쟁점부동산의 필요경비에서 쟁점금액을 차감하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

1.처분개요가.청구인들은 2008.8.1. 서울특별시 OOO 소재 토지 267.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 집합건물 510.48㎡(B1∼3층 및 옥탑의 다가구용 단독주택, 근린생활시설로서 이하 “쟁점멸실건물”이라 한다)을 OOO원에 공동으로 취득(각 지분 2분의1)하고, 2009.1.1.부터 2012.10.23.까지 쟁점멸실건물에서 부동산임대업을 영위하다가 2013.2.7. 쟁점멸실건물을 철거한 후, 2013.6.17. 집합건물(이하 “쟁점신축건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점신축건물을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 2025.3.31. 쟁점부동산을 OOO원에 양도하였다.

나.청구인들은 2025.6.2. 쟁점부동산의 양도와 관련하여, 쟁점토지 및 쟁점멸실건물의 취득가액 OOO원 전부를 필요경비에 산입하여 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고·납부하였다.

다. 처분청은 2025.10.13.부터 2025.10.24.까지 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지 및 쟁점멸실건물의 취득가액 OOO원 중 쟁점멸실건물의 취득가액을 기준시가로 안분하여 OOO원(취·등록세 포함, 이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 산정한 후, 쟁점금액을 쟁점부동산의 필요경비에 해당하지 않는다고 보아, 2025.11.10. 청구인들에게 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.

라.청구인들은 이에 불복하여 2026.2.5. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인들 주장 및 처분청 의견가.청구인들 주장쟁점토지 및 쟁점멸실건물은 취득 시 쟁점멸실건물의 가액은 반영하지 아니하고 쟁점토지 가액만을 반영한 금액으로 매입한 것으로, 단순히 쟁점멸실건물 취득 후 즉시 철거하지 않았다는 사정만으로 처분청이 쟁점금액을 쟁점부동산의 필요경비에서 제외하는 것은 부당한바, 쟁점금액을 포함한 취득 당시 매입가액 전부를 쟁점부동산의 필요경비로 인정하여야 한다.

(1)쟁점멸실건물은 1994.7.25. 신축한 건물로서, 청구인들은 쟁점멸실건물의 신축일로부터 14년이 경과한 2008년에 이를 취득하였고, 벽돌조의 쟁점멸실건물을 철거한 후 철근콘크리트조의 쟁점신축건물을 신축하였다.청구인들은 2008.8.1. 쟁점멸실건물을 취득하고 약 4년 6개월 정도 보유하다가 2013.2.7. 철거하였는데, 이는 청구인들이 쟁점신축건물을 신축하기 위하여 기존 세입자들과 2011년부터 명도협의를 하는 과정에서 세입자들이 2년의 임대기간 보장을 주장하며 명도비를 과다하게 요구하여 협의기간이 길어진 것이다.청구인들은 쟁점멸실건물을 취득한 이후 3년이 경과한 시점부터 쟁점신축건물을 신축하기 위하여 세입자들과 협의를 시작하고, 건축비를 마련하기 위하여 금융기관 등에 상담을 의뢰하는 등 건물설계를 위하여 수개월을 소비하였는바, 단순히 청구인들이 쟁점멸실건물을 취득한 후 즉시 철거하지 않았다는 사정만으로, 처분청에서 쟁점멸실건물의 취득가액을 쟁점부동산의 필요경비에서 제외한 이 건 처분은 부당하다.

(2)부동산의 매매가액을 결정할 때 토지면적을 기준으로 계산하는 것이 통상적인바, 당시 쟁점토지 등의 취득을 중개한 공인중개사의 확인서에서 청구인들이 쟁점토지 및 쟁점멸실건물 취득 당시 쟁점멸실건물의 가액은 반영하지 않았다는 사실이 확인된다.

나. 처분청 의견양도소득세는 양도하는 개별 자산별로 소득을 계산하는 것으로서, 쟁점멸실건물의 취득가액은 토지만을 이용하려는 목적이 명백한 경우에만 예외적으로 쟁점부동산(쟁점토지)의 필요경비로 산입할 수 있는 것인바, 쟁점멸실건물의 취득가액에 해당하는 쟁점금액을 쟁점부동산의 필요경비에서 제외한 이 건 처분은 정당하다.

(1)쟁점멸실건물과 쟁점신축건물은 법률적·물리적으로 별개의 자산으로서 쟁점멸실건물은 철거와 동시에 과세대상으로서의 지위가 소멸하게 되므로, 쟁점부동산의 양도소득에서 쟁점멸실건물의 취득원가를 차감하는 것은 자산별 과세체계에 부합하지 아니한다.(가)법원에서도 ‘「소득세법」 제97조 제1항에 의하면, 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 당해 토지와 관련된 취득가액 등이므로, 토지와는 별개인 건물의 취득가액은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다’고 판시(서울고등법원 2025.9.10. 선고 2025누230 판결 참조)하였다.(나)또한, 관련 예규 및 대법원은 일관되게 ‘취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다’고 명확하게 판단하고 있는바(대법원 1992.9.8. 선고 92누7399 판결, 참조), 토지만을 이용하려는 목적이 없거나, 기존건물을 사업용에 공하고 장기간 거주하였다면 기존건물의 취득가액은 양도자산의 필요경비로 산입할 수 없는 것이다.(다)청구인들은 2008.8.1. 쟁점토지와 쟁점멸실건물을 매입하고, 2009년부터 2012년까지 4년여의 기간 동안 임대사업을 영위한 사실이 확인되고, 쟁점멸실건물에 주민등록 신고를 하고 장기간 거주하였는바, 쟁점금액은 쟁점부동산의 필요경비에 해당하지 않는다.

(2)청구인들이 쟁점멸실건물의 가치가 없어 토지가액만으로 부동산 취득가액을 계산하여 거래했다는 주장은, 양도소득세 조사과정에서 제기한 내용이 아니고 이 건 심판청구 단계에서 새롭게 주장한 것으로서 이를 뒷받침할만한 실제 계약서를 제시하지도 못하였고, 오히려 이러한 주장은 쟁점토지와 쟁점멸실건물의 등기부등본에 기재된 토지·건물의 일괄 실거래가액 및 전 소유자의 양도소득세 신고 사실과 정면으로 배치된다.

(3)청구인들은 당초 매매계약에 쟁점멸실건물의 가액은 OOO원이고, 토지가액만 담겨져 있다는 실제 계약서를 제시하지 못하고 있고, 쟁점멸실건물의 임대기간이 4년 6개월로 장기간에 해당하며, 청구인들이 쟁점멸실건물에 장기간 실제 거주한 반면, 쟁점멸실건물 취득 후 바로 철거를 개시하지 않은 점, 새로이 건물을 신축할 준비를 했다는 등의 객관적인 증빙 또한 전혀 제시하지 못하고 있는 점 등으로 보아, 당초부터 청구인들이 쟁점토지만을 이용하려는 목적으로 쟁점멸실건물을 매입하였다고 보기 어렵다.

3.심리 및 판단가.쟁점쟁점부동산의 필요경비에서 쟁점금액을 차감하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부나.관련 법령 등(1)소득세법제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(2)소득세법 시행령제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

※ 소득세법 기본통칙97-0…8 【건물 철거비용의 필요경비산입】 토지만을 이용하기 위하여 토지와 건물을 함께 취득한 후 해당 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우 철거된 건물의 취득가액의 합계액에서 철거 후에 남아 있는 시설물의 처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다.

다.사실관계 및 판단(1)청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 쟁점부동산의 취득·양도 등과 관련하여 다음과 같은 사실이 확인된다.(가)등기사항전부증명서상, 청구인들은 2008.8.1. A으로부터 쟁점토지와 쟁점멸실건물을 총 OOO원에 공동으로 매수(각 지분 2분의1)한 것으로 나타나고, 처분청의 조사보고서상 청구인들 및 A 모두 매매계약서를 분실하여 매매계약서는 확인되지 않는 것으로 나타난다.(나)청구인들은 2009.1.1.부터 2012.10.23.까지 쟁점멸실건물에서 부동산임대업을 영위하였고, 2009년 제2기부터 2012년 제2기까지 임대 사업에 대한 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다.(다)쟁점멸실건물의 전 소유자 A은 쟁점토지 및 쟁점멸실건물 양도분에 대하여 본인이 거주한 주택부분은 비과세로 하고, 나머지 토지·건물분에 대한 가액을 총 양도가액 OOO원에서 안분계산하여 산정된 금액(OOO원)을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인된다.(라)청구인들은 2008.8.6. 쟁점멸실건물에 전입신고를 하여 건물 철거(2013.2.7.) 직전까지 거주한 것으로 나타난다.(마)청구인들은 2013.2.7. 쟁점멸실건물을 철거하고, 2013.6.17. 쟁점신축건물(1∼5층, 도시형생활주택, 다세대주택, 근린생활시설)을 신축하였으며, 이후 2025.3.31. B 외 3명에게 총 OOO원에 쟁점부동산을 양도하였다.

(2)국세청 통합전산망(NTIS)에 의하면, 청구인들의 양도소득세 신고 및 경정 내역은 다음과 같다.(가)청구인들은 쟁점부동산을 양도함에 따라, 청구인들이 거주한 쟁점신축건물의 주택(OOO호)은 비과세를 적용하고, 쟁점토지와 쟁점멸실건물의 총 취득가액(취·등록세 포함, OOO원) 및 쟁점신축건물 건설비(OOO원)를 합한 금액(OOO원)을 쟁점부동산의 필요경비에 산입하여, 2025.6.2. 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 신고·납부하였다.(나)처분청은 쟁점멸실건물의 취득가액이 쟁점부동산의 필요경비에 해당하지 않는다고 보아, 아래 ＜표＞와 같이 쟁점토지 및 쟁점멸실건물의 가액을 지분 및 기준시가로 안분하여 산정하였고, 산정된 쟁점멸실건물의 가액(OOO원)과 쟁점멸실건물분 취·등록세(OOO원)를 합한 쟁점금액(OOO원)을 쟁점부동산의 필요경비에서 부인하는 등 하여 청구인들에게 2025년 귀속 양도소득세 OOO원을 각각 경정·고지하였다.＜표＞ 쟁점토지 및 쟁점멸실건물 가액 안분내역OOO(3)청구인들은 쟁점토지 및 쟁점멸실건물 취득 시 매입가액을 결정할 때, 토지면적을 기준으로 가액을 산정하였고 건물가액은 반영하지 않았다고 주장하며, 당시 쟁점토지 및 쟁점멸실건물의 취득을 중개한 공인중개사의 확인서를 아래와 같이 제출하였다.OOO(4)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인들은 쟁점금액을 쟁점부동산의 양도에 따른 필요경비에 포함하여야 한다고 주장하나,철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한한다고 할 것인데(대법원 1992.9.8. 선고 92누7399 판결 참조), 이와 달리, 건물을 신축하여 상당기간 사용하다가 이를 철거하고 토지만을 양도한다거나, 다시 새로운 건물을 신축하여 사용하다가 양도한 경우에는 구건물의 취득가액 및 철거비용 등을 양도하는 부동산의 양도소득과 직접 대응하는 필요경비에 해당한다고 보기 어렵다고 할 것인바(조심 2011서3228, 2011.11.4. 등, 같은 뜻임),청구인들은 쟁점멸실건물을 취득한 후 철거 직전까지 약 4년여간 쟁점멸실건물에서 임대사업을 영위한 사실이 확인되고, 일부 주택에서는 청구인들이 전입신고 후 실제 거주한 것으로 나타나는 점, 청구인들은 쟁점토지 및 쟁점멸실건물 취득 시 쟁점토지 가액만을 반영하여 그 매수가격을 산정하였고 쟁점멸실건물의 가액은 반영하지 않았다고 주장하나, 이를 입증할 수 있는 계약서 등 증빙자료의 제시가 없는 점 등에 비추어, 청구인들이 쟁점토지 및 쟁점멸실건물 취득 시쟁점토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백하다고 보기 어려우므로, 쟁점멸실건물의 취득가액에 해당하는 쟁점금액을 쟁점부동산(쟁점토지 및 쟁점신축건물)의 양도가액에서 공제되는 필요경비로 인정하기는 어려워 보인다.따라서, 처분청이 쟁점금액을 쟁점부동산의 양도가액에서 공제되는 필요경비에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인들에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.