청이 신고서를 접수하고 납부서를 교부하는 것이 아니라, 신고업무 담당자가 신고서 기재 내용을 먼저 검토하고 기재된 과세표준 및 세율이 법령에 부합하지 않을 경우 그 접수를 거부하거나 과세표준 및 세율을 변경(일반세율이 아닌 중과세율로 적용)하고, 신고서의 정정을 지시하기도 한다.따라서 납세의무자가 임의로 작성한 신고서는 존재할 개연성이 낮고, 취득세 납부 또한 처분청이 발행하는 (전자)납부서로만 납부가 가능하므로, 실무상 취득세의 신고 및 납부절차가 전적으로 납세의무자의 판단하에서 이행된다고 보기 어렵다.(나) 청구법인 또한 2023.8.24. 처분청에 쟁점부동산에 대한 취득세 신고당시 쟁점중과세예외조항의 적용여부를 판단하기 어려워 취득물건, 취득일, 용도, 취득원인, 취득가액만을 기재한 취득세신고서를 제출하면서, 정당한 세액의 산정을 요청하였다.처분청 담당자는 쟁점부동산의 층별 평면도를 기준으로 계산하니 호별 전용면적이 60㎡ 이하인 다가구주택으로 판단되므로 표준세율 적용대상이라고 답변하면서 이에 대한 취득세(전자)납부서를 발급하였고, 청구법인은 이를 신뢰하여 취득세를 신고·납부하였다.(다) 만일 당시에 처분청에서 쟁점부동산은 건축물대장에 호별 전용면적이 구분기재되어 있지 않으므로 쟁점중과세예외조항에 해당하지 않는다고 판단하였다면, 청구법인은 과소신고에 따른 가산세를 부담하지 않았을 것이다.처분청은 청구법인이 신고당시와 아무런 사정변경이 없었음에도 불구하고 쟁점부동산에 대한 취득세를 신고한 후 2년이 경과한 시점에서야 이 건 가산세까지 포함하여 이 건 취득세 등을 부과처분하였다.이는 처분청의 납세지도에 순응한 청구법인에게 가혹한 처분으로 “납세의무의 성실한 이행을 확보하기 위한 행정제재” 성격인 가산세의 본질에 부합하지 않고, 「지방세기본법」 제57조의 “납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유에 해당함에도 이 건 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 것은 위법하다.(라) 이와같이 청구법인이 쟁점부동산에 대한 취득세 신고 당시 처분청이 공시적으로 발행한 표준세율이 적용된 (전자)납부서가 아닌 중과세율을 적용한 임의의 납부서를 사용하여 취득세를 납부하는 것을 기대하는 것은 사실상 어렵다 할 것이므로, 청구법인에게는 그 의무이행을 기대하기 어려운 정당한 사유가 있는 경우에 해당하여 이 건 가산세 등의 부과처분은 취소되어야 한다(대법원 2016.6.23. 선고 2016두36529 판결, 같은 뜻임).나.

처분청 의견(1) 쟁점부동산은 건축물대장상 호별 전용면적이 구분되어 기재되지 않아 쟁점중과세예외조항의 적용대상에 해당하지 않는다.(가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜 규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다 할 것이다(대법원 1998.3.27. 선고 97누20090 판결, 같은 뜻임).(나) 「지방세법 시행령」 제28조의2 제12호에서는 중과세 제외대상 다가구주택의 범위를 「건축법」제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분 기재되어 있는 다가구주택으로 한정하고 있는데, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 2023.8.4. 당시 쟁점부동산의 당시 건축물대장상에는 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있지 아니한 사실이 확인된다.(다) 한편 쟁점건축물대장규칙은 2018.12.4. 국토교통부령 제563호로 개정되면서 다가구주택에 대하여 ‘다가구주택의 호(가구)별 면적대장’을 신설하였고, 같은 규칙 제5조 제5항 및 제7조 제5항에서 기존의 다가구주택 또한 그 건축물대장을 변경신청 및 승인을 통하여 ‘다가구주택의 호(가구)별 면적 대장’으로 변경할 수 있도록 규정하였다.따라서 쟁점건축물대장규칙이 개정되기 전 사용승인된 쟁점부동산 또한 취득 당시에 건축물대장의 변경신청 및 승인절차를 통하여 중과세 예외규정 요건을 충족할 수 있었다고 판단된다.(라) 청구법인은 「지방세기본법」제17조(실질과세) 및「지방세법 시행령」제13조(취득 당시의 현황에 따른 부과)를 근거로 취득 당시의 사실상 현황에 따라 과세하여야 한다고 주장하지만, 위 조항들은 일반규정인 반면, 「지방세법 시행령」 제28조의2는 주택 유상거래 시 취득세 중과 여부를 판단하는 특례규정에 해당하므로 일반규정보다 특례규정을 우선하여 적용하는 것이 타당하다 할 것이다.또한 「지방세기본법」 제17조 및 「지방세법 시행령」 제13조는 과세객체의 현황이 불분명한 경우의 판단기준을 정한 규정일 뿐, 특례규정에서 정한 명시적 적용요건을 실질을 이유로 완화하기 위한 근거 규정이라고 할 수 없다.(마) 따라서 쟁점중과세예외조항에서 규정하고 있는 ”건축물대장에 호수별로 전용면적을 구분되어 기재되어야 하는 요건은 엄격히 해석하는 것이 타당하고, 이와 같은 전제에서 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다.

(2) 쟁점부동산은 단지 의료진의 편의를 위하여 제공되는 후생복리시설로서 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 보기 어렵고, 이에 따라 쟁점감면규정의 적용대상에 해당하지 않는다.(가) 「지방세특례제한법」 제38조 제1항에 따른 취득세 감면요건인 ‘의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산’이라 함은 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 의료·조산의 업 자체에 직접 사용하는 부동산을 의미하고, 의료업 자체에 사용하는 것인지는 해당 병원의 사업목적과 부동산의 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결, 같은 뜻임).(나) 「의료법」 제3조 제1항에서 “의료기관”이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료ㆍ조산의 업을 하는 곳을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 [별표 3]의 의료기관의 종류별 시설기준에도 기숙사 등은 의료기관의 시설로 명시되어 있지 않다.따라서 의료업을 영위하기 위한 기숙사 등 부대시설의 경우에는 의료업에 직접 사용되는 부동산에 해당되지 아니한다고 할 것이다.(다) 청구법인의 경우 쟁점부동산을 병원 의료진 및 임직원 등이 숙소로 사용하는 기숙사 등으로 사용하고 있는바, 그 사용목적이 야간 응급환자 등 긴급한 상황에 대처하기 위한 대기장소라기보다는 의료진 및 임직원을 위한 후생복리차원에서 제공되는 시설에 해당한다.기숙사 시설은 다양한 업종의 공통된 시설에 해당하므로, 만일 쟁점부동산을 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 볼 경우 다른 업종의 기숙사 시설 또한 당해 해당 법인의 고유업무 시설로 볼 수 있으므로, 이를 전적으로 의료업 시설로 보기에는 무리가 있다 할 것이다.(라) 또한 청구법인이 제출한 자료에 따르면 쟁점부동산은 직원의 주거 편의나 후생복지를 위해 제공되는 일반적인 빌라 형태의 숙소일 뿐, 기숙사 관리 규정상 비상대기 의무가 명시되어 있다던지, 주로 응급실, 중환자실 등 필수 부서 인력이 거주하는지 등에 대하여 청구법인이 입증한 사실이 없으므로, 쟁점부동산은 단지 의료진들의 편의를 위해 제공되는 후생복리시설에 불과한 것으로 판단되는바, 쟁점부동산이 쟁점감면조항에 따른 감면대상이라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 청구법인이 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 과소신고·납부한 정당한 사유가 달리 확인되지 않으므로 이 건 가산세 등의 부과처분은 적법하다.(가) 취득세는 납세자가 과세표준 및 세액을 결정하여 신고·납부하는 조세로서 원칙적으로 그 신고·납부에 대한 책임은 납세자에게 있는 것이고, 처분청의 취득세 납부서 교부행위는 일종의 행정조력에 지나지 않아 과세관청 공무원의 안내를 믿고 취득세를 신고·납부하였다 하더라도 그 안내 등이 지방세 관계법령에 어긋나는 것이 명백한 경우에는 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다(조심 2019지3731, 2020.1.22. 외 다수, 같은 뜻임).또한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납부 의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 무지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다 할 것이다(조심 2020지1857, 2021.5.10. 외 다수, 같은 뜻임).(나) 청구법인은 납세자 본인의 고의가 아닌 처분청의 착오로 세율이 과소하게 적용되었음에도 이 건 가산세까지 포함하여 부과하는 것은 부당하다고 주장한다.그러나 「지방세법 시행령」 제28조의2 제12호에서 사원에 대한 임대용으로 직접 사용할 목적으로 취득하는 주택으로서 다가구주택은 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분 기재되어 있는 경우 중과세 대상 주택에서 제외하도록 명시되어 있는바, 청구법인이 2023.8.4. 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 직접 신고하면서 「지방세법」 제11조 제1항 제8호에 따른 세율을 과소하게 적용한 것은 명백하다.(다) 또한 청구법인이 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 과소신고한 사유가 청구법인의 법령의 무지 또는 담당 공무원의 잘못된 안내에 기한 것이라 하더라도, 그러한 사유가 청구인에게 정상적인 신고·납부 의무의 이행을 기대하는 것이 무리로서 정당한 사유에 해당한다고 보기 어려우므로(조심 2022지1085, 2023.8.17., 같은 뜻임), 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세를 포함하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 쟁점부동산의 취득은 쟁점중과세예외조항의 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부② 쟁점부동산의 취득은 의료업에 직접 사용하는 부동산으로서 감면대상이라는 청구주장의 당부③ 이 건 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면, 청구법인은 2010.4.23. 아래 ＜표4＞를 목적으로 설립된 사실이 나타난다.＜표4＞ 청구법인의 목적

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○(나) 청구법인의 쟁점부동산의 취득이 쟁점중과세예외조항 적용대상에 해당하는지 여부와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하면서 취득세율을 표준세율(1.67%)로 적용하였고, 처분청은 2025.4.29. 청구법인에게 중과세율(12%)을 적용하여 이 건 취득세 등을 과세예고한 사실이 나타난다.2) 건축물대장에 의하면, 쟁점부동산의 건축물 현황은 아래 ＜표5＞와 같고, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세예고(2025.4.29.) 한 이후인 2025.5.21. 쟁점부동산의 다가구주택의 호(가구)별 면적대장이 아래 ＜표6＞과 같이 작성되었으며, 401호의 경우 60㎡를 초과하고 그 외는 60㎡ 이하이며, 쟁점부동산은 2012.10.15. 사용승인된 것으로 나타난다.＜표5＞ 쟁점부동산의 건축물대장(단위 : ㎡)

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○＜표6＞ 다가구주택의 호(가구)별 면적대장

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○3) 청구법인이 제출한 2026.5.8. 현재 쟁점부동산을 촬영한 사진자료에 의하면, 1층은 주차장(필로티), 2층부터 3층까지는 6개호, 4층은 5개호로 보인다.4) 국토교통부 보도자료(관계부처 합동)에 의하면, 아래 ＜표7＞과 같이 2017년 12월 발표된 임대주택 등록 활성화방안의 일환으로 임대주택에 대한 재산세 감면 등을 위하여 건축물대장에 다가구의 가구별 면적을 표기하도록 변경된 사실이 나타나고, 이에 따라 쟁점건축물대장규칙이 2018.12.4.이 개정되었으며, 그 개정이유는 아래 ＜표8＞과 같다.＜표7＞ 국토교통부 보도자료(관계부처 합동)

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○＜표8＞ 쟁점건축물대장규칙 개정이유

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○(다) 청구법인의 쟁점부동산의 취득이 쟁점감면조항의 적용대상에 해당하는지 여부와 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인의 기본재산(부동산)은 아래 ＜표9＞와 같다.＜표9＞ 청구법인의 기본재산 중 부동산 내역

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○2) 청구법인이 2026.5.8. 기준으로 작성한 쟁점부동산의 입주자 현황자료는 아래 ＜표10＞과 같고, 입주자는 모두 3교대 또는 야간전담 간호사이며, 입주자가 청구법인의 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주에 해당하는지 여부에 관하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.＜표10＞ 쟁점부동산의 입주자 현황

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○3) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인이 쟁점부동산에 입주자에 대하여 아래 ＜표11＞과 같이 생활수칙을 안내하고 있고, 입주자들이 월 40,000원을 정액의 관리비(인터넷, 상하수도비, 청소비 성격)로 납부하며, 그 외 사용료(전기, 도시가스)는 사용한 만큼 실비로 납부하는 사실이 나타난다.＜표11＞ 이 건 병원 기숙사 생활수칙 안내문 주요내용

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○4) 이 건 병원의 홈페이지 조회결과에 의하면, 이 건 병원의 진료과목은 내과(신장내과, 소화기내과), 외과, 소아청소년과, 정형외과, 신경외과, 신경과, 피부·비뇨의학과, 치과, 영상의학과, 마취통증의학과, 가정의학과, 직업환경의학과, 응급실 등이고, 특화/주력진료센터는 인공신장센터, 중환자실, 지역응급의료기관 등이며, 이 건 병원의 조감도는에 의하면, 이 건 병원 구내에 기숙사를 설치한 공간은 없는 것으로 보인다.(라) 청구법인에게 이 건 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부에 관련하여 청구법인이 제출한 취득세 납세자보관용 납부서에 의하면, 청구법인이 2023.8.4. 쟁점부동산에 대하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO을 납부한 사실이 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」 제13조의2 제1항 제1호에서 법인이 주택을 취득하는 경우에 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제28조의2 제12호에서 사원에 대한 임대용으로 직접 사용할 목적으로 취득하는 주택으로서 1구의 건축물의 연면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하인 공동주택( 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택으로서 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 다가구주택을 포함한다)고 규정하고 있다.(나) 청구법인은 쟁점부동산이 쟁점건축물대장규칙의 개정 전에 준공되어 호수별 전용면적을 구분하여 기재할 의무가 없었음에도 처분청이 이 건 취득세 등을 중과세한 처분은 쟁점중과세예외조항의 개정취지 및 실질과세원칙에 부합하지 않는다고 주장한다.그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인 점 (대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 같은 뜻임),쟁점중과세예외조항은 공동주택에 한하여 적용하다가, 2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정되면서 그 제외대상을 다가구주택까지 확대하되 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분 기재되어 있는 경우로 한정하였고, 쟁점건축물대장규칙은 신규 다가구주택은 2018.12.4.부터 건축물대장에 가구(호)별 면적 표기를 의무화하면서 기존 다가구주택은 임대인의 신청을 통하여 변경가능하도록 개정되었음에도,청구법인의 쟁점부동산 취득 당시(2023.8.4.)의 건축물대장에는 호수별로 전용면적이 구분 기재되어 있지 않아 쟁점부동산은 쟁점중과세예외조항의 적용요건을 충족하지 못한 것으로 보는 것이 타당한 점,처분청의 과세예고(2025.4.29.) 이후인 2025.5.21. 쟁점부동산의 건축물대장에 다가구주택의 호(가구)별 면적대장이 작성되었다 하더라도 이는 쟁점부동산을 취득한 이후에 발생한 사정으로서 이를 근거로 중과세 예외여부를 달리 취급할 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어,쟁점부동산의 건축물대장에 가구(호)별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있지 않은 이상, 사실상 호별로 구분하여 사용한다 하더라도 쟁점중과세예외조항의 적용대상에 해당하지 않는 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 쟁점부동산의 취득이 중과세율을 적용대상이라는 전제에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 쟁점감면조항은 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다고 규정하면서, 그 제1호에서 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30을 경감한다고 규정하고 있다.(나) 처분청은 쟁점부동산은 간호사 등의 후생복지시설일뿐 「의료법」에서 정한 의료행위 및 이에 필수적으로 수반되거나 그와 직접 관련 있는 업무에 사용되는 부동산으로 보기 어렵다는 의견이다.그러나 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 해인 2023.12.31. 현재 청구법인은 쟁점부동산을 야간 당직이 잦은 간호사 16명과 팀장급 행정직 지원 1명의 기숙사로 사용하였고, 2025.5.8. 현재에도 공실을 제외한 쟁점부동산 전체를 간호사의 기숙사로 사용하고 있는 점,이 건 병원의 홈페이지 조회결과에 의하면, 진료과목은 신장내과(인공신장센터), 응급실 등으로서, 야간수술 및 인공투석 등이 상시적으로 시행되고 있고, 지역응급의료기관이라는 청구법인의 특성상 365일 24시간 휴무 없이 응급실 등을 운영하기 위한 즉각적인 대응이 필요하며, 1일 3교대로 운영되고 있는 청구법인 간호사의 근무형태와 대중교통 이용이 용이하지 아니한 지역특성을 고려하면,간호사 등이 사용하는 기숙사는 단순한 후생복리차원의 숙소가 아닌 이 건 병원의 근거리에 위치하며 야간응급환자 등의 치료 등에 직접 대응하기 위한 의료진의 대기 및 숙소를 겸한 장소로 보이는 점 등에 비추어,쟁점부동산은 의료업을 영위하기 위한 필수적인 시설로서 의료업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 다음으로 쟁점③에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세기본법」 제57조 제1항에서 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.(나) 청구법인은 처분청의 발행한 납부서 등으로 인하여 중과세율을 적용하지 않았으므로 이 건 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장한다.그러나 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나, 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무를 이행하지 아니하였다 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것임이 명백한 때에는 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 볼 수 없는바(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결, 같은 뜻임),쟁점중과세예외조항은 다가구주택의 경우「건축법」제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분 기재되어 있는 경우에 한하여 적용하도록 명시하고 있어, 처분청이 건축물대장상 호별 전용면적이 기재되지 않은 쟁점부동산에 대하여 중과세대상이 아니라고 착오로 안내하였다 하더라도 이는 지방세법령에 어긋나는 것임이 명백하여 그러한 사유만으로 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제13조의2(법인의 주택 취득 등 중과) ① 주택(제11조제1항제8호에 따른 주택을 말한다. 이 경우 주택의 공유지분이나 부속토지만을 소유하거나 취득하는 경우에도 주택을 소유하거나 취득한 것으로 본다. 이하 이 조 및 제13조의3에서 같다)을 유상거래를 원인으로 취득하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제11조제1항제8호에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 법인(「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체, 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따른 법인 아닌 사단ㆍ재단 등 개인이 아닌 자를 포함한다. 이하 이 조 및 제151조에서 같다)이 주택을 취득하는 경우: 제11조 제1항 제7호 나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율(2) 지방세법 시행령(2023.3.14. 대통령령 제33325호로 개정된 것)제13조(취득 당시의 현황에 따른 부과) 부동산, 차량, 기계장비 또는 항공기는 이 영에서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 해당 물건을 취득하였을 때의 사실상의 현황에 따라 부과한다.

다만, 취득하였을 때의 사실상 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부(公簿)상의 등재 현황에 따라 부과한다.제28조의2(주택 유상거래 취득 중과세의 예외) 법 제13조의2 제1항을 적용할 때 같은 항 각 호 외의 부분에 따른 주택(이하 이 조 및 제28조의3부터 제28조의6까지에서 “주택”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

12. 사원에 대한 임대용으로 직접 사용할 목적으로 취득하는 주택으로서 1구의 건축물의 연면적(전용면적을 말한다)이 60제곱미터 이하인 공동주택( 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택으로서 「건축법」 제38조에 따른 건축물대장에 호수별로 전용면적이 구분되어 기재되어 있는 다가구주택을 포함한다). 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택은 제외한다.

가. 취득하는 자가 개인인 경우로서 「지방세기본법 시행령」 제2조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계인 사람에게 제공하는 주택나. 취득하는 자가 법인인 경우로서 「지방세기본법」 제46조 제2호에 따른 과점주주에게 제공하는 주택다. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 않거나 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 주택(3) 지방세기본법제17조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니한다.

(4) 지방세특례제한법(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것)제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.

(5) 건축물대장의 기재 및 관리등에 관한 규칙(2018.12.4. 국토교통부령 제563호로 개정된 것)제5조(건축물대장의 작성방법) ①건축물대장은 건축물 1동을 단위로 하여 각 건축물마다 작성하고, 부속건축물이 있는 경우 부속건축물은 주된 건축물대장에 포함하여 작성한다.②집합건축물대장은 표제부와 전유부(專有部)로 나누어 작성한다.③하나의 대지에 2 이상의 건축물(부속건축물을 제외한다)이 있는 경우에는 총괄표제부를 작성하여야 한다.④건축물대장에는 건축물현황도가 포함된다.⑤건축물이 다가구주택인 경우에는 다가구주택의 호(가구)별 면적대장을 작성해야 한다.＜신설 2018.12.4.＞부 칙이 규칙은 공포한 날부터 시행한다

경상남도 사천시장이 2025.7.22. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 경상남도 사천시 OOO다가구주택용 건축물과 그 부속토지에 대하여 「지방세특례제한법」 제38조 제1항에 따른 감면을 적용하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.